Аутор Тема: I2-Z17855  (Прочитано 52041 пута)

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2674
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #400 послато: јануар 14, 2020, 12:27:59 поподне »
Да, то би био најјефтинији начин. Уједно је и Мирило најповољнији за тестирање, јер се од херцеговачких Мириловића одвојио бар 500 година уназад. Али би се на исти тај сет могао тестирати и неко од Мириловића који вама Михићима по родословљу стоји најдаље. Што даљи то бољи кандидат. Ово пишем из перспективе да се открију заједнички Снп-ови Мириловића.

Док би за откривање специфичних Михићевских СНП-ова био потребан вама по родословљу што ближи кандидат.

Двојицу тестираних Михића би требало да дели седам или осам генерација, а осам генерација је практично до родоначелника Михе, тако да међу СНП-овима нове гране не може бити много оних које поседују искључиво Михићи. Можда један или два.
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4127
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #401 послато: јануар 14, 2020, 12:43:16 поподне »
Да, тако и ја разумем, зато сам и рекао да је грана Михића. Када буде још неки узводни Мириловић, доћи ће до гранања. Требали би имати Капора ове године.
Не знам има ли смисла да од ових девет СНП-ова који тренутно дефинишу нову грану направимо један панел код YSEQ-a на који би смо онда тестирали Мирила? Тиме би смо вероватно разлучили шта су оригинални СНП-ови Мириловића.

Мислим да ти приватни панели нису нимало јефтини. У зависности колико би СНП-а било у панелу, цена по СНП-у је око 14,5$. Панел од 9 СНП-а би дакле коштао око 130$. Још 50-ак $ и може да се тестира код Дантеа. :)
« Последња измена: јануар 14, 2020, 12:51:00 поподне Милош »

Ван мреже Грк

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 782
Одг: I2-Z17855
« Одговор #402 послато: јануар 14, 2020, 01:25:43 поподне »
Честитам Ојлер!

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2674
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #403 послато: јануар 14, 2020, 01:57:34 поподне »
Честитам Ојлер!

Хвала  :D!

Мислим да ти приватни панели нису нимало јефтини. У зависности колико би СНП-а било у панелу, цена по СНП-у је око 14,5$. Панел од 9 СНП-а би дакле коштао око 130$. Још 50-ак $ и може да се тестира код Дантеа. :)

И то је тачно. Једино што код Дантеа треба чекати да буде акција, а ту је онда и доплата за пребацивање на Hg38 и још 50$ YFull-у кад се већ ради Велики. Јесте да се добије значајно више али свеукупно није баш сасвим упоредиво ни по цени ни по трајању.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2674
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #404 послато: јануар 14, 2020, 02:01:22 поподне »
...
Логичније би ми било да су на YFullu оставили стари назив ове гране- PH3414, јер је већ био потврђен у једном анонимном научном раду, и код Мирила из далмације.
...

Мени је ово такође нејасно. Ја верујем да сви Мириловићи не деле Y48807, тако да ће се њихова грана морати углављивати изнад Y48807, вероватно под именом PH3414.
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4127
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #405 послато: јануар 14, 2020, 02:02:53 поподне »
Хвала  :D!

И то је тачно. Једино што код Дантеа треба чекати да буде акција, а ту је онда и доплата за пребацивање на Hg38 и још 50$ YFull-у кад се већ ради Велики. Јесте да се добије значајно више али свеукупно није баш сасвим упоредиво ни по цени ни по трајању.

Мислим да се више не доплаћује код Дантеа за Hg38. Добија се VCF као Hg19 и BAM као Hg38. Нека ме исправи неко ако грешим.

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1357
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: I2-Z17855
« Одговор #406 послато: јануар 14, 2020, 02:11:42 поподне »
Мени је ово такође нејасно. Ја верујем да сви Мириловићи не деле Y48807, тако да ће се њихова грана морати углављивати изнад Y48807, вероватно под именом PH3414.

Мени је јасно. Они намерно бирају друге СНП-ове да би се разликовали међусобно и не гледају шта је реално. Чист доказ је код моје гране, што су FTDNA и Yfull изабрали различите СНП-ове да одређују гране, а онда се појавио и Yseq са својим панелом и неким трећим СНП-овима.

