Форум - Порекло
ДНК порекло => Аутосомална ДНК => Тему започео: Небојша Мај 23, 2026, 12:38:03 поподне
-
DNA Phasing je веома користан алат, уколико желите да откријете који сте део днк наследили од оца, који од мајке. То даље отвара могућност да се види које поклапање долази са које стране, које сте компоненте наследили од ког родитеља, итд.
Алат је доступан на GEDmatch (Tier) и DNAGenics.
Мислим да је могуће одрадити и када није нико од родитеља тестиран, али је значајно презицније када се тестира бар један родитељ (преко 95% прецизности). Најбоље је свакако ако су оба родитеља тестирана.
Дакле добијете 2 нова профила, Phased мајка (M) и Phased отац (P), сваки профил представља оних 50% днк које сте наследили од једног, тј. од другог. Колико сам успео да се информишем, фазирање је доста користна алатка, пошто на неки начин може да очисти шумове који се дешавају када се очева и мајчина генетика укрсте. Такође, ако је један родитељ тестиран преко неке лабораторије чији RAW није компитабилан са GEDmatch, на основу профила детета могу да "реконструишу" један део днк који нису успели.
Све у свему, јако корисно ако некога занима шта је тачно наследио од оца, а шта од мајке. Те нове профиле (Phased) касније можете убацивати у разне калкулаторе, па ево мог примера за K13.
Мајка
(https://iili.io/CHjNy0l.png)
Отац
(https://iili.io/CHjO9g2.png)
На прву ми је резултат био нелогичан, али с обзиром да сам и у другој лабораторији добио исте резултате, нема сумње да је то и реалан образац, тј. реално наслеђе од родитеља. Моја позиција и на K13 и на G25 је у српском центру, мајка (прави K13 профил) je померена ка истоку (Бугарска, Румунија), док је отац (симулација) природно померен више ка западу.
Сходно томе, моја претпоставка је била да сам од мајке добио више старобалканско-медитеранске генетике, а да ме отац, условно, вратио у центар. Међутим, Phasing каже другачије. Од мајке сам наследио екстремнију North_Atlantic-Baltic компоненту, док је очев профил избалансиранији и са нешто више источномедитеранског утицаја, што ме опет враћа у центар. Очев Phasing заправо изгледа као реална особа (вероватно да му јесте такав K13). Разлог за то је вероватно што су прво мајци (тестирана) дали све оно што су видели да је њено код мене, а онда су све остало "дали" оцу.
Занимљиво да им се у Phased профилима, осим израженог С. Атлантика и Балтика, јавља и повишен Западни Медитеран, па се питам да ли тај очишћени Phased профил пoказује које медитеранске компоненте Срби заиста више имају. У реалним профилима се Србима већ појављује и подоста East Mediterranean и West Asian, што може бити прерасподела неке опште медитеранске компоненте.
Свакако је интерсантно како функционишу ова правила наслеђивања и "рекомбинација" гена. :)
Ако је још неко радио овај Phasing, нека подели овде.
-
DNA Phasing je веома користан алат, уколико желите да откријете који сте део днк наследили од оца, који од мајке. То даље отвара могућност да се види које поклапање долази са које стране, које сте компоненте наследили од ког родитеља, итд.
Алат је доступан на GEDmatch (Tier) и DNAGenics.
Мислим да је могуће одрадити и када није нико од родитеља тестиран, али је значајно презицније када се тестира бар један родитељ (преко 95% прецизности). Најбоље је свакако ако су оба родитеља тестирана.
Дакле добијете 2 нова профила, Phased мајка (M) и Phased отац (P), сваки профил представља оних 50% днк које сте наследили од једног, тј. од другог. Колико сам успео да се информишем, фазирање је доста користна алатка, пошто на неки начин може да очисти шумове који се дешавају када се очева и мајчина генетика укрсте. Такође, ако је један родитељ тестиран преко неке лабораторије чији RAW није компитабилан са GEDmatch, на основу профила детета могу да "реконструишу" један део днк који нису успели.
Све у свему, јако корисно ако некога занима шта је тачно наследио од оца, а шта од мајке. Те нове профиле (Phased) касније можете убацивати у разне калкулаторе, па ево мог примера за K13.
Мајка
(https://iili.io/CHjNy0l.png)
Отац
(https://iili.io/CHjO9g2.png)
На прву ми је резултат био нелогичан, али с обзиром да сам и у другој лабораторији добио исте резултате, нема сумње да је то и реалан образац, тј. реално наслеђе од родитеља. Моја позиција и на K13 и на G25 је у српском центру, мајка (прави K13 профил) je померена ка истоку (Бугарска, Румунија), док је отац (симулација) природно померен више ка западу.
Сходно томе, моја претпоставка је била да сам од мајке добио више старобалканско-медитеранске генетике, а да ме отац, условно, вратио у центар. Међутим, Phasing каже другачије. Од мајке сам наследио екстремнију North_Atlantic-Baltic компоненту, док је очев профил избалансиранији и са нешто више источномедитеранског утицаја, што ме опет враћа у центар. Очев Phasing заправо изгледа као реална особа (вероватно да му јесте такав K13). Разлог за то је вероватно што су прво мајци (тестирана) дали све оно што су видели да је њено код мене, а онда су све остало "дали" оцу.
Занимљиво да им се у Phased профилима, осим израженог С. Атлантика и Балтика, јавља и повишен Западни Медитеран, па се питам да ли тај очишћени Phased профил пoказује које медитеранске компоненте Срби заиста више имају. У реалним профилима се Србима већ појављује и подоста East Mediterranean и West Asian, што може бити прерасподела неке опште медитеранске компоненте.
Свакако је интерсантно како функционишу ова правила наслеђивања и "рекомбинација" гена. :)
Ако је још неко радио овај Phasing, нека подели овде.
