Древна ДНК - научни радови

[Кековац]

Рад о Келтима сада коментаришемо је доспео и до популарних портала у нашој земљи https://www.blic.rs/slobodno-vreme/geneticka-analiza-kelta-iz-knezevskih-grobova-otkriva-njihovu-biolosku-povezanost/hq1dmnj.

Занимљиво је и објашњење појаве да сестрић наслеђује ујака које нуде аутори, иако не тврде да је доказано да је било тако. У друштвима где се често брак не поштује, него се "шврља", мушкарци нису сасвим сигурни да су синови њихови, али су сестрићи сигурно њихови блиски сродници, па их они наслеђују. А и наш народ воли да каже да ти је лако да будеш светац ако ти је ујак Бог.

[Radul]

The Genetic History of the South Caucasus from the Bronze to the Early Middle Ages: 5000 years of genetic continuity despite high mobility

Апстракт превод

Археолошке и археогенетичке студије су истакле кључну улогу Кавказа током праисторије, служећи као централно средиште за културне, технолошке и језичке иновације. Међутим, упркос својој динамичној историји, критично подручје између Великог и Малог Кавказа, које углавном одговара данашњој Грузији, добило је ограничену пажњу. Овде смо генерисали временски пресек древне ДНК који се састоји од 219 особа са подацима о целом геному са 47 локација у овом региону, допуњено са 97 нових радиокарбонских датума. Од раног бронзаног доба пре 5000 година до такозваног „периода миграција” који је уследио након пада Западног римског царства, документујемо углавном постојан локални генски фонд који је континуирано асимиловао мигранте из Анадолије/Леванта и популације суседне евроазијске степе. Конкретније, ове мешовите догађаје примећујемо већ у средњем бронзаном добу. Почевши од касне антике (крајем првог века нове ере), такође откривамо све већи број појединаца са више јужног порекла, чешће повезаних са урбаним центрима – обележјима ране христијанизације у источном делу Грузије. На крају, у раном средњем веку почевши од 400. године нове ере, уочавамо генетске изоловане појединце са пореклом из централне евроазијске степе, са вештачким кранијалним деформацијама (АКД) у неколико случајева. Истовремено, откривамо да многи појединци са АКД потичу од домородачких група јужног Кавказа, што указује на то да је локално становништво вероватно усвојило ову културну праксу.

[Radul]

Uncovering the Past: DNA Analysis of Skeletal Remains from the Medieval Bosnian City of Bobovac

Апстракт:
Бројни археолошки локалитети у Босни и Херцеговини представљају историјско наслеђе и свједоче о богатом културном, друштвеном и политичком животу средњовјековне Босне. Бобовац, престоница Босанског краљевства након крунисања краља Твртка I 1377. године, обухватао је краљевски комплекс са палатама, црквом и утврђењем. Недавна молекуларно-генетичка истраживања скелетних остатака из Бобовца имају за циљ да открију обичаје и генетичко поријекло средњовијековних предака. Петнаест добро очуваних узорака зуба из Бобовца је обрађено. За амплификацију STR коришћени су PowerPlex® Fusion и Investigator® 24plex QS комплети, а Y-STR профили су генерисани помоћу PowerPlex® Y23 система. Добили смо четрнаест делимичних аутозомних STR профила, што је омогућило одређивање пола и анализу сродства. Успех амплификације STR варирао је због деградације древне ДНК, при чему су већи локуси показали ниже стопе амплификације. Анализа сродства потврдила је адекватан избор маркера, демонстрирајући високу поузданост у одређивању блиских односа. Интеграција анализе древне ДНК са археолошким истраживањима унапређује наше разумјевање историјских популација, повезујући археологију и форензичку генетику како би допринjела широј нарацији људске историје

Y-STR

Код 10 мушких појединаца, анализа Y-STR локуса је била успјешна у пет узорака, што је било довољно за предвиђање Y хаплогрупе. Откривене хаплогрупе су биле I2a у три узорка и R1a у два узорка.

[Ивица Јовановић]

Да ли пише чији су остаци тестирани?