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2674
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #407 послато: јануар 14, 2020, 03:38:22 поподне »
Од девет SNP-ова који дефинишу нову грану ми је занимљив BY84642. Изгледа да је тај откривен и именован у неком BigY тесту из 2018. године, док су сви остали који почињу са Y именовани од стране YFull-а 2015 године и потичу вероватно из теста првог Михића који је радио BigY. Ту је наравно и PH3414 за који знамо како је откривен.
Постоји ли неки начин да се на ФТДНА види ко поседује ту BY84642 мутацију?
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1860
  • I2>Z17855>FT173833
Одг: I2-Z17855
« Одговор #408 послато: јануар 14, 2020, 03:54:21 поподне »
Од девет SNP-ова који дефинишу нову грану ми је занимљив BY84642. Изгледа да је тај откривен и именован у неком BigY тесту из 2018. године, док су сви остали који почињу са Y именовани од стране YFull-а 2015 године и потичу вероватно из теста првог Михића који је радио BigY. Ту је наравно и PH3414 за који знамо како је откривен.
Постоји ли неки начин да се на ФТДНА види ко поседује ту BY84642 мутацију?

Мутација BY84642 налази се на локацији 11069203 (hg38), доста близу центромере, тако да са њим иначе треба бити опрезан. Али занимљиво је ако већ постоји.

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2674
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #409 послато: јануар 14, 2020, 04:24:49 поподне »
Мутација BY84642 налази се на локацији 11069203 (hg38), доста близу центромере, тако да са њим иначе треба бити опрезан. Али занимљиво је ако већ постоји.

Нисам ни ја баш сигуран, али тако изгледа. Према наводима YFull-а SNP-ови који почињу са BY су из BigY тестирања, а према сајту Genetic Homelend извор овог SNP-а је ФТДНА из 2018. године. Пошто се први Михић тестирао још 2015. године, такође код ФТДНА, онда испада да је BY84642 именован касније, можда на основу налаза у неком другом резултату. Мада, питање је и колико је информација Genetic Homelend-а поуздана.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 365
Одг: I2-Z17855
« Одговор #410 послато: јануар 14, 2020, 04:39:33 поподне »
Нисам ни ја баш сигуран, али тако изгледа. Према наводима YFull-а SNP-ови који почињу са BY су из BigY тестирања, а према сајту Genetic Homelend извор овог SNP-а је ФТДНА из 2018. године. Пошто се први Михић тестирао још 2015. године, такође код ФТДНА, онда испада да је BY84642 именован касније, можда на основу налаза у неком другом резултату. Мада, питање је и колико је информација Genetic Homelend-а поуздана.

Иако је FTDNA именовала тај SNP, чини се да га игнорише. Провјерио сам да ли је неко од наших Z17855 позитиван на овај SNP (додуше немам приступ Михићевом налогу, што би било најкорисније) и показије опцију No results, као да тај регион није ни тестиран. У сваком случају на сајту FTDNA у бази SNP-ова који су у опцији за поређење нема BY84642.


Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2674
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #411 послато: јануар 14, 2020, 04:55:58 поподне »
Иако је FTDNA именовала тај SNP, чини се да га игнорише. Провјерио сам да ли је неко од наших Z17855 позитиван на овај SNP (додуше немам приступ Михићевом налогу, што би било најкорисније) и показије опцију No results, као да тај регион није ни тестиран. У сваком случају на сајту FTDNA у бази SNP-ова који су у опцији за поређење нема BY84642.

Михић је свакако позитиван на овај SNP код YFull-а, то је јасно. Да ли је то уопште могуће да FTDNA не пронађе неки SNP а да га YFull нађе, на основу истог BAM-а?
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Златан

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 417
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: I2-Z17855
« Одговор #412 послато: јануар 14, 2020, 05:00:14 поподне »
Михић је свакако позитиван на овај SNP код YFull-а, то је јасно. Да ли је то уопште могуће да FTDNA не пронађе неки SNP а да га YFull нађе, на основу истог BAM-а?