Која си хаплогрупа?
-
Ovako otprilike izgleda kada nijedan roditelj nije testiran. Najkasnije u oktobru bi trebalo da imam mamine rezultate, pa će biti zanimljivo videti koliko se ovo poklapa sa njima.
(https://i.postimg.cc/DwyjvPV4/K13.png)
-
Ovako otprilike izgleda kada nijedan roditelj nije testiran. Najkasnije u oktobru bi trebalo da imam mamine rezultate, pa će biti zanimljivo videti koliko se ovo poklapa sa njima.
(https://i.postimg.cc/DwyjvPV4/K13.png)
Одлично што си ово урадио, Стефане. Сада знамо бар како функционише када није тестиран родитељ. Заправо си добио средње вредности својих родитеља, што није увек правило за admixture калкулаторе. Одлично ако K13 тако функционише, мада је то нека рационална претпоставка.
Има само доста шума код родитеља (ови мањи проценти), то ће да се прочисти са фазирањем. Не знам само на који начин одреде шта иде од мајке, шта од оца, видим да је у питању заправо чиста статистика. Тврде да је 90% поуздано, што је реално велика прецизност. И нагласили су да је могућа појава шума.
Statistical
~90% Accuracy
Phasing Without Parents
Uses population-level haplotype patterns to statistically separate your chromosomes into maternal and paternal contributions.
Separate maternal/paternal DNA
No parental samples needed
Some ancestry noise expected
-
Ево "фазирао" сам и ја, и проценти су јако слични, као да су рођаци у питању, Боже сачувај. ???
Резултати изгледају непотпуно и многе компоненте недостају.
Небојша, можеш ли да протумачиш?
К13
(https://i.imgur.com/unzrYVw.jpeg)
(https://i.imgur.com/PfBTeiW.jpeg)
К36
(https://i.imgur.com/eMSnJwX.jpeg)
(https://i.imgur.com/DNIiOVf.jpeg)
-
Ovako otprilike izgleda kada nijedan roditelj nije testiran. Najkasnije u oktobru bi trebalo da imam mamine rezultate, pa će biti zanimljivo videti koliko se ovo poklapa sa njima.
(https://i.postimg.cc/DwyjvPV4/K13.png)
Како си добио пун профил са свим компонентама, док Небојша и ја нисмо?
-
Ево "фазирао" сам и ја, и проценти су јако слични, као да су рођаци у питању, Боже сачувај. ???
Резултати изгледају непотпуно и многе компоненте недостају.
Небојша, можеш ли да протумачиш?
К13
(https://i.imgur.com/unzrYVw.jpeg)
(https://i.imgur.com/PfBTeiW.jpeg)
К36
(https://i.imgur.com/eMSnJwX.jpeg)
(https://i.imgur.com/DNIiOVf.jpeg)
Код Стефана су само урадили статистички просек како би му родитељи изгледали на K13. Нема тестираног родитеља, па нема на основу чега да му одраде Phasing. Мислим да није фер што то уопште наплаћују (ако наплаћују).
Твоји фазирани профили већ делују као да имаш тестираног бар једног родитеља.
То што су компоненте пренадуване у Phased профилима, то је последица чињенице да се калкулатори теже сналазе са 50% генома, па долази до генерализовања и пеглања процената. Али свакако не могу да замене Балтик за Западну Азију тек тако. Твој профил на K13 је реалност када се споји генетика родитеља.
Теби се види да су оба родитеља из истог краја (равномерно наслеђе) и да постоји тенденција ка севернијој генетици (висок Балтик), што се реално види и на другим калкулаторима.
Не знам да ли је K36 добар за убацивање Phased профила. Он већ садржи велики број компоненти и може лако доћи до шума. Мислим да се треба држати K13 и K15 евентуално.
Постоји на Gedmatch и опција Evil Twin (какав назив), где ти калкулатор приказује који део ДНК ниси наследио од тестираног родитеља. И то је јако занимљиво, упоредити за фазираним профилом и сл.
Углавном је овај Phased алат најзгоднији за проналажење рођака са једне, тј. друге стране, али може да буде и добар оријентир шта смо наследили од ког родитеља, управо преко ових admixture калкулатора.
-
Код Стефана су само урадили статистички просек како би му родитељи изгледали на K13. Нема тестираног родитеља, па нема на основу чега да му одраде Phasing. Мислим да није фер што то уопште наплаћују (ако наплаћују).
Твоји фазирани профили већ делују као да имаш тестираног бар једног родитеља.
То што су компоненте пренадуване у Phased профилима, то је последица чињенице да се калкулатори теже сналазе са 50% генома, па долази до генерализовања и пеглања процената. Али свакако не могу да замене Балтик за Западну Азију тек тако. Твој профил на K13 је реалност када се споји генетика родитеља.
Теби се види да су оба родитеља из истог краја (равномерно наслеђе) и да постоји тенденција ка севернијој генетици (висок Балтик), што се реално види и на другим калкулаторима.
Не знам да ли је K36 добар за убацивање Phased профила. Он већ садржи велики број компоненти и може лако доћи до шума. Мислим да се треба држати K13 и K15 евентуално.
Постоји на Gedmatch и опција Evil Twin (какав назив), где ти калкулатор приказује који део ДНК ниси наследио од тестираног родитеља. И то је јако занимљиво, упоредити за фазираним профилом и сл.
Углавном је овај Phased алат најзгоднији за проналажење рођака са једне, тј. друге стране, али може да буде и добар оријентир шта смо наследили од ког родитеља, управо преко ових admixture калкулатора.
Немам ни ја тестиране родитеље.
Волео бих да видим овакав пун профил за К13 као што су и Стефану урадили.
Да не пропадне 26 еврића. ;D
-
Немам ни ја тестиране родитеље.
