Аутор Тема: YFull  (Прочитано 3781 пута)

симо

  • Гост
YFull
« послато: март 07, 2019, 02:19:11 поподне »
Данас сам добио обавјештење од YFulla везано за новина у њиховом систему,а везано за кориштење маркере. Заправо то је детаљније објашњење ових новина, које смо већ примјетили и коменетарисали. Увођењем низа спорих маркера у свој сет, YFull вјерује да ће их моћи искористити за изоловање нових подграна, као и да ће усавршити своју опцију поклапања маркера (Matches STR). Такође додана је и опција upload-a маркера са FTDNA и Yseqa.

"News from YFull.com

Added 193 new Y-STR markers.

A few months ago, we began full-scale scinetific searches of new Y-STR markers on several criteria. The marker should not be shorter than 3 repetitions and the marker should be mutable, that is, mutate at least in one sample with a high level of confidence. Today we add 193 new Y-STR markers to the list (now total 780). These are mostly slow markers because all the fast markers were previously found and known. New markers have names within DYR299 <-> DYR858. This is the first batch of new markers. Other markers will be added later. All new markers will be added to the results on the "STR results" page as they are calculated for a sample. All STR matches will also be recalculated, taking into account new markers and excluding palindromes and synonyms. This will make match results more accurate.

New feature. "Upload STRs" from FTDNA and YSEQ.

Now it is possible to upload STR haplotypes from CSV files that were tested using the Sanger method and other methods from FTDNA and YSEQ labs.

If in the BAM file any STR marker was not extracted or low confidence, then in this marker the STR allele will be replaced with the correct result that you uploaded (FTDNA or YSEQ). These markers will be highlighted in blue on the "STR results" page. When you hover over this marker, additional information will appear. From the data file with STR results that will downloaded from FTDNA (Big Y-500) we will use 111 markers, but only for those markers that were not extracted or low confidence in the BAM file. STR results from YSEQ will be taken at least 12 markers (it eliminates errors when data uploading). In the future, it is planned to use "FTY" markers downloaded from FTDNA (Big Y-500), and the data from YSEQ will be downloaded directly from the YSEQ website by API with the personal permission of the sample owner in YSEQ. In this case, we will use from 1 marker and more downloaded from YSEQ.

Why upload STR data to YFull database? This STR data will be used when searching for STR matches. A match score will become more reliable as a larger number of markers will be compared. All results with a low confidence or not extracted in the 111 marker panel will be fully used. There will also be other additional improvements. Upload the STR data is easy. They can be deleted or reloaded at any time.

"Upload STRs" page - https://www.yfull.com/ls-upload-strs/

New feature. "Comparisons" tool.

More and more people are testing their DNA sample in different laboratories ordering different quality products. And two and three and four sequences of one person made in different laboratories are not uncommon. The new "Comparisons" page is a handy tool for comparing two or more sequences of one person. Information is presented in a compact and intuitive interface.
"Comparisons" page - https://www.yfull.com/comparisons/

New feature. STR branches.

Very slowly mutated STR markers are very similar to SNP. These STRs can be trusted. We have selected the most stable STR mutations to create new branches in the YTree or combine already existing branches. You can see two on the YTree at the moment:

J-Y19681a | DYS476=10
https://www.yfull.com/tree/J-Y19681/

C-Y12782a | DYS632=9
https://www.yfull.com/tree/C-Y12782/

In the next version of the YTree about 100 such branches more will appear in different haplogroups."

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4259
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: YFull
« Одговор #1 послато: мај 10, 2019, 09:36:18 пре подне »
Због великог "дисбаланса" између BigY500 и BigY700, а многи резултати су послати Yfull-у, мало су се запетљали. Стабло није ажурирано скоро месец дана. Тако да је незахвално прогнозирати. Фетаховићу, који припада мојој грани, и након два месеца није цео процес одрађен. Још увек му није увршћен резултат у укупни TMRCA.

Јавио се јутрос Вадим са Yfull-а и објаснио да су у гужви око формирању стабла митохондријске ДНК, а да ће филогенетско стабло за Y хромозом бити освежено за 7-10 дана.

https://www.yfull.com/mtree/

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4259
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: YFull
« Одговор #2 послато: јул 25, 2019, 10:49:33 пре подне »
На Yfull-у се појавио нови Y3120*.
https://www.yfull.com/tree/I-Y3120*/

Међутим није у питању нико нов, већ се ради о резултатима Мајке, које је добио након надоградње BigY. Дакле изгледа једино тако се могу обрадити резултати надоградње са BigY500 на BigY700, да се на Yfull-у додели нови налог или број. Надам се да ће након обраде података старе налоге укинути, јер у супротном може доћи до компликација и погрешних информација.

