Аутор Тема: Древна ДНК - научни радови  (Прочитано 54870 пута)

симо

  • Гост
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #100 послато: фебруар 21, 2018, 09:32:33 пре подне »
Чисто технички гледано лангобардска налазишта у Мађарској и Италији повезују двије хаплогрупе, које се могу повезати са германским пиопулацијама: R1b-U106 и I2-M223.

Међутим, кад се спустимо до нивоа најнижих грана, везу можемо уочити на нивоу R1b-U106>Z381. Италијански узорци нису даље СНп одређени, док у мђарском узорку имамо и специфичнију грану R1b-U106>Z381>L48>Z9>Z30>Z8. Можемо само нагађати да ли је и италијански узорак Z8.

Што се I2-M223 тиче, постоји само један I2-M223 у италијанском узорку, одређен као I2a2-M223>CTS616>Z161>L801>S2364>L1198>Z79 ( по еупедији ово је хаплогрупа Чака Нориса). Иначе овај узорак је у раду погрешно означен као I1. Узорци у мађарском налазишту припадају грани I2a2-M223>CTS616>Z161>L801>S2364>S8112. Ту дакле можемо уочити везу на нивоу I2a2-M223>CTS616>Z161>L801>S2364. Постоји још један мађарски узорак који је L801, па може припадати или грани S8112 или Z79.

На германски уплив указује и присуство R1a-M417>Z282>Z284>S200 и  I1-M253>L22 у мађарском узорку.

Укратко би могли закључити да су једине сигурно потврђене везуе између два налазишта, што се тиче германске генетике:

R1b-M173>M269>L23>L51>L151>U106>Z381
I2a2-M223>CTS616>Z161>L801>S2364

па би у складу са тим и Лангобарди могли бити носиоци једне од ове двије хаплогрупе, или можда и обе.


симо

  • Гост
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #101 послато: фебруар 21, 2018, 09:47:38 пре подне »
Што се тиче романске генетике на налазишту, ту већ имамо свега и свачега.

У Италији имамо:
E-V13 без дубљих подграна.
T1a-M70>L131>L446
R1b-M173>M269>L23>Z2103
Више западне R1b која није СНП дубље одређена па би могла бити и U106 и P312.
R1b-M173>M269>L23>L51>L151>P312 која је заступљена са подграном U152>L2>Z367 и S11987.

У Мађарској имамо:

Е-V22, прилично необично.
T1a-M70>L208, друга грана у односу на италијанску.
R1b-M173>M269>L23>L51>L151>P312>L21>DF13>DF21>Z16924>L130, ова подграна је типична за британска острва.
R1b-M173>M269>L23>L51>L151>P312>U152>Z36>CTS5531
и више R1b-M173>M269>L23>L51>L151>P312 без дубљих подграна.

Видимо да на нивоу романске генетике, још мање могу да се успоставе директне везе. Једино можда на ниво R1b-M173>M269>L23>L51>L151>P312, али то је прилично стара грана. Ово иде у прилог томе да се ту ради о различитим романским популацијама у Мађарској и Италији.

Остаје још хаплогрупа G2a1-Z6553 у италијанском узорку. Она би требала бити кавкаског поријекла. Нисма гелдао детаљније, знам да су неку G2a1 повезивали са Аланима, можд аби требало испитати ту тезу.

На налазишти је тестиран и једна узорак из Бронзаног доба са тла Мађарске и припада хаплогрупи:
R1a-M417>Z93>Z94>Z2123

Примјетно је одсуство словенских хаплогрупа у оба налазишта, што је и очекивано с обзриом да Словена у панонији у то вријеме још није било, или су тек почели да продиру.

