Аутор Тема: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)  (Прочитано 22644 пута)

Ван мреже Мића

  • Члан Друштва
  • Писар
  • *****
  • Поруке: 331
  • R1b-PF7562
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #160 послато: Јануар 06, 2021, 12:36:45 поподне »
Коначно су завршени и BIGY700 резултати за Симоновића, Мратиндан, Идвор, Банат. Како је и очекивано припада грани

R1b-M269>PF7562>PF7563>Y31335>BY16680>FT43020>FT41481>FT44409

којој још припадају Румун Петку и Италијан Еспосито. Немам увид у новеле ове двојице, али посредно могу да видим Еспостиове новеле. Нисам сигуран, али чини ми се да је Еспосито ближи Симоновићу и да би могли дијелити двије мутације испод FT44409. У сваком случају ће се знати за који дан, када ФТДНА ажурира стабло.

Еспосито је и по маркерима ближи Симоновићу, на 111 маркера имају 10 маркера разлике, са Петкуом је та разлика 13 маркера. Веза све тројице је свакако средњовјековна. А прије тога ова линија дуги период нема никог блиског, засад дјелује прилично изоловано.

Видиш ли из које је регије Италијан Еспосито?
Размишљам који је највероватнији средњовековни миграторни пут који би могао да објасни њихову повезаност (Еспосита са једне стране, и Симововића и Петкуа са друге стране) али у овом тренутку немам идеју.
"Превише интересовања, премало времена" И. Анђелковић

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1880
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #161 послато: Јануар 06, 2021, 12:51:08 поподне »
Видиш ли из које је регије Италијан Еспосито?
Размишљам који је највероватнији средњовековни миграторни пут који би могао да објасни њихову повезаност (Еспосита са једне стране, и Симововића и Петкуа са друге стране) али у овом тренутку немам идеју.

Покушао сам пронаћи, али нисам га нашао у јавним базама. Пише само Италија, има неки контакт мејл на женско име.


Ван мреже Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 4830
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #162 послато: Јануар 06, 2021, 01:10:10 поподне »
Покушао сам пронаћи, али нисам га нашао у јавним базама. Пише само Италија, има неки контакт мејл на женско име.

Предраг ми је скоро писао за презиме Еспосито. Ради се о презимену које је давано напуштеној деци.
« Последња измена: Јануар 06, 2021, 01:15:26 поподне Милош »

Ван мреже Be like Bill

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 673
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #163 послато: Јануар 06, 2021, 04:18:19 поподне »
U bazi YHRD, u regionu Puglia postoji haplotip koji na 17 markera (YFiler) ima identično poklapanje sa Simonovićem. Na žalost, ne znam da li haplotip postoji u kom naučnom radu ili je unos iz datoteke nekog naučnog centra. (Vrednost GATA H4 promenio sam u 11)

https://yhrd.org/YP000330-Puglia%2C+Italy+%5BItalian%5D

Najbliži tom haplotipu su jedan haplotip u Australiji (DYS385ab-12/16) i jedan haplotip u Zapadnoj Hrvatskoj sa vrednošću DYS456-16. Kad promenim vrednost DYS456 u 16 i pritisnem opciju najbližih haplotipova (+/-1) dobijem ovu sliku:

https://drive.google.com/file/d/11BOp6KCWAv9m8603FoZt8flz5BHjRPbz/view?usp=sharing

Najzanimljiviji mi je haplotip u Lavovu u Ukrajini koji, za razliku od Simonovićevog rezultata ima vrednosti DYS456-16 i DYS439-11. Taj hapltip može biti viđen u radu:"Genetic data from Y chromosome STR and SNP loci in Ukrainian population" pod rednim brojem 148

https://www.fsigenetics.com/article/S1872-4973(12)00123-8/fulltext#supplementaryMaterial

Nadam se da je ovo bilo od pomoći :)

