Аутор Тема: Y-днк хаплогрупа J  (Прочитано 120793 пута)

Ван мреже Željko

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 252
  • I1 P109
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #200 послато: Јануар 02, 2016, 07:38:20 поподне »
Виђох ова два узорка са СНП-овима.





ДНК студија од прошле године..

Цитат
Pille Hallast et al: "The Y-chromosome tree bursts into leaf: 13,000 high-confidence SNPs covering the majority of known clades"

Цитат
For the population sample, a total of 380 individuals (later reduced to 378) were included in the design from 19 populations (20 males each) mostly from Europe and the Near East, but including one population each from Africa and East Asia. Samples from Greece, Serbia, Hungary, Germany [Bavaria], Spanish Basque country, central Spain, Netherlands [Frisia], Denmark, Norway, Finland [Saami], England [Heref... ...

Незнам дали се може сазнати нежто више, можда преко администратора ФТДНА хг Ј пројекта?
Можда већ имају ове податке.
СНП-ови су именовани.. треба да су сви из ове студије на YBrowse.org





На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #201 послато: Јануар 02, 2016, 07:42:12 поподне »
Виђох ова два узорка са СНП-овима.





ДНК студија од прошле године..

Незнам дали се може сазнати нежто више, можда преко администратора ФТДНА хг Ј пројекта?
Можда већ имају ове податке.
СНП-ови су именовани.. треба да су сви из ове студије на YBrowse.org

У овом раду се могу пронаћи ти хаплотипови: The Y-Chromosome Tree Bursts into Leaf: 13,000 High-Confidence SNPs Covering the Majority of Known Clades

У питању су припадници J2b2-M241.


Ван мреже Željko

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 252
  • I1 P109
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #202 послато: Јануар 02, 2016, 07:53:30 поподне »
У овом раду се могу пронаћи ти хаплотипови: The Y-Chromosome Tree Bursts into Leaf: 13,000 High-Confidence SNPs Covering the Majority of Known Clades

У питању су припадници J2b2-M241.
Тражио сам СНП-ове на Yfull али нема их на дрвету.
Ти си гледао по СТР маркерима?

На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #203 послато: Јануар 02, 2016, 08:23:50 поподне »
Тражио сам СНП-ове на Yfull али нема их на дрвету.
Ти си гледао по СТР маркерима?

Мислим да се у поменутом раду налазе и неки СНП-ови. А ту су и маркери.

Ван мреже Željko

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 252
  • I1 P109
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #204 послато: Јануар 03, 2016, 02:36:54 пре подне »
Мислим да се у поменутом раду налазе и неки СНП-ови. А ту су и маркери.
Видим сад, да се хаплогрупа наводи у једној табели заједно са СТР маркерима.

Цитат
ser-1   I1-M253
ser-2   E1b1ba2-V13
ser-3   T-L208
ser-4   I1-M253
ser-5   R1b1b2-S116
ser-6   I2a-P37.2
ser-7   R1b1b2-M269
ser-9   J2b2-M241
ser-12   I1-M253
ser-13   J2b2-M241
ser-16   I2a-P37.2
ser-19   R1a-M198
ser-20   I2a-P37.2
ser-21   I2a-P37.2
ser-23   I1-M253
ser-24   excluded
ser-26   E1b1ba2-V13
ser-27   R1a-M198
ser-28   I2a-P37.2
ser-30   I1-M253
А за оне СНП-ове на слици ваљало би тражити мјесто на Y- дрвету.
А могуће да је то већ провјерено тамо у "Ј- групи", ђе има најновија верзија Ј- стабла.
Сазнао сам да је управо из ове исте студије ових дана пронађен нови СНП/огранак на I2a Динарик стаблу.
(тако изгледа, барем за сада.. биће информација на теми: Y-днк хаплогрупа I2)

Ван мреже Bane

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 792
  • E-Z16988+BY99620+
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #205 послато: Јануар 14, 2016, 08:48:32 пре подне »
Dissecting the influence of Neolithic demic diffusion on Indian Y-chromosome pool through J2-M172 haplogroup: http://www.nature.com/articles/srep19157
STR haplotipovi se nalaze u Supplementary Table, sheet TableS4_J2_world_YSTR: http://www.nature.com/article-assets/npg/srep/2016/160112/srep19157/extref/srep19157-s1.xls


На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #206 послато: Јануар 15, 2016, 02:07:30 поподне »
Dissecting the influence of Neolithic demic diffusion on Indian Y-chromosome pool through J2-M172 haplogroup: http://www.nature.com/articles/srep19157
STR haplotipovi se nalaze u Supplementary Table, sheet TableS4_J2_world_YSTR: http://www.nature.com/article-assets/npg/srep/2016/160112/srep19157/extref/srep19157-s1.xls



Хвала на линку, Бане.