[Radul]

На овом археолошком налазишту, сродство је утврђено за двије од 14 особа. Иако су узорци потицали са двије различите локације у оквиру истог налазишта — које су се разликовале због специфичних историјских контекста (чланови краљевске породице били су сахрањени у погребним капелама) — извршена је компаративна анализа узорака са обје локације. Компаративна анализа узорака A11-03-17 и A13-03-17 показала је подударање алелних варијанти на 10 од 21 анализираног локуса. Статистичка анализа сугерише да ови узорци вјероватно потичу од особа које су или браћа или сестре (брат и сестра) са вероватноћом од 99.98101% (LR 5267), како је приказано у Табели 1. Због неуспјеле амплификације амелогенина у узорку A11-03-17, остаје неизвјесно да ли је сродство између две сестре, брата и сестре или два брата. У поређењу узорака A5-03-17 и A4-07-19, заједничке алелне варијанте идентификоване су на девет од 21 анализираног локуса. Статистичка анализа указује да се не може искључити могућност братско/сестринског односа, јер је LR показао граничну вриједност од 10 (Табела 2).

Стр. 5

[Exiled]

Овде би било јако занимљиво открити везу између I2a i R1a узорака. Ако од раније имамо потврђену хг Котроманића онда би ови други могли бити веза по ујчевини или по сестринству. Ово је наравно чисто нагађање али можда може да наслути хг Немањића и не заборавити Арпаде никако. Оно где остаје жал,а код мене лично,и сумњу је недостатак низводнијих грана.Додуше за то треба дубљи тест али кад могу Мађари могла би и БиХ да то изгура.

[Црна Гуја]

Додуше за то треба дубљи тест али кад могу Мађари могла би и БиХ да то изгура.

Мађари су у самом светском врху када је у упитању археогенетика, не могу ови хохштаплери са њима ни у исту реченицу. Оваква бедастоћа од "научног рада" може се пронаћи само у овом опскурном босанском "генетичком" магазину.

[ЛукаОБ]

Одакле уопште претпоставка на хг Котроманића? Мене више брине што нам кости цара леже у цркви Светог Марка а о покушају анализе ни говора. Каква нам је држава БиХ добро да то кретени нису багером раскопали као што се десило у скорије вријеме са стећцима код Фоче, тако да оваква днк анализа је и добра.

[Exiled]

Мађари су у самом светском врху када је у упитању археогенетика, не могу ови хохштаплери са њима ни у исту реченицу. Оваква бедастоћа од "научног рада" може се пронаћи само у овом опскурном босанском "генетичком" магазину.

Ми ћемо бити репер како научне инситуције треба да се понашају.😊

[Exiled]

Одакле уопште претпоставка на хг Котроманића? Мене више брине што нам кости цара леже у цркви Светог Марка а о покушају анализе ни говора. Каква нам је држава БиХ добро да то кретени нису багером раскопали као што се десило у скорије вријеме са стећцима код Фоче, тако да оваква днк анализа је и добра.

Било је на форуму речи око хг Котроманића,ако сам нешто погрешно разумио онда се извињавам. Било је речи и о моштима...него да не гусламо исту причу наново.😊

[Radul]

Y-HAPLOGROUP ANALYSIS OF MEDIEVAL BOSNIAN POPULATION:  DISCOVERIES FROM ARCHAEOLOGICAL REMAINS

Апстракт:
Археолошка налазишта у савременој Босни и Херцеговини пружају доказе о континуираном животу током средњег вијека. Ова студија имала је за циљ да утврди Y-хаплотипове предвиди Y-хаплогрупе и процјени њихове фреквенције у узорку средњовјековне босанске популације. Узорци ДНК су прикупљени од 42 мушка остатка са 12 археолошких налазишта која датирају из средњовјековне Босне. Екстракција ДНК је извршена помоћу фенол-хлороформ екстракције из костију и зуба, након чега је спроведена анализа Y-STR користећи PowerPlex® Y23 систем. Y-хаплогрупе су предвиђене коришћењем софтвера доступног на интернету. Статистичка анализа је спроведена коришћењем хи-квадрат теста са нивоом значајности p<0,05. Најчешће детектоване хаплогрупе биле су I2a, R1a, R1b и J2a. Преовлађујућа хаплогрупа како у средњовјековној босанској, тако и у савременој босанскохерцеговачкој популацији била је I2a. Међутим, европска хаплогрупа Е1b1b, присутна у 10% савремене популације, није била присутна у средњовјековним узорцима. Ова разлика може се приписати факторима као што су ограничени број успјешно амплификованих Y-STR профила, мали узорак и стохастички ефекти. Два тест (хи квадрат) није показао значајне разлике у фреквенцијама хаплогрупа између средњовјековне и савремене популације. На основу добијених Y-хаплотипова, Y-хаплогрупе по први пут су откривене и утврђена је њихова фреквенција у узорку средњовјековне босанске популације.