Ван мреже Војислав Симоновић

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 54
    • http://симоновић.срб/
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #164 послато: Јануар 15, 2021, 01:40:41 пре подне »
Када посматрам одговарајућа стабла релевантна за моју хаплогрупу, ваздан посматрам:
FTDNA: Big Y Block Tree, https://www.familytreedna.com/my/bigy-blocktree
YFull: Y Tree, https://www.yfull.com/tree/R-PF7562/
те мапиран приказ:
https://www.google.com/maps/d/viewer?mid=1soO58bnP9ng3gZj2U23jWDSmVXo&hl=en_US&ll=41.31971792329403%2C20.592096627834103&z=5

1. Постоји ли још која база (компанија, сајт)?
2. Постоји ли база - сајт који обједињује све резултате и генерише "глобално" дрво са свим до сад тестираним на свету?
3. Пошто сам се тестирао код FTDNA, шта да чиним. па да мој резултат буде видљив и на Y Full или на Google мапи? Колико је то битно уопште?

Можете ли ми објаснити драги познаваоци. Хвала.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 184
  • R1b > R-M269
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #165 послато: Јануар 15, 2021, 08:40:49 пре подне »
Када посматрам одговарајућа стабла релевантна за моју хаплогрупу, ваздан посматрам:
FTDNA: Big Y Block Tree, https://www.familytreedna.com/my/bigy-blocktree
YFull: Y Tree, https://www.yfull.com/tree/R-PF7562/
те мапиран приказ:
https://www.google.com/maps/d/viewer?mid=1soO58bnP9ng3gZj2U23jWDSmVXo&hl=en_US&ll=41.31971792329403%2C20.592096627834103&z=5

1. Постоји ли још која база (компанија, сајт)?
2. Постоји ли база - сајт који обједињује све резултате и генерише "глобално" дрво са свим до сад тестираним на свету?
3. Пошто сам се тестирао код FTDNA, шта да чиним. па да мој резултат буде видљив и на Y Full или на Google мапи? Колико је то битно уопште?

Можете ли ми објаснити драги познаваоци. Хвала.

Сама идеја "базе која обједињује све резулате" је тешко остварива из правних разлога - особа која се тестирала морала би да буде сагласна да се резултат теста Y хромозома шаље у "обједињену базу". Неко ко би водио такву централизовану базу не би имао ни технички начин ни правни основ да систематски прикупља резултате од свих фирми на свету која раде BigY или WGS тестирање.

Стабло које одржава и ажурира FamilyTreeDNA је сачињено на основу резултата људи који су се тестирали код ове фирме. Слично, стабло које ажурира фирма YFULL формирано је на основу резултата њихових клијената (људи који су опет доброовљно платили њихове услуге интерпретације очитаних података и послали фајл са својим резултатима).

Постоји и стабло које води International Society of Genetic Genealogy (ISOGG), али не знам на основу којих резултата се формира:

https://isogg.org/tree/

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1667
  • R1b>BY611>YZ2705>BY200954
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #166 послато: Јануар 15, 2021, 09:15:54 пре подне »
Када посматрам одговарајућа стабла релевантна за моју хаплогрупу, ваздан посматрам:
FTDNA: Big Y Block Tree, https://www.familytreedna.com/my/bigy-blocktree
YFull: Y Tree, https://www.yfull.com/tree/R-PF7562/
те мапиран приказ:
https://www.google.com/maps/d/viewer?mid=1soO58bnP9ng3gZj2U23jWDSmVXo&hl=en_US&ll=41.31971792329403%2C20.592096627834103&z=5

1. Постоји ли још која база (компанија, сајт)?
2. Постоји ли база - сајт који обједињује све резултате и генерише "глобално" дрво са свим до сад тестираним на свету?
3. Пошто сам се тестирао код FTDNA, шта да чиним. па да мој резултат буде видљив и на Y Full или на Google мапи? Колико је то битно уопште?

Можете ли ми објаснити драги познаваоци. Хвала.

Треба да пошаљеш на Yfull, да те анализирају и поставе на стабло. То стабло је најрелевантније и по њему се равна и наш ДНК пројекат.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 184
  • R1b > R-M269
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #167 послато: Јануар 15, 2021, 09:55:48 пре подне »
Треба да пошаљеш на Yfull, да те анализирају и поставе на стабло. То стабло је најрелевантније и по њему се равна и наш ДНК пројекат.

На жалост, у цену услуге Big Y-700 теста више није укључено преузимање "сирових" података у BAM формату, који је потребан за слање на YFULL. Бесплатно је доступан само VCF фајл у коме су наведене ваше приватне варијанте (Variant Call Format - VCF). Колико видим, YFULL прихвата и VCF формат, али је анализа много прецизнија и поузданија ако им се доставе сирови подаци секвенцирања Y хромозома (BAM формат).

BAM фајл се заправо и даље може преузети на FTDNA, али потребно је доплатити 100 USD и сачекати пар недеља да се генерише. Објашњење FTDNA јесте да 90% њихових клијената ионако не занима преузимање огромног фајла са сировим BigY подацима, а генерисање и складиштење их је пуно коштало. Уместо тога, драстично су смањили цену Big Y теста, а коме требају сирови подаци у BAM формату - може да доплати.

Не знам каква је ситуација код Dante Labs, негде сам прочитао да су и они укинули бесплатно преузимање сирових података у BAM формату, и да је "raw data" доступан тек ако се претплатиш на њихове услуге, макар на месец дана. Видећемо ускоро да ли је то тачно, када стигну први WGS резулати од тестираних.

Ван мреже Юрий

  • Гост
  • *
  • Поруке: 2
  • R1b-PF7563
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #168 послато: Јануар 17, 2021, 04:12:37 поподне »
Поздрав свима. Ја сам из Украјине и читам ваш форум уз помоћ Гоогле преводиоца, јер не знам српски.
Ево разлике између vcf и bam датотека према једном од креатора YFull:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg494897.html#msg494897
Односно, vcf је довољан за одређивање старости.
Можете им послати vcf, а затим бесплатно ажурирати анализу тако што ћете им послати bam.
Такође, ако имате адресу италијанског Еспосита, покушајте да га убедите да пошаље своје податке YFull, можда чак и да их платите.

Приветствую всех. Я из Украины и читаю ваш форум с помощью Гугл переводчика, так как не знаю сербский язык.
Вот разница между vcf и bam файлами со слов одного из создателей YFull:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg494897.html#msg494897
То есть для определения возраста вполне достаточно vcf.
Вы можете отправить им vcf, а потом бесплатно обновить анализ, выслав им bam.
Также, если у вас есть адрес итальянца Эспозито, постарайтесь убедить его отправить свои данные в YFull, может, даже заплатив за него.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 184
  • R1b > R-M269
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #169 послато: Јануар 17, 2021, 08:11:22 поподне »
Поздрав свима. Ја сам из Украјине и читам ваш форум уз помоћ Гоогле преводиоца, јер не знам српски.
Ево разлике између vcf и bam датотека према једном од креатора YFull:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg494897.html#msg494897
Односно, vcf је довољан за одређивање старости.
Можете им послати vcf, а затим бесплатно ажурирати анализу тако што ћете им послати bam.
Такође, ако имате адресу италијанског Еспосита, покушајте да га убедите да пошаље своје податке YFull, можда чак и да их платите.

Приветствую всех. Я из Украины и читаю ваш форум с помощью Гугл переводчика, так как не знаю сербский язык.
Вот разница между vcf и bam файлами со слов одного из создателей YFull:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg494897.html#msg494897
То есть для определения возраста вполне достаточно vcf.
Вы можете отправить им vcf, а потом бесплатно обновить анализ, выслав им bam.
Также, если у вас есть адрес итальянца Эспозито, постарайтесь убедить его отправить свои данные в YFull, может, даже заплатив за него.

