Аутор Тема: Древна ДНК - научни радови  (Прочитано 48656 пута)

На мрежи Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1621
  • Z3660>Y34637
Древна ДНК - научни радови
« послато: јануар 20, 2017, 12:50:52 пре подне »
На овој теми биће објављивани радови везани за древну ДНК, са линковима ка оригиналним текстовима и додатним информацијама. Постављам прво неколико најбитнијих радова из претходних пет година, а постепено ћу додавати и остале, као и оне објављене пре 2012. Наравно, свако је слободан предложити радове за које мисли да су битни а нису већ постављени.


2012:


Keller et al.: New insights into the Tyrolean Iceman's origin and phenotype as inferred by whole-genome sequencing

http://www.nature.com/articles/ncomms1701

http://www.nature.com/article-assets/npg/ncomms/journal/v3/n2/extref/ncomms1701-s1.pdf


Fu et al.: DNA analysis of an early modern human from Tianyuan Cave, China

http://www.pnas.org/content/110/6/2223.full.pdf

http://www.pnas.org/content/110/6/2223.full.pdf?with-ds=yes


2013:


Lazaridis et al.: Ancient human genomes suggest three ancestral populations for present-day Europeans

http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2013/12/23/001552.full.pdf

http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2014/04/05/001552.DC4/001552-1.pdf


Raghavan et al.: Upper Palaeolithic Siberian genome reveals dual ancestry of Native Americans

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4105016/pdf/nihms583477.pdf

http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7481/extref/nature12736-s1.pdf


2014:


Gamba et al.: Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4218962/pdf/ncomms6257.pdf

http://www.nature.com/article-assets/npg/ncomms/2014/141021/ncomms6257/extref/ncomms6257-s1.pdf


Skoglund et al.: Genomic Diversity and Admixture Differs for Stone-Age Scandinavian Foragers and Farmers

http://biology-web.nmsu.edu/~houde/Genomic%20Diversity%20and%20Admixture%20Differs%20for%20Stone-Age%20Scandinavian%20Foragers%20and%20Farmers.pdf


Rasmussen et al.: The genome of a Late Pleistocene human from a Clovis burial site in western Montana

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4878442/pdf/nihms786416.pdf

http://www.nature.com/nature/journal/v506/n7487/extref/nature13025-s1.pdf


Fu et al.: Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4753769/pdf/nihms756266.pdf

http://www.nature.com/nature/journal/v514/n7523/extref/nature13810-s1.pdf


Seguin-Orlando et al.: Genomic structure in Europeans dating back at least 36,200 years

http://science.sciencemag.org/content/346/6213/1113.full

https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/handle/1810/246496/Seguin-Orlando-et-al-Science-Genomic-Structure-in-Europeans-dating-back-at-least-36-200-years.pdf;sequence=1


Olalde et al.: Derived immune and ancestral pigmentation alleles in a 7,000-year-old Mesolithic European

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4269527/pdf/nihms643758.pdf

http://www.nature.com/nature/journal/v507/n7491/extref/nature12960-s1.pdf


Szécsényi-Nagy et al.: Tracing the genetic origin of Europe's first farmers reveals insights into their social organization

http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2014/09/03/008664.full.pdf

http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2014/09/03/008664.DC1/008664-1.pdf
« Последња измена: јануар 20, 2017, 01:06:05 пре подне Црна Гуја »

На мрежи Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1621
  • Z3660>Y34637
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1 послато: јануар 20, 2017, 12:51:22 пре подне »
2015:


Haak et al.: Massive migration from the steppe was a source for Indo-European languages in Europe

http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/02/10/013433.full.pdf

http://www.nature.com/nature/journal/v522/n7555/extref/nature14317-s1.pdf


Mathieson et al.: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4918750/pdf/nihms734926.pdf

http://www.nature.com/nature/journal/v528/n7583/extref/nature16152-s1.pdf


Allentoft et al.: Population genomics of Bronze Age Eurasia

http://www.nature.com/nature/journal/v522/n7555/full/nature14507.html

http://www.nature.com/nature/journal/v522/n7555/extref/nature14507-s1.pdf


Jones et al.: Upper Palaeolithic genomes reveal deep roots of modern Eurasians

http://www.nature.com/articles/ncomms9912

http://www.nature.com/article-assets/npg/ncomms/2015/151116/ncomms9912/extref/ncomms9912-s1.pdf


