Где да урадим тест на генетичко порекло?

[Ивица Јовановић]

На 23 може да се претпостави, не може се донети чврст закључак да неко 100% припада истом роду. У том смислу, на 23 маркера, добар индикатор су славе, презиме и место порекла. Ако двојица деле место порекла, славу и разлику 22/23 онда постоји велика шанса да јесу рођаци. Али чак и у том случају велики тест је пожељан, и користан из више разлога (откривање финалне гране и тмрца су два разлога, има их још). Колико је велики тест користан сведоче Дробњаци, Никшићани и други који су озбиљно приступили организованом тестирању.

[Ojler]

Да укажем заинтересованима на још две компаније код којих се могу радити WGS тестови, а које овде на форуму нисмо помињали:

SEQUENCING - послују већ дуже време, односно довољно дуго да се може рећи да су поуздан избор. Нису ни они имуни на кашњење, али чини се да са њима ипак нема већих проблема и ненормалних застоја од годину и више дана, као што се дешава са Данте Лабсом.
Nucleus Genomics, Inc. - нови играч у свету WGS тестова. Послују од марта месеца ове године, па још увек нема много искустава са њима. Мана је то што се могу тестирати само резиденти САД, па би неко из САД морао уместо вас наручити тест, а додатно би се морала решити и достава прибора, као и враћање ДНК узорка.

Цене тестова код обе компаније су оквирно између 400 и 450 долара, дакле упоредиве са YSEQ и Небулом.

[Spajic1]

Једно обавештење ,ако је ко заинтересован.
Ако неко има урађен тест за аутосомал на MyHertiage а не зна своју Y хаплогрупу може бесплатно урадити трансфер на FTDNA.
За неколико дана се добије аутосомална анализа на FTDNA.
После тога се уради доплата за анализу Y хаплогрупе.
Ова анализа кошта 19$, али је на попусту до краја месеца за 10$.
Па ко хоће, нека проба.
Мислим да Y  анализа је површна али се може сигурно сазнати оснавна хаплогрупа.

[НиколаВук]

Једно обавештење ,ако је ко заинтересован.
Ако неко има урађен тест за аутосомал на MyHertiage а не зна своју Y хаплогрупу може бесплатно урадити трансфер на FTDNA.
За неколико дана се добије аутосомална анализа на FTDNA.
После тога се уради доплата за анализу Y хаплогрупе.
Ова анализа кошта 19$, али је на попусту до краја месеца за 10$.
Па ко хоће, нека проба.
Мислим да Y  анализа је површна али се може сигурно сазнати оснавна хаплогрупа.

Основна Y-ДНК хаплогрупа анализом аутозомних фајлова се може сазнати бесплатно путем апликације на сајту YSEQ-a:

https://cladefinder.yseq.net/

Наравно, није искључено да би FTDNA можда могао да дође до неког нижег снипа у односу на овај програм, али је питање да ли је тако нешто загарантовано.

[Селаковић]

Будућност стиже:

https://nanoporetech.com/document/hardware



Прикачи се на компјутер и секвенционише геном за око 24 сата. Мислим да су га избацили пре пар година, али не сећам се да смо помињали на форуму.

Наравно, квалитет је лош (~4x), тако да не задовољава оне WGS стандарде који интересују родословце, али довољан за оно за шта га сад изгледа најчешће користе (анализа метилације ДНК). Један корисник каже да је добио око 3,35 милиона очитавања, око 11,4 Gb, за 24 h. Један кертриџ може да се користи пар пута.

Надам се да ћемо дочекати да видимо нешто иоле слично што се може употребљавати у родословне сврхе.   

[Љиљан]

Добро вече добри људи 

Да ли неко има актуелне информације који дубински тест је оптималан однос уложеног и добијеног? Контактирао ме је Бабић из Дубице за помоћ, па размишљам сигурно овдје има људи који су у току

Нисам на нету успио наћи неко поређење да је новијег датума. Видим да је ФТДНА и даље безобразно скуп (сада је $449). Чини се да је био нешто испод $400 на снижењима, што је и даље скупо.

