YFull helper екстензија за Google Chrome & Microsoft Edge

[Драган Обреновић]

Пре пар недеља, направио сам током слободног времена екстензију за Google Chrome и Microsoft Edge прегледаче, која олакшава анализу YFull стабла, тј. филогенетских односа између тестираних особа. Екстензија је првобитно била намењена за редакцију Српског ДНК Пројекта, али смо одлучили да је поделимо са свим члановима Друштва српских родословаца „Порекло“.

Као што сви знамо, праћење филогенетских односа на YFull стаблу преко идентификатора (нпр. YF12345) захтева прво идентификовање и бележење ко је ко кроз опцију "STR Matches" или "SNP Matches" а затим консултовање тих белешки/табела током прегледања стабла, да би се ефективно испратило ко са ким дели заједничког претка и када.

YFull helper екстензија служи управо да омогући видљивост информација о најстаријим познатим мушким прецима, директно на стаблу. Принцип рада екстензије је следећи:

У подешавањима се унесу информације о најстаријим познатим мушким прецима, крсној слави, месту порекла, врсти великог теста итд. за познате тестиране особе у стаблу, као на следећем примеру:



Након што се сачувају промене, приликом посматрања неке подгране YFull стабла, треба само клинути на иконицу екстензије и из менија одабрати опцију „Прикажи информације на YFull стаблу“. Екстензија ће онда директно у приказано стабло уметнути познате анцестралне информације, као на илустрацији испод:






Додатно, екстензија може да аутоматски анализира стабло приказане хаплогрупе и да генерише следеће статистичке извештаје:

• Број припадника хаплогрупе (и свих њених млађих подграна) по државама
• Разноврсност хаплогрупе (број подграна првог нивоа) по државама

У зависности од прегледача који користитите, екстензију можете инсталирати са неког од следећих линкова:

Google Chrome:
https://chrome.google.com/webstore/detail/yfullcom-helper/ohbnmfhafhiimebngkhbhbdimhnpfcgl

Microsoft Edge:
https://microsoftedge.microsoft.com/addons/detail/yfullcom-helper/amflkfajkdhgglphflhndfnconfclkcm

Коришћење пуних функционалности екстензије омогућено је свима до 31. јануара 2022. године, након чега ће апликација прећи у демонстрациони режим, који има лимит приказивања највише 20 информација на YFull стаблу, а код статистичких извештаја приказује називе само за прве три државе. Да би се "откључале" пуне функционалности, потребно је унети шифру - лиценцни код.

Лиценцне кодове за откључавање пуних функционалности екстензије послаћу свим заинтересованим члановима Друштва „Порекло“ као и онима који помогну рад друштва уплатом донације у износу од минимално 10 EUR (https://www.poreklo.rs/donacije).

[Драган Обреновић]

Додатно, позивам све који то желе, да поделе са другим колегама родословцима информације о свом броју кита на YFull стаблу, односно податке о свом најстаријем познатом мушком претку по очевој линији, месту порекла, крсној слави (за православне) и врсту великог теста који је рађен.

За ове потребе направио сам Google Forms форумлар који се једноставно попуњава. Периодично ћу на основу прикупљених информација генерисати конфигурациони фајл за поменуту YFull екстензију са информацијама о YFull китовима, за оне који су доставили своје податке преко овог формулара:

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdv_yNWjgKh8S87wuQ75g_YG4epFZPqrm-v8Ub_jCSJgYwzww/viewform

[Небо_Сав]

Пре пар недеља, направио сам током слободног времена екстензију за Google Chrome и Microsoft Edge прегледаче, која олакшава анализу YFull стабла, тј. филогенетских односа између тестираних особа. Екстензија је првобитно била намењена за редакцију Српског ДНК Пројекта, али смо одлучили да је поделимо са свим члановима Друштва српских родословаца „Порекло“.


