Аутор Тема: Научни радови о генетици савремених популација  (Прочитано 1545 пута)

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1880
Научни радови о генетици савремених популација
« послато: октобар 19, 2020, 07:17:42 поподне »
Нисам нашао на форуму тему на којој би се постављале информације о генетици савремене попуалације, па је отварам.

Данас је на Biorxivu објављен препринт рада "The Genomic History of the Middle East". Урађено је секвенцирање цијелог генома за 137 појединаца широм Блиског истока (арапски дио), од тих 137 је 79 мушких генома. У овом препринт материјалу, колико сам видио нема извучених Y-ДНК,а вjeрујем да би управо то могло бити од интереса за наше српске блискоисточњаке. Поготово јер се ради о геному, могло би бити и утицаја на филогенетска стабла неких хаплогрупа. Сирови подаци такође још нису објављени, али није згорег прочитати основне информације о истраживању. Овдје су линкови:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.18.342816v1.full.pdf
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.18.342816v1.supplementary-material

Abstract
The Middle East is an important region to understand human evolution and migrations, but is underrepresented in genetic studies. We generated and analysed 137 high-coverage physically-phased genome sequences from eight Middle Eastern populations using linked-read sequencing. We found no genetic traces of early expansions out-of-Africa in present-day populations, but find Arabians have elevated Basal Eurasian ancestry that dilutes their Neanderthal ancestry. A divergence in population size within the region starts before the Neolithic, when Levantines expanded while Arabians maintained small populations that could have derived ancestry from local epipaleolithic hunter-gatherers. All populations suffered a bottleneck overlapping the archaeologically-documented 4.2 kiloyear aridification of the area, while regional migrations increased genetic structure, and may have contributed to the spread of the Semitic languages. We identify new variants that show evidence of selection, some dating from the onset of the desert climate in the region. Our results thus provide detailed insights into the genomic and selective histories of the Middle East.


Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 4825
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #1 послато: октобар 19, 2020, 09:37:55 поподне »
Изгледа да се у овом истраживању користио најновији метод: 10хGenomics Chromium Linked Read Sequencing. Иначе ову врсту секвенцирања користи кинеска фирма BGI (Beijing Genomics Institute).

Код овог најновијег секвенцирања изгледа да ће се доћи до онога, што сви ми, који смо у овим генетичко-генеалошким круговима свакодневно, сањамо. Да ће се моћи препознати мутација, било СНП или СТР, у свакој генерацији. Видећемо како ће све то изгледати у будућности.

Ми са ових простора немамо обичај да вршимо тестирања у овој компанији, али колико видим и цена ове врсте секвенцирања генома, биће врло повољна, у односу шта пружа.
« Последња измена: октобар 19, 2020, 10:20:08 поподне Милош »


Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 4825
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #2 послато: октобар 20, 2020, 08:04:43 пре подне »
Не знам да ли се овде ради о прилиминарним резултатима Y хромозома, али за сваки случај поставићу овде.






Ван мреже на Црвeњском путу

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1272
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #3 послато: октобар 20, 2020, 08:20:10 пре подне »
Милоше два питања јер се не сналазим:

Да ли је ово само о Јемену (што сте прво пренели) тј. не знам да ли да пратим по бојама или како већ? Помиње се и Сирија.
 
И да ли је случајно у преношењу испуштена Ј2 или није нађена код испитаника?
« Последња измена: октобар 20, 2020, 08:21:45 пре подне на Црвeњском путу »

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 4825
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #4 послато: октобар 20, 2020, 11:38:58 пре подне »
Милоше два питања јер се не сналазим:

Да ли је ово само о Јемену (што сте прво пренели) тј. не знам да ли да пратим по бојама или како већ? Помиње се и Сирија.
 
И да ли је случајно у преношењу испуштена Ј2 или није нађена код испитаника?

Да, по боји и називу узорка. Мада фали још 20-ак. Спомиње се Јемен, Оман, Сирија, УАЕ, Сауди Арабија, Ирак...

Не знам да ли је нађена Ј2, јер као што рекох, фале неки резултати. Видим да и на другим местима где се дискутује о овом раду, постављају исто питање.

Ван мреже на Црвeњском путу

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1272
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #5 послато: октобар 20, 2020, 11:59:21 пре подне »
Да, по боји и називу узорка. Мада фали још 20-ак. Спомиње се Јемен, Оман, Сирија, УАЕ, Сауди Арабија, Ирак...