Ван мреже НиколаВук

  • Помоћник уредника
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5089
  • I2-PH908>FT14506>Y52621, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #102 послато: фебруар 21, 2018, 03:29:33 поподне »
Мени је занимљиво што се јављају две потпуно различите подгране од T хаплогрупе на истраженим налазиштима, а занимљива је и дихотомија E-V22 (Мађарска) - E-V13 (Италија). У Мађарској се јавља и један усамљени I1 L22; заиста је занимљиво оволико одсуство I1 хаплогрупе, да додам још да за поменути узорак не можемо да знамо да ли је у питању P109 или нека од других многобројних подграна од L22.

Прелистао сам мало рад, нарочито део који се тиче археолошког контекста, и у оба случаја (и мађарском и италијанском) се ради о родовским некрополама (Солад је из прве трећине 6. века, док је Колењо с краја 6. и почетка 7. века), са конструкцијом гробова и налазима типичним за Лангобарде; јављају се у мањем броју и гробови другачије конструкције и сиромашнији налазима, који се изгледа могу везати за локално (романско) становништво. То се лепо види и по структури хаплогрупа, доминирају S2364 и Z381, по свему судећи доминантне код Лангобарда. Нагласио бих да се налазиште Солад у Мађарској налази јужно од језера Балатон, тј. малтене на његовој обали, а у балатонској области је још раније дефинисана кестхељска група, која представља романизоване староседеоце Паноније и потомке римских колониста под влашћу разних варварских племена током 5. и 6. века, отуд и прилична хетерогентост "не-лангобардске" Y-ДНК генетике на некрополи у Соладу, а слично се може рећи и за налазиште Колењо у близини Торина.

По аутозомалној генетици су изоловали CEU-GBR (Central Europe-Great Britain), која доминира код свих лангобардских гробова, док се у староседелачким гробовима јавља TSI (Tuscans from Italy) у већем броју и у мањем IBS (Iberians from Spain). Занимљиви су следећи закључци:

 By crudely assigning individuals into five colour-coded groups based on relative ancestry                          
components, a clear correspondence can be observed between our ADMIXTURE and PCA analysis.                          
Analysis of Y chromosomes in males generally reveals a highly concordant pattern to the autosomes,                              
with haplogroups that are most predominant in modern central/northern Europeans along with a                          
smaller set of southern European-associated haplogroups in both cemeteries.

We also examined our ancient samples within the context of the prehistoric groups that were                              
the major contributors to modern European genetic variation: Paleolithic hunter-gatherers (WHG),                      
Neolithic farmers (EEF) and Bronze Age Steppe herders (SA). Both PCA (Figures S7.4-7) and                            
supervised ADMIXTURE analysis (Figures S8.16-18) essentially reiterate the same structure amongst                    
our ancient samples, with greatest EEF ancestry in those individuals demonstrating similarities to                          
modern southern Europeans and greater WHG+SA ancestry in those that resembled modern                        
northern Europeans (with WHG being predominant in Northwest Europe and SA in Northeast                          
Europe).
« Последња измена: фебруар 21, 2018, 03:37:23 поподне НиколаВук »
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже sbk

  • Гост
  • *
  • Поруке: 7
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #103 послато: фебруар 23, 2018, 12:21:45 пре подне »
Видео сам вест (http://www.rtv.rs/sr_lat/zivot/nauka-i-tehnologija/arheolozi-iz-srbije-donose-nova-svetska-otkrica_895511.html, https://www.b92.net/zivot/nauka.php?yyyy=2018&mm=02&dd=22&nav_id=1361800) да су српски археолози Андреј Старовић, Душан Борић и Драгана Антоновић дошли до занимљивих отркрића о ДНК древног становништва југоисточног дела Европе, али чланак не доноси ниједан конкретан податак...

У ствари, вест се односи на рад који је објављен на Nature https://www.nature.com/articles/nature25778,  (само за претплатнике).

Мени је најзанимљивије деловала реченица  "Резултати студије доносе сасвим нове, а понегде и изненађујуће закључке о пореклу европског становништва, а подаци са локалитета Лепенски Вир, Власац, Ајмана кључни су за разумевање механизама најстаријих генетских мешања између ловачко - сакупљачких староседелаца и новопридошлих фармера."


