Аутор Тема: Израчунавање старости СНП-а  (Прочитано 1446 пута)

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1263
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Израчунавање старости СНП-а
« послато: септембар 19, 2018, 05:23:00 поподне »
Видим да је и на Yfull-у издвојена нова грана којој припадају Лука и Војиненад. Узет је СНП I-Y135653. Изгледа да има укупно десет (?) заједничких СНП-ова, а ТМРЦА је читавих 50 година  :)

https://yfull.com/tree/I-Z17855/

Још један конкретан доказ да су те процене врло лабаве, и да је све много старије него што се процењује. Али и даље ће се те процене држати као Свето писмо.

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1824
  • I2-Z17855*
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #1 послато: септембар 19, 2018, 05:30:39 поподне »
Још један конкретан доказ да су те процене врло лабаве, и да је све много старије него што се процењује. Али и даље ће се те процене држати као Свето писмо.

Не би било проблема са проценама, само када би увек биле праћене стандардном девијацијом, "плус-минус". Колико видим, то углавном није пракса.

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1263
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #2 послато: септембар 19, 2018, 05:39:26 поподне »
Не би било проблема са проценама, само када би увек биле праћене стандардном девијацијом, "плус-минус". Колико видим, то углавном није пракса.

Ако овде ставе минус, испашће да се ова двојица још нису ни родила.

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3910
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #3 послато: септембар 19, 2018, 05:42:05 поподне »
У овом TMRCA нема ничег спорног. Ради се наиме о Радовановићу који више нема ниједан приватни СНП. Дакле рачуница иде 0 x 144,41+60=60. Када буду обрађени Лукини резултати, видећмо колико има приватних СНП-ова. Уколико буде имао 2, средња вредност ће бити око 2,33, а рачуница ће бити 2,33х144.41+60=396. Када убаце и Лукине резултате, онда ћe TMRCA бити (60+396)/2=228. Yfull ће заокружити на 250. Дакле само 2 приватна Лукина СНП-а ће подићи TMRCA на 250 ybp.
« Последња измена: септембар 19, 2018, 05:55:59 поподне Милош »

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1824
  • I2-Z17855*
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #4 послато: септембар 19, 2018, 05:43:16 поподне »
Ако овде ставе минус, испашће да се ова двојица још нису ни родила.

Грешка је често већа од "мерене вредности" кад је мали статистички узорак, или кад је мерни инструмент груб. У овом случају, и једно и друго. Али не мари, она вредност грешке у плусу би значила.
« Последња измена: септембар 19, 2018, 05:45:07 поподне Селаковић »

Ван мреже шкрњо

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 323
  • I2>PH908>A5913
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #5 послато: септембар 19, 2018, 07:10:02 поподне »
Још један конкретан доказ да су те процене врло лабаве, и да је све много старије него што се процењује. Али и даље ће се те процене држати као Свето писмо.

Оно што већина одбија схватити јесте да су то само процјене и да са нечим тако промјењивим као што је ДНК никада нема апсолутне сигурности чак ни са ± опсјегом грешке.
Да наведем један примјер: узорак из Александрије у каснонеолитској Украјини (око 4200 п.н.е.) за који се првобитно сматрало да је само R1a-M417 је позитиван и на Z93, што умногоме премашује процјене старости YFulla за Z93 (формација: 2982 п.н.е, најскорији заједнички предак: 2682 п.н.е.).
« Последња измена: септембар 19, 2018, 07:16:05 поподне шкрњо »

симо

  • Гост
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #6 послато: септембар 19, 2018, 07:22:27 поподне »
Оно што већина одбија да схвати јесте да су то само процјене и да са нечим тако промјењивим као што је ДНК никада нема апсолутне сигурности чак ни са ± опсјегом грешке.
Да наведем један примјер: узорак из Александрије у каснонеолитској Украјини (око 4200 п.н.е.) за који се првобитно сматрало да је само R1a-M417 је позитиван и на Z93, што умногоме премашује процјене старости YFulla за Z93 (формација: 2982 п.н.е, најскорији заједнички предак: 2682 п.н.е.).

Процјена старости за Z93 на YFullu је 4700-5000 година.

Да се примјетити да су присутне двије крајности: они који сматрају да се старост може тачно прорачунати и они који сматрају да се не може прорачунати уопште.

У 90% случајева старости по ЅTR и по SNP се поклапају, што иде у прилог вјеродостојности прорачуна.

