Г25 средњи век

[kocovic]

Да, нема засад неког погодног и лако употребљивог софтвера за IBD, а није ми познато ни да постоји нека онлајн база гдје би се старим узорцима могли упоређивати савремени узорци. Што је штета, јер мислим да би то помјерило ставри доста напријед.

Има Рајхова база за qpdAdm и чак и прошлогодиње истраживање Балкана из периода миграција постоји. Само треба да се комбинују фајлови у један, и наравно, ако неко жели свој SG да убаци мора да се позабави са plink2.

[Небојша]

A evo sa jednim starim kalkulatorom koji sam napravio, isto srednji vek:

Distance to:   IvicaJovanovic_scaled
0.03638264   Macedonia_Medieval
0.04195380   Bulgaria_Medieval
0.04716852   Croatia_Medieval_o
0.04859734   Serbia_Sirmium_Ottoman.SG
0.05247681   Hungary_Medieval.SG
0.06294453   Albania_Medieval
0.06428767   Croatia_Medieval
0.07095790   BosniaHerzegovina_Medieval
0.15657371   Turkey_Medieval
0.34352624   Romania_Medieval

Vlaškoj populaciji istoka Srbije je bliža srednjevekovna Makedonija od Srbije, Bugarske ili Rumunije. Svi koje sam provukao su dobili Macedonia_Medieval na prvom mestu, dok je ono ispod variralo.

0.03437034   Macedonia_Medieval
0.04029699   Serbia_Ottoman
0.04200642   Bulgaria_Medieval
0.04309932   Croatia_Medieval_o
0.04388937   Hungary_Medieval.SG
0.06497188   BosniaHerzegovina_Medieval
0.06866691   Croatia_Medieval
0.07028139   Albania_Medieval
0.16235599   Turkey_Medieval
0.34048976   Romania_Medieval

И мени је тај узорак најближи, верујем да ће тако бити и са осталима који одраде. Да ли је овај средњовековни Македонац, онај који је аутосомално 50-50 (који беше период)?

[kocovic]

0.03437034   Macedonia_Medieval
0.04029699   Serbia_Ottoman
0.04200642   Bulgaria_Medieval
0.04309932   Croatia_Medieval_o
0.04388937   Hungary_Medieval.SG
0.06497188   BosniaHerzegovina_Medieval
0.06866691   Croatia_Medieval
0.07028139   Albania_Medieval
0.16235599   Turkey_Medieval
0.34048976   Romania_Medieval

И мени је тај узорак најближи, верујем да ће тако бити и са осталима који одраде. Да ли је овај средњовековни Македонац, онај који је аутосомално 50-50 (који беше период)?

Мени је и даље Albania_Ottoman најближи узорак. То је жена из Битоља, из 9-11. века.

Чак ми је дања и од Бугарске из средњег века

Distance to:   kocovic_scaled
0.04548978   Macedonia_Medieval

Код: [Изабери]

Macedonia_Medieval,0.117238,0.131003,0.043369,0.010659,0.032006,-0.00251,0.011986,0.002308,0.003068,-0.00164,-0.005521,-0.003747,-0.005649,0.013074,-0.015201,-0.014187,-0.008736,0.009248,0.004399,-5.00E-04,0.003244,0.001978,0.007641,-0.006025,0.000479


[Душан]

Distance to:   Dušan_scaled
0.03134411   Macedonia_Medieval
0.03676971   Serbia_Ottoman
0.06195753   Bulgaria_Medieval
0.07367526   Albania_Ottoman
0.07908536   Bulgaria_Medieval_Bulgar
0.08441556   Albania_Medieval
0.14693581   Early_Ottoman_Turk


Target: Dušan_scaled
Distance: 2.2543% / 0.02254300
50.6   Serbia_Ottoman
38.0   Macedonia_Medieval
11.4   Albania_Medieval

[Душан]

[Небојша]

Distance to:   Dušan_scaled
0.03134411   Macedonia_Medieval
0.03676971   Serbia_Ottoman
0.06195753   Bulgaria_Medieval
0.07367526   Albania_Ottoman
0.07908536   Bulgaria_Medieval_Bulgar
0.08441556   Albania_Medieval
0.14693581   Early_Ottoman_Turk


Target: Dušan_scaled
Distance: 2.2543% / 0.02254300
50.6   Serbia_Ottoman
38.0   Macedonia_Medieval
11.4   Albania_Medieval

Тако сам и мислио. Срби ће такође добијати овај просек као први. Није типичан дакле само за Влахе Источне Србије, како написа Ивица.

[Душан]

Тако сам и мислио. Срби ће такође добијати овај просек као први. Није типичан дакле само за Влахе Источне Србије, како написа Ивица.

Да, тај би требало свима да нам је најближи.



Првих 5 које сам добио.