Зна ли можда неко нешто више?

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1654
  • Z3660>Y34637-
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #104 послато: фебруар 23, 2018, 01:26:12 пре подне »
Видео сам вест (http://www.rtv.rs/sr_lat/zivot/nauka-i-tehnologija/arheolozi-iz-srbije-donose-nova-svetska-otkrica_895511.html, https://www.b92.net/zivot/nauka.php?yyyy=2018&mm=02&dd=22&nav_id=1361800) да су српски археолози Андреј Старовић, Душан Борић и Драгана Антоновић дошли до занимљивих отркрића о ДНК древног становништва југоисточног дела Европе, али чланак не доноси ниједан конкретан податак...

У ствари, вест се односи на рад који је објављен на Nature https://www.nature.com/articles/nature25778,  (само за претплатнике).

Мени је најзанимљивије деловала реченица  "Резултати студије доносе сасвим нове, а понегде и изненађујуће закључке о пореклу европског становништва, а подаци са локалитета Лепенски Вир, Власац, Ајмана кључни су за разумевање механизама најстаријих генетских мешања између ловачко - сакупљачких староседелаца и новопридошлих фармера."


Зна ли можда неко нешто више?

http://sci-hub.tw/10.1038/nature25778

https://dnk.poreklo.rs/genetska-slika-lepenskog-vira-vince/

Ван мреже НиколаВук

  • Помоћник уредника
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5089
  • I2-PH908>FT14506>Y52621, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #105 послато: фебруар 28, 2018, 09:57:40 поподне »
Да ли је доступан BAM фајл за онај налаз Z2103 из вучедолске културе којим случајем, и да ли су за њега успели да извуку ниже подгране?
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Zor

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 769
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #106 послато: фебруар 28, 2018, 10:33:32 поподне »
Да ли је доступан BAM фајл за онај налаз Z2103 из вучедолске културе којим случајем, и да ли су за њега успели да извуку ниже подгране?

 Гледајући остале узорке, изгледа да ће га ускоро урадити, ако је могуће. Мој кандидат за дубљу подграну јесте Z2108>KMS67.

Ван мреже Bane

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 701
  • E-Z16988+A11837+
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #107 послато: фебруар 28, 2018, 10:40:06 поподне »
Да ли је доступан BAM фајл за онај налаз Z2103 из вучедолске културе којим случајем, и да ли су за њега успели да извуку ниже подгране?

Колико ја разумем то су ови резултати: Y-SNP calls for I3499

Ван мреже НиколаВук

  • Помоћник уредника
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5089
  • I2-PH908>FT14506>Y52621, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #108 послато: фебруар 28, 2018, 10:57:14 поподне »
Колико ја разумем то су ови резултати: Y-SNP calls for I3499

R1b-M343-L754-L388-P297-M269-L23-L51-FGC796-S1194-CTS4528-S14328-PF2642-PF2642

Да ли ово значи да је узорак ипак L51+ Z2103-, или ја нисам нешто добро разумео?  :)
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Zor

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 769
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #109 послато: фебруар 28, 2018, 11:09:08 поподне »
R1b-M343-L754-L388-P297-M269-L23-L51-FGC796-S1194-CTS4528-S14328-PF2642-PF2642

Да ли ово значи да је узорак ипак L51+ Z2103-, или ја нисам нешто добро разумео?  :)

Стоји и
 R1b-M343-L754-L388-P297-M269-L23-CTS7340.1-GG536-CTS1843-CTS7822-CTS7556-GG649-BY20202-PF2642-PF2642  (ово имплицира да је Z2103+, L51-)

 Чини ми се да је овдје кључан СНП PF2642. Знам за неки резултат који је позитиван на PF2642 а налази се између Z2110 и CTS9219 (негативан на CTS9219).
https://www.worldfamilies.net/node/35820
 Генерално не очекујем CTS9219 у Вучедолу, између осталог и због недовољне старости CTS9219. Оно са чим би CTS9219 морао имати везе јесте Кослођени, Вербичоара итд..
 
