Аутор Тема: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes  (Прочитано 17993 пута)

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« послато: фебруар 15, 2016, 11:25:00 пре подне »
''Еврогени'' нуди већи број рачунача, а овде ће бити представљени К13 и HG vs. Farmers.
За почетак, исход 37 Западних Срба на К13:

29.3% - Baltic
25.5% - North Atlantic
16.9% - West Med
14.9% - East Med
  9.4% - West Asian
  1.8% - Red Sea
  0.6% - Siberian
  1.7% - Преосталих 6 популација укупно
Икавац

Ван мреже Муњени Ћелић

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 598
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #1 послато: фебруар 15, 2016, 11:42:02 пре подне »
Други Еврогени рачунач, Hunter-Gatherers vs. Farmers, покушава утврдити удео старих европских Ловаца-скупљача, анадолских земљорадника и осталих.
Исход на 37 Западних Срба:

46.5% - Baltic Hunter Gatherer
29.2% - Mediterranean Farmer
16.7% - Anatolian Farmer
  6.1% - Middle Eastern Herder
  1.5% - Преосталих 8 популација укупно

Међу овим преосталима, највећи удео имају Северни Евроазијски ловци-скупљачи са 0.4%.
Скупина ''Средњи исток'' одговара популацији која се чешће назива и ''South-West Asian'' односно ''Југозападни Азијати''.
Врхунац (тзв. ''peak'') нама најважнијих популација је следећи:
1) Baltic Hunter Gatherer - Литванија      
2) Mediterranean Farmer - Сардинија         
3) Anatolian Farmer - Западни Кавказ   
4) Middle Eastern Herder - Бедуини (тј. југозападна Азија)         
5) North Eurasian Hunter Gatherer - средишњи Сибир         

Икавац

Ван мреже Rigel

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 250
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #2 послато: фебруар 07, 2017, 09:27:59 поподне »
Анализе аутозомалне ДНК су на порталу мало запостављене, па да оживим ову тему.  :)

Ради се о графичком приказу, у две димензије, резултата Eurogenes K15 прорачуна. Намењен је људима евроазијског и северноафричког порекла. Графички представљени, резултати су много једноставнији за упоређивање него у стандардној форми са процентима. Модел је, наравно, поједностављен и не пружа све информације које даје права PCA, али је и даље доста информативан. Свако ко има урађену анализу аутозомалне ДНК може лако да га испроба.  :)

Неопходно је прво преко GEDmatch-а (www.gedmatch.com) урадити Eurogenes K15 прорачун и унети добијене вредности овде:

http://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/K15.htm

Потом се на горњој страници добију координате вашег резултата. Нажалост, наредни корак није аутоматски. Морате сачувати график на свој рачунар, отворити слику у неком програму који омогућава обраду слике и додати ознаку на позицију која одговара добијеним координатама.

График на који додајете своју позицију и који садржи велики број референтних популација изгледа овако:




Ван мреже Rigel

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 250
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #3 послато: фебруар 07, 2017, 09:53:41 поподне »
Популације су се на овим нашим просторима мешале вековима, па не очекујем да добијемо већа одступања од српског просека приказаног на графикону.

Ево примера мене и моје мајке, означено звездицом. Слика је скраћена да би се боље видело. Мама је из Срема, док је отац из југоисточне Србије, што је утицало на моје померање ка источнобалканским популацијама.  :D

Занимљиво је обратити пажњу на огроман диверзитет данашњих Италијана, што је већ потврђено и озбиљнијим анализама. Диверзитет неких других народа, као на пример Турака, овде није представљен већ је изабрана средња референтна вредност.





Ван мреже Мића

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 243
  • R1b-PF7562
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #4 послато: фебруар 07, 2017, 10:09:31 поподне »
Популације су се на овим нашим просторима мешале вековима, па не очекујем да добијемо већа одступања од српског просека приказаног на графикону.

Ево примера мене и моје мајке, означено звездицом. Слика је скраћена да би се боље видело. Мама је из Срема, док је отац из југоисточне Србије, што је утицало на моје померање ка источнобалканским популацијама.  :D

Занимљиво је обратити пажњу на огроман диверзитет данашњих Италијана, што је већ потврђено и озбиљнијим анализама. Диверзитет неких других народа, као на пример Турака, овде није представљен већ је изабрана средња референтна вредност.


Шта представљају X и Y оса?
"Превише интересовања, премало времена" И. Анђелковић

Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #5 послато: фебруар 07, 2017, 10:15:46 поподне »
Занимљива ствар.

