Древна ДНК - научни радови

[Radul]

Из рада и закључка:
Ова студија пружа увид у начин живота на далматинском острву током касне антике, обележеном турбулентним историјским периодима и под утицајем политичких и економских промена широм Медитерана. Анализирана популација показује знаке ниског квалитета живота, са високом смртношћу међу младима и доказима физиолошког стреса, вероватно због исхране са ниским садржајем протеина и високим садржајем угљених хидрата, али и других узрока, као што су инфективне болести и могућа анемија. Лоше орално здравље додатно указује на недостатке у исхрани и усклађено је са уоченим прехрамбеним профилом типичним за аграрна друштва. Недостатак морских ресурса у исхрани сугерише да су социо-економски фактори утицали на прехрамбене навике. Штавише, генетичка анализа је открила да је проучавана популација углавном хомогена, с тим да неки појединци имају везе са источним Медитераном и Северном Африком, што потенцијално указује на разнолико порекло и трговачке везе.

Иако нису пронађени докази о различитим друштвеним класама, различите праксе сахрањивања указују на могућу социјалну стратификацију. Значајно је да је приближно половина појединаца сахрањена заједно у гробници, што поставља питања о могућим разликама између оних сахрањених унутар и ван гробнице. Међутим, нису уочене уочљиве разлике у праксама сахрањивања или гробним предметима, што сугерише разнолике погребне обичаје без обзира на порекло или статус сродства. Важно је напоменути да мешавина увезених и локално произведених предмета у гробовима указује на сложену социјалну и економску слику, са заједничким погребним контекстима који наговештавају могуће породичне везе изван крвних сродства.

У закључку, ово истраживање пружа увид у живот и смрт на далматинском острву током касне антике. Пружа увид кроз призму здравља, анализе исхране и популационе генетике у контексту Римског царства у касној антици. Повезаност локалитета са медитеранским трговачким рутама такође наглашава његов значај у регионалним економијама и миграцијама.

[Radul]

Геноми ће накнадно бити постављени, па ћемо их тада натенане пречешљати. До тада, ево су хаплогрупе из рада:

E1b1b1a1b1
J2a1a1a2b2a3b1a1b1a2~
E1b1b1a1b1
J2b2a1a1a1a1a1a
J1a2a1a1~
J2a1a1b2a1b1b2c~
J2a1a4b
E1b1a1a1a1c1b2a2
J2a1a1a2b1b
G2a2b2a1a1b2

[НиколаВук]

Геноми ће накнадно бити постављени, па ћемо их тада натенане пречешљати. До тада, ево су хаплогрупе из рада:

E1b1b1a1b1
J2a1a1a2b2a3b1a1b1a2~
E1b1b1a1b1
J2b2a1a1a1a1a1a
J1a2a1a1~
J2a1a1b2a1b1b2c~
J2a1a4b
E1b1a1a1a1c1b2a2
J2a1a1a2b1b
G2a2b2a1a1b2

Овако би требало да изгледају снипови према ISOGG класификацији из 2019-2020 (најскоријој, после тога се нису ни бавили новим означавањем):

1. https://www.yfull.com/tree/E-L618/
2. https://www.yfull.com/tree/J-Y23162/
3. https://www.yfull.com/tree/E-L618/
4. https://www.yfull.com/tree/J-Z631/
5. https://www.yfull.com/tree/J-ZS4393/
6. https://www.yfull.com/tree/J-PH185/
7. овде је нека грешка, ова ознака не постоји у ISOGG стаблу
8. https://www.yfull.com/tree/E-Z22293/
9. https://www.yfull.com/tree/J-M319/
10. https://www.yfull.com/tree/G-Z27264/

[НиколаВук]

Овако би требало да изгледају снипови према ISOGG класификацији из 2019-2020 (најскоријој, после тога се нису ни бавили новим означавањем):