Нико не спори да на основу VCF фајла може да се изврши некакво израчунавање, али колико видим YFULL наводи да VCF фајл не подржава "STR matches", а испод табеле стоји и ово:

* NOTE: The data extracted from the .VCF file is incomplete. ~50-70% of data that can be taken from the .BAM file

Још увек сам прилично нов у целој овој материји, али доста читам и информишем се. Моја основна резерва према VCF лежи у чињеници да VCF приказује одступање у односу на вредности референтног људског генома (вредности алела које се јављају код већине људи). Ту видим барем два проблема:

1) По свој прилици различите фирме које врше тестирања не користе баш потпуно идентичан референтни геном у односу на кога рачунају ваша одступања. Такође, коришћени референтни геном данас и референтни геном за 5 година можда неће бити баш идентичан, па тиме и садржај VCF фајла за једну исту особу генерисан у размаку од 5 година (код сировог BAM формата такав проблем не постоји).

2) У случају да приликом очитавања одређених алела поузданост очитавања не испуњава утврђене стандарде компаније која је радила тестирање, такво очитавање се проглашава за "no call", па се може десити да у VCF фајлу не буде евидентирано да сте позитивни/негативни на одређену мутацију. Међутим у BAM фајлу би рецимо била информација да је заправо у 70% очитавањa нека мутација присутна (а рецимо стандардни квалитета фирме која је радила тест захтевају барем 75% да би се очитавање прихватило као поуздано).

Алгоритам компаније YFULL може да одлучи како да третира одређени степен поузданости очитавања, па рецимо и да искористи и те "скоро сигурне" мутације у својим калкулацијама, наравно са одређеним пондером (тежинским фактором), чиме се добија много поузданија процена TMRCA (нисам сигуран како рачунају, морам да се оградим).

Углавном, у мом сопственом случају, водим се народном пословицом "куд јуне, ту и уже" - ако сам већ платио толике паре за Big Y-700 онда ћу да доплатим и тих 100 USD да добијем BAM фајл, нећу да размишљам да ли бих био другачије сврстан у стаблу и да ли би TMRCA калкулација била тачнија да сам послао BAM фајл уместо VCF.

Све у свему, ова тема прилично излази из матичне дискусије у којој смо тренутно, па кога детаљније занима проблематика, препоручујем да прочита рецимо следеће врло интересантне блог постове:

https://www.beholdgenealogy.com/blog/?p=2879

https://www.beholdgenealogy.com/blog/?p=3006

https://www.beholdgenealogy.com/blog/?p=3013

http://www.beholdgenealogy.com/blog/?p=3021


Ван мреже Александар Невски

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1073
  • Борац за педерско-некрофилско-људождерска права.
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #170 послато: Јануар 17, 2021, 08:33:36 поподне »
Поздрав свима. Ја сам из Украјине и читам ваш форум уз помоћ Гоогле преводиоца, јер не знам српски.
Ево разлике између vcf и bam датотека према једном од креатора YFull:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg494897.html#msg494897
Односно, vcf је довољан за одређивање старости.
Можете им послати vcf, а затим бесплатно ажурирати анализу тако што ћете им послати bam.
Такође, ако имате адресу италијанског Еспосита, покушајте да га убедите да пошаље своје податке YFull, можда чак и да их платите.

Приветствую всех. Я из Украины и читаю ваш форум с помощью Гугл переводчика, так как не знаю сербский язык.
Вот разница между vcf и bam файлами со слов одного из создателей YFull:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg494897.html#msg494897
То есть для определения возраста вполне достаточно vcf.
Вы можете отправить им vcf, а потом бесплатно обновить анализ, выслав им bam.
Также, если у вас есть адрес итальянца Эспозито, постарайтесь убедить его отправить свои данные в YFull, может, даже заплатив за него.