[Radul]

Capturing the fusion of two ancestries and kinship structures in Merovingian Flanders

Апстракт превод

Меровиншки период (5. до 8. вијека н.е.) био је вријеме демографског, социоекономског, културног и политичког преусмјеравања у западној Европи. Овде представљамо податке о секвенцирању цијелог генома 30 људских скелетних остатака са приморског касномеровиншког локалитета Коксијде (675. до 750. н.е.), заједно са 18 остатака са два рано до касносредњовејковна локалитета у данашњој Фландрији, Белгија. Пронашли смо двије различите предачке групе, једну заједничку са раносредњовијековном Енглеском и Холандијом, док друга, мања компонента, вјероватно одражава континентално галско порекло. Анализе сродства нису идентификовале велике породичне лозе карактеристичне за сахране елите, већ су откриле висок степен удаљених односа међу појединцима из главне предачке групе. Насупрот томе, појединци са више од 90% галског порекла нису имали сродничке везе међу испитаним појединцима. Докази о структури популације и велике разлике у обиму галског порекла у главној групи, укључујући мајку и ћерку, сугеришу да је у време њихове сахране у заједници било присутно континуирано мијешање. Комбиновани изотопски и генетички докази подржавају модел по којем су сахране представљале утврђену приморску неелитну заједницу која је укључивала мигранте из унутрашњих популација. Главна група сахрана у Коксијдеу показује обиље дугих (>5 cM) заједничких алелних интервала са оближњим високосредњовијековним локалитетом, што имплицира дугорочни континуитет и сугерише да су, слично Британији, помаци у раносредњовијековном поријеклу оставили значајан и дуготрајан утицај на генетички састав фламанске популације. Пронашли смо значајне разлике у учесталости алела између двије предачке групе у варијантама повезаним са пигментацијом и исхраном, укључујући оне повезане са упорношћу лактазе, што вјероватно одражава промјену поријекла, а не локалну адаптацију.

[Radul]

Фландрија у раном средњем вијеку, Y-DNA: R1b-61%, I1-25%, E-11%, R1-3%.

[Radul]

Female lineages and changing kinship patterns in Neolithic Çatalhöyük

Апстракт превод

Аргументи одавно сугеришу да је настанак раног пољопривредног друштва на Блиском Истоку и у Анадолији био повезан са култом „Богиње Мајке“. Међутим, докази за доминантну улогу жена у овим друштвима су оскудни. Проучавали смо друштвену организацију, обрасце мобилности и родно специфичне праксе у неолитској југозападној Азији користећи 131 палеогеном са источној хумке Чаталхујук (7100-5950 п.н.е.), великог насеља у централној Анадолији са непрекидним насељавањем и наизглед егалитарном структуром. Насупрот распрострањеним генетским доказима за патрилокалност у неолитској Европи, код појединаца из Чаталхојука нисмо пронашли индикације патрилокалне мобилности. Анализирајући генетске сродничке везе међу појединцима сахрањеним у истој кући (ко-сахране) у 35 зграда Чаталхојука, идентификовали смо блиске везе концентрисане унутар зграда и међу суседима у раном периоду Чаталхојука, слично онима у претходном пре-керамичком неолиту у југозападној Азији. Овај образац је ослабио током времена: до касног 7. миленијума п.н.е, малољетници сахрањени у истој згради ријетко су били блиско генетски повезани, иако су имали сличну исхрану. Ипак, током цијелог периода насељавања, генетске везе унутар зграда Чаталхојука биле су много чешће повезане преко мајчине линије него преко очеве. Такође смо идентификовали различит третман при сахрањивању женских малољетних лица у односу на мушке, са већом учесталошћу гробних прилога повезаних са женама. Наши резултати откривају како су се сродничке праксе мијењале, док су кључне женске улоге опстајале преко хиљаду година у великој неолитској заједници у западној Евроазији.