Поткрала се једна грешка, бар тако овде изгледа (када се погледа комплетна табела постаје јасније). Нема 3.5% Ј2б* (у највећем броју случајева М205) у БЈРМ, то су подаци за Македонске Грке (Ј2б*-3.5%; J2b2-1.8%)


Највећи проценат Ј2б М205 на Балкану, према овим подацима, је код Срба из Босне (3.70%), узорак 81

Занимљив је и овај податак:

Meena
, Indo-European, Tribe, India, Ј2б М205-5%, Ј2б М241-7%

Треба се осврнути и на релативно висок проценат Ј2а код Срба, 4% (103 узорак). У питању су разноврсни хаплотипови (више грана).                              

На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #207 послато: Јануар 16, 2016, 08:20:20 поподне »
У раду који је Бане поставио Dissecting the influence of Neolithic demic diffusion on Indian Y-chromosome pool through J2-M172 haplogroup, налазе се мапе (новије) за неке подгране хаплогрупе Ј.


Хаплогрупа J1 (M267)




Хаплогрупа J2a (M410)




Хаплогрупа J2b (M102)



Поново је приметна велика рупа Ј2б у Анадолији, док Ј2а ту бележи висок проценат.


Хаплогрупа J2b2 (M241)



Ј2б2 бележи стабилних +5% на простору јужног Балкана (Грчка, Албанија).


Хаплогрупа J2b1 (M205)



Мапа за хаплогрупу Ј2б1, иако прецизнија од претходне (једине до сада), није сасвим тачна.

Стара мапа:



Поново је, на основу истраживања за Фокеју и Сескло (3.2% и 1.8%), изведен висок проценат J2b1 у зап. Анадолији, Македонији и Тесалији, иако је узорак доста мали (31 и 57). У поменутом истраживању има података о М205 у Србији (2.9%, узорак 103) и Републици Српској (3.7%, узорак 81), али се из неког разлога нису нашли на мапи.

За РС ми је јасно, није тестиран СНП, иако су у питању M205 свакако, али за Србију је, исто као и за Фокеју, одрађено и СНП тестирање.

Овако се стиче утисак да је J2b1 јача код Грка, а заправо је обрнуто, тј. на простору западног Балкана (код Срба) иде и до 5%, док је код Грка (преко 1000 хаплотипова) испод 1%.

"Реално" стање на Балкану (на основу доступних истраживања)




Балкан + Кавказ + Индија




Извор:

Српски днк пројекат
FTDNA
Dissecting the influence of Neolithic demic diffusion on Indian Y-chromosome pool through J2-M172 haplogroup


У сваком случају, аутори су "уболи" једну ствар - највећи проценат ове хаплогрупе је управо на Балкану и на Кавказу (Јерменија).

На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #208 послато: Јануар 21, 2016, 07:47:56 поподне »
Хаплогрупа J2


На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #209 послато: Јануар 31, 2016, 07:49:19 поподне »
Заступљеност хаплогрупе J2b2-M241 на FTDNA


Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #210 послато: Фебруар 01, 2016, 06:43:27 поподне »

Еупедија о Ј1, а о подгранама више на:
http://www.eupedia.com/europe/Haplogroup_J1_Y-DNA.shtml
Икавац

На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #211 послато: Фебруар 11, 2016, 08:22:15 поподне »
Хаплогрупа J2b M205



Мапа се добро уклапа и у нека ранија истраживања на којима има Годијеља (Анталија, Фокеја...)

Занимљиво да бели круг обухвата и простор Крајине. Не знам шта им то значи у овом случају (или део без М205, или до 0.4%) 

На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #212 послато: Фебруар 23, 2016, 11:14:02 пре подне »
J2b1-M205, Западна и Источна Европа (без Балкана)



Далеко више припадника ове хаплогрупе налази се на западу Европе. Овај однос иде још више у корист "западњака" ако се узме у обзир да у неким крајевима има више тестираних, што се на мапи не може видети.