Лиценцне кодове за откључавање пуних функционалности екстензије послаћу свим заинтересованим члановима Друштва „Порекло“ као и онима који помогну рад друштва уплатом донације у износу од минимално 10 EUR (https://www.poreklo.rs/donacije).

Свака част! Браво. Аплаудирам стојећи!

[Драган Обреновић]

За онe који (попут мене) користе Mozilla Firefox, направио сам и верзију екстензије за овај browser. Може се преузети одавде:

https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/yfull-helper/

Функционалност је потпуно иста као и код верзије за Google Chrome и Microsoft Edge.

[Филипчић]

Драгане, све похвале за покретање овог алата. Рекао бих да је корисно видети статистику груписану по земљама.

[Драган Обреновић]

Само да напоменем да је YFull приликом преласка на нови (бржи) сервер, усвојио шестоцифрене ознаке китова (додата је једна нула иза слова YF), тако да је потребно сходно томе ажурирати конфигурацију постојећих мапирања, да би екстензија наставила да ради.

На пример, ако је старо мапирање било:

"YF80654": "Обреновић, Св. Врачи, Марковица/Лучани (Big Y-700)",

исто је потребно променити у:

"YF080654": "Обреновић, Св. Врачи, Марковица/Лучани (Big Y-700)",

[Radul]

То лаве!

[Драган Обреновић]

Додате су две нове функционалности, које олакшавају анализу стабла (екстензија би требало да се аутоматски ажурира на нову верзију преко Google/Microsoft продавнице и прикаже нове функционалности).

1) Нова опција "Прикажи само хаплогрупе, без узорака" (Eng: Show branches only, without samples) скрива узорке на стаблу а оставља видљивим све гране и подгране хаплогрупа:




2) Друга нова опција је "Прикажи хаплогрупе првог нивоа, без узорака" (Show first-level branches, without samples). У овом случају на стаблу остају само директне подгране (првог нивоа), посматране хаплогрупе, као доле на примеру I2-PH908:

[Драган Обреновић]

У следећој верзији YFull екстензије, која ће се појавити у Google Chrome Web Store и Microsoft Edge Add-Ons продавницама за који дан, додата је функционалност за "обогаћен" приказ табеле Српског ДНК пројекта. Напомињем да све ради аутоматски, довољно је имати инсталирану YFull екстензију у Google Chrome или Microsoft Edge прегледачу док се гледа табела СДНКП.

Сва побољшања табеле су "неинтрузивна". Само се на постојеће функционалности додају још неке згодне информације:

Ако курсор миша задржите изнад назива хаплогрупе, добићете у балончићу (tooltip) приказ старости гране на YFull стаблу (дакле није интерни прорачун за наше тестиране у табели СДНКП, већ званична старост гране са YFull стабла).

Шта је додатно побољшање - као што знате, ако кликнете на назив хаплогрупе у табели Српског ДНК пројекта, отвара се интерно стабло хаплогрупа. Екстензија на то додатно "убуџи" и линк на YFull стабло исте хаплогрупе:



Ако је екстензија активна и кликнете на назив хаплогрупе у табели СДНКП, у прозору се подразумевано отвара приказе хаплогрупе СДНКП (подразумевано понашање), али се додатно у новом табу отвара и YFull стабло исте хаплогрупе.

Ако желите само приказ YFull стабла, можете кликнути десним тастером миша на назив хаплогрупе и одабрати опцију "Open link in new tab".

[Exiled]

У следећој верзији YFull екстензије, која ће се појавити у Google Chrome Web Store и Microsoft Edge Add-Ons продавницама за који дан, додата је функционалност за "обогаћен" приказ табеле Српског ДНК пројекта. Напомињем да све ради аутоматски, довољно је имати инсталирану YFull екстензију у Google Chrome или Microsoft Edge прегледачу док се гледа табела СДНКП.

