Аутор Тема: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?  (Прочитано 5639 пута)

Саша

  • Гост
Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« послато: Октобар 31, 2020, 10:02:04 пре подне »
Искрен да будем, ја то нисам одмах урадио, шта више, прошли су мјесеци, можда и више од године прије него што сам се одлучио да отворим налог на том порталу, и тамо пребацим моје резултате са FTDNA.

Иако је чланарина коштала, колико се сјећам, 49 долара, што за наше услове није мало, оно што ми се свидјело је да то једнократна односно доживотна чланарина, и да нема више никаквих трошкова.

Моја искуства са YFull су врло позитивна, и мислим да је вриједило пара. Тумачења мојих резултата, поготово упоређујући их са сродним резултатима, ми је разумијевање ове материје дефинитивно подигло на виши ниво. Искрен да будем, још многе ствари које се тамо приказују су за мене "шпанско село", и вјероватно ће тако остати и још дужи низ година, али оно што сам тражио сам отприлике и добио.  :) Исто тако, YFull је врло ажуран и стално додавају нове узорке, а сваких пар седмица објаве и нову верзију стабла (YTree), те сам управо тако сазнао да су ме смјестили у нову подграну.

Е, сад имам неколико питања за вас искусније. Није "обавезно" да на сва одговарате, него само на она на која знате или хоћете да дате одговор.  :)

  • Каква су ваша искуства са YFull и да ли га препоручујете родбини, пријатељима и познаницима?
  • Да ли знате да ли YFull попуњава базу стабла само са подацима претплатника, или узима и податке из јавно доступних ДНК база (нпр. недавно је откривен предачки рођак Дробњака FGC22048)?
  • Да ли знате да ли се у њихову процјену укључују и узорци са мање од 111 STR маркера? Нпр. што се тиче Дробњака, тамо има свега 9 узорака, и мислим да су сви или 111 или чак и Big 500-700, док Српски ДНК пројекат има 162 узорака за Дробњачки род, од којих су многи, на жалост само са 23 маркера?

Хвала и поздрав!

Ван мреже dons

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 89
Стричева линија на Yfull
« Одговор #1 послато: Децембар 12, 2021, 05:29:19 поподне »
Колико је поуздано стабло Yfull на релацијама предак > потомак?
Да појасним.Да ли је свака веза предак потомак у чворовима Yfull стабла 100% вероватна ,или би то могле бити случајно "стричеве везе" тј да се стричева линија наводи као директни предак иако није,али тако се чини због истих маркера са претком.
Илустрација: Мој отац и стриц и ја имамо исте маркере .Ако се тестирам ја и стриц, да ли Yfull ставља стрица као мог претка?
Да ли Yfull  убацује на стабло само оне тестове са 700 (или колико?) и да ли је тај број маркера математички довољан да се избегну "стричеве везе" и како?

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 1398
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #2 послато: Децембар 12, 2021, 09:05:24 поподне »
Колико је поуздано стабло Yfull на релацијама предак > потомак?
Да појасним.Да ли је свака веза предак потомак у чворовима Yfull стабла 100% вероватна ,или би то могле бити случајно "стричеве везе" тј да се стричева линија наводи као директни предак иако није,али тако се чини због истих маркера са претком.
Илустрација: Мој отац и стриц и ја имамо исте маркере .Ако се тестирам ја и стриц, да ли Yfull ставља стрица као мог претка?
Да ли Yfull  убацује на стабло само оне тестове са 700 (или колико?) и да ли је тај број маркера математички довољан да се избегну "стричеве везе" и како?

Најпре да разјаснимо, YFull стабло уопште и не показује ко је коме предак, већ ко са ким дели заједничког претка. Такође, YFull стабло се конструише искључиво на основу SNP мутација, број очитаних STR маркера и њихова вредност ту не игра никакву улогу.

Када две или више особа носе идентичне мутације (SNP) на Y хромозому, то је индикација да су потичу од истог мушког претка (од кога су дељене мутације и наследили).

Углавном, за све људе који деле исти скуп мутација каже се да припадају истој хаплогрупи - која је и дефинисана управо списком мутација које сви припадници те групе деле. Једна од свих тих мутација одређује се као именујућа за хаплогрупу (што не значи да је хронолошки прва настала - може се десити чак и да је најмлађа/најскорија).

