Аутор Тема: Dante Labs  (Прочитано 43077 пута)

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 6260
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: Dante Labs
« Одговор #520 послато: фебруар 16, 2021, 09:28:12 пре подне »
Стигла ми је данас потврда из DanteLabs-а да су примили узорак Ћоровића.

Требало би да је исти статус додељен и за Дивца јер су послати заједно.

Проверих малопре, и Дивцу је промењен статус, сада му раде контролу квалитета.
Чињеницама против самоувереног незнања.

На мрежи Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 825
  • I2-PH908>DYS561=15 Род Зорића
Одг: Dante Labs
« Одговор #521 послато: фебруар 16, 2021, 10:43:05 пре подне »
Мој узорак је стигао. Потписао сињоре Марио.
Ево већ промењен статус, чека се на контролу квалитета. Брзо иде.
Догодине у Холштајну!


Ван мреже Делија

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1246
  • I2-PH908-Z16983>A493 (Динарска Јужна) Никољдан
Одг: Dante Labs
« Одговор #522 послато: фебруар 16, 2021, 12:46:25 поподне »
Ево већ промењен статус, чека се на контролу квалитета. Брзо иде.

Не знам у чему је квака па мени од 13.01.2021 стоји да је узорак на чекању пријема кита..а имам потврду да је у лабораторији.
Смрти нема,има сеоба !

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 177
  • R1b > R-M269
Одг: Dante Labs
« Одговор #523 послато: фебруар 22, 2021, 06:10:23 поподне »
Писао сам у петак поново, да проверим шта се дешава, јер ускоро ће бити пун месец од како је пошта регистровала испоруку, а моји узорци се воде као да нису стигли. Данас сам добио одговор који појашњава о чему се ради - имају потешкоћа са набавком хемијског реагенса који је неопходан за пред-процесирање узорака у лабораторији:

"Dear Dragan,

Thanks for reaching out.

I am sorry to hear that your kits haven't been processed by the lab yet. There have been some difficulties with getting the reagent needed to first process the samples in the lab, so this has caused some delays. Your samples are likely affected by this and will be processed as soon as the backlog of kits arrived earlier is cleared. I realize this is not ideal and we are very sorry for the long wait.

Please feel free to reach out again if you don't see an update soon. Thanks.

Best regards
Sara"

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 6260
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: Dante Labs
« Одговор #524 послато: фебруар 22, 2021, 06:58:32 поподне »
Заборавих да напишем да су Васићев и Мучибабићев узорак током прошле недеље у Дантеу означени као пристигли и сада је у току контрола њиховог квалитета.
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Неродимац

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 223
Одг: Dante Labs
« Одговор #525 послато: фебруар 23, 2021, 10:27:11 пре подне »
 Да ли ово важи и за оне којима је почело секвенцирању узорка.

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 6260
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: Dante Labs
« Одговор #526 послато: фебруар 23, 2021, 11:08:03 пре подне »
Да ли ово важи и за оне којима је почело секвенцирању узорка.

Ти узорци су прошли контролу квалитета и прешли су на следећи корак, секвенцирање.
Чињеницама против самоувереног незнања.

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 177
  • R1b > R-M269
Одг: Dante Labs
« Одговор #527 послато: март 03, 2021, 06:38:40 поподне »
DanteLabs је данас завршио секвенцирање генома за једног пријатеља, па бих да пошаљем његово очитавање на yfull ради анализе.

Како не бих слао цео фајл од 42GB на Dropbox, мислио сам да из комплетног .BAM фајла ишчупам само очитавања везана  Y хромозом. Први пут користим samtools па нађох на нету "рецепт" за ово, па само да замолим искусније да потврде да је то исправан начин да се из комплетног .BAM фајла издвоје очитавања само за ChrY.

samtools sort input.bam -o input.sort.bam
samtools index input.sort.bam
samtools view -b input.sort.bam chrY > chry.bam


Хвала унапред!

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3655
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #528 послато: март 03, 2021, 07:02:16 поподне »
DanteLabs је данас завршио секвенцирање генома за једног пријатеља, па бих да пошаљем његово очитавање на yfull ради анализе.

Како не бих слао цео фајл од 42GB на Dropbox, мислио сам да из комплетног .BAM фајла ишчупам само очитавања везана  Y хромозом. Први пут користим samtools па нађох на нету "рецепт" за ово, па само да замолим искусније да потврде да је то исправан начин да се из комплетног .BAM фајла издвоје очитавања само за ChrY.

samtools sort input.bam -o input.sort.bam
samtools index input.sort.bam
samtools view -b input.sort.bam chrY > chry.bam


Хвала унапред!

Ако си Windows-човек, можеш да користиш WGS Extract. Имаш на линку и упутство. Све се завршава у два клика.
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 177
  • R1b > R-M269
Одг: Dante Labs
« Одговор #529 послато: март 03, 2021, 07:07:31 поподне »
Ако си Windows-човек, можеш да користиш WGS Extract. Имаш на линку и упутство. Све се завршава у два клика.

Одлично, још боље, хвала за тип!

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3655
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #530 послато: март 03, 2021, 07:19:22 поподне »
Одлично, још боље, хвала за тип!

Није неки профи алат, али ради посао.
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 177
  • R1b > R-M269
Одг: Dante Labs
« Одговор #531 послато: март 03, 2021, 09:00:14 поподне »
Није неки профи алат, али ради посао.