Ван мреже шкрњо

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 323
  • I2>PH908>A5913
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #7 послато: септембар 19, 2018, 07:36:07 поподне »
Процјена старости за Z93 на YFullu је 4700-5000 година.
Што и написах (само не као апсолутну старост од данашњице), као и то да узорак Z93 стар око 6200 година недвосмислено оповргава ту процјену.

Ван мреже Nebo

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 7910
  • I2a S17250 A1328
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #8 послато: септембар 19, 2018, 07:53:47 поподне »
Те рачунарске калкулације би биле тачне једино ако бисмо тестирали све мушке припаднике неког рода. А можда ни тад. Оне могу дати само неку тренутну процену према резултатима до тог тренутка тестираних. Али, не би требало ограничити се само на генетске прорачуне. Ту су и историјски, археолошки и други извори, као и предања и родослови.

Сећам се да су пре неколико година мој и резултат мог братственика убацили у рачунач, и испало је да смо најближег заједничког претка имали негде крајем средњег века. А ми поуздано имамо заједничког претка који се родио почетком 18. века.
"Наша мука ваља за причешћа"

симо

  • Гост
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #9 послато: септембар 19, 2018, 07:59:07 поподне »
Што и написах (само не као апсолутну старост од данашњице), као и то да узорак Z93 стар око 6200 година недвосмислено оповргава ту процјену.

Нигдје нисам нашао да је тај узорак из Александрије Z93+. Свугдје се помиње као R1a-M417. Може ли извор за ту тврдњу?

симо

  • Гост
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #10 послато: септембар 19, 2018, 08:27:26 поподне »
А сад видим да се старост узорка из Александрије процјењује на 3500 година пне, тако да ако и јесте Z93, то није неко драматично одступање за тако стару грану, пар стотина година горе доле.

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 9149
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #11 послато: септембар 19, 2018, 08:33:30 поподне »


Сећам се да су пре неколико година мој и резултат мог братственика убацили у рачунач, и испало је да смо најближег заједничког претка имали негде крајем средњег века. А ми поуздано имамо заједничког претка који се родио почетком 18. века.

С обзиром на број маркера (који није могао бити велики по свему судећи) то одступање не чуди. Прорачун на мањем броју маркера је често веома непоуздан. Овде обојица имају по 111 маркера и Yfull.

Иначе се и преко Невски калкулатора добије ових 250 година, које је "израчунао" Милош. Наравно и ту ће сигурно бити мањих одступања.

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1824
  • I2-Z17855*
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #12 послато: септембар 19, 2018, 09:18:05 поподне »
Мислим да нема ништа лоше у проценама. Напротив, јако су добре и корисне.

Треба само да постоје стандарди. Да се не каже ТМРЦА за Луку и Војиненада је 250 година, већ да процена буде у облику нпр. 250±100 година, са вероватноћом 0.95. Рачун грешке је донекле сложен, јер би обухватао највећу грешку методе која је одређивала вероватноћу СНП мутација, па онда који део ДНК је покривен, па стабилности различитих делова, па колико је појединаца тестирано из неке гране, па уз колико понављања је секвенционисан хромозом... То се врло лако аутоматизује, а не би ме чудило да Yfull има такав податак за себе, само не знам зашто тако не представља резултате својих прорачуна. Лепо је ствари буду једноставне, али не погрешно једноставне. 

Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Аскурђел
  • *****
  • Поруке: 3910
  • I2-PH908>FT14506>Y56203>Y134578 Тарски Никшићи
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #13 послато: септембар 19, 2018, 10:02:04 поподне »
Мислим да нема ништа лоше у проценама. Напротив, јако су добре и корисне.

Треба само да постоје стандарди. Да се не каже ТМРЦА за Луку и Војиненада је 250 година, већ да процена буде у облику нпр. 250±100 година, са вероватноћом 0.95. Рачун грешке је донекле сложен, јер би обухватао највећу грешку методе која је одређивала вероватноћу СНП мутација, па онда који део ДНК је покривен, па стабилности различитих делова, па колико је појединаца тестирано из неке гране, па уз колико понављања је секвенционисан хромозом... То се врло лако аутоматизује, а не би ме чудило да Yfull има такав податак за себе, само не знам зашто тако не представља резултате својих прорачуна. Лепо је ствари буду једноставне, али не погрешно једноставне.

Рекао бих да све то узимају у обзир.



https://www.yfull.com/faq/how-does-yfull-determine-formed-age-tmrca-and-ci/

https://www.yfull.com/faq/what-yfulls-age-estimation-methodology/

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1824
  • I2-Z17855*
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #14 послато: септембар 19, 2018, 10:17:35 поподне »
Рекао бих да све то узимају у обзир.