Y-DNA:

C-FT59486
C-Y83490
G-PF3148
J-M410
T-FGC37316
H-Y19966
T-FGC37316
T-FGC37316
G-PF3148
C-Y83490
H-Z19072
G-P287
J-Z27766
C-FT59486
G-PF3148
G-PF3148
C-Y83490
C-Y83490
J-Z6055
C-Y83490
J-Z6050
T-L208
C-V20
J-Z6050
H-Y19966
H-Y19966
C-Y83490
J-M410
G-PF3148
J-Z27766
J-PF4610
H-Y19966
T-L131
J-Z6055
T-L131
H-P96
T-L206
G-Y238
G-PF3148
C-Y83490
J-M410
C-V86
C-Y83490
H-Y19962
G-PF3148
J-M410
H-Y19966
C-Y83490
C-V86
T-FGC37316
H-Z19072
T-FGC37316

[Radul]

Чаталхојук Mt-DNA:

U3b2
K1a4
U3b2
U3b2
U3b2
X2b
T2e+152C!
U3b
T2+16189!
U3b2
T2
N1a1a1b
T
U3b2
T2e
X2b
X2b
X2b
X2b
K1a4
HV+16311!
K1a+195T!
U3b2
N1a1a1b
N1a1a1b
N1a1a1b
N1a1a1b
N1a1
N1a1a1b
N1a1a1b
T1a+152C!
K1a7
T2
T2c1+146T!
T2c
K1
K1a4
H
K1a4
H
T2e
N1a1a1b
T2b
U8b1a2+16311T!
K1a12a
K1a12a
HV+16311!
HV+16311!
J2b1a+16311
HV+16311!
T2e
K1a
X2e
U2e1
U8c
K1b1
I5a
U3b
K1a17
U3
U3
K1a18
K1a18
J1c
N1a1a
T2
H27d
K1a4
K1a4
K1a18
K1a18
K1a
H
H
T2+16189!
X2e
J1c
N1a1a1
K1a
X2e
J1c
K1a7
T
U8b
T2
T2
X2b
H
N1b1a2
H
T2+16189!
U3b2
H4a1
U5b2
X2b4
H
X2+225
W1c
H
H
K1a
J1c
K1a17
T2e+152C!
T2+16189!
H
T2+16189!
J2b1a+16311T!
H
H
U3b2
K1a12
J1
K1a4
J2b1
K1a4
X2b
T2e
U3b

[Кековац]

Проверио сам I2-S21825 узорке Волосовске културе, и сви припадају грани https://www.yfull.com/tree/I-FT344596/, дакле врло су филогенетички удаљени од гране L233 која је била доминантна међу узорцима Тшињецке културе. Волосовска култура свакако није никад ни била озбиљан кандидат за специфичну WHG компоненту међу Словенима (тзв. Балто-Словенски дрифт) због приличне географске удаљености у односу на прапостојбину Словена, а и због тога што су поседовали велики удео EHG аутосомалне компоненте (источноевропски ловци-сакупљачи). Пре неколико месеци је један корисник на сада угашеној Антрогеници поставио мапу субнеолитичких култура које обухватају простор Балтика, Белорусије, источне Пољске и северне Украјине, и баш је за једну од њих нагласио да је по његовом мишљењу најбољи кандидат за ту специфичну WHG популацију. Не могу тренутно да се сетим имена, али покушаћу да пронађем мапу јер мислим да сам је сачувао негде на лап-топу. Оно што је занимљиво је да су најстарији узорак који припада грани L233 (Spiginas1 4442-4243 п.н.е.) и најстарији узорак који поседује балто-словенски дрифт (Spiginas2 2132-1749 п.н.е.) пронађени на истом налазишту у Литванији, па мислим да свакако ту мистериозну WHG популацију треба тражити управо на горенаведеном подручју Балтик-Белорусија-северна Украјина.