Имам координате 443,236. Односно овдје сам на карти (црвена тачка)


Ван мреже Rigel

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 250
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #6 послато: фебруар 07, 2017, 10:56:41 поподне »
Шта представљају X и Y оса?

Оне немају неко реално значење. То су компоненте које најбоље описују варијабилност унутар скупа података о наследном материјалу који желимо да представимо у дводимензионалном систему. Оне су ту само да би се сваки узорак сместио на адекватну позицију, дефинисану удаљеностима од 15 референтних тачака (отуда К15), које су на графику представљене црним квадратићима са називима Baltic, North-Sea, West-Med, Atlantic итд. Неке од тих 15 референтних тачака се налазе ван графика па се не виде.


На мрежи Сремац

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 516
  • I2-PH908>Y81557/FT98024
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #7 послато: фебруар 08, 2017, 01:15:14 пре подне »
Ево и мене, вучем мало више ка Источном Медитерану  :)


Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1018
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #8 послато: фебруар 08, 2017, 08:54:33 пре подне »
Ево и мене, вучем мало више ка Источном Медитерану  :)



Слика йе очито добийена поступком разлагања на основне састойке (енгл. ПЦА), али не сирових података геномов него добийених смѣрников од поступка рачунања родствене измѣшаности. Мѣра задатка (величина смѣрников) йе ниска (онолико колико има састояка, у овом случайу 11) а узорака у прорачуну нема прѣвише, па йе прорачун врло брз. За прѣдставнике разних становништава су вѣроватно узете просѣчне (или можда срѣдње, што нѣйе исто) врѣдности свих узорака њих прѣдстављайућих. За угледна становништва (Атлантиц, Нортх Сеа, Балтиц, ВВест-Мед, Еаст-Мед итд) су коришћени одговарайући йединични смѣрници. Прва добийена оса разноликости йе очито водоравна, а друга йе усправна. Штета што нема и осталих ос.

Иако би прорачун са додатим новим узорком био прилично брз (нарочито ако се за почетне смѣрнике користе ранийе срачунати главни смѣрници), вѣруйем да йе додавање новога узорка урађено његовим насликавањем на већ срачунате осе. Учинак помѣрая ка осному почетку (тежишту свих узорака) койи се явља при насликавањи новога узорка на већ срачунате осе йе прилично мали када йе мѣра ниска (као што йе овдѣ случай, мѣра йе 11), мада и даље постойи.

Штета што у узорцих нема БХ Муслиманъ и Албанаца. Мада се зна где бише се они трѣбали налазити (БХ МУслимани између Хрватъ и Срба, ближи првим, а Албанци далеко од нас у правцу Тосканаца).

И на крайу, морам признати да йе и из овога прорачуна очигледно да су не Турци правили петсто година. :-)
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

mladjo

  • Гост
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #9 послато: фебруар 08, 2017, 09:14:02 пре подне »
Мој прилог, тачкица црвена:


Синиша Јерковић

  • Гост
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #10 послато: фебруар 08, 2017, 09:17:50 пре подне »
Мој прилог, тачкица црвена:



Млађо, види се да си кренуо пут Швице.

mladjo

  • Гост
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #11 послато: фебруар 08, 2017, 09:34:29 пре подне »
Млађо, види се да си кренуо пут Швице.

 ;D, видим да си и ти на истом путу.
« Последња измена: фебруар 08, 2017, 09:36:49 пре подне млађо »

На мрежи Сремац

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 516
  • I2-PH908>Y81557/FT98024
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #12 послато: фебруар 08, 2017, 01:14:33 поподне »
Слика йе очито добийена поступком разлагања на основне састойке (енгл. ПЦА), али не сирових података геномов него добийених смѣрников од поступка рачунања родствене измѣшаности. Мѣра задатка (величина смѣрников) йе ниска (онолико колико има састояка, у овом случайу 11) а узорака у прорачуну нема прѣвише, па йе прорачун врло брз. За прѣдставнике разних становништава су вѣроватно узете просѣчне (или можда срѣдње, што нѣйе исто) врѣдности свих узорака њих прѣдстављайућих. За угледна становништва (Атлантиц, Нортх Сеа, Балтиц, ВВест-Мед, Еаст-Мед итд) су коришћени одговарайући йединични смѣрници. Прва добийена оса разноликости йе очито водоравна, а друга йе усправна. Штета што нема и осталих ос.

Иако би прорачун са додатим новим узорком био прилично брз (нарочито ако се за почетне смѣрнике користе ранийе срачунати главни смѣрници), вѣруйем да йе додавање новога узорка урађено његовим насликавањем на већ срачунате осе. Учинак помѣрая ка осному почетку (тежишту свих узорака) койи се явља при насликавањи новога узорка на већ срачунате осе йе прилично мали када йе мѣра ниска (као што йе овдѣ случай, мѣра йе 11), мада и даље постойи.