1. https://www.yfull.com/tree/E-L618/
2. https://www.yfull.com/tree/J-Y23162/
3. https://www.yfull.com/tree/E-L618/
4. https://www.yfull.com/tree/J-Z631/
5. https://www.yfull.com/tree/J-ZS4393/
6. https://www.yfull.com/tree/J-PH185/
7. овде је нека грешка, ова ознака не постоји у ISOGG стаблу
8. https://www.yfull.com/tree/E-Z22293/
9. https://www.yfull.com/tree/J-M319/
10. https://www.yfull.com/tree/G-Z27264/

Занимљивости које бих издвојио:

- двојица L618 који су вероватно и V13;
- један припадник J2b2-L283>Z631;
- један припадник J1-ZS4393, можда постоји веза са нашим родом Влаховића?;
- један припадник J2a-L70>PH185;
- припадник егзотичне суб-сахарске E-Z22293.

[Небојша]

Занимљивости које бих издвојио:

- двојица L618 који су вероватно и V13;
- један припадник J2b2-L283>Z631;
- један припадник J1-ZS4393, можда постоји веза са нашим родом Влаховића?;
- један припадник J2a-L70>PH185;
- припадник егзотичне суб-сахарске E-Z22293.

Овако велики број J2a подграна на острвима мора делом бити последица грчке колонизације. Углавном, многе ове гране су опстале до данас међу модерном популацијом западног Балкана.

[Radul]

Нови рад са древном ДНК:

Ancient DNA sequencing of individuals from Segesta, Sicily

Овај пројекат представља резултате великог, мулти-прокси истраживања средњовијековне Сицилије, кључног временског периода и локације за демографско формирање Европе. У овом истраживању поредимо генетске сродности и исхрану двије заједнице различитих вијера (муслиманске и хришћанске) сахрањене у сусједним гробљима на сицилијанском локалитету Сегеста од краја норманског периода до краја швапског периода (крај 12. до средине 13. вијека). Овај рад је дио ERC Advanced гранта "SICTRANSIT" који има за циљ да разумије утицај смјене режима на Сицилији током средњег вијка.

[Ивица Јовановић]

Што је најсмешније не очекујем неку драстичну разлику озмеђу њих   

[Radul]

Један апстракт рада који се очекује:
The Genetic Signature of Moza Through the lens of aDNA: Investigating Kinship, Migrations and Genetic continuity of Levantine early farmer

The Neolithic Revolution was a crucial period in human history. In par-ticular, The Pre-Pottery Neolithic (PPN) period in the Levant (ca. 11,800-7,800 BCE) witnessed the transition from a nomadic hunter-gatherer lifestyle to a sedentary agricultural way of life. This shifting in subsistence strategies has been coupled with migration waves that originated a mosaic of genetic interactions, leading to demographic fluctuations and active population growth.

Ancient DNA (aDNA) analyses have proven to be a powerful tool to investigate prehistory. However, due to the challenges concerning aDNA degradation in warm climates
 in the Levant, little is still known about the genetic makeup of Levantine Neolithic populations.

Moza is located in the central region of Israel. Occupied from the PPN to the Middle Iron Age (8600-500 BCE), excavations at the site uncovered a wealth of evidence, unearthing skeletal remains of at least 200 individuals. The well-preserved depositsнmake it an ideal case study for investigating the genetic makeup of early agricultural communities in the region.

Here, we report our aDNA analysis of Moza people. DNA was extracted from 30 selected individuals and converted into double-indexed, single-stranded DNA libraries.
Shallow shotgun sequencing and targeted enrichment for human mtDNA were used to evaluate ancient endogenous DNA in each library. All libraries containing aDNA were analyzed to infer about their biological sex and their genetic affinities to each other and to ancient individuals from the region. Overall, genetic data from Moza have the potential to shed new light onto the PPN society of the southern Levant.

Превод:

Неолитска револуција била је кључни период у историји човјечанства. Посебно је период пре керамичког неолита (ПКН) на Леванту (око 11.800-7.800 п.н.е.) свједочио о транзицији са номадског начина живота ловаца и сакупљача на сједелачки аграрни начин живота. Ова промјена у стратегијама преживљавања била је праћена миграционим таласима који су створили мозаик генетичких интеракција, што је довело до демографских флуктуација и активног раста популације.