У недавно објављеном раду о етногенези Германа, који смо већ коментарисали овде, су између осталог анализиране везе узорака Spiginas1 и Spiginas2 са другим археогенетским узорцима на основу дељених IBD уломака. Узорак Spiginas2 припада Corded Ware кластеру, док узорак Spiginas1 припада WHG кластеру, при чему су му најближи сродници узорци из 0_5_1_2_1_1_2800+ кластера: Donkalnis6 такође из Литваније, PL_N22 из Ленгјел културе из Пољске, GB из Коцофени културе из Румуније и BR1 из Мако културе из Мађарске. Пошто знамо да је у Румунији хаплогрупа I-L621 била прилично разграната у раном бронзаном добу, уз ову аутозомалну везу можемо наслутити још једну могућност за објашњење појаве хаплогрупе I-Y3120 међу Словенима. Општији кластер 0_5_1_2 изгледа да потиче од мезолитских ловаца-сакупљача из Лепенског Вира.

[drajver]

Нови препринт, анадолски неолит, 30 нових древних узорака

Out-of-Anatolia: cultural and genetic interactions during the Neolithic expansion in the Aegean
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.23.599747v1.supplementary-material

Од хаплогрупа, колико видим, јављају се J2a, G2a, H2, H1, C1a

[Radul]

Medieval Super-Grandfather founder of Western Kazakh Clans from Haplogroup C2a1a2-M48

Апстракт:

Западни Казахстан насељавају три клана са укупно 2 милиона људи. Пошто су кланови патрилинеарни, Y-хромозом је најинформативнији генетски систем за праћење њиховог поријекла. Типизирали смо 40 Y-SNP и 17 Y-STR маркера код 330 западних Казаха. Висока филогенетска резолуција унутар хаплогрупе C2a1a2-M48 постигнута је коришћењем додатних SNP-ова. Три линије доказа указују да кланови Алимули и Бајули (али не и клан Жетиру) имају заједничког оснивача, чије је вријеме живљења према STR подацима 700 ± 200 година уназад, а према подацима секвенцирања 500 ± 200 година уназад. Ово подржава традиционалне генеалошке тврдње о поријеклу ових кланова од емира Алау, који је живео прије 650 година и чије порекло можда носи двије трећине западних Казаха. Постоји акумулација специфичних хаплогрупа у подклановима који представљају друге лозе, што потврђује да се кланска структура поклапа са патерналном генетском структуром становништва степе.

Баш занимљив рад

[Radul]

Нови рад са древном ДНК:

Ancient DNA sequencing of individuals from Segesta, Sicily

Овај пројекат представља резултате великог, мулти-прокси истраживања средњовијековне Сицилије, кључног временског периода и локације за демографско формирање Европе. У овом истраживању поредимо генетске сродности и исхрану двије заједнице различитих вијера (муслиманске и хришћанске) сахрањене у сусједним гробљима на сицилијанском локалитету Сегеста од краја норманског периода до краја швапског периода (крај 12. до средине 13. вијека). Овај рад је дио ERC Advanced гранта "SICTRANSIT" који има за циљ да разумије утицај смјене режима на Сицилији током средњег вијка.

Из додатка рада:

За пет појединаца сахрањених на муслиманском гробљу који имају довољно података за закључивање Y-хромозомских хаплотипова, примјећујемо хаплогрупе повезане са сјеверном Африком (E1b-M81 и E1b-M310.1) [53,54], источним Медитераном (J2b-M241) и западном Евроазијом (T1a-M70). На хришћанском гробљу, углавном се примјећују хаплотипови повезани са Европом: грана R1b-M269 [55] (4 од 9 појединаца) и типичне балканске/источно-медитеранске хаплогрупе као што су E1b-V13 [56], J2a-M410 [57] и E1b-M78. Важно је напоменути да се потоња хаплогрупа може повезати са експанзијом људи са Балкана у западни дио Европе [53], међутим, такође се налази у модерној сјеверној и источној Африци до Европе и западне Азије [56]. - стр. 6и7

Рад ће бити доступан на линку

[Ojler]

The most ancient human genome yet has been sequenced—and it’s a Denisovan’s
200,000-year-old DNA from Siberian cave shows our elusive, extinct cousins mated repeatedly with Neanderthals