Штета што у узорцих нема БХ Муслиманъ и Албанаца. Мада се зна где бише се они трѣбали налазити (БХ МУслимани између Хрватъ и Срба, ближи првим, а Албанци далеко од нас у правцу Тосканаца).

И на крайу, морам признати да йе и из овога прорачуна очигледно да су не Турци правили петсто година. :-)

Невски, хвала на објашњењу, нисам баш толико упућен у начин стварања оваквих алата (ПЦА), па имадох мало потешкоћа да те испратим.  :)

Погледах мало таблице средњих вредности на гедмечу, да ли постоји могућност да је
за нека становништва узорак представљен једном једином особом? Чудно ми је да по таблици средњих вредности Срби имају више Северног мора и Атлантика од Балтика, а притом Румуни имају више балтичког састојка од нас.

Слажем се за БХ Муслимане, с тим што би Албанци по водоравној оси вероватно значајније тежили Западној Азији од Тосканаца.

На мрежи Сремац

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 516
  • I2-PH908>Y81557/FT98024
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #13 послато: фебруар 08, 2017, 01:23:06 поподне »
Иначе, крајем децембра Вадим Веренић (МДЛП Подухват) је избацио два свежа рачунача у "Уради Сам" верзији (DIY).
Нема их још на гедмечу, па ко жели да провери генетски склоп по овим рачуначима, може их скинути овде:

К16 - савремена становништва:
https://drive.google.com/file/d/0B6n7iMc2P-yQcWF6ZklaLUdsc3c/view?usp=sharing

К11 - древни народи:
https://drive.google.com/file/d/0B6n7iMc2P-yQTm8teFNQWlJnX1E/view?usp=sharing

Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1018
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #14 послато: фебруар 08, 2017, 01:41:05 поподне »
Иначе, крајем децембра Вадим Веренић (МДЛП Подухват) је избацио два свежа рачунача у "Уради Сам" верзији (DIY).
Нема их још на гедмечу, па ко жели да провери генетски склоп по овим рачуначима, може их скинути овде:

К16 - савремена становништва:
https://drive.google.com/file/d/0B6n7iMc2P-yQcWF6ZklaLUdsc3c/view?usp=sharing

К11 - древни народи:
https://drive.google.com/file/d/0B6n7iMc2P-yQTm8teFNQWlJnX1E/view?usp=sharing

Сремче, сасвим йе могуће да йе само йедан узорак узет за нека становништва.

И хвала за нове рачуначе Веренича.   :)
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Rigel

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 250
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #15 послато: фебруар 08, 2017, 05:26:14 поподне »
Погледах мало таблице средњих вредности на гедмечу, да ли постоји могућност да је
за нека становништва узорак представљен једном једином особом? Чудно ми је да по таблици средњих вредности Срби имају више Северног мора и Атлантика од Балтика, а притом Румуни имају више балтичког састојка од нас.

Слажем се за БХ Муслимане, с тим што би Албанци по водоравној оси вероватно значајније тежили Западној Азији од Тосканаца.

Не верујем да би на GEDmatch-у користили појединачне узорке као референтне за набројане популације. Можда евентуално за неке врло ретке групе. У супротном би то било прилично бесмислено. Штета је што није наведен број узорака за сваку популацију у табели.

Што се тиче Албанаца, видео сам положај неколико њих који су урадили овај приказ резултата и сви су у области између бугарског и тосканског квадратића.


Ван мреже Sergio

  • Памтиша
  • ********
  • Поруке: 1760
  • I2-PH908>Y81557 | mtDNA: K1a-C150T
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #16 послато: април 10, 2017, 11:19:48 поподне »
Ево мог резултата (црвена тачкица).  :)

Слика:




Ван мреже Акса

  • Косовци
  • Познавалац
  • *
  • Поруке: 570
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #17 послато: април 11, 2017, 02:43:16 пре подне »
Мој резултат, црвена тачкица


Ван мреже Акса

  • Косовци
  • Познавалац
  • *
  • Поруке: 570
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #18 послато: април 11, 2017, 02:50:36 пре подне »
--->

Ван мреже Sergio

  • Памтиша
  • ********
  • Поруке: 1760
  • I2-PH908>Y81557 | mtDNA: K1a-C150T
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #19 послато: мај 07, 2017, 10:03:58 поподне »
EUROGENES K36

Линк (21. април 2017. год.):
http://k36.physical-anthropology.info/

Слика: