predvidjanje haplogrupe na osnovu autozomalnog fajla

[Драган Обреновић]

Evo, našao sam lijep pregled čipova:

https://www.nature.com/articles/s41431-021-00917-7/tables/1

Vidi se da ovaj Illumina OmniExpress čip ne testira mitrohondrijski dnk, a ovaj novi Illumina GSA samo 134 markera (MT).

Zanimljivo je da su na novoj verziji 3 GSA čipa povečali pokrivenost na y-kromozomu na preko 4000 markera.

Да ли је овај чип већ у комерцијалној употреби код неке компаније? Можда 23andMe?

[Imoćanin]

Да ли је овај чип већ у комерцијалној употреби код неке компаније? Можда 23andMe?

Sumjam da će u naredno vrijeme nešto promijeniti. Oni taj GSA čip prve generacije kod sebe zovu V5. Ti čipovi pružaju mogućnost customizacije = do 50.000 SNP-ova po želji naručitelja. Mislim da su dosta visoke ulazne investicije i da će ovaj čip trošiti do felge ;-)

[Никац]

Evo šta im trenutačno piše na stranici:

In accordance with the industry standard, MyHeritage uses the Illumina OmniExpress-24 chip, with hundreds of thousands of strategically selected probes to capture the greatest amount of genetic variation, and facilitate research.

https://forums.familytreedna.com/forum/family-tree-dna-communications/announcements-and-new-features/323620-gsa-chip
https://blog.myheritage.com/2019/04/update-regarding-dna-test-processing-times/

FDTNA и MyHeritage (мислим да је то у суштини иста компанија) су негдје 2018./2019. имали промјену чипа, и тренутно дају сирове податке који имају добро преклапање с новим 23andme, а слабије са старим 23andme, као и старим FDTNA и MyHeritage .

Нови чип би требало да је GSA, а стари Omni.

Чини се да још то нису ажурирали на својим страницама, које су и иначе доста дисфункционалне.

[Прерад]

Како видим почели су излазити подаци о Y-DNK гранама на основу FamilyFinder тестова. Међу обрађенима су већ неки тестирани из 2021 и касније.

Да ли се зна како FTDNA долази до тих резултата, да ли путем новог тестирања узорака или резултате извлаче из већ постојећих тестова за које нам тада нису дали све податке (без Y-DNK СНПова)?

После обраде добија се нови фајл за преузимање са називом Y-SNP Raw Data (GZIP, CSV).

[dons]

kdoliko je ovaj cladefinder pouzdan?

Most specific position on the YFull YTree is R-Z2125
Link to R-Z2125 on YFull   View maps, migrations and statistics on HRAS   View theoretical migration on PhyloGeographer      +1   +2   +3   ↺
R-Z2125    Y471768(?) Y600163(?) Z2125+
┣━R-FTA9450    FTA21743(?) FTA9450(?) FTC84106(?)
┣━R-S23592 +3   FGC81322(?) S23592($) Y504520(?) YP1558(?) YP349($)
┣━R-Y208716 +2   CTS12670(?) FT287305(?) FT416707(?) MF175459/FT287461(?) MF175463(?) Y208716(?)
┣━R-YP413 +3   Y490409(?) Y550089(?) Y553740(?) YP413/M12301($)
┗━R-Z2123 +4   Y481849(?) Y612680(?) Z2123($)

Available Panels
YSEQ recommends the R1a-Z93 Panel Predicted R-Z2125 is downstream of the panel root. This panel may be applicable if it tests subclades below R-Z2125. Please verify and check with YSEQ customer support.


Next best prediction (scored 326 compared to 327) R-Z645

[kocovic]

kdoliko je ovaj cladefinder pouzdan?