Волео бих да видим овакав пун профил за К13 као што су и Стефану урадили.
Да не пропадне 26 еврића. ;D
У том случају не знам како су вам толико различити резултати. Поручили сте обојица DNAPhasing? Твоји Phased профили делују као да су 50% наслеђа. Његови делују као пуни, избалансирани профили и то су статистички потпуно компатибилни: отац + мајка / 2 = Стефан. Могуће онда се се труде нешто да раздвоје и без да је родитељ тестиран.
-
У том случају не знам како су вам толико различити резултати. Поручили сте обојица DNAPhasing? Твоји Phased профили делују као да су 50% наслеђа. Његови делују као пуни, избалансирани профили и то су статистички потпуно компатибилни: отац + мајка / 2 = Стефан. Могуће онда се се труде нешто да раздвоје и без да је родитељ тестиран.
https://www.dnagenics.com/products/phasing
(https://i.imgur.com/JbtY0ZH.jpeg)
-
https://www.dnagenics.com/products/phasing
(https://i.imgur.com/JbtY0ZH.jpeg)
Покушавам да истражим сад, раде дакле неко статистичко фазирање. И то је солидно поуздано, али вероватно има више простора за грешке. Интересантно, ето и то је могуће. Много је наравно прецизније са једним, или оба родитеља тестирана.
-
Ovako otprilike izgleda kada nijedan roditelj nije testiran. Najkasnije u oktobru bi trebalo da imam mamine rezultate, pa će biti zanimljivo videti koliko se ovo poklapa sa njima.
(https://i.postimg.cc/DwyjvPV4/K13.png)
Када стигне резултат, биће стварно добро упоредити колико је прецизно ово статистичко фазирање. Ако је истина да је око 90%, онда резултати не би требало пуно да се разликују.
Иначе је за admixture ових фазираних профила вероватно бољи DNAGenics. Иако су K13, K15 и остали Eurogen калкулатори заправо чеда Gedmatch-а, база им је доста застарела, док DNAGenics ажурира базу два пута годишње. Такође, изгледа да DNAGenics успева да очита већи број SNP-ова, па су и резултати ближи реалности, док Gedmatch све оно што не ишчита "испегла" касније у прорачуну, па често долази до онако једноличних фазираних профила.
-
DNA Phasing je веома користан алат, уколико желите да откријете који сте део днк наследили од оца, који од мајке. То даље отвара могућност да се види које поклапање долази са које стране, које сте компоненте наследили од ког родитеља, итд.
Алат је доступан на GEDmatch (Tier) и DNAGenics.
Мајка
(https://iili.io/CHjNy0l.png)
Отац
(https://iili.io/CHjO9g2.png)
Пример за фазиране профиле на DNAGenics, са тестираним једним родитељем (мајка). Пошто отац добија профил ближи реалној особи, убацићу и блиске популације. Мајка добија неки западнословенско-централноевропски профил.
Мајка K13
(https://iili.io/CBQij99.png)
Отац K13
(https://iili.io/CBQiX87.png)
(https://iili.io/CBQmUpp.png)
Потврда из две различите фирме, јако слични резултати. Што ће рећи да је фазирање добро одрађено и да је правац наслеђивања доста верно приказан. GEDmatch мало више пегла резултате, могуће због самог алгоритма, или нешто другачије базе.
-
Parent 1
(https://i.ibb.co/Kpt1fZ2q/Parent-1.png)
Parent 2
(https://i.ibb.co/jvCXvcQ0/Parent-2.png)
Ja
(https://i.ibb.co/mVw55Fv5/One-Love.png)
Parent 1
Distance to: Parent_1
2.97371821 Moldovan_South
3.33273161 Bulgarian_Northwestern
4.02103221 Romanian_Dobruja
4.18080136 Pomak_Bulgaria
4.36127275 Bulgarian_Northcentral
4.37425422 Serb_SouthSerbia
4.39334724 Vlach_Serbia
4.41327543 Montenegro_SouthEast
4.43651891 Romanian_Muntenia
4.56253219 Romanian_Banat
4.63946118 Romanian_Moldavia_South
4.67911316 Romanian_Oltenia
4.78909177 Romanian_Transylvania
4.92123968 Serb_KosovoMetohija
4.96011089 Bulgarian_Southwestern
5.14789277 Bulgarian_Southcentral
5.18286600 Serb_EastSerbia
5.19524783 Serb_Vojvodina
5.33359166 Pomak_Greece
5.37085654 Romanian_Crişana
5.76632465 Bosniak_Sandzak_East
5.87885193 Serb_Herzegovina
5.89211337 Romanian_Moldavia_Central
6.13560918 Serb_CentralSerbia
6.30153156 Serb_Dalmatia
Target: Parent_1
Distance: 676.4815% / 6.76481466
54.6 Paleo-Balkan
45.4 Early_Slavic
Parent 2
Distance to: Parent_2
2.73835717 Serb_KosovoMetohija
2.94100323 Bosniak_Sandzak_East
3.14416921 Montenegro_SouthEast
3.51762704 Romanian_Oltenia
3.83631333 Vlach_Serbia
3.91063933 Romanian_Banat
3.97783861 Romanian_Transylvania
4.18933169 Serb_Herzegovina
4.35032183 Bulgarian_Northwestern
4.48063612 Romanian_Dobruja
4.49006681 Romanian_Muntenia
4.49518631 Romanian_Crişana
4.55861821 Romanian_Moldavia_South
4.57185958 Bulgarian_Southwestern
4.57527048 Montenegro_Old_Herzegovina
4.74082271 Serb_Vojvodina