Испратио сам помало проблеме које су људи имали са Дантеом, па о њему не бих, али нашао сам WGS тест од YSEQ за $359. Има ли неко са тиме исксутва? Човјек је вољан да се тестира, што је за сваку похвалу, па бих волио да му помогнемо.

Другарски поздрав!

[Драган Обреновић]

Добро вече добри људи 

Да ли неко има актуелне информације који дубински тест је оптималан однос уложеног и добијеног? Контактирао ме је Бабић из Дубице за помоћ, па размишљам сигурно овдје има људи који су у току

Нисам на нету успио наћи неко поређење да је новијег датума. Видим да је ФТДНА и даље безобразно скуп (сада је $449). Чини се да је био нешто испод $400 на снижењима, што је и даље скупо.

Испратио сам помало проблеме које су људи имали са Дантеом, па о њему не бих, али нашао сам WGS тест од YSEQ за $359. Има ли неко са тиме исксутва? Човјек је вољан да се тестира, што је за сваку похвалу, па бих волио да му помогнемо.

Другарски поздрав!

YSEQ је озбиљна фирма. Имали су неуспео експеримент са WGS-400 тестовима, па су их повукли из понуде. Лично, никако не бих препоручио "обичан" WGS тест, већ WGS+ који има дупло више очитавања за само $50 више. Тестирање код њих подразумева да ћете послати фајл на анализу на YFull и вероватно аутозомни фајл на MyHeritage и/или FTDNA, јер се добијају само сирови фајлови који су неупотребљиви ако се негде не пошаљу на анализу. То су такође додатни трошкови.

Што се тиче FamilyTreeDNA са тим "безобразно скупим" тестом (када су акције цена је испод $400) добија се и позиционирање на FTDNA стаблу и трајни приступ њиховој генеалошкој платформи, са врло озбиљним истраживачким алатима који се стално унапређују. Што се мог искуства са FTDNA тиче, то је убедљиво најбоље потрошен новац, од како сам почео да се бавим родословљем и генетичком генеалогијом

Наравно апсолутно најбоље је бити на оба стабла, јер неке хаплогрупе су боље развијене (профилисане) на једном стаблу, а неке на другом.

[Љиљан]

YSEQ је озбиљна фирма. Имали су неуспео експеримент са WGS-400 тестовима, па су их повукли из понуде. Лично, никако не бих препоручио "обичан" WGS тест, већ WGS+ који има дупло више очитавања за само $50 више. Тестирање код њих подразумева да ћете послати фајл на анализу на YFull и вероватно аутозомни фајл на MyHeritage и/или FTDNA, јер се добијају само сирови фајлови који су неупотребљиви ако се негде не пошаљу на анализу. То су такође додатни трошкови.

Што се тиче FamilyTreeDNA са тим "безобразно скупим" тестом (када су акције цена је испод $400) добија се и позиционирање на FTDNA стаблу и трајни приступ њиховој генеалошкој платформи, са врло озбиљним истраживачким алатима који се стално унапређују. Што се мог искуства са FTDNA тиче, то је убедљиво најбоље потрошен новац, од како сам почео да се бавим родословљем и генетичком генеалогијом

Наравно апсолутно најбоље је бити на оба стабла, јер неке хаплогрупе су боље развијене (профилисане) на једном стаблу, а неке на другом.

Hvala Dragane na informaciji.

Ja sam imao loše iskustvo sa Big Y 500, samo 23 čitanja i 12Mbp. Samo 3 priv.SNP-a dok Bugarin sa istim testom ima 7 priv.SNP-ova. Pisao sam im još tada žalbu ali mi nisu uvažili. Danas sam na nagovor Sinobada opet napisao, ali ne vjerujem da će od toga išta biti.