То свакако, ја само кажем да ми корисници нигде не видимо грешку, опсег вероватноћа. Старост грана морала би увек и без изузетка да буде показана уз опсег и вероватноћу (као у рачуначу нашег Невског), јер је велика разлика да ли до ТМРЦА има 800±200, уз вероватноћу 0.9 или 800±300 уз вероватноћу 0.8. Можда грешим, да ли негде можемо да видимо ту расподелу опсега и вероватноћа?

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1618
  • Z3660>Y34637
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #15 послато: септембар 19, 2018, 11:46:35 поподне »
То свакако, ја само кажем да ми корисници нигде не видимо грешку, опсег вероватноћа. Старост грана морала би увек и без изузетка да буде показана уз опсег и вероватноћу (као у рачуначу нашег Невског), јер је велика разлика да ли до ТМРЦА има 800±200, уз вероватноћу 0.9 или 800±300 уз вероватноћу 0.8. Можда грешим, да ли негде можемо да видимо ту расподелу опсега и вероватноћа?

Опсег и вероватноћа се виде када се показивачем пређе преко заокружених средњих вредности које су у светло плавом пољу. На пример за R1b стоји: formed 22800 ybp, TMRCA 20400 ybp, а када се показивач постави на то поље стоји опсег и вероватноћа: formed CI 95% 25100<->20500 ybp, TMRCA CI 95% 23300<->17500 ybp.

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1824
  • I2-Z17855*
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #16 послато: септембар 19, 2018, 11:49:47 поподне »
Опсег и вероватноћа се виде када се показивачем пређе преко заокружених средњих вредности које су у светло плавом пољу. На пример за R1b стоји: formed 22800 ybp, TMRCA 20400 ybp, а када се показивач постави на то поље стоји опсег и вероватноћа: formed CI 95% 25100<->20500 ybp, TMRCA CI 95% 23300<->17500 ybp.

Е то! Хвала, Гујо! Опрости, Yfull-е.

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1618
  • Z3660>Y34637
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #17 послато: септембар 20, 2018, 12:31:50 пре подне »
А сад видим да се старост узорка из Александрије процјењује на 3500 година пне, тако да ако и јесте Z93, то није неко драматично одступање за тако стару грану, пар стотина година горе доле.

Узорак из Александрије је директно датиран 4045-3974 п.н.е. дакле у период културе Средњи Стог II. И не само да је Z93, већ и Z94>Y3+ (то је грана која је предачка за L657, која је доминантна у Јужној Азији). Често се помиње на страним форумима, а помињало се мислим и овде, да су процене старости на Yfull-u потцењене за 10/15/20%. Можда најочитији пример је грана R1a-Z283. Већ је доказано да је ова грана била доминантна међу носиоцима Corded Ware културе, чији се почетак прилично сигурно датира око 2900 п.н.е. А ТMRCA гране Z283 на Yfull-u је тачно 2900 п.н.е. што нема превише смисла, јер логика налаже да би носиоци те гране морали у том периоду бити већ прилично бројни. Ако би се старост повећала за неких 10% (4900+490), долазимо до око 3400 године п.н.е. што већ има неког смисла, али је по мом мишљењу и даље мало. Повећањем од 20% дошли би до око 3900 п.н.е. што се можда чини и најближе реалном стању, ако прихватимо да је датирање горенаведеног узорка поуздано.

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1824
  • I2-Z17855*
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #18 послато: септембар 20, 2018, 12:47:45 пре подне »
Можда најочитији пример је грана R1a-Z283. Већ је доказано да је ова грана била доминантна међу носиоцима Corded Ware културе, чији се почетак прилично сигурно датира око 2900 п.н.е. А ТMRCA гране Z283 на Yfull-u је тачно 2900 п.н.е. што нема превише смисла, јер логика налаже да би носиоци те гране морали у том периоду бити већ прилично бројни.

Зато треба наводити податке са Yfull-а онако како ти малопре написа. За грану R1a-Z283 стоји formed CI 95% 5500<->4500 ybp, TMRCA CI 95% 5400<->4400 ybp. У том смислу не видим грешку код Yfull-а. Требало би додуше да прикажу и оно што такође сигурно имају, график расподеле, mean, median итд. Другим речима, резултат њиховог прорачуна не треба бити у форми цифре, већ у форми графикона расподеле. То је мој савет и сигуран сам да ће ме послушати.