5.07179455 Serb_SouthSerbia
5.23414750 Macedonian_North
5.69128281 Bulgarian_Northcentral
5.69797332 Serb_Dalmatia
5.76974869 Bulgarian_Southcentral
5.78204981 Serb_CentralSerbia
5.92885318 Serb_EastSerbia
6.03368047 Macedonian_East
6.04796660 Serb_SouthwestSerbia
Target: Parent_2
Distance: 385.8570% / 3.85856988
58.4 Paleo-Balkan
41.6 Early_Slavic
Ja
Distance to: OneLove
2.96968012 Bulgarian_Northwestern
3.18290748 Serb_KosovoMetohija
3.19742084 Montenegro_SouthEast
3.46482323 Romanian_Oltenia
3.50082847 Vlach_Serbia
3.59811062 Romanian_Banat
3.59841632 Romanian_Dobruja
3.78674002 Romanian_Muntenia
3.86904381 Romanian_Transylvania
3.93403101 Bosniak_Sandzak_East
4.03714008 Moldovan_South
4.10006098 Romanian_Moldavia_South
4.13107734 Serb_SouthSerbia
4.13160986 Bulgarian_Southwestern
4.32259182 Bulgarian_Northcentral
4.50095545 Romanian_Crişana
4.54093603 Serb_Vojvodina
4.59179703 Serb_Herzegovina
4.68881648 Pomak_Bulgaria
4.79125245 Bulgarian_Southcentral
5.16697203 Serb_EastSerbia
5.32901492 Montenegro_Old_Herzegovina
5.49769042 Macedonian_North
5.57858405 Serb_CentralSerbia
5.63678987 Serb_Dalmatia
Target: OneLove
Distance: 535.5845% / 5.35584499
56.6 Paleo-Balkan
43.4 Early_Slavic
-
G25
(https://i.ibb.co/G4Pv4qy9/G25.png)
Target: Parent_1_scaled
Distance: 1.6234% / 0.01623423
47.4 Slavic
32.0 West_Paleo_Balkan
19.8 Eastern_Roman_Anatolian
0.8 Rouran_Khaganate
Target: Parent_2_scaled
Distance: 1.7913% / 0.01791328
38.4 West_Paleo_Balkan
35.4 Slavic
22.0 Eastern_Roman_Anatolian
2.6 East_Paleo-Balkan
1.6 Rouran_Khaganate
Target: OneLove
Distance: 2.5820% / 0.02582010
42.2 West_Paleo_Balkan
40.0 Slavic
15.6 Eastern_Roman_Anatolian
2.2 Central_Paleo_Balkan
-
Да ли је ово фазирање са тестираним родитељима, или са непознатим ? Делује да су у овим горе просецима заправо само урадили статистичко фазирање: отац + мајка / 2 = дете.
Где си радио, DNAGenics?
А што се G25 тиче, постоји нека слична опција, или ?
-
Да ли је ово фазирање са тестираним родитељима, или са непознатим ? Делује да су у овим горе просецима заправо само урадили статистичко фазирање: отац + мајка / 2 = дете.
Где си радио, DNAGenics?
А што се G25 тиче, постоји нека слична опција, или ?
Nepoznatim. Ne zele moji da se testiraju.
Da, DNAGenics. Daju i G25 za njih pa sam ih ubacio u jedan kalkulator.
Ne deluje loše. Sigurno nije 100% tačno ali trebalo bi da je to to. Jedna strana je iz Crne Gore, juzne Srbije, druga je iz Vojvodine, tu postoji neko moguće Vlaško poreklo.
Možeš da uzmeš k36 od svojih preko Ged i napravis G25 pa ako želiš daću ti source(Slavic,Balkan itd)
-
Nepoznatim. Ne zele moji da se testiraju.
Da, DNAGenics. Daju i G25 za njih pa sam ih ubacio u jedan kalkulator.
Ne deluje loše. Sigurno nije 100% tačno ali trebalo bi da je to to. Jedna strana je iz Crne Gore, juzne Srbije, druga je iz Vojvodine, tu postoji neko moguće Vlaško poreklo.
Možeš da uzmeš k36 od svojih preko Ged i napravis G25 pa ako želiš daću ti source(Slavic,Balkan itd)
Изгледа да раде само статистичко фазирање (када нису тестирани родитељи), па резултати испадају доста логични. Када је тестиран један родитељ, ситуација није тако чиста, пошто наслеђивање не функционише на тај начин. Не знам да ли је уопште корисно убацивати њихове G25 за фазиране порфиле, пошто су одрађени само на основу 50% генома, остатак су морали да "погађају".
-
Упитно је уопште да ли је DNAPhasing добар за оно што нас занима, admixture, или G25. Вероватно да одраде добро само фазирање ако је познат један, или оба родитеља, али је то пре свега корисно за одређивање који днк рођаци долазе са које стране.
Када је у питању K13, G25, ти алати су направљени тако да раде са читавим геномом, па када добију један такав фазирани фајл, вероватно "полуде" и може доћи до пеглања резултата, преувеличавања, шума и других грешака. Ја имам такав пример, мајка ми је на фазираним калкулаторима дијаметрално супротна особа од онога што јесте у правим калкулаторима. Теоретски је могуће да се наследи доминантније један блок гена од родитеља, али питање је да ли то може ићи баш тако екстремно.
Видећемо још Стефанов резултат када стигне тест за једног родитеља, али скептичан сам по питању admixture процене на основу фазираних профила.
-
A znas sta je fora, ja sam slucajno izmedju Parent 1 i Parent 2 na PCA, ti G25 od Parents su od DNAGenics a ja sam stavio svoje od Davidskog. Kad ja koristim iste G25 od DNAGenics totalno je drugacije, juzniji sam od njih sto nije logicno.