Анализе древне ДНК (аДНК) су се показале као моћан алат за истраживање праисторије. Међутим, због изазова у вези са деградацијом аДНК у топој климк на Леванту, још увјек је мало познат левантско генетски састав неолитских популација.

Моза се налази у централном региону Израела. Насељена од периода ПКН до средњег гвозденог доба (8600-500 п.н.е.), ископавања на локалитету открила су обиље доказа, укључујући скелетне остатке најмање 200 појединаца. Добро очувани депозити чине је идеалним случајем за проучавање генетског састава раних аграрних заједница у региону.

Овде извештавамо о нашој аДНК анализи људи из Мозе. ДНК је извучена од 30 одабраних појединаца и конвертована у двоструко индексиране, једноструко ланчане ДНК библиотеке. Плитко шотган секвенцирање и циљано обогаћивање за људску мтДНК коришћени су да би се процијенила древна ендогена ДНК у свакој библиотеци. Све библиотеке које садрже аДНК анализиране су како би се утврдили биолошки пол и генетске сродности међу њима и са древним појединцима из региона. Свеукупно, генетски подаци из Мозе имају потенцијал да баце ново свјетло на друштво ПКН у јужном Леванту.

[Radul]

У најави: Palaeogenetic analyses on human ancient remains. The Etruscans from Felsina and surroundings: genomic evidence from the Po Valley during the Etruscan period

Апстракт, превод:

Током раног гвозденог доба (9-8. вијек п.н.е.), етрурска цивилизација је цвјетала у великом подручју централне Италије са локалним проширењима у сусједне регионе, као што су Кампања и Падска низија. Палеогеномски докази из преко 50 древних људских остатака који потичу из некропола повезаних са етрурским градом Фелсина (данашња Болоња) и датирају између 8. и 6. вијека п.н.е.(Халштатска фаза), омогућавају да се по први пут дефинише генетски профил етрурске заједнице у области Падске низије. Археолошки налази показују јасне доказе о опсежним контактима између Етрураца из Фелсине и група повезаних са Келтима од раног гвозденог доба па надаље. Нови геномски подаци помажу у истраживању динамике која лежи у основи односа између ове двије културно различите групе и у процјени биолошког утицаја на генетски састав Фелсине. Да би се даље истражила ова тачка, додатни узорци из Падске низије и датирани у период галске миграције (4-3. вијек п.н.е.,  Ла Тен фаза) су додати у скуп података. Иако већина етрурских узорака из Болоње има локални генетски профил, значајан и хетероген дио анализираних појединаца показује високу генетску сродност са древним популацијама централне и сјеверне Европе. Неочекивано, готово сви узорци који потичу из новијих некропола показују аутохтони сигнал. Радиокарбонско датирање открило је присуство неколико појединаца који припадају римском царском периоду, а који су генетски различити од претходних узорака из гвозденог доба, показујући повећану сродност са древним групама са Кавказа, и у једном случају, са подсахарском Африком.

[Кековац]

Још један занимљив рад у препринту:

North Pontic crossroads: Mobility in Ukraine from the Bronze Age to the early modern period

Изгледа да је пронађено још узорака E-V13 у степи. До душе, чини ми се да се ради о неким раним Дачанима/Трачанима, а не Азијатима.

[Zor]

Још један занимљив рад у препринту:

North Pontic crossroads: Mobility in Ukraine from the Bronze Age to the early modern period

Изгледа да је пронађено још узорака E-V13 у степи. До душе, чини ми се да се ради о неким раним Дачанима/Трачанима, а не Азијатима.

 Доста врло занимљивих резултата. Први узорци многих култура. Први Y-DNA Лужичке културе, очекивано R1a. Затим Висоцке културе. Још узорака Салтова, алански доминација R1b (досад су били микс по хг. па то још зачињава причу, мада могуће да су овдје неки и ближа фамилија као што је био случај с неким ранијим G2a узорцима), један и први булгарски R1a (мада има један већ објављени Y-DNA који се може приписати Салтово Булгарима). Први официјелно кумански (досад је био један Златне Хорде R-Y14051, ево код Ногаја иста хг. које има код њих), је ли се ипак ова хг умијешала у Кумане (јер сам увијек мислио да представља изворне Кумане обзиром на присуство код народа Кумандина, затим Кумана у Мађарској).. остаје да се види шта су ови узорци археолошки.