Ако кренемо "низводно" од ове посматране хаплогрупе, ка подгранама, откривамо ко води порекло од ког млађег потомака оног поменутог претка. Један део људи са оног почетног списка ће припадати једној мушкој (под)линији, неки ће припадати другој, неки трећој итд.

Ако наставимо даље стићи ћемо тако и до последње, терминалне хаплогрупе, односно листа на Y стаблу. Ова терминална хаплогрупа обједињује мутације које је имао најскорији заједнички предак тренутно тестираних особа у тој терминалној хаплогрупи.

Колико далеко у прошлости је живео тај њихов најскорији заједнички предак, показује број тзв. "приватних варијанти", мутација које тестиране особе не деле ни са једном другом особом у посматраном филогенетском низу. Што је тај просечан број недељених мутација мањи, имали су скорије заједничког претка, и обратно.

Е сад, да се вратимо на пример вас и вашег стрица. Ако се ради о рођеном брату вашег оца, постоји велика шанса да између вас нема апсолутно никаквих разлика на Y хромозому које се могу детектовати, нити у погледу STR маркера нити у погледу SNP мутација.

Може се наравно десити и да буде нека разлика, али онај код кога су се десиле неке нове мутације не мора бити већи број колена удаљен од заједничког претка. Рецимо, ако посматрамо мутације које је носио ваш деда (отац вашег стрица), може се десити да стриц који је једна генерација од њега већ носи и неку нову мутацију, а ви који сте две генерације од деде да и даље имате идентичан Y хромозом као и деда.

Стога се родбински односи између вас двојице не могу ни теоретски растумачити на YFull стаблу - у најбољем случају се може утврдити да се ради о припадницима различитих мушких линија које су врло скоро имале заједничког претка.



« Последња измена: Децембар 12, 2021, 09:10:06 поподне Драган Обреновић »

Ван мреже Воихна

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 78
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #3 послато: Децембар 14, 2024, 05:42:22 поподне »
За WGS тест код Yseq има варијанта да тестираном испоруче податке (рецимо 90 гигабајта) преко интернета или да их пошаљу на СД-картици, што додатно кошта 60 долара. Ако на системском Ц-диску нема простора, могу ли се са интернета учитати директно на Д-диск компјутера, да би се избегао додатни трошак. С друге стране, да ли је СД-картица непоходна за слање YFull-u?
Унапред хвала на објашњењу и сугестији.

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1677
  • J-L70 > J-Z40772 mdDNA:HV-b15a1
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #4 послато: Децембар 14, 2024, 06:06:25 поподне »
Ако на C диску нема довољно простора за преузимање података, можете их сигурно преузети директно на D диск односно партицију, под условом да на том диску имате довољно слободног простора. Важно је да, када преузмете податке, проверите да ли је на D диску довољно простора за све податке (у овом случају, 90 гигабајта). Нема техничких ограничења која би спречила да податке сачувате на другом диску, као што је D диск. СД-картица није непоходна за слање података YFull-у. Ако се одлучите за опцију да податке преузмете преко интернета, можете их директно послати, аполоадовати, на YFull. Дакле није неопходно да се тај фајл скине на системску партицију. Када скинете уместо да дајете тих 60е за њихову картицу боље купите неки кестерни диск и тамо копирајте фајл како би имали копију.
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.
Ђорђе Ђорђевић, 13. Пук. Шишанци 1914.

HIC · ADHVC · IN · STAT · IN · LIM

Ван мреже kocovic

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 477
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #5 послато: Децембар 14, 2024, 07:11:43 поподне »
Ако на C диску нема довољно простора за преузимање података, можете их сигурно преузети директно на D диск односно партицију, под условом да на том диску имате довољно слободног простора. Важно је да, када преузмете податке, проверите да ли је на D диску довољно простора за све податке (у овом случају, 90 гигабајта). Нема техничких ограничења која би спречила да податке сачувате на другом диску, као што је D диск. СД-картица није непоходна за слање података YFull-у. Ако се одлучите за опцију да податке преузмете преко интернета, можете их директно послати, аполоадовати, на YFull. Дакле није неопходно да се тај фајл скине на системску партицију. Када скинете уместо да дајете тих 60е за њихову картицу боље купите неки кестерни диск и тамо копирајте фајл како би имали копију.