Distance to: DNAGenics_scaled
0.01326015 Pomak_Rhodope_Mountains
0.01444141 Bulgarian
0.01681724 Romanian
0.01707363 Macedonian
0.02037564 Pomak_Danubian_Plain
0.02048833 Pomak_Almopia_Plain
0.02119106 Pomak_Tikves_Plain
0.02141165 Gagauz
0.02226500 Montenegrin
0.02451335 Turkish_North_Macedonia
0.02455732 Serbian
0.02533550 Greek_East_Macedonia_and_Thrace
0.02807750 Torbeši_Polog
0.02916952 Italian_Northeast
0.02934836 Moldovan
0.02968911 Rumelia_East
0.03135961 Greek_Central_Macedonia
0.03386520 Albanian
0.03406580 Bosnian
0.03490876 Turkish_West_Macedonia
0.03515817 Greek_Macedonia
0.03705290 Swiss_Italian
0.03838327 Italian_Veneto
0.03887402 Italian_Friuli_Venezia_Giulia_Sappada
0.03921932 Patriyot_West_Macedonia
Na trenutak je delovalo logicno. Jbg. Mozda samo da se gleda K13 ostalo nije bas dobro.
-
A znas sta je fora, ja sam slucajno izmedju Parent 1 i Parent 2 na PCA, ti G25 od Parents su od DNAGenics a ja sam stavio svoje od Davidskog. Kad ja koristim iste G25 od DNAGenics totalno je drugacije, juzniji sam od njih sto nije logicno.
Distance to: DNAGenics_scaled
0.01326015 Pomak_Rhodope_Mountains
0.01444141 Bulgarian
0.01681724 Romanian
0.01707363 Macedonian
DNAGenics након фазирања пошаље RAW фајлове и Scaled G25 координате за те фазиране профиле. Али када се ради фазирање са познатим родитељем, онда G25 није од користи, пошто на основу таквог фајла не могу добро да одраде координате, то је сигурно. Када се ради фазирање без тестираних родитеља, онда они статистички фазирају и зато те G25 имају неког смисла, али опет нису сасвим прецизне. У сваком случају, Давидски увек има предност за G25.
Генерално треба ибегавати фазирање ако није тестиран барем један родитељ. То је чиста статистика. Са једним родитељем (DUO Phasing) већ могу јасно да раздвоје шта долази од мајке, или оца. Корисно за разграничавање днк рођака и донкеле за admixture тих фазираних профила. Верније, по свему судећи, одреде профил за родитеља који није тестиран. Пошто од већ тестираног родитеља издвоје све оно што је сигурно од њега, постоји већи број SNP-ова који се подударају, а тада нису сигурни шта тачно долази од тог родитеља, па је најлакше да га избаце. На тај начин остаје доста "рупа" у фазираном профилу тестираног родитеља, па самим тим ни каснији admixture није верно приказан. Са друге стране, све друго што сигурно не долази од тог родитеља, приписује се нетестираном родитељу и тај профил је углавном доста чистији. Што се види и у admixture.
То су ми и са GEDmatch потврдили:
"Since your mother's FTDNA kit is available - that should be used - phasing results in certain SNPs not being able to be determined. For example if you had AC at a particular SNP and your mother also had AC your phased kit could not know for sure if the A or if the C was inherited from your mother while if you had AA and your mother had AC it could be determined that you inherited your mothers A and that would go in the phased kit."
"The paternal phased kit of your kit with your mother would be more accurate to determine your father's populations than looking at yours and your mothers and trying to estimate what your father's populations would be."
За фазирање је такође важно да се користе RAW фајлови који имају веће подударање SNP-ова. Нпр. новије верзије 23andMe vs новије верзије FTDNA. Боље него стари FTDNA vs нови FTDNA, иако је иста фирма. Када су оба родитеља позната-тестирана (TRIO Phasing), онда фазирање и нема смисла превише, већ знамо како изгледају генетски, једино је корисно за раздвајање днк рођака.
Ако ништа, ја сам бар сам извукао доста верно очев генетички профил. И мање-више се поклапа са оним што сам и очекивао на основу порекла.
-
(https://i.ibb.co/0j6kZBTq/Screenshot-from-2026-06-05-00-45-22.png)
-
(https://i.ibb.co/0j6kZBTq/Screenshot-from-2026-06-05-00-45-22.png)
Ово већ G25 класик. Постоји ли нека врста фазирања и са координатама, или си ово поставио ваше регуларне резултате?
Да ли мајка има Scaled координате? Чудно да је овако "измештена" са Балкана у првих пар најближих просека (да ли код те линије постоји немачки уплив?).
-
Ово већ G25 класик. Постоји ли нека врста фазирања и са координатама, или си ово поставио ваше регуларне резултате?
Да ли мајка има Scaled координате? Чудно да је овако "измештена" са Балкана у првих пар најближих просека (да ли код те линије постоји немачки уплив?).
Ne, ovo je DNAGenics phasing. Rekao bi da su rezultati donekle razumni, jer je otac 100% sa poreklom iz Makedonije dok je kod majke situacija malo raznovrsnija (50% Makedonija, 25% Srbija, 25% Švabica).
-
Ne, ovo je DNAGenics phasing. Rekao bi da su rezultati donekle razumni, jer je otac 100% sa poreklom iz Makedonije dok je kod majke situacija malo raznovrsnija (50% Makedonija, 25% Srbija, 25% Švabica).
Ако је фазирање без тестираних родитеља, онда је статистички одрађено. И такве координате вероватно имају смисла. Видимо и код резултата других чланова (Стефан, OneLove). Фазирају тако да буде: отац + мајка / 2 = дете. Није ми сасвим јасно како то раде, вероватно иду логиком неком, раздвоје шта би могло доћи са једне тј са друге стране, а имају довољно велику базу да ураде пристојне координате и Admixture.