Сва побољшања табеле су "неинтрузивна". Само се на постојеће функционалности додају још неке згодне информације:

Ако курсор миша задржите изнад назива хаплогрупе, добићете у балончићу (tooltip) приказ старости гране на YFull стаблу (дакле није интерни прорачун за наше тестиране у табели СДНКП, већ званична старост гране са YFull стабла).

Шта је додатно побољшање - као што знате, ако кликнете на назив хаплогрупе у табели Српског ДНК пројекта, отвара се интерно стабло хаплогрупа. Екстензија на то додатно "убуџи" и линк на YFull стабло исте хаплогрупе:



Ако је екстензија активна и кликнете на назив хаплогрупе у табели СДНКП, у прозору се подразумевано отвара приказе хаплогрупе СДНКП (подразумевано понашање), али се додатно у новом табу отвара и YFull стабло исте хаплогрупе.

Ако желите само приказ YFull стабла, можете кликнути десним тастером миша на назив хаплогрупе и одабрати опцију "Open link in new tab".

Свака вам част за ово, браво. Имам један предлог што се тиче табеле. Да ли је изводљиво обележити маркере по угледу рецимо на табеле код ФТДНА а тиче се њихове брзине мутације?

[vid.knezevic]

У следећој верзији YFull екстензије, која ће се појавити у Google Chrome Web Store и Microsoft Edge Add-Ons продавницама за који дан, додата је функционалност за "обогаћен" приказ табеле Српског ДНК пројекта. Напомињем да све ради аутоматски, довољно је имати инсталирану YFull екстензију у Google Chrome или Microsoft Edge прегледачу док се гледа табела СДНКП.

Сва побољшања табеле су "неинтрузивна". Само се на постојеће функционалности додају још неке згодне информације:

Ако курсор миша задржите изнад назива хаплогрупе, добићете у балончићу (tooltip) приказ старости гране на YFull стаблу (дакле није интерни прорачун за наше тестиране у табели СДНКП, већ званична старост гране са YFull стабла).

Шта је додатно побољшање - као што знате, ако кликнете на назив хаплогрупе у табели Српског ДНК пројекта, отвара се интерно стабло хаплогрупа. Екстензија на то додатно "убуџи" и линк на YFull стабло исте хаплогрупе:



Ако је екстензија активна и кликнете на назив хаплогрупе у табели СДНКП, у прозору се подразумевано отвара приказе хаплогрупе СДНКП (подразумевано понашање), али се додатно у новом табу отвара и YFull стабло исте хаплогрупе.

Ако желите само приказ YFull стабла, можете кликнути десним тастером миша на назив хаплогрупе и одабрати опцију "Open link in new tab".

Мени се баш свиђа пример 

[Драган Обреновић]

Свака вам част за ово, браво. Имам један предлог што се тиче табеле. Да ли је изводљиво обележити маркере по угледу рецимо на табеле код ФТДНА а тиче се њихове брзине мутације?

Добра идеја, а није ни претерано тешка за реализацију у програмерском смислу. Може нијанса боје позадине ћелије може да буде индикатор склоности мутацијама.

Само што не знам коју/чију категоризацију користити, има их пуно, па ако неко има предлог...

https://isogg.org/wiki/Mutation_rates

У некој перспективи би то било боље "фабрички" имплементира у самој табели СДНКП, јер заиста је корисно приликом поређења хаплотипова имати јасан визуелни индикатор колико је посматрани маркер генерално стабилан (подложан мутирању).

[Exiled]

Добра идеја, а није ни претерано тешка за реализацију у програмерском смислу. Може нијанса боје позадине ћелије може да буде индикатор склоности мутацијама.

Само што не знам коју/чију категоризацију користити, има их пуно, па ако неко има предлог...

https://isogg.org/wiki/Mutation_rates

У некој перспективи би то било боље "фабрички" имплементира у самој табели СДНКП, јер заиста је корисно приликом поређења хаплотипова имати јасан визуелни индикатор колико је посматрани маркер генерално стабилан (подложан мутирању).

