Форум - Порекло

ДНК порекло => ГГ Разно => Тему започео: симо март 07, 2019, 02:19:11 поподне

Наслов: YFull
Порука од: симо март 07, 2019, 02:19:11 поподне
Данас сам добио обавјештење од YFulla везано за новина у њиховом систему,а везано за кориштење маркере. Заправо то је детаљније објашњење ових новина, које смо већ примјетили и коменетарисали. Увођењем низа спорих маркера у свој сет, YFull вјерује да ће их моћи искористити за изоловање нових подграна, као и да ће усавршити своју опцију поклапања маркера (Matches STR). Такође додана је и опција upload-a маркера са FTDNA и Yseqa.

"News from YFull.com

Added 193 new Y-STR markers.

A few months ago, we began full-scale scinetific searches of new Y-STR markers on several criteria. The marker should not be shorter than 3 repetitions and the marker should be mutable, that is, mutate at least in one sample with a high level of confidence. Today we add 193 new Y-STR markers to the list (now total 780). These are mostly slow markers because all the fast markers were previously found and known. New markers have names within DYR299 <-> DYR858. This is the first batch of new markers. Other markers will be added later. All new markers will be added to the results on the "STR results" page as they are calculated for a sample. All STR matches will also be recalculated, taking into account new markers and excluding palindromes and synonyms. This will make match results more accurate.

New feature. "Upload STRs" from FTDNA and YSEQ.

Now it is possible to upload STR haplotypes from CSV files that were tested using the Sanger method and other methods from FTDNA and YSEQ labs.

If in the BAM file any STR marker was not extracted or low confidence, then in this marker the STR allele will be replaced with the correct result that you uploaded (FTDNA or YSEQ). These markers will be highlighted in blue on the "STR results" page. When you hover over this marker, additional information will appear. From the data file with STR results that will downloaded from FTDNA (Big Y-500) we will use 111 markers, but only for those markers that were not extracted or low confidence in the BAM file. STR results from YSEQ will be taken at least 12 markers (it eliminates errors when data uploading). In the future, it is planned to use "FTY" markers downloaded from FTDNA (Big Y-500), and the data from YSEQ will be downloaded directly from the YSEQ website by API with the personal permission of the sample owner in YSEQ. In this case, we will use from 1 marker and more downloaded from YSEQ.

Why upload STR data to YFull database? This STR data will be used when searching for STR matches. A match score will become more reliable as a larger number of markers will be compared. All results with a low confidence or not extracted in the 111 marker panel will be fully used. There will also be other additional improvements. Upload the STR data is easy. They can be deleted or reloaded at any time.

"Upload STRs" page - https://www.yfull.com/ls-upload-strs/

New feature. "Comparisons" tool.

More and more people are testing their DNA sample in different laboratories ordering different quality products. And two and three and four sequences of one person made in different laboratories are not uncommon. The new "Comparisons" page is a handy tool for comparing two or more sequences of one person. Information is presented in a compact and intuitive interface.
"Comparisons" page - https://www.yfull.com/comparisons/

New feature. STR branches.

Very slowly mutated STR markers are very similar to SNP. These STRs can be trusted. We have selected the most stable STR mutations to create new branches in the YTree or combine already existing branches. You can see two on the YTree at the moment:

J-Y19681a | DYS476=10
https://www.yfull.com/tree/J-Y19681/

C-Y12782a | DYS632=9
https://www.yfull.com/tree/C-Y12782/

In the next version of the YTree about 100 such branches more will appear in different haplogroups."
Наслов: Одг: YFull
Порука од: Милош мај 10, 2019, 09:36:18 пре подне
Због великог "дисбаланса" између BigY500 и BigY700, а многи резултати су послати Yfull-у, мало су се запетљали. Стабло није ажурирано скоро месец дана. Тако да је незахвално прогнозирати. Фетаховићу, који припада мојој грани, и након два месеца није цео процес одрађен. Још увек му није увршћен резултат у укупни TMRCA.

Јавио се јутрос Вадим са Yfull-а и објаснио да су у гужви око формирању стабла митохондријске ДНК, а да ће филогенетско стабло за Y хромозом бити освежено за 7-10 дана.

https://www.yfull.com/mtree/
Наслов: Одг: YFull
Порука од: Милош јул 25, 2019, 10:49:33 пре подне
На Yfull-у се појавио нови Y3120*.
https://www.yfull.com/tree/I-Y3120*/

Међутим није у питању нико нов, већ се ради о резултатима Мајке, које је добио након надоградње BigY. Дакле изгледа једино тако се могу обрадити резултати надоградње са BigY500 на BigY700, да се на Yfull-у додели нови налог или број. Надам се да ће након обраде података старе налоге укинути, јер у супротном може доћи до компликација и погрешних информација.

Пошто има и наших који су радили надоградњу, а имају већ налоге на Yfull-у, ето да знају како ово функционише, да не би дошло до забуне.
Наслов: Одг: YFull
Порука од: Милош јул 25, 2019, 11:41:57 поподне
На Yfull-у се појавио нови Y3120*.
https://www.yfull.com/tree/I-Y3120*/

Међутим није у питању нико нов, већ се ради о резултатима Мајке, које је добио након надоградње BigY. Дакле изгледа једино тако се могу обрадити резултати надоградње са BigY500 на BigY700, да се на Yfull-у додели нови налог или број. Надам се да ће након обраде података старе налоге укинути, јер у супротном може доћи до компликација и погрешних информација.

Пошто има и наших који су радили надоградњу, а имају већ налоге на Yfull-у, ето да знају како ово функционише, да не би дошло до забуне.

Добио сам информацију да ће оба профила егзистирати на Yfull стаблу. Већ постоје такви који су радили анализу код неке друге лабораторије и BigY700 и који су оба резултата проследили Yfull-у. Видљива су оба разултата.