Пошто има и наших који су радили надоградњу, а имају већ налоге на Yfull-у, ето да знају како ово функционише, да не би дошло до забуне.

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4259
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: YFull
« Одговор #3 послато: јул 25, 2019, 11:41:57 поподне »
На Yfull-у се појавио нови Y3120*.
https://www.yfull.com/tree/I-Y3120*/

Међутим није у питању нико нов, већ се ради о резултатима Мајке, које је добио након надоградње BigY. Дакле изгледа једино тако се могу обрадити резултати надоградње са BigY500 на BigY700, да се на Yfull-у додели нови налог или број. Надам се да ће након обраде података старе налоге укинути, јер у супротном може доћи до компликација и погрешних информација.

Пошто има и наших који су радили надоградњу, а имају већ налоге на Yfull-у, ето да знају како ово функционише, да не би дошло до забуне.

Добио сам информацију да ће оба профила егзистирати на Yfull стаблу. Већ постоје такви који су радили анализу код неке друге лабораторије и BigY700 и који су оба резултата проследили Yfull-у. Видљива су оба разултата.

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1431
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: YFull
« Одговор #4 послато: новембар 16, 2019, 11:13:22 пре подне »
Да ли неко разуме шта им на стаблу значи додатак- i

Ради се о тестираним који су стављени као "звездица"  а истовремено се зна, и пише им да припадају некој дефинисаној низводној грани, само их из неког разлога нису метнули тамо. 

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 9593
Одг: YFull
« Одговор #5 послато: новембар 16, 2019, 01:55:28 поподне »
Да ли неко разуме шта им на стаблу значи додатак- i

Ради се о тестираним који су стављени као "звездица"  а истовремено се зна, и пише им да припадају некој дефинисаној низводној грани, само их из неког разлога нису метнули тамо.

Колико сам схватио, то су они који су поново урадили Yfull анализу, након проширења на BIGY 700 (само се дода нова шифра).

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1431
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: YFull
« Одговор #6 послато: новембар 16, 2019, 03:39:51 поподне »
Није то Небојша. Стављен је и Гранула, који није имао 500 раније.

Ван мреже CosicZ

  • Члан Друштва
  • Почетник
  • *****
  • Поруке: 45
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: YFull
« Одговор #7 послато: новембар 24, 2019, 03:40:17 поподне »
Цитат
Да ли неко разуме шта им на стаблу значи додатак- i


Изгледа да оном ко има  два идентификациона броја иза i је други број, а тамо где нису успели да одреде низводну грану или нису сигурни, су гране којима можда припада.

Стабла YFull-а сада имају три приказа - "classic", "scientific" и "chart".

Ван мреже Слатинац

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 244
  • R1b>BY611>Z2705>BY199059
Одг: YFull
« Одговор #8 послато: децембар 15, 2019, 10:10:10 поподне »
Zna li neko kada će da ažuriraju stablo na Yfull-u? Zadnje ažuriranje bilo je pre oko 2 meseca.

Ван мреже Златан

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 492
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: YFull
« Одговор #9 послато: децембар 15, 2019, 10:48:38 поподне »
Рекли су средином децембра. Последње ажурирање је било 25.11. Увек пише датум последње верзије доле.

Али можда  није твој део стабла обухваћен.

Отправлено с моего SM-G975F через Tapatalk


Ван мреже Слатинац

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 244
  • R1b>BY611>Z2705>BY199059
Одг: YFull
« Одговор #10 послато: децембар 16, 2019, 02:55:07 поподне »
Čuo sam se sa Julijom iz Yfull tima. Rekla mi je da su prošlog meseca imali tehničkih problema sa ažuriranjem stabla, tako da će novo ažuriranje biti za 2 nedelje.

Ван мреже Златан

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 492
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: YFull
« Одговор #11 послато: децембар 16, 2019, 03:04:56 поподне »
Хвала на информацији.

26.11. су ми рекли да ће бити "средином децембра". Сада значи поново померили на врло вероватно почетак јануара.
Ваљда ће напокон средити тада.