-
Ако је фазирање без тестираних родитеља, онда је статистички одрађено. И такве координате вероватно имају смисла. Видимо и код резултата других чланова (Стефан, OneLove). Фазирају тако да буде: отац + мајка / 2 = дете. Није ми сасвим јасно како то раде, вероватно иду логиком неком, раздвоје шта би могло доћи са једне тј са друге стране, а имају довољно велику базу да ураде пристојне координате и Admixture.
Ovo su rezultati koje sam dobio od DNAGenics za oba roditelja, tj. kako sam šta od njih nasledio.
Rade imputaciju za delove koji im fale. Inače na PCA plotu nisam baš tačno na polovini distance između roditelja, štaviše otac je više Sloven od mene, majka više Germanka, a ja sam južnije od oba roditelja.
-
Ovo su rezultati koje sam dobio od DNAGenics za oba roditelja, tj. kako sam šta od njih nasledio.
Rade imputaciju za delove koji im fale. Inače na PCA plotu nisam baš tačno na polovini distance između roditelja, štaviše otac je više Sloven od mene, majka više Germanka, a ja sam južnije od oba roditelja.
Колико разумем, нису тестирани, него си из фазирања добио њихове координате? У том случају сигурно има доста погађања, али на крају дођу до неких логичних резултата.
Јеси ли поредио са својим Scaled, или си и ти добио њихове координате након Phasing-а? Ту би требало поредити само ако су из истог извора.
-
Колико разумем, нису тестирани, него си из фазирања добио њихове координате? У том случају сигурно има доста погађања, али на крају дођу до неких логичних резултата.
Јеси ли поредио са својим Scaled, или си и ти добио њихове координате након Phasing-а? Ту би требало поредити само ако су из истог извора.
Nisu testirani.
Da, poredio sam i sa svojim scaled G25 od Davidskog, ali ovo na slici su sve od DNAGenics. Davidski mi se malo razlikuje, doduse koristio sam drugaciji kit - za DNAGenics 23andme, za Davidskog superkit kombinacija svih popularnih komercijalnih kompanija.
-
Добио сам објашњење из DNAGenics за DUO Phasing. Ипак раде коректно фазирање, нема пуно рупа и грешака, тако да и профил тестираног родитеља доста верно представља оно што сте наследили од њега:
A phased maternal file does not reproduce your mother's full ADMIXTURE or K15 profile because it is not a re-analysis of her complete genome. It is an analysis of only the subset of maternal alleles that were transmitted to you.
How autosomal inheritance works
Your mother has two homologous copies of each autosome. When a calculator such as Eurogenes K15 analyzes her full file, it estimates ancestry components from SNP patterns across both copies of her autosomes. You, however, received only one recombined haploid set from her. During meiosis, your mother's two homologous chromosomes undergo recombination, exchanging segments at crossover points. The resulting egg does not contain one intact chromosome from her mother or one intact chromosome from her father. Instead, it contains a mosaic: some segments from her maternal homolog and other segments from her paternal homolog. This means your maternal phased file represents approximately 50% of your mother's autosomal genome, but not a perfectly proportional 50% sample of every ancestry signal she carries.
Why the ADMIXTURE percentages can differ
ADMIXTURE calculators infer ancestry components from SNP-level allele patterns. If a particular ancestry signal is concentrated in certain chromosome segments, whether those segments were transmitted to you will affect the phased result.
For example, if your mother's full file contains segments modeled as East Med or West Asian, those signals may not be distributed evenly across all chromosomes. If you inherited fewer of those segments, the maternal phased file can show much lower East Med or West Asian percentages than your mother's full profile. Conversely, components such as Atlantic, Baltic, North Sea, or West Med may appear higher in the phased file if you inherited more of those regions.
This is not an error in the phasing. It is a direct consequence of how autosomal inheritance works.
Пример:
Мајчин прави K13
(https://iili.io/Cfl6dcG.png)
Мајчин Phased профил
(https://iili.io/CBQij99.png)
Мој прави K13
(https://iili.io/Cfl4pnt.png)
-
Nisu testirani.
Da, poredio sam i sa svojim scaled G25 od Davidskog, ali ovo na slici su sve od DNAGenics. Davidski mi se malo razlikuje, doduse koristio sam drugaciji kit - za DNAGenics 23andme, za Davidskog superkit kombinacija svih popularnih komercijalnih kompanija.
DNAGenics mene gura juznije
Target: OneLove_DNAGENICS_scaled
Distance: 0.5644% / 0.00564435
46.0 Balkans*(AD*500–1000)
37.8 Slavic*(AD*540–1270)
14.4 Byzantine*Anatolia*(AD*500–1100)
1.2 Germanic
0.6 Rouran_Khaganate
Target: OneLove_DavidskiG25
Distance: 1.6569% / 0.01656860
58.8 Balkans*(AD*500–1000)
39.6 Slavic*(AD*540–1270)
1.6 Byzantine*Anatolia*(AD*500–1100)
-
DNAGenics mene gura juznije
Target: OneLove_DNAGENICS_scaled
Distance: 0.5644% / 0.00564435
46.0 Balkans*(AD*500–1000)
37.8 Slavic*(AD*540–1270)
14.4 Byzantine*Anatolia*(AD*500–1100)
1.2 Germanic
0.6 Rouran_Khaganate
Target: OneLove_DavidskiG25
Distance: 1.6569% / 0.01656860
58.8 Balkans*(AD*500–1000)
39.6 Slavic*(AD*540–1270)
1.6 Byzantine*Anatolia*(AD*500–1100)
Meni na onim njihovim kalkulatorima tretira kao pola Germani (Vizigoti/Langobardi), pola Mikenci/Tracani. Ne dobijam uopste nikakve Slovene.