За балканске J2b1 је битно и то што су ти западни хаплотипови генерално ближи (Немци, Италијани, Французи, Швајцарци, итд.).

Раније је Синиша отворио могућност доласка једног дела М205 са R1b. Мислим ово да није немогуће, али само уколико је правац миграција R1b ишао морским путем, тј. из правца Леванта.

На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #213 послато: Фебруар 23, 2016, 11:23:23 пре подне »
Заборавих да напишем да је старост европских M205 око 4000 година.

Ван мреже Miloš Stojković

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 83
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #214 послато: Март 08, 2016, 12:04:39 поподне »
Заборавих да напишем да је старост европских M205 око 4000 година.

Nebojša zna li se kolika je starost čitave M205, znači ukupno gledano (od Indije do Atlantika)? Interesantno je da se pominje starost evropskih M205 od nekih 4000 god (pretpostavljam da to uključuje i nas Balkance) a ne tako davno evropska grana M205 se dovodila u vezu sa neolitskim stanovnišvom Evrope. Tačnije da je proces migracija M205 započeo u doba neolita. E sada tu ima jedna začkoljica oko koje bi bilo neophodno jedno malo istraživanje u pravcu starosti grupa. Najpre kako evropska R1b stoji u odnosu na evropsku M205, a još više kako grane M205 (evropske, anadolsko-jermenske, sirijske, indijske, itd.) stoje međusobno. Znači, po mom mišljenju mala je verovatnoća dolaska M205 u Evropu u doba neolita (naravno ne isključujem u potpunosti tu opciju) jer ova računica kaže da je starost 4000 god, što više nego jasno doseljavanje pomera u bronzano doba. Ili ja možda grešim pa je opet u pitanju "bottleneck" efekat?

На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #215 послато: Март 08, 2016, 12:28:21 поподне »
Nebojša zna li se kolika je starost čitave M205, znači ukupno gledano (od Indije do Atlantika)? Interesantno je da se pominje starost evropskih M205 od nekih 4000 god (pretpostavljam da to uključuje i nas Balkance) a ne tako davno evropska grana M205 se dovodila u vezu sa neolitskim stanovnišvom Evrope. Tačnije da je proces migracija M205 započeo u doba neolita. E sada tu ima jedna začkoljica oko koje bi bilo neophodno jedno malo istraživanje u pravcu starosti grupa. Najpre kako evropska R1b stoji u odnosu na evropsku M205, a još više kako grane M205 (evropske, anadolsko-jermenske, sirijske, indijske, itd.) stoje međusobno. Znači, po mom mišljenju mala je verovatnoća dolaska M205 u Evropu u doba neolita (naravno ne isključujem u potpunosti tu opciju) jer ova računica kaže da je starost 4000 god, što više nego jasno doseljavanje pomera u bronzano doba. Ili ja možda grešim pa je opet u pitanju "bottleneck" efekat?

Строст читаве групе је око 6000 година (на основу доступних хаплотипова). На основу Y-Full-a од 4100 до 6100 год., процена је 5100.

Судећи по Кљосову, старост европске гране Ј2б1 М205 је 5300 год.

Ово не чуди превише зато што је строст многих евроских грана око 5000 год, што се поклапа са доласком Индоевропљана (што наравно може да указује и на "bottleneck" ефекат).

Не знам како стоје R1b и J2b, али је евидентно да је ова хаплогрупа присутнија на западу, него на истоку Европе. Има је нпр. и по Јужној Америци (шпанске колоније), у Порторику, на Канарским острвима, Шпанији, на Ибици, на југу Италије, итд...

Видим да и аутори последњег рада за Кипар верују да је М205 неолитска, иако заиста нема превише доказа за то. Чак је повезују са J2a и Ga које су пронађене на неолитским налазиштима.

The pre-Greek influence is most plausibly encapsulated by the following G2a haplogroups: U5*, PF3147*, L91, L293, P303*, and CTS342. Notably, most of these lineages occur in Anatolian ancient DNA specimens over 8200 years old [53]. In addition, some J2a lineages such as M67, M319, and J2b-M205 may also have contributed to the pre-Greek strata.

