Аутор Тема: Питање везано за разлику у маркерима  (Прочитано 3693 пута)

Ван мреже Гмитар

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 114
  • R1a>YP343>YP371>YP971>Y57718+
Питање везано за разлику у маркерима
« послато: мај 16, 2017, 11:26:18 поподне »
Прочитао сам тему о основама али нисам најсигурнији да и даље умем сам да проценим. Наиме, један човек из базе има разлику на 5 маркера на 18 маркера. Односно, он је тестиран на 37 маркера а ја сам радио код нас у Србији на мање маркера па сам издвојио оне маркере које имамо заједничке и разликује се за 5. Колико би то година разлике између заједничког претка могло да буде?

Велико хвала, унапред!

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4201
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #1 послато: мај 16, 2017, 11:57:18 поподне »
Прочитао сам тему о основама али нисам најсигурнији да и даље умем сам да проценим. Наиме, један човек из базе има разлику на 5 маркера на 18 маркера. Односно, он је тестиран на 37 маркера а ја сам радио код нас у Србији на мање маркера па сам издвојио оне маркере које имамо заједничке и разликује се за 5. Колико би то година разлике између заједничког претка могло да буде?

Велико хвала, унапред!

Cувишe мaлo мapкepa дa би ce дao oдгoвop o зajeдничкoм пpeтку... C дpугe cтpaнe, peкao биx дa 5/18 ниje мaлo...

Ван мреже Гмитар

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 114
  • R1a>YP343>YP371>YP971>Y57718+
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #2 послато: мај 18, 2017, 11:39:29 пре подне »
Cувишe мaлo мapкepa дa би ce дao oдгoвop o зajeдничкoм пpeтку... C дpугe cтpaнe, peкao биx дa 5/18 ниje мaлo...

Значи сасвим је могуће да је то неки заједнички предак пре 2000 година (на пример), да није ништа ближе? Је л' би ти значило нешто можда уколико бих окачио маркере па да се упоређују конкретни маркери?

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4201
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #3 послато: мај 18, 2017, 02:24:01 поподне »
Значи сасвим је могуће да је то неки заједнички предак пре 2000 година (на пример), да није ништа ближе? Је л' би ти значило нешто можда уколико бих окачио маркере па да се упоређују конкретни маркери?

Eвo ти oвa тaбeлa ca мapкepимa и бpзинa мутaциja, a иcпoд кaлкулaтop кojи пoкaзуje бpoj гeнepaциja дo зajeдничкoг пpeткa и вepoвaтнoћу:

http://www.rogersdna.com/geddna/mutate.php

http://www.moseswalker.com/mrca/calculator.asp?q=1

Мoждa ти пoмoгнe...

Ван мреже Гмитар

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 114
  • R1a>YP343>YP371>YP971>Y57718+
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #4 послато: мај 18, 2017, 04:13:56 поподне »
Eвo ти oвa тaбeлa ca мapкepимa и бpзинa мутaциja, a иcпoд кaлкулaтop кojи пoкaзуje бpoj гeнepaциja дo зajeдничкoг пpeткa и вepoвaтнoћу:

http://www.rogersdna.com/geddna/mutate.php

http://www.moseswalker.com/mrca/calculator.asp?q=1

Мoждa ти пoмoгнe...

Еее ово је одлична ствар, баш сам тражио овако нешто. Хвала ти пуно Милоше!

Ван мреже Rus

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 53
  • R1a-L1029>YP6047
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #5 послато: јануар 05, 2019, 09:11:46 пре подне »
Imam jos jedno pitanje: ima li uticaj na markeri Y-hromozoma geni sa strane materi ili naprimer klima druge zemlje?

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1380
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #6 послато: јануар 05, 2019, 09:45:23 пре подне »
Imam jos jedno pitanje: ima li uticaj na markeri Y-hromozoma geni sa strane materi ili naprimer klima druge zemlje?

Не

Ван мреже НиколаВук

  • Помоћник уредника
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5153
  • I2-PH908>FT14506>Y52621, род Никшића
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #7 послато: фебруар 09, 2019, 04:53:37 поподне »
Нисам знао где да поставим ово питање па сам изабрао ову тему, да не бих отварао нову. Да ли неко зна зашто Yfull не ставља STR маркер DYS385 у своје табеле модалних хаплотипова? Да подсетим, до те табеле се долази када се поред SNP-а који вас занима кликне на прозорчић "info", потом на "STRs".
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Златан

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 455
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #8 послато: фебруар 25, 2019, 02:27:19 поподне »
На страници https://strbase.nist.gov/str_y456.htm пише да DYS456 има "mutation rate 0.53%", док на https://yhrd.org/tools/marker/DYS456 пише да је "mutation rate": 4.41e-03 (35 in 7940)


Шта то конкретно значи? Ради ли се о брзо мутирајућем маркеру?

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 988
  • J2a-Z38463>SK1357+ Башино Село, Цетиње
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #9 послато: фебруар 25, 2019, 08:51:52 поподне »
На страници https://strbase.nist.gov/str_y456.htm пише да DYS456 има "mutation rate 0.53%", док на https://yhrd.org/tools/marker/DYS456 пише да је "mutation rate": 4.41e-03 (35 in 7940)


Шта то конкретно значи? Ради ли се о брзо мутирајућем маркеру?

DYS456 има стопу мутације од "0.004502" (Burgarella&Navascués, 2011), дакле спада у мало брже.
Док рецимо DYS570 (0.01261) и DYS576 (0.01622) имају иразито брзу стопу мутације; а DYS393 изразито спору 0.001034.
 
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Гост
  • *****
  • Поруке: 20
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #10 послато: јул 06, 2019, 01:55:23 поподне »
Kolika bi bila razlika u zajednockom pretku izmedju ove 2 osobe muske:
(Imaju isto prezime iz istog su kraja u krugu od 100km)

Osoba A

DYS576 19
DYS389I 13
DYS448 19
DYS389II 30
DYS19 16
DYS391 11
DYS481 30
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 19
DYS635 21
DYS390 23
DYS439 13
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 15
DYS456 15
YGATAH4 11


Osoba B

DYS576 18
DYS389I 13
DYS448 20
DYS389II 30
DYS19 17
DYS391 11
DYS481 29
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 20
DYS635 23
DYS390 24
DYS439 12
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 16
DYS456 15
YGATAH4 11


Ima 6 ili 7 razlika za samo jedan broj

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2739
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #11 послато: јул 06, 2019, 02:10:27 поподне »
Kolika bi bila razlika u zajednockom pretku izmedju ove 2 osobe muske:
(Imaju isto prezime iz istog su kraja u krugu od 100km)

Osoba A

DYS576 19
DYS389I 13
DYS448 19
DYS389II 30
DYS19 16
DYS391 11
DYS481 30
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 19
DYS635 21
DYS390 23
DYS439 13
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 15
DYS456 15
YGATAH4 11


Osoba B

DYS576 18
DYS389I 13
DYS448 20
DYS389II 30
DYS19 17
DYS391 11
DYS481 29
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 20
DYS635 23
DYS390 24
DYS439 12
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 16
DYS456 15
YGATAH4 11


Ima 6 ili 7 razlika za samo jedan broj

Превелика је разлика да би се било шта могло рећи на том броју упоредивих маркера.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Андријић

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 243
  • I2-PH908
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #12 послато: јул 06, 2019, 02:17:46 поподне »
Превелика је разлика да би се било шта могло рећи на том броју упоредивих маркера.

Da htetoh upravo i ja da napišem to, osoba "A" se sa osobom "B" razlikuje na 7 markera što nije malo. Osoba A sudeći po markeru 448 pripada I2-PH908 (Dinarik Jug), a druga osoba pripada Dinarik sjeveru, pošto na markeru 448 ima vrijednost 20.

Ван мреже dons

  • Члан Друштва
  • Гост
  • *****
  • Поруке: 20
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #13 послато: јул 06, 2019, 03:55:09 поподне »
Obojica su zapravo po predanju precima iz istoga sela.Isto prezime..ista slava.Inace sta znaci kad je neki marker za samo kedan broj idaljen npr 14 i 15..da li je to bliza veza nego npr 14 i 21?

На мрежи milpan

  • Члан Друштва
  • Гост
  • *****
  • Поруке: 11
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #14 послато: новембар 29, 2019, 11:58:50 пре подне »
Твој род је изузетно бројан и изгледа да сте сви блиски, види табелу.
Могао би ти нешто ближи бити Крунић од осталих?


Нов сам у свему овоме па је питање можда глупо: ако смо блиски, који је то ред величине? Односно, како одредити да ли је та блискост отприлике заједнички предак пре 200 или 2000 година?
Хвала.

Ван мреже Radul

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 988
  • J2a-Z38463>SK1357+ Башино Село, Цетиње
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #15 послато: новембар 29, 2019, 12:09:23 поподне »
Нов сам у свему овоме па је питање можда глупо: ако смо блиски, који је то ред величине? Односно, како одредити да ли је та блискост отприлике заједнички предак пре 200 или 2000 година?
Хвала.