Cassidy et al.: Neolithic and Bronze Age migration to Ireland and establishment of the insular Atlantic genome

http://www.pnas.org/content/113/2/368.full.pdf

http://www.pnas.org/content/suppl/2015/12/23/1518445113.DCSupplemental/pnas.1518445113.sapp.pdf


Günther et al.: Ancient genomes link early farmers from Atapuerca in Spain to modern-day Basques

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4586848/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4586848/pdf/pnas.201509851.pdf


Hofmanova et al.: Early farmers from across Europe directly descended from Neolithic Aegeans

http://www.pnas.org/content/113/25/6886.full.pdf

http://www.pnas.org/content/suppl/2016/06/02/1523951113.DCSupplemental/pnas.1523951113.sapp.pdf


Rasmussen et al.: The ancestry and affiliations of Kennewick Man

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4878456/pdf/nihms-786414.pdf

http://www.nature.com/nature/journal/v523/n7561/extref/nature14625-s1.pdf


Fu et al.: An early modern human from Romania with a recent Neanderthal ancestor

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4537386/pdf/nihms688129.pdf

http://www.nature.com/nature/journal/v524/n7564/extref/nature14558-s1.pdf


2016:


Fu et al.: The genetic history of Ice Age Europe

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4943878/pdf/nihms777742.pdf

http://www.nature.com/nature/journal/v534/n7606/extref/nature17993-s1.pdf


Lazaridis et al.: The genetic structure of the world’s first farmers

http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/06/16/059311.full.pdf

http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2016/06/16/059311.DC1/059311-1.pdf


Broushaki et al.: Early Neolithic genomes from the eastern Fertile Crescent

http://science.sciencemag.org/content/353/6298/499.full

http://science.sciencemag.org/content/sci/suppl/2016/07/13/science.aaf7943.DC1/Broushaki.SM.pdf


Martiniano et al.: Genomic signals of migration and continuity in Britain before the Anglo-Saxons

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4735653/pdf/ncomms10326.pdf

http://www.nature.com/article-assets/npg/ncomms/2016/160119/ncomms10326/extref/ncomms10326-s1.pdf


Schiffels et al.: Iron Age and Anglo-Saxon genomes from East England reveal British migration history

http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/07/17/022723.full.pdf

http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2015/07/17/022723.DC1/022723-1.pdf
« Последња измена: јануар 20, 2017, 01:08:43 пре подне Црна Гуја »

На мрежи Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1621
  • Z3660>Y34637
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #2 послато: јануар 20, 2017, 12:51:45 пре подне »
Резервисано.

На мрежи Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1621
  • Z3660>Y34637
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #3 послато: јануар 20, 2017, 12:52:07 пре подне »
Резервисано.

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1263
  • G2a-L42>YSC33
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #4 послато: јануар 20, 2017, 01:10:12 поподне »
Ево још пар радова. Ова година ће бити ''родна'' што се тиче древне ДНК  :)
2013:

High resolution mapping of Y haplogroup G in Tyrol (Austria) 2013.

http://www.blutspendezurich.ch/Media/File/Publikationen%202013/High%20resolution%20mapping%20of%20Y%20haplogroup%20G(2).pdf

2016:

Paleogenetic analyses on Mesolithic to Early Bronze Age individuals from the Iberian Peninsula

https://publications.ub.uni-mainz.de/theses/volltexte/2016/100000815/pdf/100000815.pdf

Y-chromosomal DNA analyzed for four prehistoric cemeteries from Cis-Baikal, Siberia

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352409X16306927

И најновији рад Кљосова.
2017:


Excavated DNA from Two Khazar Burials

http://file.scirp.org/pdf/AA_2017011815275855.pdf
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1263
  • G2a-L42>YSC33
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #5 послато: јануар 20, 2017, 10:35:36 поподне »
Најновије: Jan. 18, 2017

Modern human origins: multiregional evolution of autosomes and East Asia origin of Y and mtDNA

http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/01/18/101410.full.pdf
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1263
  • G2a-L42>YSC33
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #6 послато: јануар 24, 2017, 06:17:29 поподне »
Први резултати древне ДНК из средњег века ове године, рани средњи век, јужна Немачка.  :)

Нажалост за приступ целом раду се мора платити.

The paper's about kinship and social structure, and not geared for ancient population genetics. But the Y-chromosome haplogroups include R1b (7), I1 (2), I2b1 (2), and I2b, and the mitochondrial haplogroups include T2f (6), H2a2 (3), H1b, HV0*, U3a and U5a. Keep in mind that many of these samples are close relatives.
http://eurogenes.blogspot.rs/2017/01/ancient-dna-evidence-of-emerging-noble.html?m=1
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже НиколаВук

  • Помоћник уредника
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 4888
  • I2-PH908>FT14506>Y52621, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #7 послато: јануар 24, 2017, 06:26:16 поподне »
Први резултати древне ДНК из средњег века ове године, рани средњи век, јужна Немачка.  :)

Нажалост за приступ целом раду се мора платити.