Можда је сва ова расправа за неку другу тему. 
« Последња измена: септембар 20, 2018, 12:49:47 пре подне Селаковић »

Ван мреже шкрњо

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 323
  • I2>PH908>A5913
Одг: Израчунавање старости СНП-а
« Одговор #19 послато: септембар 20, 2018, 02:38:41 пре подне »
Нигдје нисам нашао да је тај узорак из Александрије Z93+. Свугдје се помиње као R1a-M417. Може ли извор за ту тврдњу?
Не могадох наћи гдје то првобитно прочитах, али нађох на два друга мјеста.
Коментар Еурогенеса/Давидског на његовом блогу:
It's even unlikely that I6561 is a direct ancestor of Corded Ware, because, for one, his bam file suggests that his Y-DNA belongs to Z93+ and sitting on the branch leading to the "Indian" L657. ( http://eurogenes.blogspot.com/2018/03/was-ukraineeneolithic-i6561-proto-indo.html?m=1)

И:
The presence of steppe ancestry in Ukraine Eneolithic sample I6561, of haplogroup R1a-M417, from Alexandria, dated ca. 4045-3974 calBCE, pointed to the forest steppe area and late Sredni Stog as the most likely territory from where the haplogroup related to the Corded Ware culture expanded.

However, the more recent Y-SNP call showing R1a-Z93 (L657) subclade rendered Y-Full’s (at least formation) estimates too young, so we have to rethink the actual origin of both subclades, R1a-Z93 (formation ca. 2900 BC, TMRCA ca 2700 BC), and R1a-Z283 (formation ca. 2900 BC, TMRCA ca. 2800 BC).
са https://indo-european.eu/2018/08/on-the-origin-and-spread-of-haplogroup-r1a-z645-from-eastern-europe/comment-page-1/


Као што Гуја рече, припада и подграни низводно од Z93, те је самим тим грешка прорачуна код YFulla још и већа.

А сад видим да се старост узорка из Александрије процјењује на 3500 година пне, тако да ако и јесте Z93, то није неко драматично одступање за тако стару грану, пар стотина година горе доле.
У изворном раду је старост наведена као опсјег 5000-3500 п.н.е. и зато се већином као средња и најприближнија бројка узима 4200 п.н.е. а не нижи крај опсјега. По извору изнад изгледа да је датум накнадно прецизније одређен око 4000 п.н.е.

Узгред, још један примјер непрецизности је TMRCA I1 хаплогрупе, који је у најмању руку (а вјероватно више) 1500 година млађи од ранонеолитског налаза исте из Мађарске. Чак и ако узмемо ту бројку као тачну (јер, у поређењу са претходним примјером, не ради се о прекорачењу датума настанка, већ само TMRCA), шанса да је тај древни налаз управо један од људи који су живјели кроз уско грло које је трајало више од 20.000 година је практично непостојећа, поготово зато што се сматра да је прихватање пољопривреде оно што је узроковало популациони бум код I1.

Не само што овај налаз оповргава TMRCA дат за I1, већ и још један - налаз R1a-M417 у Шведској датиран на 2550 п.н.е, што се поклапа са TMRCA од I1. На први поглед нема повезаности, али треба се сјетити да су I1 у једном великом налету у неолиту запосјели сјевер и вјероватно Скандинавијом стили до Финске, гдје постоје M253 гране које су искључиво заступљене код данашњих Финаца и које су по свему судећи избјегле индоевропеизацију и укључење у германски етнос, тек касније се утопивши у фински. Ако узмемо бројку од 2600 п.н.е. као тачну за TMRCA, онда не постоји шанса да су I1 носиоци могли тек тако продефиловати кроз јужну Скандинавију (већ насељену Индо-Европљанима) до далеког сјевера.
TMRCA од 2600 п.н.е. (по YFullu) би већ био бронзано доба, и значио би да се предак M253 родио у ИЕ језгру, што нема никакве логике, поготово зато што се кроз лингвистику (а да додам, и митологију) види велики утицај пре-ИЕ популације на Германе, тако да је и ова процјена YFulla погрешна, не само гледајући кроз ранонеолитски налаз из Мађарске, већ и кроз суву логику ствари.

Сад се отишло ван саме теме, мада о овоме хтједох писати још и раније, посебно у случајевима гдје се небулозно низак TMRCA I2-YP196 узимао без поговора здраво за готово.
Не оспоравам да процјене имају вриједност, већ то да имају корисну количину прецизности. Уопштено, да би задржале своју корисност, треба претпоставити могућност прекорачења датума (у већини случајева уназад) за најмање трећину од дате бројке.