Не знам да ли је нађена Ј2, јер као што рекох, фале неки резултати. Видим да и на другим местима где се дискутује о овом раду, постављају исто питање.

Хвала Милоше!

Ван мреже Дервента

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 165
  • I2-PH908-FT16449-Y126296-FT19919
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #6 послато: октобар 31, 2020, 04:46:46 поподне »
Јуче је изашао интересантан чланак у New Geography о генетици главних популација у Сједињеним Државама. Код оних европског поријекла доминира Р1б што је очекивано. Интересантан је повишени проценат оних са И на Средњем Западу (вјероватно И1) што се поклапа са оним државама које имају доста људи са Скандинавским поријеклом.

https://www.newgeography.com/content/005051-race-ancestry-and-genetic-composition-us

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 6260
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #7 послато: новембар 21, 2020, 03:02:11 поподне »
Научни рад групе руских аутора о Y-ДНК генетици туркијских Хакаса и Шораца, који живе на подручју Хакасије и Кемеровске области, на југу Сибира:

academia.edu/43176415/В_Н_Харьков_Л_М_Новикова_О_В_Штыгашева_Ф_А_Лузина_И_Ю_Хитринская_В_Г_Волков_В_А_Степанов_ГЕНОФОНД_ХАКАСОВ_И_ШОРЦЕВ_ПО_МАРКЕРАМ_Y_ХРОМОСОМЫ_ОБЩИЕ_КОМПОНЕНТЫ_И_ГЕНЕТИЧЕСКАЯ_СТРУКТУРА_РОДОВ?email_work_card=title

Можда би овај рад могао бити добар "образац" и смерница за будуће радове о генетичкој генеалогији чији би издавач било "Порекло".
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1880
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #8 послато: децембар 10, 2020, 11:11:50 пре подне »
Неколико радова о генетици савремених популација објављених у протеклих десетак дана.

Autosomal genetics and Y-chromosome haplogroup L1b-M317 reveal Mount Lebanon Maronites as a persistently non-emigrating population
https://www.nature.com/articles/s41431-020-00765-x
Има неких нових резултата за хаплогрупе блискоисточног поријекла у разним популацијама.

Population genomics of East Asian ethnic groups
https://hereditasjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s41065-020-00162-w

Ово је више преглед и кратка генетичка историја народа источне Азије на основу досад објављених радова. Веоме прегледне и корисне кратке генетичке историје Јапанаца, Кинеза, Ујгура, Корејанаца.

Tracing the genetic legacy of the Tibetan Empire in the Balti
https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msaa313/6025184?searchresult=1
https://academic.oup.com/mbe/advance-article-pdf/doi/10.1093/molbev/msaa313/34744175/msaa313.pdf

Рад о генетици народа Кашмира, Пакистана, Таџикистана.

Middle eastern genetic legacy in the paternal and maternal gene pools of Chuetas
https://www.nature.com/articles/s41598-020-78487-9

Рад о генетици крипто-Јевреја и њиховог окружења на Мајорци. Има нових 17 маркерних хапотипова везаних за медитеранске хаплогрупе.

« Последња измена: децембар 10, 2020, 11:14:47 пре подне drajver »

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1253
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #9 послато: децембар 10, 2020, 11:37:12 пре подне »
Неколико радова о генетици савремених популација објављених у протеклих десетак дана.

Autosomal genetics and Y-chromosome haplogroup L1b-M317 reveal Mount Lebanon Maronites as a persistently non-emigrating population
https://www.nature.com/articles/s41431-020-00765-x
Има неких нових резултата за хаплогрупе блискоисточног поријекла у разним популацијама.
Добар рад и својеврсна потврда да су учествовали у Кура Араксес култури. На Леванту гранање почело прије 5.000 година, а од кавкаске линије одвојили се прије 7.300 година. Пун погодак и потврда.

Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1880
Одг: Научни радови о генетици савремених популација
« Одговор #10 послато: децембар 21, 2020, 11:47:13 пре подне »
Објављен је препринт рада о генетици Срба,

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.18.423408v1

Међутим мало вајде за нашу причу, јер су, ако сам добро видио, урадили анализу само неких клинички релевантних варијанти (SNV). Дају додуше PCA аутосомалну анализу порекла, али је она толико уопштена да је бескорисна. Постоје на ENA неки сирови подаци, али успио сам видјети једино да су доступни vcf фајлови ових варијанти.

Укратко, рад има само звучан наслов, без веће користи за истраживање порекла.