Има и опција да преузме велики БАМ фајл на локални хард диск (независно од партиције), претплати се на Google Drive Basic (100 GB) и тамо пребаци тај фајл (претплата је 210 динара месечно), подели линк ка фајлу на Google Drive-у са људима из YFull-а и када преузму његов фајл са YFull-а откаже месечну Google Drive претплату. То сам ја урадио јер нисам хтео да им дам корисничко име и шифру ка мојем налогу на Dante Labs-у.
« Последња измена: Децембар 14, 2024, 07:14:07 поподне kocovic »

Ван мреже Воихна

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 78
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #6 послато: Децембар 14, 2024, 09:24:24 поподне »
ОК за сада, остало кад дође време за слање YFull-u. Хвала

Ван мреже Воихна

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 78
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #7 послато: Март 09, 2025, 01:59:04 пре подне »
Ако на C диску нема довољно простора за преузимање података, можете их сигурно преузети директно на D диск односно партицију, под условом да на том диску имате довољно слободног простора. Важно је да, када преузмете податке, проверите да ли је на D диску довољно простора за све податке (у овом случају, 90 гигабајта). Нема техничких ограничења која би спречила да податке сачувате на другом диску, као што је D диск. СД-картица није непоходна за слање података YFull-у. Ако се одлучите за опцију да податке преузмете преко интернета, можете их директно послати, аполоадовати, на YFull. Дакле није неопходно да се тај фајл скине на системску партицију. Када скинете уместо да дајете тих 60е за њихову картицу боље купите неки кестерни диск и тамо копирајте фајл како би имали копију.

Имам још једно питање: Отворен је налог на YSeq и добијени штапићи за узорковање. Треба послати узорак и попунити Consent Form са свим личним подацима (тражи се име, презиме адреса, телефон, мејл и слично). 1) Да ли су ови детаљни лични подаци саставни део извештаја који се шаље YFull-u и не могу се променити/избрисати. 2) Да ли и YFull исто тражи детаљне личне податке или прихвата само оне које желите да се виде на стаблу. Другим речима, како обезбедити анонимност на YFull-стаблу - максимално да се види презиме, општина и држава, или можда само општина и држава?

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 1398
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #8 послато: Март 09, 2025, 09:33:51 пре подне »
Имам још једно питање: Отворен је налог на YSeq и добијени штапићи за узорковање. Треба послати узорак и попунити Consent Form са свим личним подацима (тражи се име, презиме адреса, телефон, мејл и слично). 1) Да ли су ови детаљни лични подаци саставни део извештаја који се шаље YFull-u и не могу се променити/избрисати. 2) Да ли и YFull исто тражи детаљне личне податке или прихвата само оне које желите да се виде на стаблу. Другим речима, како обезбедити анонимност на YFull-стаблу - максимално да се види презиме, општина и држава, или можда само општина и држава?

YSEQ вам тражи те податке за своје потребе ("Know Your Customer") и не прослеђује их на YFull, нити су они "уписани" у BAM фајл који добијате као резултат секвенцирања и који се шаље у YFull ради анализе и сврставања на стабло.

На вама је да одлучите шта желите да се од информација о вама види на YFull стаблу, уз напомену да када бисмо сви сакрили податке о свом пореклу, онда би то филигенетско стабло било прилично бескорисно за истраживање. Не треба бити себичан и очекивати да видиш податке о другима, а податке о свом пореклу крити.


Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1677
  • J-L70 > J-Z40772 mdDNA:HV-b15a1
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #9 послато: Март 09, 2025, 12:08:05 поподне »
YSEQ вам тражи те податке за своје потребе ("Know Your Customer") и не прослеђује их на YFull, нити су они "уписани" у BAM фајл који добијате као резултат секвенцирања и који се шаље у YFull ради анализе и сврставања на стабло.

На вама је да одлучите шта желите да се од информација о вама види на YFull стаблу, уз напомену да када бисмо сви сакрили податке о свом пореклу, онда би то филигенетско стабло било прилично бескорисно за истраживање. Не треба бити себичан и очекивати да видиш податке о другима, а податке о свом пореклу крити.