Мислим да га препознају и једни и други, али да се може десити да га ФТДНА не препозна као релевантног, док га YFull напротив сврста у важне. У мом случају, то је СНП Е-Y172393 кога ФТДНА не помиње (иако је и сировим подацима потврђено да је очитан), док је на YFull-у опредељујући.
« Последња измена: јануар 14, 2020, 05:02:01 поподне Златан »

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2674
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #413 послато: јануар 14, 2020, 05:03:56 поподне »
Мислим да се више не доплаћује код Дантеа за Hg38. Добија се VCF као Hg19 и BAM као Hg38. Нека ме исправи неко ако грешим.

Ја не бих рекао, пошто видим да људи који су добили резултате са акције која је била за Црни Петак и даље раде аналитику BAM-а на bam.iobio.io који подржава једино Hg19 поравнање.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2674
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #414 послато: јануар 14, 2020, 05:08:49 поподне »
Мислим да га препознају и једни и други, али да се може десити да га ФТДНА не препозна као релевантног, док га YFull напротив сврста у важне. У мом случају, то је СНП Е-Y172393 кога ФТДНА не помиње (иако је и сировим подацима потврђено да је очитан), док је на YFull-у опредељујући.

Онда може бити да је BY84642 пронађен једино код Михића, још 2015. године, али да га је ФТДНА именовао тек 2018. Мада ми је онда чудно да му YFull није у међувремену дао друго име које почиње на Y, јер су га и они очито пронашли још 2015. године.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Romanijski

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 506
  • I2 DS PH908>A5913>A22312>BY152858
Одг: I2-Z17855
« Одговор #415 послато: јануар 14, 2020, 05:14:15 поподне »
Мислим да га препознају и једни и други, али да се може десити да га ФТДНА не препозна као релевантног, док га YFull напротив сврста у важне. У мом случају, то је СНП Е-Y172393 кога ФТДНА не помиње (иако је и сировим подацима потврђено да је очитан), док је на YFull-у опредељујући.
Сви тестови су изгледа направљени ,, дођи још кои пут" . Сваки у некој хапло групи као да има проблем. Баш би био интересантан NGSx50  u I2, али до тада протећиће много воде...

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4127
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #416 послато: јануар 14, 2020, 08:54:55 поподне »
Ја не бих рекао, пошто видим да људи који су добили резултате са акције која је била за Црни Петак и даље раде аналитику BAM-а на bam.iobio.io који подржава једино Hg19 поравнање.

Биће да си у праву. Пребацивање са Hg19  на Hg38 преко Yseq-а је 25$.

http://www.yseq.net/product_info.php?products_id=107732

Међутим изгледа да није потребно да се пребацује, јер Yfull сам то одради, односно не утиче на одређивање позиције и промене. Мислим да Синиша може ово да потврди или демантује.

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2674
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: I2-Z17855
« Одговор #417 послато: јануар 14, 2020, 09:10:57 поподне »
Биће да си у праву. Пребацивање са Hg19  на Hg38 преко Yseq-а је 25$.

http://www.yseq.net/product_info.php?products_id=107732

Међутим изгледа да није потребно да се пребацује, јер Yfull сам то одради, односно не утиче на одређивање позиције и промене. Мислим да Синиша може ово да потврди или демантује.

Ја знам да једно време Yfull није прихватао Hg19 формат. Раније јесте, после није, а не знам како је сад.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 365
Одг: I2-Z17855
« Одговор #418 послато: јануар 14, 2020, 09:21:39 поподне »
Алгоритам YFulla ради у обе варијанте и HG38 и HG19, тако да не видим разлог да не прихвате Hg19. Иначе, мање више је свеједно да ли ће бити обрађено у Hg19 или Hg38, ту може бити ситних разлика, али не само у корист Hg38 већ и обрнуто.

На YFullu кажу да је Hg38 захватио и неке регионе близу центромере и да су услијед тога појављују додатни непоуздани SNP-ови, од којих нема пуно користи,а могу навести на пограшан траг.

Моји резултати су нпр и даље у Hg19 формату. Мислим да није неопходно пребацивати у Hg38.