Ваљало би то уредници међу собом да договоре и да се то решење примени...ваљало би свима.

[НиколаВук]

Свака част на убацивању нових функција, Драгане. Што се тиче стопе мутација STR маркера, постоји груба подела на споро-, средње- и брзомутирајуће маркере, међутим оно што се да приметити је да се код различитих хаплогрупа дешавају својеврсна одступања у овим стопама мутација, па је тако код неких подграна маркер који се обично сматра нпр. средњемутирајућим прилично стабилан и "непроменљив", и обрнуто, маркери који се обично сматрају споријим код неких подграна мутирају чешће него иначе. Због тога је упитно да ли постоји неки општи образац мутација за све хаплогрупе, или сваку хаплогрупу, па и подгране унутар ње, треба посматрати засебно што се тога тиче.

[Драган Обреновић]

Објављена је верзија 3.0 екстензије за YFull. Линкови за преузимање су и даље исти:

1) Google Chrome
https://chrome.google.com/webstore/detail/yfullcom-helper/ohbnmfhafhiimebngkhbhbdimhnpfcgl

2) Microsoft Edge
https://microsoftedge.microsoft.com/addons/detail/yfullcom-helper/amflkfajkdhgglphflhndfnconfclkcm

3) Mozilla Firefox
https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/yfull-helper

Новост је што сада можете додати и напомену/коментар за неку хаплогрупу (чвор у стаблу), рецимо у случају када се ради о јасно профилисаном роду/племену, као на примеру испод:



За подешавање напомена о хаплогрупама (родовима/племенима) потребно је изабрати опцију "Подаци о хаплогрупама..." ("Haplogroup configuration..." ако је језик у прегледачу енглески) и унети рецимо следећу конфигурацију:

{
  "E-Z13591"   : "Бјелопавлићи",
  "Q-Y172657"  : "Братоножићи",
  "R-Y104972"  : "Букумири",
  "E-Y126722"  : "Васојевићи",
  "I-Y135653"  : "Војинићи-Љешњани",
  "J-Y22059"   : "Годијељи",
  "J-Y182188"  : "Груде",
  "J-Y22063"   : "Дедејићи",
  "J-Y22063"   : "Кецмани",
  "E-Y182900"  : "Клименти",
  "J-Y155375"  : "Кричке",
  "E-BY165837" : "Кучи",
  "E-FT104106" : "Матаруге",
  "I-Y58629"   : "Мириловићи",
  "R-FT367738" : "Мурићи",
  "I-FT190799" : "Никшићи",
  "I-BY93199"  : "Озринићи",
  "N-FGC28435" : "Пивљани - Руђићи и Браниловићи",
  "R-FT49714"  : "Пипери",
  "E-A24066"   : "Ракоњци",
  "J-Y22069"   : "Расјани",
  "J-Y22063"   : "Угреновићи",
  "J-Y22063"   : "Усорци",
  "J-Y166564"  : "Хоти",
  "I-A16413"   : "Цеклињани-Горњаци",
  "J-Y182188"  : "Шкријељи"
}

Кратка видео демонстрација функционисања екстензије, на енглеском језику и без ове последње додате функционалности, доступна је на YouTube линку:

https://www.youtube.com/v/uNIfw4Tok8k

[Radul]

Ђе су Пјешивци и Цуце

[Ojler]

Ђе су Пјешивци и Цуце

Драган је дао пример коришћења екстензије, а свако може сам додати шта му је интересантно.

[Драган Обреновић]

Драган је дао пример коришћења екстензије, а свако може сам додати шта му је интересантно.

Управо тако, оно горе је илустрација, на основу именованих родова у табели Српског ДНК пројекта - није неки свеобухватни списак, профилисаних родова сигурно има више.

