Аутор Тема: Dante Labs  (Прочитано 17649 пута)

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1382
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: Dante Labs
« Одговор #180 послато: фебруар 03, 2020, 12:14:18 пре подне »
Ја само очекивао да ће толико грешити код мене, па је сасвим разумљиво да им не верујем. Видео сам колико с њим имам заједничких СНП-ова и одмах схватио да ће ставити неки мали TMRCA. Реална удаљеност је више од 400 година, а не 300-400. Свака њима част на научној методологији, али то је све нека вероватноћа, са доста нетачних процена.
« Последња измена: фебруар 03, 2020, 12:43:11 пре подне Зрно »

Ван мреже Полић

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 504
  • I2-Y56203
Одг: Dante Labs
« Одговор #181 послато: фебруар 03, 2020, 02:36:51 поподне »
Dogovorio sam preko email-a da mi posalju treci kit, jer mi se ocigledno uzorak ili rezultat negde zagubio. Treca sreca :)

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4219
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #182 послато: фебруар 12, 2020, 09:16:48 пре подне »
Да ли неко зна да ли у резултатима који се добију од Данте Лабса, осим Y хромозома, може да се "извуче" митохондријска ДНК и аутосомална? Ако може, да ли неко зна у ком фајлу се ти резултати налазе?

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 531
Одг: Dante Labs
« Одговор #183 послато: фебруар 12, 2020, 09:21:08 пре подне »
Да ли неко зна да ли у резултатима који се добију од Данте Лабса, осим Y хромозома, може да се "извуче" митохондријска ДНК и аутосомална? Ако може, да ли неко зна у ком фајлу се ти резултати налазе?

Има је у вцф фајлу.

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4219
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #184 послато: фебруар 12, 2020, 09:23:42 пре подне »
Има је у вцф фајлу.

Како да је издвојим од Y хромозома? И искористим? :)

На мрежи Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2750
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #185 послато: фебруар 12, 2020, 09:24:41 пре подне »
Да ли неко зна да ли у резултатима који се добију од Данте Лабса, осим Y хромозома, може да се "извуче" митохондријска ДНК и аутосомална? Ако може, да ли неко зна у ком фајлу се ти резултати налазе?

Милоше, не знам на шта тачно мислиш, али информације које се извлаче из мДНК и целог генома добијаш у VCF, BAM и FASTQ формату, уз ограничења која сваки од тих формата са собом носи.
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2750
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #186 послато: фебруар 12, 2020, 09:32:32 пре подне »
Како да је издвојим од Y хромозома? И искористим? :)

Што се VCF фајла тиче, ту се баш нећеш усрећити. У мом случају се показао као неупотребљив за неке даље аутосомалне генеалошке анализе. То је због неког чудног филтрирања очитавања које су користили, нисам баш улазио у детаље. Може бити да је сада другачије када имају своју лабораторију па сами раде. Али из FASTQ се може генерисати мДНК BAM фајл који можеш онда послати YFull-у, заједно са chrY фајлом, па ће ти они одредити мДНК хаплогрупу.
Исто тако је могуће изгенерисати и VCF који се може користити за аутосомалне анализе, али тиме се нисам бавио.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 4219
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #187 послато: фебруар 12, 2020, 09:48:19 пре подне »
Што се VCF фајла тиче, ту се баш нећеш усрећити. У мом случају се показао као неупотребљив за неке даље аутосомалне генеалошке анализе. То је због неког чудног филтрирања очитавања које су користили, нисам баш улазио у детаље. Може бити да је сада другачије када имају своју лабораторију па сами раде. Али из FASTQ се може генерисати мДНК BAM фајл који можеш онда послати YFull-у, заједно са chrY фајлом, па ће ти они одредити мДНК хаплогрупу.
Исто тако је могуће изгенерисати и VCF који се може користити за аутосомалне анализе, али тиме се нисам бавио.

Хвала друже. Видећу са овима из Yfull-a, могу ли нешто.

На мрежи Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Етнолог
  • ******
  • Поруке: 2750
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #188 послато: фебруар 12, 2020, 10:03:10 пре подне »
Хвала друже. Видећу са овима из Yfull-a, могу ли нешто.

Можеш то и самостално издвојити али је прилична петљанција. Мени је YSeq све издвојио, они то раде услужно. Цена је 25$ а од њих добијеш BAM фајл целог генома, издвојене chrY и chrM BAM фајлове и chrY VCF фајлове, све пребачено у hg38 формат. Онда можеш слати само chrY и chrM BAM фајлове YFull-у, уместо BAM фајла целог генома.
Видим да неки које не брине сигурност и злоупотреба података који се могу извући из целог генома практикују да YFull-у једноставно дају податке за приступ њиховом DanteLabs налогу, па онда они сами узимају шта им треба и препакују.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Прерад

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 67
Одг: Dante Labs
« Одговор #189 послато: фебруар 12, 2020, 10:35:10 пре подне »
Са WGSExtract се може све извући за час посла.

Упутства овдје и овдје.

На мрежи Слатинац

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 225
  • R1b-BY611>Z2705*
Одг: Dante Labs
« Одговор #190 послато: фебруар 12, 2020, 04:54:48 поподне »
Да поделим и ја своје искуство са Дантеом  :D

28.01. сам послао пакет у Данте из главне поште у К. Митровици.
04.02. је стигао у Италију.
10.02. им је уручен, а данас су га убацили у процедуру и у току је провера квалитета узорка.

На мрежи Златан

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 470
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: Dante Labs
« Одговор #191 послато: фебруар 12, 2020, 11:22:28 поподне »
Да поделим и ја своје искуство са Дантеом  :D

28.01. сам послао пакет у Данте из главне поште у К. Митровици.
04.02. је стигао у Италију.
10.02. им је уручен, а данас су га убацили у процедуру и у току је провера квалитета узорка.

Лепе вести! Пут твог пакета није био лак :)

Чисто информативно... ти међу-статуси нису баш поуздани.
Имао сам до прексиноћ узорак који је већ две недеље био у статусу провере квалитета, да бих пола дана касније добио потврду да је секвенсирање завршено са свим фајловима већ доступним.

Данте, дакле, ове нове наруџбине (почевши од прошле јесени) завршава 2 до 4 пута брже од обећаних 8 недеља!

На мрежи Слатинац

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 225
  • R1b-BY611>Z2705*
Одг: Dante Labs
« Одговор #192 послато: фебруар 18, 2020, 08:25:26 поподне »
Лепе вести! Пут твог пакета није био лак :)

Чисто информативно... ти међу-статуси нису баш поуздани.
Имао сам до прексиноћ узорак који је већ две недеље био у статусу провере квалитета, да бих пола дана касније добио потврду да је секвенсирање завршено са свим фајловима већ доступним.

Данте, дакле, ове нове наруџбине (почевши од прошле јесени) завршава 2 до 4 пута брже од обећаних 8 недеља!
Што се тиче тих међу-статуса, мислим да је то све индивидуално и да зависи све од случаја до случаја. Мени је малопре стигло обавештење да су завршили проверу квалитета и да је започето секвенцирање. До краја фебруара или почетком марта би требало да заврше секвенцирање.