Форум - Порекло

ДНК порекло => Основе генетичке генеалогије => Тему започео: Гмитар мај 16, 2017, 11:26:18 поподне

Наслов: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Гмитар мај 16, 2017, 11:26:18 поподне
Прочитао сам тему о основама али нисам најсигурнији да и даље умем сам да проценим. Наиме, један човек из базе има разлику на 5 маркера на 18 маркера. Односно, он је тестиран на 37 маркера а ја сам радио код нас у Србији на мање маркера па сам издвојио оне маркере које имамо заједничке и разликује се за 5. Колико би то година разлике између заједничког претка могло да буде?

Велико хвала, унапред!
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Милош мај 16, 2017, 11:57:18 поподне
Прочитао сам тему о основама али нисам најсигурнији да и даље умем сам да проценим. Наиме, један човек из базе има разлику на 5 маркера на 18 маркера. Односно, он је тестиран на 37 маркера а ја сам радио код нас у Србији на мање маркера па сам издвојио оне маркере које имамо заједничке и разликује се за 5. Колико би то година разлике између заједничког претка могло да буде?

Велико хвала, унапред!

Cувишe мaлo мapкepa дa би ce дao oдгoвop o зajeдничкoм пpeтку... C дpугe cтpaнe, peкao биx дa 5/18 ниje мaлo...
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Гмитар мај 18, 2017, 11:39:29 пре подне
Cувишe мaлo мapкepa дa би ce дao oдгoвop o зajeдничкoм пpeтку... C дpугe cтpaнe, peкao биx дa 5/18 ниje мaлo...

Значи сасвим је могуће да је то неки заједнички предак пре 2000 година (на пример), да није ништа ближе? Је л' би ти значило нешто можда уколико бих окачио маркере па да се упоређују конкретни маркери?
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Милош мај 18, 2017, 02:24:01 поподне
Значи сасвим је могуће да је то неки заједнички предак пре 2000 година (на пример), да није ништа ближе? Је л' би ти значило нешто можда уколико бих окачио маркере па да се упоређују конкретни маркери?

Eвo ти oвa тaбeлa ca мapкepимa и бpзинa мутaциja, a иcпoд кaлкулaтop кojи пoкaзуje бpoj гeнepaциja дo зajeдничкoг пpeткa и вepoвaтнoћу:

http://www.rogersdna.com/geddna/mutate.php

http://www.moseswalker.com/mrca/calculator.asp?q=1

Мoждa ти пoмoгнe...
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Гмитар мај 18, 2017, 04:13:56 поподне
Eвo ти oвa тaбeлa ca мapкepимa и бpзинa мутaциja, a иcпoд кaлкулaтop кojи пoкaзуje бpoj гeнepaциja дo зajeдничкoг пpeткa и вepoвaтнoћу:

http://www.rogersdna.com/geddna/mutate.php

http://www.moseswalker.com/mrca/calculator.asp?q=1

Мoждa ти пoмoгнe...

Еее ово је одлична ствар, баш сам тражио овако нешто. Хвала ти пуно Милоше!
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Rus јануар 05, 2019, 09:11:46 пре подне
Imam jos jedno pitanje: ima li uticaj na markeri Y-hromozoma geni sa strane materi ili naprimer klima druge zemlje?
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Зрно јануар 05, 2019, 09:45:23 пре подне
Imam jos jedno pitanje: ima li uticaj na markeri Y-hromozoma geni sa strane materi ili naprimer klima druge zemlje?

Не
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: НиколаВук фебруар 09, 2019, 04:53:37 поподне
Нисам знао где да поставим ово питање па сам изабрао ову тему, да не бих отварао нову. Да ли неко зна зашто Yfull не ставља STR маркер DYS385 у своје табеле модалних хаплотипова? Да подсетим, до те табеле се долази када се поред SNP-а који вас занима кликне на прозорчић "info", потом на "STRs".
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Златан фебруар 25, 2019, 02:27:19 поподне
На страници https://strbase.nist.gov/str_y456.htm пише да DYS456 има "mutation rate 0.53%", док на https://yhrd.org/tools/marker/DYS456 пише да је "mutation rate": 4.41e-03 (35 in 7940)


Шта то конкретно значи? Ради ли се о брзо мутирајућем маркеру?
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Radul фебруар 25, 2019, 08:51:52 поподне
На страници https://strbase.nist.gov/str_y456.htm пише да DYS456 има "mutation rate 0.53%", док на https://yhrd.org/tools/marker/DYS456 пише да је "mutation rate": 4.41e-03 (35 in 7940)


Шта то конкретно значи? Ради ли се о брзо мутирајућем маркеру?