За род "Пјешивци и Цуце" само треба додати у конфигурацији екстензије још један ред:

{
  "E-Z13591"   : "Бјелопавлићи",
  "Q-Y172657"  : "Братоножићи",
  "R-Y104972"  : "Букумири",
  "E-Y126722"  : "Васојевићи",
  "I-Y135653"  : "Војинићи-Љешњани",
  "J-Y22059"   : "Годијељи",
  "J-Y182188"  : "Груде",
  "J-Y22063"   : "Дедејићи",
  "J-Y22063"   : "Кецмани",
  "E-Y182900"  : "Клименти",
  "J-Y155375"  : "Кричке",
  "E-BY165837" : "Кучи",
  "E-FT104106" : "Матаруге",
  "I-Y58629"   : "Мириловићи",
  "R-FT367738" : "Мурићи",
  "I-FT190799" : "Никшићи",
  "I-BY93199"  : "Озринићи",
  "N-FGC28435" : "Пивљани - Руђићи и Браниловићи",
  "R-FT49714"  : "Пипери",
  "E-A24066"   : "Ракоњци",
  "J-Y22069"   : "Расјани",
  "J-Y22063"   : "Угреновићи",
  "J-Y22063"   : "Усорци",
  "J-Y166564"  : "Хоти",
  "I-A16413"   : "Цеклињани-Горњаци",
  "J-Y182188"  : "Шкријељи",
  "J-Y230579" : "Пјешивци и Цуце"
}

Ако се неко сети још неког рода који недостаје, а чијих припадника има на YFull стаблу и јасно су профилисани (постоји карактеристичан SNP баш за припаднике рода), нека слободно напише овде, или ми пошаље приватну поруку, а ја ћу периодично објављивати допуњену конфигурацију екстензије.

[Radul]

Шала, опуштено

[Драган Обреновић]

Незнатно ажурирана конфигурација хаплогрупа (родова) је у прилогу. Разлика у односу на претходну конфигурацију је само у томе што су "Дробњаци - Новљани" са нивоа I-FGC22045 спуштени на низводну грану I-FGC22061:

{
  "E-Z13591"   : "Бјелопавлићи",
  "Q-Y172657"  : "Братоножићи",
  "R-Y104972"  : "Букумири",
  "E-Y126722"  : "Васојевићи",
  "I-Y135653"  : "Војинићи - Љешњани",
  "J-Y22059"   : "Годијељи",
  "J-Y182188"  : "Груде",
  "J-Y22063"   : "Дедејићи",
  "I-FGC22061" : "Дробњаци - Новљани",
  "J-Y22063"   : "Кецмани",
  "E-Y182900"  : "Клименти",
  "J-Y155375"  : "Кричке",
  "E-BY165837" : "Кучи",
  "E-FT104106" : "Матаруге",
  "I-Y58629"   : "Мириловићи",
  "R-FT367738" : "Мурићи",
  "I-FT190799" : "Никшићи",
  "I-BY93199"  : "Озринићи",
  "N-FGC28435" : "Пивљани - Руђићи и Браниловићи",
  "R-FT49714"  : "Пипери",
  "J-Y230579"  : "Пјешивци и Цуце",
  "E-A24066"   : "Ракоњци",
  "J-Y22069"   : "Расјани",
  "I-Y134578"  : "Тарски Никшићи",
  "J-Y22063"   : "Угреновићи",
  "J-Y22063"   : "Усорци",
  "J-Y166564"  : "Хоти",
  "I-A16413"   : "Цеклињани - Горњаци",
  "R-BY30743"  : "Шаренци - Красојевићи",
  "J-Y182188"  : "Шкријељи",
  "J-Y230579"  : "Штекојевићи",
  "R-Y175368"  : "Морачани - Богићевци"
}

Напомињем да ова листа није свеобухватна, па ако нако зна за још који добро профилисани а именовани српски род, слободно нека напише у овој теми који род и која хаплогрупа на YFull стаблу је у питању.

Да би се нова листа именованих родова унела у YFull Helper екстензију, односно "прегазила" претходна подешавања, потребно је изабрати следеће опције: