Питај да ти ураде у hg38 јер је бољи од hg19. Но ако ти ипак ураде hg19 можеш из добијеног FASTA фајла извући/направити hg38 или прослиједити YSEQ- да ти они направе .bam у hg38.
Радуле, јел то "питај" заправо значи "плати", пошто видим да за то постоји ценовник?
https://www.dantelabs.com/products/alignment-to-the-grch38Цена је таман тако формирана да се запиташ да ли се исплати петљати се тиме у својој режији, или платити 29 евра да то они одраде?
Е сад, важније питање... Неспорно је да је GRCh38 новији, јаснији и бољи формат кодирања референтног људског генема. Међутим, обзиром да овде не говоримо о медицинској анализи свих 46 хромозома на ретке/наследне болести, већ анализи једног, најмањег, Y хромозома (и то са 30 пута очитавањем), да ли заиста вреди труда инсистирати на hg38 BAM формату?
Додатно, треба имати у виду да већина постојећих резултата на yfull stablu готово сигурно
није добијена анализом GRCh38/hg38 BAM фајлова већ GRCh37/hg19 кодираних фајлова (јер мислим да највећи број резултата потиче са FTDNA, где ако се не варам и даље кодирају Big Y-700 BAM по референтном геному GRCh37/hg19).
Дакле, има ли смисла/потребе доплатити још и тих 29 EUR?