« Последња измена: фебруар 28, 2018, 11:12:21 поподне Zor »

Ван мреже Влад

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 540
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #110 послато: фебруар 28, 2018, 11:16:26 поподне »

Стоји и
 R1b-M343-L754-L388-P297-M269-L23-CTS7340.1-GG536-CTS1843-CTS7822-CTS7556-GG649-BY20202-PF2642-PF2642  (ово имплицира да је Z2103+, L51-)

 Чини ми се да је овдје кључан СНП PF2642. Знам за неки резултат који је позитиван на PF2642 а налази се између Z2110 и CTS9219 (негативан на CTS9219).
https://www.worldfamilies.net/node/35820
 Генерално не очекујем CTS9219 у Вучедолу, између осталог и због недовољне старости CTS9219. Оно са чим би CTS9219 морао имати везе јесте Кослођени, Вербичоара итд..

Не разумем се много у Р1б СНП-ове али ми се чини да се PF2642 јавља на више места, тј у оквиру више грана.
BY20202 би требао бити изнад CTS9219, а испод Y5592/GG649

Ван мреже Bane

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 701
  • E-Z16988+A11837+
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #111 послато: фебруар 28, 2018, 11:28:03 поподне »
R1b-M343-L754-L388-P297-M269-L23-L51-FGC796-S1194-CTS4528-S14328-PF2642-PF2642

Да ли ово значи да је узорак ипак L51+ Z2103-, или ја нисам нешто добро разумео?  :)

Опет ћу да почнем са ”колико ја разумем” такав појединачан позитиван резултат за SNP се сматра ”неправилним одзивом” (false call) или случајном мутацијом. Наиме тај болдовани резултат не значи да је добио ”одзив” за L51 већ само за PF2642.
Тј, да би се резултат сматрао позитвним на неку подграну потребно је да буде позитиван на очекивани филогенетски низ SNP-ева који су на нивоу изнад те подгране. То у случају PF2642 немамо.

Нисам сигуран како је genetiker на крају добио R1b1a1a2a2~Z2103, али је на почетку то навео као резултат за овај узорак што се слаже и са податком из студије.

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4136
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #112 послато: фебруар 28, 2018, 11:33:36 поподне »
Опет ћу да почнем са ”колико ја разумем” такав појединачан позитиван резултат за SNP се сматра ”неправилним одзивом” (false call) или случајном мутацијом. Наиме тај болдовани резултат не значи да је добио ”одзив” за L51 већ само за PF2642.
Тј, да би се резултат сматрао позитвним на неку подграну потребно је да буде позитиван на очекивани филогенетски низ SNP-ева који су на нивоу изнад те подгране. То у случају PF2642 немамо.


Taкo je... Ta мутaциja ce jaвљa нa иcтoм мecту и кoд нeкe дpугe xaплoгpупe, дoк je у oвoм cлучajу oчиглeднo нeзaвиcнa, a штo ce филoгeнeтcкoг cтaблa тичe нeбитнa.

Ван мреже Zor

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 769
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #113 послато: фебруар 28, 2018, 11:44:31 поподне »
Не разумем се много у Р1б СНП-ове али ми се чини да се PF2642 јавља на више места, тј у оквиру више грана.
BY20202 би требао бити изнад CTS9219, а испод Y5592/GG649

 Да, ради се о "међуграни" BY20202 и то је одлично, наиме ја сам већ више хаплотипова из анонимних студија Грчке класификовао као вјероватне Y5592*.:)

Ван мреже Влад

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 540
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #114 послато: фебруар 28, 2018, 11:50:44 поподне »
Да, ради се о "међуграни" BY20202 и то је одлично, наиме ја сам већ више хаплотипова из анонимних студија Грчке класификовао као вјероватне Y5592*.:)

Сачекаћемо да неко од администратора Р1б пројеката протумачи ове СНП-ове, пошто је овај филогенетски низ одозго нелогичан и код неких других болдованих СНП-ова.
Мислим да је Y5592* само једна од могућности за PF2642.

