R1b-Z2103>BY611>Z2705

[UrosevicD]

Evo kako su mi odgovorili iz Y-full-a:


Hello Dejan Urošević.

For sample YF108975, all analyzed SNPs in subclades below R-Y32147 are
negative. The exception is SNP FT166340, for which there is no coverage,
preventing the allelic state from being determined—it could be either
positive or negative.
The estimated time to the most common ancestor with sample YF100942 is
currently 1,400 years (95% confidence interval: 100–1,800 years ago).

Best regards, Tatiana
YFull Team

Уколико мислите на резултат који се појављује у блоку 1 на овом примеру са слике, ту обично нема реда "Hg variants" који помињете и први пут чујем за тако нешто. Код резултата у које имам увид (укупно 4) га нема и нисам сигуран шта би могао да значи. Могу једино да претпоставим да вам можда вредност за SNP FT166340 из неког разлога није очитана, а на све млађе гране испод њега сте негативни, па остављају могућност да сте R-FT166340*. Са STR то не би смело да има везе. Све остало је јасно. Дакле за сада сте извесно R-Y32147*, а евентуално R-FT166340*, али не и грана испод FT166340.

Трећи ред "Terminal SNPs" који помињете су SNP-ови који дефинишу грану R-Y32147 и на њих сте позитивни.

Пишите YFull-у да вам појасне ово у вези "Hg variants" уколико неко други не зна о чему је реч. Одговориће вам сигурно. Ако се деси да се ради о овоме што сам претпоставио, можете за неких 20 евра номиновати и засебно тестирати тај SNP код YSEQ. Пошто сте код њих већ радили WGS тест, они ваш ДНК узорак већ имају.

[Ojler]

Evo kako su mi odgovorili iz Y-full-a:


Hello Dejan Urošević.

For sample YF108975, all analyzed SNPs in subclades below R-Y32147 are
negative. The exception is SNP FT166340, for which there is no coverage,
preventing the allelic state from being determined—it could be either
positive or negative.
The estimated time to the most common ancestor with sample YF100942 is
currently 1,400 years (95% confidence interval: 100–1,800 years ago).

Best regards, Tatiana
YFull Team

То је оно што смо и претпоставили, да није утврђен алел на FT166340. Ако желиш да га провераваш преостаје ти оно што сам навео, номиновање SNP-а и његова провера код YSEQ-а. Није да би ти то било неко епохално сазнање, али ето, знао би да ли си на стаблу једна грана ниже.

[UrosevicD]

Hvala! Jasno - oni bi to mogli da urade naknadnim testiranjem - uprkos tome što su to već jednom radili?

[Ojler]

Hvala! Jasno - oni bi to mogli da urade naknadnim testiranjem - uprkos tome što su to već jednom radili?

Нису то радили. Радио си WGS тест. Сада би гађали тај један појединачни SNP који из неког разлога није очитан, да га провере.

[UrosevicD]

Jasno - hvala još jednom!

[Ojler]

Jasno - hvala još jednom!

Нема на чему. Само да не буде забуне: тиме не би могао да помериш свој резултат на YFull стаблу. Они признају само своје анализе. Сазнање о припадности млађој грани остало би теби, а и нама ако би нам јавио .

[UrosevicD]

jasno

[UrosevicD]

Čekaj, a ako yseq posalje yfullu tu promenu, uz moju sugestiju za to? A javiću naravno.

[Ojler]

Čekaj, a ako yseq posalje yfullu tu promenu, uz moju sugestiju za to? A javiću naravno.

Ne, mislim da ne vredi. Možeš ih pitati naravno.

[UrosevicD]

Zanimljiv odgovor iz yseq-a:

Dear Dejan,

I'm sorry FT166340 isn't covered in your WGS and we cannot run it as
single SNP due to its position on the Y chromosome.

Best regards,

Astrid
_________
Sada sumnjam u kvalitet kompletne njihove analize u ovom mom slučaju....

[UrosevicD]

Imam jedno opšte pitanje: kada se
radi testiranje kod nas na Biološkom fakultetu
na manjem broju markera  (ako se dobro
sećam njih 25), da li se proveravaju SNP ili
STR markeri?

Hvala unapred na odgovoru!
Dejan

[Драган Обреновић]

Очитавају се само STR маркери (Биолопшки факултет користи QIAGEN Investigator Argus Y-28 QS Kit).

Тест очитава и неколико маркера који се користе у форензици, али нису део стандардног генеалошког панела од 111 маркера на којима почива база СДНКП, тако да се ефективно добије 25 маркера.

На основу вредности STR маркера, уредници СДНКП уз помоћ НЕВГЕН-а, поклапања са другим резултатима, карактеристичних вредности маркера и разним другим искуственим техникама затим предвиђају припадност хаплогрупи на разумно поузданом нивоу (на најнижем нивоу до кога се поуздано може спустити). Свакако, код предвиђања подгране на основу STR маркера, увек постоји нека мала вероватноћа да је та најмлађа предвиђена грана промашена, али кровна хаплогрупа на сертификату је прилично сигурна (практично 100,00%).

Ко жели да сазна којој најмлађој/терминалној подграни припада или да се сврста на филогенетско стабло и формира нове подгране, мора свакако да урадити неки озбиљнији тест (WGS, Big Y-700).

[UrosevicD]

Хвала!

И мислио сам да су у питању СТР маркери, али нисам био сигуран.

Дејан