[MandM]

Distance to:   MandM
0.03294585   Bulgaria_Medieval
0.03761228   Macedonia_Medieval
0.04702591   Albania_Ottoman
0.04983604   Serbia_Ottoman
0.06315696   Albania_Medieval
0.07560165   Bulgaria_Medieval_Bulgar
0.13028763   Early_Ottoman_Turk

[НикПав]

Distance to:   Nikola_scaled
0.03517550   Macedonia_Medieval
0.05342711   Serbia_Ottoman
0.05516450   Bulgaria_Medieval
0.06218714   Albania_Ottoman
0.07011574   Albania_Medieval
0.08434254   Bulgaria_Medieval_Bulgar
0.14422931   Early_Ottoman_Turk

Target: Nikola_scaled
Distance: 2.8543% / 0.02854348
37.4   Serbia_Ottoman
33.6   Macedonia_Medieval
29.0   Albania_Medieval

[Deleted]

0.04256810   Bulgaria_Medieval
0.05073402   Albania_Ottoman
0.05131456   Macedonia_Medieval
0.05253751   Serbia_Ottoman
0.06729382   Albania_Medieval
0.09416960   Bulgaria_Medieval_Bulgar
0.14624510   Early_Ottoman_Turk


Distance: 2.3165% / 0.02316451
45.0   Serbia_Ottoman
40.8   Albania_Ottoman
14.2   Bulgaria_Medieval

[Deleted]

Dukljaa 
Bitola na 8 mestu

[НикПав]

За сада је ИБД анализа поприлично недоступна.
Колико сам видео сви користе исте алате: qpdAdm и plink2. Први да тестирају хипотезе, други за конверзију 23andMe или VCF фајла у shotgun (SG) формат. Са друге стране неке верзије plink2 су ми правиле проблем при конверзији, па сам ту сам стао.

Управо је IBD анализа онај нови сервис на DNA Genics, мада је проблем што немају скоро ништа из скорије прошлости, углавном су узорци из Неолита, ваљда временом буду додавали нове узорке.

[drajver]

Управо је IBD анализа онај нови сервис на DNA Genics, мада је проблем што немају скоро ништа из скорије прошлости, углавном су узорци из Неолита, ваљда временом буду додавали нове узорке.

Нешто слично одавно имају на Gedmatch-у, међутим са веома малим бројем узорака, а мислим да ту листу узорака за упоређивање нису обнављали годинама.

[drajver]

Оно што ми није сасвим јасно јесте да ли FTDNA своју аутосомалну кластеризацију базира на IBD сегментима или на PCA референтним популацијама? Судећи по Chromosome Painting опцији рекло би се да је у основи Family Finder кластера ипак IBD. Нисам то нешто посебно истраживао.

Оваква је нпр. ситуација код мене.



Ово би значило да ти аутосомални кластери са Family Finder имају неког IBD смисла, иако је и даље питање колико је то све прецизно.

Ово се додуше и даље односи на савремене кластере. Нешто слично оном што је присутно на MYHeritage.

[kocovic]

Управо је IBD анализа онај нови сервис на DNA Genics, мада је проблем што немају скоро ништа из скорије прошлости, углавном су узорци из Неолита, ваљда временом буду додавали нове узорке.

Гледао сам. Имам доста мало узорака. Из Европе 25, Азије 37. И то је све. И углавном су из мезолита, палеолита и неолита. Мислим да је један или два Монголија гвоздено доба и то је то. Бар код мене

[kocovic]

Оно што ми није сасвим јасно јесте да ли FTDNA своју аутосомалну кластеризацију базира на IBD сегментима или на PCA референтним популацијама? Судећи по Chromosome Painting опцији рекло би се да је у основи Family Finder кластера ипак IBD. Нисам то нешто посебно истраживао.

Оваква је нпр. ситуација код мене.



Ово би значило да ти аутосомални кластери са Family Finder имају неког IBD смисла, иако је и даље питање колико је то све прецизно.

Ово се додуше и даље односи на савремене кластере. Нешто слично оном што је присутно на MYHeritage.

Гледао сам и ово. Код мене је један родитељ малтене 100% јужна Европа док је други микс, углавном западне Европе и јужне, јер један хромозом у свим паровима је готово 100% јужна Европа, а други мешан. Источне Европе имам у траговима. Претпостављам да је отац јужњак, а мајка овај микс, јер то је оно што знам.

[Душан]

Гледао сам и ово. Код мене је један родитељ малтене 100% јужна Европа док је други микс, углавном западне Европе и јужне, јер један хромозом у свим паровима је готово 100% јужна Европа, а други мешан. Источне Европе имам у траговима. Претпостављам да је отац јужњак, а мајка овај микс, јер то је оно што знам.

На основу чега си закључио, који део си наследио од оца, а који од мајке?

Можеш ли и мој резултат тако да протумачиш?

[kocovic]

На основу чега си закључио, који део си наследио од оца, а који од мајке?

Можеш ли и мој резултат тако да протумачиш?

Колико ја знам, у сваком пару хромозома један хромозом добијеш од једног, други од другог родитеља. Има ту још неких генетски корака између тога, али нећу да улазим јер то није тема. Код мене изгледа овако


Као што видиш, од једног родитеља сам добио искључиво јужну Европу (горњи хромозом у сваком пару). Источна Европа и западна Европа која се нашла на његовим хромозомима је највероватније услед рекомбинације (заборавио сам стручан израз) када се мали делови хромозома једног од родитеља пређу на хромозом другог родитеља и обрнуто.

[drajver]

Мислим да су на MYHeritage најдаље отишли у овој IBD кластеризацији. Успјели су тамо издвојити чак и кластер крајишких Срба, али и муслимана из Босне.



Најбоље би било кад би убацили стару днк у њихову базу.

[Ивица Јовановић]

1800-1850. Није много помогло