Ван мреже sbk

  • Гост
  • *
  • Поруке: 7
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #115 послато: фебруар 28, 2018, 11:59:40 поподне »
http://sci-hub.tw/10.1038/nature25778

https://dnk.poreklo.rs/genetska-slika-lepenskog-vira-vince/

Хвала пуно!
Познат ми је овај други линк са "Порекла",  кад сам видео чланак помислио сам да има још неких вести... Добро, разумем да у научном свету неки рад од пре неколико месеци такође је "свежа" вест.

Хвала још једном.

Ван мреже Свевлад

  • Памтиша
  • ********
  • Поруке: 1737
  • Аутошовинизам је тешка болест!
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #116 послато: март 02, 2018, 01:26:07 поподне »
Анализирани узорци из Британије из римског периода.


Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1654
  • Z3660>Y34637-
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #117 послато: март 02, 2018, 02:07:22 поподне »
Анализирани узорци из Британије из римског периода.



3DRIF-16: R1b-U106

3DRIF-26: J2b1-M205

6DRIF-18: R1b-L151

6DRIF-21: R1b-P312>L21>DF63>CTS6919

6DRIF-22: R1b-P312>U152>L2>FGC22501

6DRIF-23: R1b-P312>DF19>DF88>Y3096>Y6234>S4268>Y6237 (xL644)

6DRIF-3: R1b-U106

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4136
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #118 послато: март 02, 2018, 03:09:12 поподне »

3DRIF-26: J2b1-M205


Je л' тo тaj глaдиjaтop? :)

На мрежи ДушанВучко

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3931
  • I2-PH908>FT14506>Y52621, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #119 послато: март 02, 2018, 03:35:26 поподне »
У једном чланку под називом "The Black face of Roman Britain", се наводи истраживање са универзитета у Редингу,где кажу да је чак 20% популације римске Британије било небританског порекла...
Dr Hella Eckardt who is a senior lecturer in Roman Archaeology at the University of Reading said:

Our analysis of excavated skeletal remains of people living in Roman Britain such as the 'Ivory Bangle Lady' and others like her show that multicultural Britain is not just a phenomenon of more modern times."

As part of the research, archaeologists analysed the facial features of skeletons, skull measurements, the chemical signature of food and drink and burial goods- which told them about the conditions and quality of life of African migrants.

Dr Debbie Weeks-Bernard who heads the 'Roman Revealed' project said:

The University of Reading research results showed that people came to Britain from many different parts of the Roman Empire, including North Africa. In some of the larger towns like York and Winchester, up to 20 per cent of the Roman Britain population may be classed as 'non-local' or 'incomers'. "

http://www.obv.org.uk/news-blogs/black-face-roman-britain


A million British men may be directly descended from the Roman legions which came, saw and conquered England and Wales almost two thousand years ago, a DNA study suggests.

The Romans departed abruptly in the early 5th Century AD, leaving behind relics of their rule including Hadrian's Wall along with a host of towns, roads and encampments.

The painting above is entitled "The Last Roman Leaves Britain" by John Everett Millais.

But, according to a report in THE TELEGRAPH, perhaps the most enduring sign of their legacy is in British genes, with an estimated million British men descending from the invading forces.

A genetic study of 5,000 people found that up to four million men in England and Wales carry distinctive genetic signatures which are most commonly found, and likely have their origin, in Italy, the newspaper report said.
 The DNA markers are much rarer in Ireland, where there was no Roman invasion, and Scotland where the armies' presence was limited to a brief occupation of some southern regions.
« Последња измена: март 02, 2018, 03:39:57 поподне ДушанВучко »