The paper's about kinship and social structure, and not geared for ancient population genetics. But the Y-chromosome haplogroups include R1b (7), I1 (2), I2b1 (2), and I2b, and the mitochondrial haplogroups include T2f (6), H2a2 (3), H1b, HV0*, U3a and U5a. Keep in mind that many of these samples are close relatives.
http://eurogenes.blogspot.rs/2017/01/ancient-dna-evidence-of-emerging-noble.html?m=1

I2b1 и I2b су, претпостављам, I2a2-М223 по новијој номенклатури?
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1263
  • G2a-L42>YSC33
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #8 послато: јануар 24, 2017, 06:30:37 поподне »
Колико сам схватио тако је, не бавим се толико гранама И2 па нисам сигуран.
Видећемо шта ће Црна Гуја рећи.  :)
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

На мрежи Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1621
  • Z3660>Y34637
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #9 послато: јануар 24, 2017, 09:12:19 поподне »
Нисам још стигао да погледам о чему се ради, али НиколаВук је у праву, ако су написали I2b1 у питању је I2a2a-M223. Не знам из ког разлога користе номенклатуру од пре скоро 10 година.

На мрежи Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1621
  • Z3660>Y34637
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #10 послато: јануар 25, 2017, 02:44:41 поподне »
Нажалост нема Y-ДНК.

Цитат
The Jomon period of the Japanese Archipelago, characterized by cord-marked ‘jomon’ potteries, has yielded abundant human skeletal remains. However, the genetic origins of the Jomon people and their relationships with modern populations have not been clarified. We determined a total of 115 million base pair nuclear genome sequences from two Jomon individuals (male and female each) from the Sanganji Shell Mound (dated 3000 years before present) with the Jomon-characteristic mitochondrial DNA haplogroup N9b, and compared these nuclear genome sequences with those of worldwide populations. We found that the Jomon population lineage is best considered to have diverged before diversification of present-day East Eurasian populations, with no evidence of gene flow events between the Jomon and other continental populations. This suggests that the Sanganji Jomon people descended from an early phase of population dispersals in East Asia. We also estimated that the modern mainland Japanese inherited <20% of Jomon peoples’ genomes. Our findings, based on the first analysis of Jomon nuclear genome sequence data, firmly demonstrate that the modern mainland Japanese resulted from genetic admixture of the indigenous Jomon people and later migrants.

http://www.nature.com/jhg/journal/v62/n2/pdf/jhg2016110a.pdf

http://www.nature.com/jhg/journal/v62/n2/suppinfo/jhg2016110s1.html?url=/jhg/journal/v62/n2/abs/jhg2016110a.html

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1263
  • G2a-L42>YSC33
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #11 послато: јануар 28, 2017, 12:28:06 поподне »
Ево маркера из рада о Баварији.  :)
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже шкрњо

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 323
  • I2>PH908>A5913
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #12 послато: фебруар 02, 2017, 08:12:02 поподне »
February 02, 2017

The Neolithic Transition in the Baltic Was Not Driven by Admixture with Early European Farmers
http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(16)31542-1

•A degree of genetic continuity from the Mesolithic to the Neolithic in the Baltic
•Steppe-related genetic influences found in the Baltic during the Neolithic
•No Anatolian farmer-related genetic admixture in Neolithic Baltic samples
•Steppe ancestry in Latvia at the time of the emergence of Balto-Slavic languages


И најзанимљивији део.

Further, the Y chromosomes of two of four Latvian Mesolithic samples were assigned to haplogroup R1b (the maximum-likelihood sub-haplogroup is R1b1b), which is the most common haplogroup found in modern Western Europeans.

Та мезолитска R1b свакако није старосједилачка на том простору, јер су носиоци Нарва културе на тај простор дошли из Самаре (Русија), гдје већ имамо древну R1b1* из отприлике истог периода. Археолошки налази такође подупиру тезу да су становници Нарва културе дошли у касном мезолиту.
Around Lake Baikal in Siberia the favoured form of pot combined the pointed-base shape with an everted rim. The pots were mainly built up from clay coils, pinched together, and often left undecorated. This type of pottery reached the Samara region in the middle Volga River valley by 7000 BC... It was the first pottery in Europe. From there pottery of the same type had spread to the Baltic and Scandinavia by about 5500 BC, before any sign of contact with farming.