DYS456 има стопу мутације од "0.004502" (Burgarella&Navascués, 2011), дакле спада у мало брже.
Док рецимо DYS570 (0.01261) и DYS576 (0.01622) имају иразито брзу стопу мутације; а DYS393 изразито спору 0.001034.
 
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: dons јул 06, 2019, 01:55:23 поподне
Kolika bi bila razlika u zajednockom pretku izmedju ove 2 osobe muske:
(Imaju isto prezime iz istog su kraja u krugu od 100km)

Osoba A

DYS576 19
DYS389I 13
DYS448 19
DYS389II 30
DYS19 16
DYS391 11
DYS481 30
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 19
DYS635 21
DYS390 23
DYS439 13
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 15
DYS456 15
YGATAH4 11


Osoba B

DYS576 18
DYS389I 13
DYS448 20
DYS389II 30
DYS19 17
DYS391 11
DYS481 29
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 20
DYS635 23
DYS390 24
DYS439 12
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 16
DYS456 15
YGATAH4 11


Ima 6 ili 7 razlika za samo jedan broj
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Ojler јул 06, 2019, 02:10:27 поподне
Kolika bi bila razlika u zajednockom pretku izmedju ove 2 osobe muske:
(Imaju isto prezime iz istog su kraja u krugu od 100km)

Osoba A

DYS576 19
DYS389I 13
DYS448 19
DYS389II 30
DYS19 16
DYS391 11
DYS481 30
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 19
DYS635 21
DYS390 23
DYS439 13
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 15
DYS456 15
YGATAH4 11


Osoba B

DYS576 18
DYS389I 13
DYS448 20
DYS389II 30
DYS19 17
DYS391 11
DYS481 29
DYS549 11
DYS533 13
DYS438 10
DYS437 15
DYS570 20
DYS635 23
DYS390 24
DYS439 12
DYS392 11
DYS643 10
DYS393 13
DYS458 17
DYS385a 15
DYS385b 16
DYS456 15
YGATAH4 11


Ima 6 ili 7 razlika za samo jedan broj

Превелика је разлика да би се било шта могло рећи на том броју упоредивих маркера.
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Андријић јул 06, 2019, 02:17:46 поподне
Превелика је разлика да би се било шта могло рећи на том броју упоредивих маркера.

Da htetoh upravo i ja da napišem to, osoba "A" se sa osobom "B" razlikuje na 7 markera što nije malo. Osoba A sudeći po markeru 448 pripada I2-PH908 (Dinarik Jug), a druga osoba pripada Dinarik sjeveru, pošto na markeru 448 ima vrijednost 20.
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: dons јул 06, 2019, 03:55:09 поподне
Obojica su zapravo po predanju precima iz istoga sela.Isto prezime..ista slava.Inace sta znaci kad je neki marker za samo kedan broj idaljen npr 14 i 15..da li je to bliza veza nego npr 14 i 21?
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: milpan новембар 29, 2019, 11:58:50 пре подне
Твој род је изузетно бројан и изгледа да сте сви блиски, види табелу.
Могао би ти нешто ближи бити Крунић од осталих?


Нов сам у свему овоме па је питање можда глупо: ако смо блиски, који је то ред величине? Односно, како одредити да ли је та блискост отприлике заједнички предак пре 200 или 2000 година?
Хвала.
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Radul новембар 29, 2019, 12:09:23 поподне
Нов сам у свему овоме па је питање можда глупо: ако смо блиски, који је то ред величине? Односно, како одредити да ли је та блискост отприлике заједнички предак пре 200 или 2000 година?
Хвала.

Са 23 маркера може се одредити припадност роду; и утврдити ближа или даља удаљеност тестираног унутар рода.  Може се урадити групна НЗП (TMRCA) рачуница за род али тај прорачун је оквиран.

