Одређивање филогенетског стабла

[rajo]

Има ли неко да препоручи програм/мрежну страницу која ми може, на основу СТР маркера неколико појединаца из истог рода, нацртати процењено филогенетско стабло? Како нисам баш у материји вероватноће мутација и слично, неки који већ "зна" вероватноће, а не да ја лупам вредности.

Знам за овај, али бих покушао са још неким

https://www.jdvsite.com/

Унапред хвала!

[Драган Обреновић]

Има ли неко да препоручи програм/мрежну страницу која ми може, на основу СТР маркера неколико појединаца из истог рода, нацртати процењено филогенетско стабло? Како нисам баш у материји вероватноће мутација и слично, неки који већ "зна" вероватноће, а не да ја лупам вредности.

Знам за овај, али бих покушао са још неким

https://www.jdvsite.com/

Унапред хвала!

Дејв Ванс, аутор SAPP сервиса/сајта који сте навели, недавно је именован за новог генералног директора компаније FamilyTreeDNA.

Ја не знам за други сервис осим SAPP-a који може само на основу STR маркера да покуша да конструише филогенетско стабло. Због склоности маркера мутацијиама у оба смера, на основу сличности маркера (генетичке дистанце) можемо са мањом или већом вероватноћом закључити да две или више особа потичу од истог заједничког претка у догледној прошлости, што уосталом раде и уредници Српског ДНК пројекта. Међутим, веродостојна (ре)конструкција филогенетског стабла, односно његовог гранања, могућа је само на основу SNP-ова на Y хромозому. Дејв Ванс је методологију на основу кога је развио сервис SAPP детаљно описао овде:

https://www.academia.edu/38515225/Y-DNA_Phylogeny_Reconstruction_using_likelihood-weighted_phenetic_and_cladistic_data_-_the_SAPP_Program

Обратити пажњу на ове наводе:

Results of the test case runs conformed closely to expectations. Data aggregated from all sources improve accuracy, and more data improve accuracy further. Y12 levels of Y-STR data alone were insufficient to replicate the actual phylogeny with any meaningful accuracy, while Y37 Y-STR data alone achieved better but still highly variable accuracy. Y67 Y-STR data alone achieved 70-80% accuracy, and Y111 data alone achieved 85-90% accuracy.

Дакле, конструисање стабла на основу (дужих) хаплотипова бих пре назвао интересантним експериментом, него нечим у шта би се требало иоле поуздати. Нарочито је неупотребљиво за кратке хаплотипове (23 или 25 маркера), обзиром да ни 37 маркера не даје употребљиве резултате.

[rajo]

Захваљујем на одговору. мени SAPP солидно "ради" на хаплотиповима од 111 маркера. имам их 7-8 "у бази". Надао сам се да могу да потврдим још негде, где се користе друге (реалније?) вероватноће.

Сигурно је писано другде, али да питам и овде - колико је корисно коришћење SNPова за блиска сродства, хоће ли бити разлике између оца и сина рецимо?

[Драган Обреновић]

Захваљујем на одговору. мени SAPP солидно "ради" на хаплотиповима од 111 маркера. имам их 7-8 "у бази". Надао сам се да могу да потврдим још негде, где се користе друге (реалније?) вероватноће.

Сигурно је писано другде, али да питам и овде - колико је корисно коришћење SNPова за блиска сродства, хоће ли бити разлике између оца и сина рецимо?

Па захваљујући околности да се повремено код неког сина појаве мутације које не постоје код оца, ми и имамо ову нашу "помоћну научну дисциплину" односно генетичку генеалогију.

Међутим, да ли ће увек код директног потомка (сина) да се појави нови SNP или разлика у вредностима STR маркера - неће. Може се појавити тек у другој, трећој, четвртој... генерацији потомака у односу на посматрану мушку особу.

Ево, ја сам рецимо тестирао свог оца, себе и сина и ето код нас је ситуација таква да ни ја, ни мој син, немамо SNP новеле у односу на мог оца. То не значи да се у неком другом случају SNP новели можда не би појавили у свакој следећој генерацији.

У суштини, SNP је феномен који се дешава на сперматозоиду (приликом вишемилионске ћелијске деобе репродуктивних ћелија, код неког процента деси се случајна грешка у "копирању"). Ако први "стигне до циља" сперматозоид који носи мутацију на Y хромозому, мушки потомак ће у свакој својој ћелили носити Y хромозом управо са том мутацијом и пренети је даље на све своје мушке потомке.  А ако се деси да се први пробио сперматозоид са "беспкрекорно ископираним" Y хромозомом, неће бити никакве разлике између оца и сина.

Тестови Y хромозома су "далекометна артиљерија". Могу да одреде колико је блиско или далеко сродство по директној мушкој предачкој линији, али не и да "нацртају гранање родословног стабла" из генерације у генерацију.