Ван мреже шкрњо

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 323
  • I2>PH908>A5913
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #13 послато: фебруар 02, 2017, 08:30:47 поподне »
^Успут, узорци из Литваније су I2, док су ови из Летоније R1b.

На мрежи Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1621
  • Z3660>Y34637
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #14 послато: март 03, 2017, 03:32:48 поподне »
Ancestry and demography and descendants of Iron Age nomads of the Eurasian Steppe

http://www.nature.com/articles/ncomms14615

Између осталог, прoнађен је и један R1b-Z2103 међу Сарматима.


Extensive farming in Estonia started through a sex-biased migration from the Steppe

http://www.biorxiv.org/content/early/2017/03/02/112714?%3Fcollection=

У три узорка из Corded Ware културе потврђена је R1a-Z645, а један од њих је и Z283+. Узорак из Comb Ceramic културе је R1a-YP1272.

На мрежи Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1621
  • Z3660>Y34637
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #15 послато: март 03, 2017, 10:35:13 поподне »
Не знам шта се ово дешава данас, али сам много срећан. ;D

Mittnik et al.: The Genetic History of Northern Europe

http://biorxiv.org/content/early/2017/03/03/113241

24 нова узорка из мезолита и неолита са територија Литваније, Летоније, Естоније, Русије и Шведске.

Ван мреже НиколаВук

  • Помоћник уредника
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 4888
  • I2-PH908>FT14506>Y52621, род Никшића
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #16 послато: март 03, 2017, 11:38:35 поподне »
Не знам шта се ово дешава данас, али сам много срећан. ;D

Mittnik et al.: The Genetic History of Northern Europe

http://biorxiv.org/content/early/2017/03/03/113241

24 нова узорка из мезолита и неолита са територија Литваније, Летоније, Естоније, Русије и Шведске.

Већина скелета поменутих у овом раду припада хаплогрупи R1a осим два који припадају хг I2, и то Spiginas1 I2a1a L1286>L233 и Kretuonas2 I2a1b M423. Чини ми се да је ово до сада најисточнији налаз древне I2a1?
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1263
  • G2a-L42>YSC33
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #17 послато: март 03, 2017, 11:41:32 поподне »
Не знам шта се ово дешава данас, али сам много срећан. ;D

Mittnik et al.: The Genetic History of Northern Europe

http://biorxiv.org/content/early/2017/03/03/113241

24 нова узорка из мезолита и неолита са територија Литваније, Летоније, Естоније, Русије и Шведске.
Ево битних табела и графикона из рада.

''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #18 послато: март 04, 2017, 08:34:08 пре подне »
Не знам шта се ово дешава данас, али сам много срећан. ;D

Mittnik et al.: The Genetic History of Northern Europe

http://biorxiv.org/content/early/2017/03/03/113241

24 нова узорка из мезолита и неолита са територија Литваније, Летоније, Естоније, Русије и Шведске.

Значајни резултати. Погледах само површно, али овај М423 у Нарва култури мислимда задаје јак ударац бастарнској теорији. Помјера старост М423 у источној Европи много даље у прошлост.

Мислим да ће овим налазом посебно задовољан бити Вадим Веренич. Он је још у самим почецима генетичких истраживања, развијао тезу о поријеклу М423 из старих палеолитских култура источне Европе: Свидеријске, Кунда и Нарва.

Ван мреже шкрњо

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 323
  • I2>PH908>A5913
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #19 послато: март 04, 2017, 11:53:31 пре подне »
Значајни резултати. Погледах само површно, али овај М423 у Нарва култури мислимда задаје јак ударац бастарнској теорији. Помјера старост М423 у источној Европи много даље у прошлост.

Мислим да ће овим налазом посебно задовољан бити Вадим Веренич. Он је још у самим почецима генетичких истраживања, развијао тезу о поријеклу М423 из старих палеолитских култура источне Европе: Свидеријске, Кунда и Нарва.
Мислим да ово ништа не мијења што се поријекла М423 тиче, јер древна М423 је налажена чак и у Шпанији (Haak et al. 2015). И даље остаје чињеница да се старије гране М423 (Ислес, Дислес) налазе претежно на сјеверозападу Европе, као и да је Динарик директан огранак Дислеса.
П.С. Мотала12 узорак је био позитиван на СНП који дефинише динарик (Л147.2 колико се сјећам), но није сигурно да ли је заправо динарик или не.