За прецизну појединачну рачуницу до најближег заједничког претка (TMRCA) потребно је да поређени имају више тестираних маркера (Y37, 67, 111) или у најбољем случају да имају урађен неки од "Y-DNA next generation sequencing" тестова.
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: milpan новембар 29, 2019, 12:30:21 поподне
Са 23 маркера може се одредити припадност роду; и утврдити ближа или даља удаљеност тестираног унутар рода.  Може се урадити групна НЗП (TMRCA) рачуница за род али тај прорачун је оквиран.

За прецизну појединачну рачуницу до најближег заједничког претка (TMRCA) потребно је да поређени имају више тестираних маркера (Y37, 67, 111) или у најбољем случају да имају урађен неки од "Y-DNA next generation sequencing" тестова.

Ако сам добро разумео:
If two individuals exactly match at all loci in a 21 marker test, there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations

То значи да чак и да су нам свих 23 маркера идентични, једнака је вероватноћа да смо имали заједничког претка у последњих 200 година, као и да нисмо.

Настављам с истраживањем, хвала пуно на одговору!
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Ojler новембар 29, 2019, 01:48:05 поподне
...
То значи да чак и да су нам свих 23 маркера идентични, једнака је вероватноћа да смо имали заједничког претка у последњих 200 година, као и да нисмо.
...

Тачно тако. У питању је чиста вероватноћа и статистика. Мутација може да настане било кад, на било ком маркеру, између било које две генерације. Ми у суштини не знамо којим законима вероватноће подлежу промене маркера, за нас су то случајни догађаји који се дешавају са одређеном вероватноћом. Та вероватноћа се може утврдити на основу статистичких истраживања великих узорака отац-син, чиме се долази до вероватноће промене одређеног маркера. Нпр. ако се јави различит маркер у пет случајева на сто посматраних парова, онда се може сматрати да се на том локусу промена дешава једном у 20 генерација. Она не мора настати ни у сто генерација али се може десити и код два рођена брата. Али што имамо више маркера за разматрање, можемо са већом поузданошћу утврдити временски интервал, или тачније број генерација, који дели две особе до њиховог заједничког претка.
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Златан новембар 29, 2019, 02:07:45 поподне
Слажем се. Уопште се небих ослањао на неку TMRCA вероватноћу на ништа мање од Y111.
Ја имам нпр преко 40 поклапања на FTDNA са 1 разликом на Y23, а заједнички предак нам је живео пре 1500 година или више од 2000 година.

Други пример је поклапање с Пејановићем - 10 разлике на Y111 маркера, са којим не делим исту подграну.
Док са Нојевим, с којим имам 13 разлике на Y111 и делим исту грану и минимално 100 година сам ближи (у односу на Пејановића).
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Platin новембар 29, 2019, 05:12:10 поподне
Тачно тако. У питању је чиста вероватноћа и статистика. Мутација може да настане било кад, на било ком маркеру, између било које две генерације. Ми у суштини не знамо којим законима вероватноће подлежу промене маркера, за нас су то случајни догађаји који се дешавају са одређеном вероватноћом. Та вероватноћа се може утврдити на основу статистичких истраживања великих узорака отац-син, чиме се долази до вероватноће промене одређеног маркера. Нпр. ако се јави различит маркер у пет случајева на сто посматраних парова, онда се може сматрати да се на том локусу промена дешава једном у 20 генерација. Она не мора настати ни у сто генерација али се може десити и код два рођена брата. Али што имамо више маркера за разматрање, можемо са већом поузданошћу утврдити временски интервал, или тачније број генерација, који дели две особе до њиховог заједничког претка.
То се и ја питам... Неке брзине и вероватноће се знају, али нико на нашем пројекту нема деда-отац-син низ где сви имају барем 111 маркера, па да видимо шта је шта.
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Bojan новембар 29, 2019, 06:23:22 поподне
У принципу сви ови последњи постови су тачни.Ја бих само додао да постоје брзо и споро мутирајуќи маркери и на основу управо њих стручњаци дају процене могуќе повезаности меѓу тестираним кандидатима.Али на крају увјек пресуди СНИП...
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Ojler новембар 29, 2019, 08:33:32 поподне
У принципу сви ови последњи постови су тачни.Ја бих само додао да постоје брзо и споро мутирајуќи маркери и на основу управо њих стручњаци дају процене могуќе повезаности меѓу тестираним кандидатима.Али на крају увјек пресуди СНИП...

И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Radul новембар 29, 2019, 08:59:11 поподне
И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.