Привет русскому брату!
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Юрий

  • Гост
  • *
  • Поруке: 2
  • R1b-PF7563
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #171 послато: Јануар 17, 2021, 08:52:53 поподне »
Наравно, bam је бољи од vcf.
Али ако сада нема новца за куповину bam датотеке, можете послати vcf датотеку YFull, а затим, ако желите, купите bam и бесплатно ажурирајте анализу у YFull.
А ако сте прочитали поруку на мом линку, видели сте да је креатор YFull сам отпремио вцф датотеке својих рођака ))

Разумеется, bam лучше, чем vcf.
Но если сейчас нет средств на покупку bam файла, можно отправить в YFull vcf файл, а потом, при желании, выкупить bam и бесплатно обновить анализ в YFull.
И если вы прочитали сообщение по моей ссылке, то увидили, что сам создатель YFull загрузил vcf файлы своих родственников ))

Ван мреже drajver

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1880
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #172 послато: Фебруар 20, 2021, 10:01:35 поподне »
Коначно су завршени и BIGY700 резултати за Симоновића, Мратиндан, Идвор, Банат. Како је и очекивано припада грани

R1b-M269>PF7562>PF7563>Y31335>BY16680>FT43020>FT41481>FT44409

којој још припадају Румун Петку и Италијан Еспосито. Немам увид у новеле ове двојице, али посредно могу да видим Еспостиове новеле. Нисам сигуран, али чини ми се да је Еспосито ближи Симоновићу и да би могли дијелити двије мутације испод FT44409. У сваком случају ће се знати за који дан, када ФТДНА ажурира стабло.

Еспосито је и по маркерима ближи Симоновићу, на 111 маркера имају 10 маркера разлике, са Петкуом је та разлика 13 маркера. Веза све тројице је свакако средњовјековна. А прије тога ова линија дуги период нема никог блиског, засад дјелује прилично изоловано.

Мића ме је данас контактирао, па сам погледао има ли каквих новости на стаблу R1b-PF7562 хаплогрупе. Од моје посљедње објаве о Симоновићевом BiGY резултату, стабло ФТДНА је ажурирано и као што сам претпоставио, додата је нова грана испод FT44409 коју дефинишу два СНП-а:  FT424475 и FT39678, при чему је  FT424475 изабран за именовање. У овој новој подграни се налазе Симоновић и Италијан Еспосито. А новост је да се у међувремену ту нашао још један тестирани са презименом Haller. Међутим, Халер није оставио баш никаквих података о поријеклу.

Веза Симоновића, Еспосита и Халера је средњовјековна , можда око 900 година, а веза ове тројице са Румуном Петкуом, који је остао на нивоу FT44409,  је још око 200-300 година старија.

Ван мреже goranilic

  • Почетник
  • **
  • Поруке: 31
Одг: R1b-PF7562 („старија источна R1b“)
« Одговор #173 послато: Март 07, 2021, 06:30:32 пре подне »
Мића ме је данас контактирао, па сам погледао има ли каквих новости на стаблу R1b-PF7562 хаплогрупе. Од моје посљедње објаве о Симоновићевом BiGY резултату, стабло ФТДНА је ажурирано и као што сам претпоставио, додата је нова грана испод FT44409 коју дефинишу два СНП-а:  FT424475 и FT39678, при чему је  FT424475 изабран за именовање. У овој новој подграни се налазе Симоновић и Италијан Еспосито. А новост је да се у међувремену ту нашао још један тестирани са презименом Haller. Међутим, Халер није оставио баш никаквих података о поријеклу.

Веза Симоновића, Еспосита и Халера је средњовјековна , можда око 900 година, а веза ове тројице са Румуном Петкуом, који је остао на нивоу FT44409,  је још око 200-300 година старија.

Postovani g. Drajver,

Kako vidim da imas uvid u informacije na FTDNA, jel mogu da zamolim da kazes nesto vise o ovom "Spancu" s kojim delim R-BY133177 granu?

Unapred hvala.

Goran Ilic
R-BY133177