Мислим да овакав закљуак изводе на основу нешто веће заступљености ове хг у Јужном Леванту и на Кипру. Ти крајеви заиста имају везе са неолитом.

https://en.wikipedia.org/wiki/Pre-Pottery_Neolithic

https://en.wikipedia.org/wiki/File:Map_of_fertile_crescent.svg

Both genetic data from the literature and Syria (Chiaroni J, unpublished results) show a frequency peak of J2b-M205 in the Southern Levant in which the frequency decreases northwards with latitude (Pearson’s R 2 = 0.282, p value = 0.011). The J2b-M205 distribution coincides with the Neolithic crop package dissemination found in common between the Levant and Cyprus

Превидели смо изгледа једну информацију која се односи на ову необјављену студију о Y-DNA у Сирији. Изгледа да је Ј2б1 М205 тамо присутна са 2.82%.


Треба сачекати тај рад који излази у априлу, а бави се управо источним неолитом. То може бити занимљиво за све G2a, E1b и J.

Ако се ни ту не појави нека Ј2b, мислим да једино што остаје као опција јесте долазак у Европу са R1b.





Ван мреже Miloš Stojković

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 83
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #216 послато: Март 08, 2016, 01:27:30 поподне »
Строст читаве групе је око 6000 година (на основу доступних хаплотипова). На основу Y-Full-a од 4100 до 6100 год., процена је 5100.

Судећи по Кљосову, старост европске гране Ј2б1 М205 је 5300 год.

Ово не чуди превише зато што је строст многих евроских грана око 5000 год, што се поклапа са доласком Индоевропљана (што наравно може да указује и на "bottleneck" ефекат).

Не знам како стоје R1b и J2b, али је евидентно да је ова хаплогрупа присутнија на западу, него на истоку Европе. Има је нпр. и по Јужној Америци (шпанске колоније), у Порторику, на Канарским острвима, Шпанији, на Ибици, на југу Италије, итд...

Видим да и аутори последњег рада за Кипар верују да је М205 неолитска, иако заиста нема превише доказа за то. Чак је повезују са J2a и Ga које су пронађене на неолитским налазиштима.

The pre-Greek influence is most plausibly encapsulated by the following G2a haplogroups: U5*, PF3147*, L91, L293, P303*, and CTS342. Notably, most of these lineages occur in Anatolian ancient DNA specimens over 8200 years old [53]. In addition, some J2a lineages such as M67, M319, and J2b-M205 may also have contributed to the pre-Greek strata.

Мислим да овакав закљуак изводе на основу нешто веће заступљености ове хг у Јужном Леванту и на Кипру. Ти крајеви заиста имају везе са неолитом.

https://en.wikipedia.org/wiki/Pre-Pottery_Neolithic

https://en.wikipedia.org/wiki/File:Map_of_fertile_crescent.svg

Both genetic data from the literature and Syria (Chiaroni J, unpublished results) show a frequency peak of J2b-M205 in the Southern Levant in which the frequency decreases northwards with latitude (Pearson’s R 2 = 0.282, p value = 0.011). The J2b-M205 distribution coincides with the Neolithic crop package dissemination found in common between the Levant and Cyprus

Превидели смо изгледа једну информацију која се односи на ову необјављену студију о Y-DNA у Сирији. Изгледа да је Ј2б1 М205 тамо присутна са 2.82%.


Треба сачекати тај рад који излази у априлу, а бави се управо источним неолитом. То може бити занимљиво за све G2a, E1b и J.

Ако се ни ту не појави нека Ј2b, мислим да једино што остаје као опција јесте долазак у Европу са R1b.

Hvala Nebojša. Nisam ja ni rekao da J2b M205 nije došla sa nekom od R1b. Ja samo tražim dokaze. Video sam taj Klosovljev rad pre izvesnog vremena, no po meni je mnogo važnije ako ima neka računica koja to pokazaje na osnovu dostupnih najnovijih uzoraka. Znači kada poredamo relevantne evropske M205 uzorke sa dovoljno markera koliku starost dobijamo? Druga stvar, nisam ja rekao da grupa ne može da se poveže sa neolitskim stanovništvom (mada kao što si i sam rekao još uvek nema opipljivih dokaza), ali je po meni mala verovatnoća da je prisutna u Zapadnoj Evropi, a i na Balkanu još od doba neolita. Verovatnija mi je upravo teza koju si izneo da je matica Levant ili pak Plodni polumesec pri čemu ja samo ozbiljno sumnjam u doseljavanje u Evropu pre bronzanog doba.