Па није баш то тако, упрошћаваш.  Елем, већина истраживања популационе генетике рађена су са прорачунима НЗП само на основу разлика на STR маркерима, групно. Шта више показала су се итекако тачна, тако да се користе и у новим радовима.
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Radul новембар 29, 2019, 09:10:47 поподне
Ако сам добро разумео:
If two individuals exactly match at all loci in a 21 marker test, there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations


Не може се на основу 23 маркера тврдити то (there is a 50% probability of a MRCA within the last 8 generations). Не може се радити појединачни прорачун. Што због мањег броја маркера, што због могуће конвергенције, елем не мутирају сви маркери истом брзином. Са 23 маркера можеш имати само тезу о ближе и даље повезаним унутар рода. Мада и то може бити релативно. Са друге стране, за већи род могуће је утврдити групну оквирну старост и на стандарду од Y23.





 
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Ojler новембар 29, 2019, 11:25:03 поподне
Па није баш то тако, упрошћаваш.  Елем, већина истраживања популационе генетике рађена су са прорачунима НЗП само на основу разлика на STR маркерима, групно. Шта више показала су се итекако тачна, тако да се користе и у новим радовима.

Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?

(https://imgur.com/qQl7iP2.png)
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Bojan новембар 30, 2019, 12:07:20 пре подне
И то у вези брзине промене маркера, који је брзо а који споро мутирајући, је опет емпиријски закључак. Нећеш наћи два истраживања која дају исте вероватноће мутације маркера, а налазио сам примере где су разлике добијених вероватноћа промене истог маркера и преко 50%. Мој мишљење је да је давање било какве процене TMRC само на основу разлика на STR маркерима неутемељено и безвредно.
ја управо то и рекох у последњој реченици мог поста,снип је кадија.Можемо ми просипати памет,а радо бих се другачије изразио,али снип суди и опак је и не ферма ни маркере ни живу силу...
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Radul новембар 30, 2019, 01:02:27 пре подне
Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?

(https://imgur.com/qQl7iP2.png)

Знам за то, постављао сам давно ову табелу. Постоје разлике тачно, као што постоје и за СНП рачунање. Адекватнија је она студија која има већу базу података и која је новија.
Стопе мутације по алелима:

ја управо то и рекох у последњој реченици мог поста,снип је кадија.Можемо ми просипати памет,а радо бих се другачије изразио,али снип суди и опак је и не ферма ни маркере ни живу силу...
Бојане нико не спори да је снип најбољи за одређивање НЗП-а, овде је било ријечи шта се може са 23 маркера. У чему се сви слажемо.
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Ojler новембар 30, 2019, 01:30:55 пре подне
Знам за то, постављао сам давно ову табелу. Постоје разлике тачно, као што постоје и за СНП рачунање. Адекватнија је она студија која има већу базу података и која је новија.

Шта знам... Ја ту не видим неку зависност ни од броја узорака ни од старости истраживања. Код неких маркера су након тесет година истраживања поново добијене вредности које су била добијане на почетку, а да су узорци били приближно исти, с тим да су у свим оним истраживањима током тих 10 година вредности значајно осциловале. Али то нам је што нам је. Кад је реч о STR мутацијама боље процене немамо...
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Александар Невски новембар 30, 2019, 07:46:51 пре подне
Погледај ову упоредну табелу резултата 14 различитих истраживања стопе мутације STR маркера. Неке стопе се за исти маркер разликују и по 400%. Како се онда може тврдити да су процене на бази оваквих параметара поуздане?

(https://imgur.com/qQl7iP2.png)

Молим да се овоме скупу процѣн брзина промѣне на ознаках дода и моя: (Невски 2015):

https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=739.msg14353#msg14353
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Ojler новембар 30, 2019, 11:18:51 пре подне
Молим да се овоме скупу процѣн брзина промѣне на ознаках дода и моя: (Невски 2015):

https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=739.msg14353#msg14353

Хвала Невски! Јеси ли можда у међувремену урадио нове процене стопа мутације?
Наслов: Одг: Питање везано за разлику у маркерима
Порука од: Александар Невски новембар 30, 2019, 04:52:11 поподне
Хвала Невски! Јеси ли можда у међувремену урадио нове процене стопа мутације?

Не, иако више пута размишљах о том. Йедноставно не постизавам од других работа.