Са 23 маркера може се одредити припадност роду; и утврдити ближа или даља удаљеност тестираног унутар рода.  Може се урадити групна НЗП (TMRCA) рачуница за род али тај прорачун је оквиран.

За прецизну појединачну рачуницу до најближег заједничког претка (TMRCA) потребно је да поређени имају више тестираних маркера (Y37, 67, 111) или у најбољем случају да имају урађен неки од "Y-DNA next generation sequencing" тестова.
Ако се бојите, немојте то чинити; ако то радите, не бојте се! - Темуџин

На мрежи milpan

  • Члан Друштва
  • Гост
  • *****
  • Поруке: 11
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #16 послато: новембар 29, 2019, 12:30:21 поподне »
Са 23 маркера може се одредити припадност роду; и утврдити ближа или даља удаљеност тестираног унутар рода.  Може се урадити групна НЗП (TMRCA) рачуница за род али тај прорачун је оквиран.

За прецизну појединачну рачуницу до најближег заједничког претка (TMRCA) потребно је да поређени имају више тестираних маркера (Y37, 67, 111) или у најбољем случају да имају урађен неки од "Y-DNA next generation sequencing" тестова.

Ако сам добро разумео:
If two individuals exactly match at all loci in a 21 marker test, there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations

То значи да чак и да су нам свих 23 маркера идентични, једнака је вероватноћа да смо имали заједничког претка у последњих 200 година, као и да нисмо.

Настављам с истраживањем, хвала пуно на одговору!

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2739
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #17 послато: новембар 29, 2019, 01:48:05 поподне »
...
То значи да чак и да су нам свих 23 маркера идентични, једнака је вероватноћа да смо имали заједничког претка у последњих 200 година, као и да нисмо.
...

Тачно тако. У питању је чиста вероватноћа и статистика. Мутација може да настане било кад, на било ком маркеру, између било које две генерације. Ми у суштини не знамо којим законима вероватноће подлежу промене маркера, за нас су то случајни догађаји који се дешавају са одређеном вероватноћом. Та вероватноћа се може утврдити на основу статистичких истраживања великих узорака отац-син, чиме се долази до вероватноће промене одређеног маркера. Нпр. ако се јави различит маркер у пет случајева на сто посматраних парова, онда се може сматрати да се на том локусу промена дешава једном у 20 генерација. Она не мора настати ни у сто генерација али се може десити и код два рођена брата. Али што имамо више маркера за разматрање, можемо са већом поузданошћу утврдити временски интервал, или тачније број генерација, који дели две особе до њиховог заједничког претка.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Златан

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 455
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #18 послато: новембар 29, 2019, 02:07:45 поподне »
Слажем се. Уопште се небих ослањао на неку TMRCA вероватноћу на ништа мање од Y111.
Ја имам нпр преко 40 поклапања на FTDNA са 1 разликом на Y23, а заједнички предак нам је живео пре 1500 година или више од 2000 година.

Други пример је поклапање с Пејановићем - 10 разлике на Y111 маркера, са којим не делим исту подграну.
Док са Нојевим, с којим имам 13 разлике на Y111 и делим исту грану и минимално 100 година сам ближи (у односу на Пејановића).

Ван мреже Platin

  • Одбор за архивистику
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 521
Одг: Питање везано за разлику у маркерима
« Одговор #19 послато: новембар 29, 2019, 05:12:10 поподне »
Тачно тако. У питању је чиста вероватноћа и статистика. Мутација може да настане било кад, на било ком маркеру, између било које две генерације. Ми у суштини не знамо којим законима вероватноће подлежу промене маркера, за нас су то случајни догађаји који се дешавају са одређеном вероватноћом. Та вероватноћа се може утврдити на основу статистичких истраживања великих узорака отац-син, чиме се долази до вероватноће промене одређеног маркера. Нпр. ако се јави различит маркер у пет случајева на сто посматраних парова, онда се може сматрати да се на том локусу промена дешава једном у 20 генерација. Она не мора настати ни у сто генерација али се може десити и код два рођена брата. Али што имамо више маркера за разматрање, можемо са већом поузданошћу утврдити временски интервал, или тачније број генерација, који дели две особе до њиховог заједничког претка.
То се и ја питам... Неке брзине и вероватноће се знају, али нико на нашем пројекту нема деда-отац-син низ где сви имају барем 111 маркера, па да видимо шта је шта.