 Што се тиче узорака који се тичу E-V13:
 Очекивано, након женског узорка MJ12 са налазишта Картал Бабадаг културе, први мушки узорци ове културе са истог налазишта, и један изгледа E-V13, други је европска грана хг. C, која се данас на Балкану јавља само код Цинцара мислим. Очекивано јер је култура Бабадаг археолошки блиско повезана са бугарском Пшеничево гдје је E-V13 потпуно доминирао.

 Мало изненађујуће да је на подручју Биљск утврђења чак 3 E и један R1a, ово подручје се повезивало са Скитима Гелонима, за које легенда каже да су били грчког поријекла, мада археологија то не подржава, сугерирани су неки Кимерци, па и неке западније групе, мислим и трако-кимерске.
 R1a узорак је земљорадник, док су E узорци сви елита, један је високи ниво. Знам много о овој групи јер сам је истраживао, мислећи да можда имам поријекловне везе с њом (и мислим да је то и данас нешто реално посебно имајући у виду ове резултате). Имам преко 20 књига и чланака о Биљску, и сигуран сам да ћу наћи све што има о овим узорцима.

 Један из Миколајева, антички Грци заједно са R1a. Један Черњаховске културе код Харкова, што је мало изненађујуће, и ту би било занимљиво видјети детаље.

 Све у свему можда и најопсежнија студија Понтског подручја барем са становишта периода од жељезног доба па ближе садашњости.

[Radul]

Ancient genomes reveal Avar-Hungarian transformations in the 9-10th centuries CE in the Carpathian Basin
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.596386v1

Апстракт:

Током раног средњег вијека, Карпатски басен је свједочио значајним демографским промјенама, нарочито под доминацијом Авара која је трајала око 250 година, након чега је уследило насељавање раних Мађара у регион током касног 9. вијека нове ере. Ова студија представља генетичку анализу 296 древних узорака, укључујући 103 генома секвенцирана методом шотган секвенцирања, са подручја данашње западне Мађарске. Користећи мреже дијељења сегмената идентитета по поријеклу (IBD), истраживање пружа детаљан увид у популациону структуру и динамику региона, од 5. до 11. вијека нове ере, са одређеним микрорегионалним фокусом. Наши налази истичу опсежне процесе хомогенизације и реорганизације, дисконтинуитете између група имиграната у периоду Хуна, Авара и периода освајања, уз ширење и интеграцију предака повезаних са мађарским освајачима. Ово истраживање је међу пионирским напорима да се примјени IBD анализа на древну ДНК, нудећи нијансирано разумјевање популационе динамике између 8. и 11. вијека нове ере у Карпатском басену.

[Radul]

Evidence for dynastic succession among early Celtic elites in Central Europe
https://www.nature.com/articles/s41562-024-01888-7

Апстракт:
Рани гвоздено доба (800. до 450. године прије нове ере) у Француској, Њемачкој и Швајцарској, познат као „Западни Халштатски круг“, истиче се као период са најранијим доказима о надрегионалној организацији сјеверно од Алпа. Често називан „рани Келти“, што сугерише могуће везе са каснијим културним феноменима, његова друштвена и популациона структура остаје загонетна. Овде представљамо геномске и изотопске податке за 31 особу из овог контекста у јужној Њемачкој, датираних између 616. и 200. године прије нове ере. Идентификовали смо више биолошки повезаних група у распону од три елитне сахране удаљене чак 100 км једна од друге, што потврђује трансрегионалну индивидуалну мобилност на основу изотопских података. Ово укључује блиску биолошку везу између двије најбогатије гробнице Халштатске културе. Бајесовско моделовање указује на авункуларну везу између две особе, што може сугерисати праксу матрилинеарног династичког наслеђивања код раних келтских елита. Показујемо да је њихово поријекло широко распрострањено од Пиринеја до централне-источне Европе, са опадањем после касног гвозденог доба (450. године прије нове ере до око 50. године нове ере).