Да потврдим да је алат сјајно завршио посао (заправо је у питању GUI који у позадини користи samtools)

Све сам лагано одрадио и послао на YFULL, хвала још једном!




Ван мреже melkijades

  • Почетник
  • **
  • Поруке: 35
Одг: Dante Labs
« Одговор #532 послато: март 03, 2021, 09:25:16 поподне »
Да ли и даље стоји да BAM фајл тражимо у hg38 формату?

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3655
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #533 послато: март 03, 2021, 09:31:30 поподне »
Да потврдим да је алат сјајно завршио посао (заправо је у питању GUI који у позадини користи samtools)

Све сам лагано одрадио и послао на YFULL, хвала још једном!

Да, за сада је то само колекција лепо упакованих скрипти које користе samtools. Аутори планирају да направе и праву Windows инсталацију, чиме би се значајно смањила величина целог програмског пакета.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1253
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Dante Labs
« Одговор #534 послато: март 03, 2021, 09:47:32 поподне »
Да ли и даље стоји да BAM фајл тражимо у hg38 формату?

Питај да ти ураде у hg38 јер је бољи од hg19. Но ако ти ипак ураде hg19 можеш из добијеног FASTA фајла извући/направити hg38 или прослиједити YSEQ- да ти они направе .bam у hg38.
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже melkijades

  • Почетник
  • **
  • Поруке: 35
Одг: Dante Labs
« Одговор #535 послато: март 03, 2021, 10:04:21 поподне »
Питај да ти ураде у hg38 јер је бољи од hg19. Но ако ти ипак ураде hg19 можеш из добијеног FASTA фајла извући/направити hg38 или прослиједити YSEQ- да ти они направе .bam у hg38.

Хвала на одговору.

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 177
  • R1b > R-M269
Одг: Dante Labs
« Одговор #536 послато: март 04, 2021, 12:09:01 пре подне »
Питај да ти ураде у hg38 јер је бољи од hg19. Но ако ти ипак ураде hg19 можеш из добијеног FASTA фајла извући/направити hg38 или прослиједити YSEQ- да ти они направе .bam у hg38.

Радуле, јел то "питај" заправо значи "плати", пошто видим да за то постоји ценовник?

https://www.dantelabs.com/products/alignment-to-the-grch38

Цена је таман тако формирана да се запиташ да ли се исплати петљати се тиме у својој режији, или платити 29 евра да то они одраде? ;)

Е сад, важније питање... Неспорно је да је GRCh38 новији, јаснији и бољи формат кодирања референтног људског генема. Међутим, обзиром да овде не говоримо о медицинској анализи свих 46 хромозома на ретке/наследне болести, већ анализи једног, најмањег, Y хромозома (и то са 30 пута очитавањем), да ли заиста вреди труда инсистирати на hg38 BAM формату?

Додатно, треба имати у виду да већина постојећих резултата на yfull stablu готово сигурно није добијена анализом GRCh38/hg38 BAM фајлова већ GRCh37/hg19 кодираних фајлова (јер мислим да највећи број резултата потиче са FTDNA, где ако се не варам и даље кодирају Big Y-700 BAM по референтном геному GRCh37/hg19).

Дакле, има ли смисла/потребе доплатити још и тих 29 EUR?

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1253
  • J-Y230579 Башино Село, Цетиње > Кривошије
Одг: Dante Labs
« Одговор #537 послато: март 04, 2021, 07:36:37 пре подне »
Сад видјех да се креирање Hg38 додатно наплаћује 29€, док је код Yseq то исто 21€.
Дакле, има ли смисла/потребе доплатити још и тих 29 EUR?

Windows Vista или Windows 10? :D

Ако је човјек у могућности и жели цијелу причу моје мишљење је да треба, добијеш пар снипова који немају своју позицију на hg19.

Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже melkijades

  • Почетник
  • **
  • Поруке: 35
Одг: Dante Labs
« Одговор #538 послато: март 04, 2021, 08:11:59 пре подне »
Пазите, ја апсолутно немам појма ништа о овоме. Читам искуства, савете других па гледам шта се ради. Мислио сам да је то стандардна процедура и да то сви раде.

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 177
  • R1b > R-M269
Одг: Dante Labs
« Одговор #539 послато: март 04, 2021, 08:57:45 пре подне »
Сад видјех да се креирање Hg38 додатно наплаћује 29€, док је код Yseq то исто 21€.
Windows Vista или Windows 10? :D

Ако је човјек у могућности и жели цијелу причу моје мишљење је да треба, добијеш пар снипова који немају своју позицију на hg19.

ОК, јасно... Ја сам јутрос за сваки случај експлицитно послао питање компанији YFULL у вези овога, па ћу пренети њихов одговор:


One more question - the BAM file submitted includes ChrY and mtDNA readings, extracted from "huge" (42GB) raw BAM file using the following tool:

https://wgsextract.github.io/

Apparently, the default BAM provided by Dante Labs is produced from FASTQ data aligned to the GRCh37/hg19 reference genome.

However, Dante Labs also offers (commercially) BAM files aligned to the newer GRCh38/hg38 reference genome:

https://www.dantelabs.com/products/alignment-to-the-grch38

Do you recommend paying an additional 29 EUR for GRCh38/hg38 BAM file? Will it improve the accuracy of your analysis?

Thank you and best regards