Ne, ja necu da budem anoniman... Ja hocu da budem pilot! Šalu na stranu istraživanje porekla, vašeg ali i dugih ljudi, nema smisla ako ljudi ne proslede rezultate na stabla. Suštinski i jeste anonimni, nema imena i prezimena, nema broja telefona i adrese. Čak ni zastavu svoje države i jezik kojim govorite nemate obavezu da navedete.
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.
Ђорђе Ђорђевић, 13. Пук. Шишанци 1914.

HIC · ADHVC · IN · STAT · IN · LIM

Ван мреже Воихна

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 78
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #10 послато: Март 09, 2025, 12:22:26 поподне »

Ne, ja necu da budem anoniman... Ja hocu da budem pilot! Šalu na stranu istraživanje porekla, vašeg ali i dugih ljudi, nema smisla ako ljudi ne proslede rezultate na stabla. Suštinski i jeste anonimni, nema imena i prezimena, nema broja telefona i adrese. Čak ni zastavu svoje države i jezik kojim govorite nemate obavezu da navedete.

Наравно, зато и питам. Само не знам, ако нема презимена како да извршимо измене у бази Српског ДНК пројекта?

Ван мреже Воихна

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 78
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #11 послато: Март 09, 2025, 12:40:18 поподне »
YSEQ вам тражи те податке за своје потребе ("Know Your Customer") и не прослеђује их на YFull, нити су они "уписани" у BAM фајл који добијате као резултат секвенцирања и који се шаље у YFull ради анализе и сврставања на стабло.

На вама је да одлучите шта желите да се од информација о вама види на YFull стаблу, уз напомену да када бисмо сви сакрили податке о свом пореклу, онда би то филигенетско стабло било прилично бескорисно за истраживање. Не треба бити себичан и очекивати да видиш податке о другима, а податке о свом пореклу крити.

Хвала Драгане. Важно ми је да се лични подаци не помињу у БАМ-фајлу, или шта се све већ шаље, те да YFull-u могу проследити само жељене податке. Ваљда је довољно: презиме, место или општина рођења и држава? Ако би отишло без презимена, не знам да ли би било од користи и како би извршили измене у бази Српског ДНК пројекта.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 1398
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #12 послато: Март 09, 2025, 09:05:36 поподне »
Наравно, зато и питам. Само не знам, ако нема презимена како да извршимо измене у бази Српског ДНК пројекта?

Уобичајено се постави држава ("застава"), регион у држави, матерњи језик, а у подацима о директном мушком претку презиме, крсна слава (ко је има) и место старијег претка.

Ми у Друштву "Порекло" за место порекла уносимо место где је живео директни мушки предак око 1900. године.

Међутим YFull није исто што и Друштво "Порекло" и тамо је пракса прилично неуједначена - неко стави заставу и регион где сада живи, неко стави заставу и регион одакле је најстаријим познати предак пореклом, а неко прати конвенцију Друштва "Порекло" па стави регион и државу где је живео предак око 1900. године, чак и ако је најстарији познати предак живео негде другде.

Ван мреже Воихна

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 78
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #13 послато: Март 09, 2025, 10:57:51 поподне »
Уобичајено се постави држава ("застава"), регион у држави, матерњи језик, а у подацима о директном мушком претку презиме, крсна слава (ко је има) и место старијег претка.

Ми у Друштву "Порекло" за место порекла уносимо место где је живео директни мушки предак око 1900. године.

Међутим YFull није исто што и Друштво "Порекло" и тамо је пракса прилично неуједначена - неко стави заставу и регион где сада живи, неко стави заставу и регион одакле је најстаријим познати предак пореклом, а неко прати конвенцију Друштва "Порекло" па стави регион и државу где је живео предак око 1900. године, чак и ако је најстарији познати предак живео негде другде.

Хвала, сада је баш све јасно.

На мрежи Exiled

  • Члан Друштва
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3017
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #14 послато: Март 09, 2025, 11:55:33 поподне »
Хвала, сада је баш све јасно.
Дакле,ви оно бејасте хаплогрупа R1a?

Ван мреже Воихна

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 78
Одг: Да ли сте послије тестирања пребацили резултате на YFull?
« Одговор #15 послато: Март 10, 2025, 01:58:42 пре подне »
Дакле,ви оно бејасте хаплогрупа R1a?

Не, PH908.