-
Meni na onim njihovim kalkulatorima tretira kao pola Germani (Vizigoti/Langobardi), pola Mikenci/Tracani. Ne dobijam uopste nikakve Slovene.
Треба имати на уму да су то вероватно неке њихове симулације, треба их са резервом узети. Посебно када су одрађене без тестираних родитеља. То што пише Scaled је претпостављам "прилагођено том формату". Давидски координате ту имају много већу снаге код обојице.
Могли би да направите кратак експеримент, идите на свој K36 на DNAGenics, пребаците тај резултат у G25 (симулација), а онда упоредите са координатама које су послали након фазирања. Да ли се резултати поклапају. Мада сумњам да је тако, вероватно имају неки свој систем.
-
Треба имати на уму да су то вероватно неке њихове симулације, треба их са резервом узети. Посебно када су одрађене без тестираних родитеља. То што пише Scaled је претпостављам "прилагођено том формату". Давидски координате ту имају много већу снаге код обојице.
Могли би да направите кратак експеримент, идите на свој K36 на DNAGenics, пребаците тај резултат у G25 (симулација), а онда упоредите са координатама које су послали након фазирања. Да ли се резултати поклапају. Мада сумњам да је тако, вероватно имају неки свој систем.
Slični su.
Distance to: OneLove_DNAGENICS_scaled
0.01326015 Pomak_Rhodope_Mountains
0.01444141 Bulgarian
0.01681724 Romanian
0.01707363 Macedonian
0.02037564 Pomak_Danubian_Plain
0.02048833 Pomak_Almopia_Plain
0.02119106 Pomak_Tikves_Plain
0.02141165 Gagauz
0.02226500 Montenegrin
0.02451335 Turkish_North_Macedonia
0.02455732 Serbian
0.02533550 Greek_East_Macedonia_and_Thrace
0.02807750 Torbeši_Polog
0.02916952 Italian_Northeast
0.02934836 Moldovan
0.02968911 Rumelia_East
0.03135961 Greek_Central_Macedonia
0.03386520 Albanian
0.03406580 Bosnian
0.03490876 Turkish_West_Macedonia
0.03515817 Greek_Macedonia
0.03705290 Swiss_Italian
0.03838327 Italian_Veneto
0.03887402 Italian_Friuli_Venezia_Giulia_Sappada
0.03921932 Patriyot_West_Macedonia
Target: OneLove_DNAGENICS_scaled
Distance: 0.6804% / 0.00680448 | R3P
43.2 Rumelia_East
34.6 Slovakian
22.2 Greek_Cyclades_Kea
Distance to: OneLove_simulated_g25_scaled
0.00986347 Macedonian
0.01087167 Romanian
0.01337661 Pomak_Rhodope_Mountains
0.01368098 Serbian
0.01491607 Montenegrin
0.01498998 Bulgarian
0.01938005 Pomak_Danubian_Plain
0.02278486 Gagauz
0.02316260 Moldovan
0.02516736 Greek_East_Macedonia_and_Thrace
0.02565722 Pomak_Almopia_Plain
0.02638583 Bosnian
0.02820859 Italian_Northeast
0.02831788 Pomak_Tikves_Plain
0.03005815 Torbeši_Polog
0.03149711 Turkish_West_Macedonia
0.03236360 Turkish_North_Macedonia
0.03568982 Greek_Central_Macedonia
0.03665047 Greek_Macedonia
0.03672720 Croatian
0.03676152 Rumelia_East
0.03706629 Albanian
0.03934020 Italian_Friuli_Venezia_Giulia_Sappada
0.03949530 Italian_Veneto
0.04015142 Slovenian
Target: OneLove_simulated_g25_scaled
Distance: 0.5257% / 0.00525660 | R3P
38.8 Albanian
34.8 Greek_Corinthia
26.4 Lithuanian_PZ
-
Meni na onim njihovim kalkulatorima tretira kao pola Germani (Vizigoti/Langobardi), pola Mikenci/Tracani. Ne dobijam uopste nikakve Slovene.
hahaha strašno.
Ajmo Langobardi!
(https://i.ibb.co/DDrRfPcH/Untitled.png)
-
Slični su.
Distance to: OneLove_DNAGENICS_scaled
0.01326015 Pomak_Rhodope_Mountains
0.01444141 Bulgarian
0.01681724 Romanian
0.01707363 Macedonian
0.02037564 Pomak_Danubian_Plain
0.02048833 Pomak_Almopia_Plain
0.02119106 Pomak_Tikves_Plain
0.02141165 Gagauz
0.02226500 Montenegrin
0.02451335 Turkish_North_Macedonia
0.02455732 Serbian
0.02533550 Greek_East_Macedonia_and_Thrace
0.02807750 Torbeši_Polog
0.02916952 Italian_Northeast
0.02934836 Moldovan
0.02968911 Rumelia_East
0.03135961 Greek_Central_Macedonia
0.03386520 Albanian
0.03406580 Bosnian
0.03490876 Turkish_West_Macedonia
0.03515817 Greek_Macedonia
0.03705290 Swiss_Italian
0.03838327 Italian_Veneto
0.03887402 Italian_Friuli_Venezia_Giulia_Sappada
0.03921932 Patriyot_West_Macedonia
Target: OneLove_DNAGENICS_scaled
Distance: 0.6804% / 0.00680448 | R3P
43.2 Rumelia_East
34.6 Slovakian
22.2 Greek_Cyclades_Kea
Distance to: OneLove_simulated_g25_scaled
0.00986347 Macedonian
0.01087167 Romanian
0.01337661 Pomak_Rhodope_Mountains
0.01368098 Serbian
0.01491607 Montenegrin
0.01498998 Bulgarian
0.01938005 Pomak_Danubian_Plain
0.02278486 Gagauz
0.02316260 Moldovan
0.02516736 Greek_East_Macedonia_and_Thrace
0.02565722 Pomak_Almopia_Plain
0.02638583 Bosnian
0.02820859 Italian_Northeast
0.02831788 Pomak_Tikves_Plain
0.03005815 Torbeši_Polog
0.03149711 Turkish_West_Macedonia
0.03236360 Turkish_North_Macedonia
0.03568982 Greek_Central_Macedonia
0.03665047 Greek_Macedonia
0.03672720 Croatian
0.03676152 Rumelia_East
0.03706629 Albanian
0.03934020 Italian_Friuli_Venezia_Giulia_Sappada
0.03949530 Italian_Veneto
0.04015142 Slovenian
Target: OneLove_simulated_g25_scaled
Distance: 0.5257% / 0.00525660 | R3P
38.8 Albanian
34.8 Greek_Corinthia
26.4 Lithuanian_PZ
Tebe postavlja istocnije. Tvoj rezultat je kao kod mog caleta - nesto tipa zapadna Bugarska/jugoistocna Srbija.