На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #217 послато: Март 08, 2016, 01:31:58 поподне »
Znači kada poredamo relevantne evropske M205 uzorke sa dovoljno markera koliku starost dobijamo?

Ја сам добио нешто више од 4000 год. Кљосов је рачунао такође само хаплотипове на 67 маркера (5-10 ком.) и добио је 5300 година.

На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #218 послато: Март 09, 2016, 07:46:06 поподне »
Распрострањеност хаплогрупе J2b (J2-M12)



Извор: The post-glacial peopling of the British Isles: can 'Celtic' and 'Anglo-Saxon' physical intrusions be defined and measured


Мапа је направљена на основу добро познатих Y-днк студија (Giacomo 2004, Semino 2004, Cruciani 2007, Oppenheimer 2007, итд.)

Одавно нисам видео лепшу, а чини ми се ни тачнију, мапу хаплогрупе J2b.

Појачано присуство на Балкану, у северној и централној Италији, на Кавказу, у Шпанији и ЈИ Француској, као и у Енглеској/Шкотској.


Може се рећи да се доста ствари поклапа са Bell Beaker простором:






Већ смо помињалу потенцијалну везу J2b и R1b. Издвојићу неке делове из ове студије, који тичу порекла и миграција хаплогрупе J2b (J2-M12).

"...In other words J2b-M12 originated and expanded locally from the Balkans to Italy, France and Iberia in south-western Europe during the Early Bronze Age."

"Seen in the context of a hypothetical secondary Indo-European language spread, this Late Chalcolithic Bronze Age expansion scenario could even be consistent with the anomalous finding of significant frequencies (1 %-8 %) of J2e-M12 among Indic (Indo-European) speaking populations of South Asia."

"The presence of J2e-M12 in Indic-speaking populations and in Central Asia, as well as Italy, Spain, Britain and Scandinavia could be consistent with a more general secondary Indo-European spread at that time, though the possibility this was a primary spread would be even more speculative."

"Analysis of Y-chromosomes that could have arrived in the British Isles from the southwest, during the Neolithic and onwards, reveals a limited choice of three main groups of lineages I2a, J2b-M12 and E1b, which are all found in the same distribution as the three putative western Celtic homelands as well as in the British Isles. While I2a appear to have expanded in the early European Neolithic, recent studies show that J2b-M12 and E1b both expanded from Albania in the Late Neolithic/Early Bronze Age."



На мрежи Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 10453
Одг: Y-днк хаплогрупа J
« Одговор #219 послато: Март 20, 2016, 07:53:39 поподне »
Распрострањеност хаплогрупе J2b M241- (Балкан). У највећем броју случајева реч је о подграни M205.



Извор:

​- Y-chromosomal evidence of the cultural diffusion of agriculture in southeast Europe
- High-Resolution Phylogenetic Analysis of Southeastern Europe Traces Major Episodes of Paternal Gene Flow Among Slavic Populations
- Y-Chromosome Diversity in Modern Bulgarians: New Clues about Their Ancestry

Битно је напоменути да се код Срба и Хрвата јавља само подграна M205, док код Грка и Бугара постоји и "обична" J2b. На југу и истоку Балкана је и већа разноврсност хаплогрупе J2b.

(J2b, разноврсност)



J2b (M241-)

Срби (Србија, узорак 113) - 4.4%
Срби (Република Српска, БиХ, 81) - 3.7%
Грци (Македонија, Грчка, 57) - 3.5%
Хрвати (Осијек, Хрватска, 29) - 3.4%
Македонци (БЈРМ, 84) - 2.4%
Хрвати (Хрватска, 89) - 2.2%
Грци (Атина, Грчка, 92) - 2.2%
Бугари (Ловеч, Бугарска, 62) - 1.6%
Бугари (Монтана, Бугарска, 80) - 1.3%
Муслимани (БиХ, 85) - 1.2%
Хрвати (БиХ, 90) - 1.1%
Хрвати (Херцеговина, БиХ, 141) - 0.7%
Бугари (Софија, Бугарска, 257) - 0.4%
Албанци (Албанија, 55) - 0%
Албанци (БЈРМ, 64) - 0%