Most specific position on the YFull YTree is R-Z2125
Link to R-Z2125 on YFull   View maps, migrations and statistics on HRAS   View theoretical migration on PhyloGeographer      +1   +2   +3   ↺
R-Z2125    Y471768(?) Y600163(?) Z2125+
┣━R-FTA9450    FTA21743(?) FTA9450(?) FTC84106(?)
┣━R-S23592 +3   FGC81322(?) S23592($) Y504520(?) YP1558(?) YP349($)
┣━R-Y208716 +2   CTS12670(?) FT287305(?) FT416707(?) MF175459/FT287461(?) MF175463(?) Y208716(?)
┣━R-YP413 +3   Y490409(?) Y550089(?) Y553740(?) YP413/M12301($)
┗━R-Z2123 +4   Y481849(?) Y612680(?) Z2123($)

Available Panels
YSEQ recommends the R1a-Z93 Panel Predicted R-Z2125 is downstream of the panel root. This panel may be applicable if it tests subclades below R-Z2125. Please verify and check with YSEQ customer support.


Next best prediction (scored 326 compared to 327) R-Z645

Поприлично прецизан, али то све зависи од "сирових података" (енг. "raw data") које сте добили од компаније код које је урађен тест.

[dons]

MyHeritage autozomalni test je u pitanju

[kocovic]

MyHeritage autozomalni test je u pitanju

Они дају мање података о ипсилон ДНК хаплогрупи али њихов тест није непрецизан, тако да највероватније нећете да останете на нивоу R-Z2125, већ вероватно можете да добијете још неку подграну уколико се одлучите за цео ипсилон ДНК тест (било путем неког од WGS тестова или нешто типа FamilyTreeDNA Big Y-700). Мало јефтинија варијанта је да урадите 23andMe или Ancestry аутосомални тест јер ми се чини да они комплетније резултате али свакако у том случају опет нећете добити финални лист/подграну.

[dons]

Hvala..nije moj test
U pitanju su neki anonimni rezultati iz Like, jedan autozomalni i 2 y dna (sve isto prezime)
Za ove y dna na 23 markera nevgen daje unsupported subclade sto valjda znaci da moze biti bilo sta?

[kocovic]

Hvala..nije moj test
U pitanju su neki anonimni rezultati iz Like, jedan autozomalni i 2 y dna (sve isto prezime)
Za ove y dna na 23 markera nevgen daje unsupported subclade sto valjda znaci da moze biti bilo sta?

Не знам по којем принципу ради Невген. Можда неко други може да каже више о томе

[НиколаВук]

Hvala..nije moj test
U pitanju su neki anonimni rezultati iz Like, jedan autozomalni i 2 y dna (sve isto prezime)
Za ove y dna na 23 markera nevgen daje unsupported subclade sto valjda znaci da moze biti bilo sta?

Ја сам провлачио кроз Cladefinder аутозомни тест једног човека (My Heritage) који је касније урадио тест и са STR маркерима. Исто му је показивао ову подграну од R1a-Z93, али се на тесту показало да је ипак у питању једна од подграна од R1a-Z280. Тако да за неке гране изгледа ипак није 100% прецизан.

[dons]

Da li MyHeritage ima neku opciju da se na uzorku koji je radjen autozomalno uradi neki specificni SNP test?

[НикПав]

Da li MyHeritage ima neku opciju da se na uzorku koji je radjen autozomalno uradi neki specificni SNP test?

MH нема такву опцију. Само ако сте радили тест код ФТДНА, можете да искористите исти узорак за Y тест.

[Небојша]

Da li MyHeritage ima neku opciju da se na uzorku koji je radjen autozomalno uradi neki specificni SNP test?

Требало би да постоји опција да се на основу RAW фајла са MyHeritage извуче основна хаплогрупа. Подаци се убаце у MorleyDNA предвиђач и он одреди неки од основних SNP-ова.

https://ytree.morleydna.com/

Данас видим да многи директно раде аутосомални трансфер са MH на FTDNA и на тај начин добију основну подграну.

[НиколаВук]

Требало би да постоји опција да се на основу RAW фајла са MyHeritage извуче основна хаплогрупа. Подаци се убаце у MorleyDNA предвиђач и он одреди неки од основних SNP-ова.

https://ytree.morleydna.com/

Данас видим да многи директно раде аутосомални трансфер са MH на FTDNA и на тај начин добију основну подграну.

YSEQ Cladefinder је за те сврхе унеколико прецизнији од Морлија:

https://cladefinder.yseq.net/