-
Пар савета.
1. DNAGenics: Немојте радити фазирање без тестираног барем једног родитеља. Не постоји начин да одреде шта долази од ког родтиеља, раде класично статистичко фазирање. Један блок мајци, један оцу, па резултати испадају савршено компатибилни са вашим резултатима у admixture. Направе савршени просек родитеља. Логично је самим тим да оба родитеља буду јако блиски по admixture и у PCA, тако да исто важи и за добијене G25 координате.
GEDmatch: не постоји опција фазирања без родитеља.
2. DNAGenics: Фазирање са једним тестираним родитељем. Највећи бенефит је што се добије доста верна реконструкција профила нетестираног родитеља. Фазирани профил тестираног родитеља у admixture често делује чудно, пошто се многе позиције преклапају са дететом, па се аутоматски избацују. Има више импутације. Нетестирани родитељ настаје по принципу одузимања: све што не припада тестираном родитељу, сигурно припада нетестираном. G25 координате потпуно неупотребљиве, вероватно систем не успева да ради са пола генома.
GEDmatch: Осим admixture, постоји опција поређења профила, откривања рођака са једне, тј. друге стране, откривање тзв. лажних поклапања и сл. Треба нагласити да GEDmatch користи застареле програме, па admixture често делује испеглано. То наравно зависи и од квалитета RAW фајла и самог фазирања, па је препорука за admixture DNAGenics и новији RAW фајлови (новији чип).
3. Фазирање са оба позната тестирана родитеља. Исто као и код DUO фазирања, DNAGenics бољи за admixture (али не значи пуно, пошто већ постоје резултати). За одвајање днк рођака - GEDmatch. G25 координате могуће прецизније него у претходна два случаја.
Заправо ово фазирање највише има смисла ако је познат (тестиран) један родитељ.
-
Пар савета.
1. DNAGenics: Немојте радити фазирање без тестираног барем једног родитеља. Не постоји начин да одреде шта долази од ког родтиеља, раде класично статистичко фазирање. Један блок мајци, један оцу, па резултати испадају савршено компатибилни са вашим резултатима у admixture. Направе савршени просек родитеља. Логично је самим тим да оба родитеља буду јако блиски по admixture и у PCA, тако да исто важи и за добијене G25 координате.
GEDmatch: не постоји опција фазирања без родитеља.
2. DNAGenics: Фазирање са једним тестираним родитељем. Највећи бенефит је што се добије доста верна реконструкција профила нетестираног родитеља. Фазирани профил тестираног родитеља у admixture често делује чудно, пошто се многе позиције преклапају са дететом, па се аутоматски избацују. Има више импутације. Нетестирани родитељ настаје по принципу одузимања: све што не припада тестираном родитељу, сигурно припада нетестираном. G25 координате потпуно неупотребљиве, вероватно систем не успева да ради са пола генома.
GEDmatch: Осим admixture, постоји опција поређења профила, откривања рођака са једне, тј. друге стране, откривање тзв. лажних поклапања и сл. Треба нагласити да GEDmatch користи застареле програме, па admixture често делује испеглано. То наравно зависи и од квалитета RAW фајла и самог фазирања, па је препорука за admixture DNAGenics и новији RAW фајлови (новији чип).
3. Фазирање са оба позната тестирана родитеља. Исто као и код DUO фазирања, DNAGenics бољи за admixture (али не значи пуно, пошто већ постоје резултати). За одвајање днк рођака - GEDmatch. G25 координате могуће прецизније него у претходна два случаја.
Заправо ово фазирање највише има смисла ако је познат (тестиран) један родитељ.
Nebojša, šta misliš za DNA imputation? Da li si radio?
-
Nebojša, šta misliš za DNA imputation? Da li si radio?
Нисам пробао, али сам мало истраживао о чему је реч. Иако звучи добро, не верујем да може пуно да промени слику на K13 и G25, ако користиш већ неки солидан RAW од 700 000+ SNP. Ту се, колико видим, своди на погађање сличних SNP-ова, дакле то није твоја генетика, већ он нагађа шта може бити на тој и тој позицији. Условно, може мало смањити дистанце на G25, али не верујем да би се слика драматично изменила. Лично би се држао својих SNP-ова, а Суперкит је свакако боља опција, ако имаш више тестова.
-
Код фазирања са једним родитељем добијене G25 координате нису од користи, али с обзиром да су код нетестираног родитеља сви они маркери који нису наслеђени од другог родитеља, прилично верно се може реконструисати K36 > G25. Пример колико су конзистентни ови резултати можемо видети кроз две различите методе: Admixture калкулаторе и G25 координате.
G25 Phylogenetic Dendrogram
(https://iili.io/CCFvuKF.png)
(https://iili.io/CCFvRSa.png)
(https://iili.io/CCFvAcg.png)