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2807
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: YFull
« Одговор #12 послато: јануар 17, 2020, 03:25:04 поподне »
Зна ли неко да ми објасни шта значи овај статус да су ми STR резултати код Yfull-а још увек у обради?


Да ли то они извлаче некакве STR маркере из мог BAM фајла или шта?
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1696
  • Z3660>Y34637-
Одг: YFull
« Одговор #13 послато: јануар 17, 2020, 03:37:07 поподне »
Зна ли неко да ми објасни шта значи овај статус да су ми STR резултати код Yfull-а још увек у обради?


Да ли то они извлаче некакве STR маркере из мог BAM фајла или шта?

Извући ће ти све STR маркере који имају очитавања, из WGS BAM-а обично извуку преко 100 од 111 стандардних STR-ова, плус још неколико стотина који су ван стандардних 111.

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2807
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: YFull
« Одговор #14 послато: јануар 17, 2020, 03:51:05 поподне »
Извући ће ти све STR маркере који имају очитавања, из WGS BAM-а обично извуку преко 100 од 111 стандардних STR-ова, плус још неколико стотина који су ван стандардних 111.

Лепо од њих, то нисам уопште очекивао :)
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Иван Вукићевић

  • Помоћник уредника
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2010
  • Васојевић
Одг: YFull
« Одговор #15 послато: јануар 17, 2020, 05:27:45 поподне »
Лепо од њих, то нисам уопште очекивао :)

Вероватно ти је промакла моја порука од пре неколико месеци.

Стигли су STR резултати YFull обраде WGS теста. Поједине маркере од стандардних 111 нису успели да очитају, тако да и даље недостаје 11 маркера. Табела СДНКП је допуњена са новим маркерима. Иако хаплотип није потпун, ово је до сада највећи број маркера (100) међу тестираним Васојевићима.

Ван мреже сɣнце

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 783
  • I-S17250>Y4882>A1328
Одг: YFull
« Одговор #16 послато: јануар 30, 2020, 05:10:58 поподне »
Молим за објашњење неких ствари с Yfull.
STR је јоште у току обраде, но SNP су обрађени.

До сада је крајњи снип био I-A1328.
Сада ми пише,  да имам десетак terminal и private SNPs level I-A1328*.  Шта значе звијездице послије ових SNPѕ?

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 645
Одг: YFull
« Одговор #17 послато: јануар 30, 2020, 05:54:35 поподне »
Молим за објашњење неких ствари с Yfull.
STR је јоште у току обраде, но SNP су обрађени.

До сада је крајњи снип био I-A1328.
Сада ми пише,  да имам десетак terminal и private SNPs level I-A1328*.  Шта значе звијездице послије ових SNPѕ?

Прије неколико дана Зденко је објавио ново стабло за хаплогрупу Y4882.
http://i2aproject.blogspot.com/2020/01/its-hard-to-compare-big-y-500-to-big-y.html

У уводном тексту је споменуо управо откривање два додатна SNP-a на нивоу А1328*, која не може да провјери јер нису обухваћена BigY500 тестом, а нема ни увид у Данте Лабс резултате.

Сунце, мислим да би било корисно да Зденку пошаљеш своје vcf резултате како би могао комплетирати ово стабло A1328.

Можда у тој анализи пронађеш и одговор на своје питање о терминалним СНП-овима на нивоу А1328*

Ван мреже Uzi

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 775
  • Y-DNA: N2>P189.2>FGC28435
Одг: YFull
« Одговор #18 послато: јануар 30, 2020, 09:42:06 поподне »
Сɣнце, данас је отворен Српски ДНК пројекат на YFull, па можеш приступити том пројекту. Драјвер је један од администратора па ти може проверити СНП резултате и тамо.

https://yfull.com/groups/serbian-dna/create-join-request/


Ово је уједно и позив свима који имају налог код YFulla да приступе као чланови.

Ван мреже Uzi

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 775
  • Y-DNA: N2>P189.2>FGC28435
Одг: YFull
« Одговор #19 послато: јануар 30, 2020, 10:58:29 поподне »
Тестирани који су учлањени у неку од YFull група могу успоредити резултате читања СНП позиција са осталим члановима те групе. Такође се могу проверити СТР маркери тестираних. Те се функције могу пронаћи у Y-Results и Y-Browser.