Preporučio sam mu da sačeka sniženja, svakako.

[Ojler]

Постоји и релативно нови играч на тржишту, Sequencing.com са којим ми још немамо искуства, али раде већ неко време и преовлађују позитивне оцене корисника. Узели су и неки наши људи китове током Црног Петка, па ћемо видети како ће то ићи. Код њих је тренутно акција ако је неко заинтересован:

https://sequencing.com/order/rare-disease-month-special-wgs-bundle?quantity=1#auth

[Љиљан]

Ima li neko iskustva sa Nebula Genomics?

Na njihovom sajtu kada se traže testovi on vodi na sajt dnacomplete.com gdje vidim 3 testa  od kojih su 2 interesantna:
Pro DNA Test na sniženju 495$, piše 30x WGS
Elite DNA Test na sniženju 995$, piše 100x WGS

Na Y full vidim dosta njihovih testova, npr u grani ZS9949 jedan rezultat sa 18X, 45.0 Mbp, drugi rezultat sa 17X, 23.6 Mbp

[Љиљан]

Vidim sada da ima posebna tema Nebula Genomics.

Izvinjavam se

[Драган Обреновић]

Ima li neko iskustva sa Nebula Genomics?

Na njihovom sajtu kada se traže testovi on vodi na sajt dnacomplete.com gdje vidim 3 testa  od kojih su 2 interesantna:
Pro DNA Test na sniženju 495$, piše 30x WGS
Elite DNA Test na sniženju 995$, piše 100x WGS

Na Y full vidim dosta njihovih testova, npr u grani ZS9949 jedan rezultat sa 18X, 45.0 Mbp, drugi rezultat sa 17X, 23.6 Mbp

Нисте у суштини промашили тему, ово је општа тема где се могу дискутовати разлике, предности и мане између тестова различитих компанија. Можете и овде наставити дискусију, а можете и у посебној теми везаној баш за фирму Nebula Genomics, мада и та фирма више практично не постоји (власник Nebule је основао нову фирму која се сада зове DNA Complete).

Што се тиче избора конкретног WGS теста, 30x WGS је "златни стандард" за потребе генетичке генеалогије. Тестови са просечном дубином очитавања од 100x се више користе у медицинске сврхе, како би се значајно повећала вероватноћа да ће бити покривени региони који носе гене од интереса за дијагностику.

Иначе, дубина очитавања Y хромозома буде оквирно упола просечне дубине очитавања на нивоу целог генома, тако да је 17-18x на Y хромозому заправо јако добар резултат.

[CosicZ]

Не знам да ли ово може бити од користи неком са Балкана, али чисто да знамо да постоји.
https://dnaconsultants.com/product-category/our-tests/
https://dnaconsultants.com/product/our-tests/haplotype-test/

By the law of large numbers, mutational rates and principles of statistics. Even though human DNA is composed of 3.2 million nucleotide positions divided into 24 chromosomes of varying length, your individual autosomal profile with 16 biallelic loci (32 single alleles or haplotypes) is a simple representative profile of your entire genetic inheritance, half coming from your mother, half from your father. Because of the extremely slow rate of mutation, the time depth for analysis of this ancestry is about 5000 to 10,000 years ago. Our forensic database has the desirable statistical qualities of uniformity, comprehensiveness and validity. It contains the reported STR frequencies of nearly 500 populations around the world, virtually the entire universe of possible matches. This allows deductions and perspectives on global biogeographical factors since Earth’s last Ice Age, before recorded history.

https://dnaconsultants.com/wp-content/uploads/2024/05/Basic-Haplotype-Sample-1.pdf

Short Tandem Repeats (STRs) are the basis of your test. They are segments of DNA with repeat
units differing person to person and population to population. Variation in their repeats (alleles)
makes them a useful tool for performing individual human identification, ancestry comparisons,
ethnic composition and many other purposes.
A haplotype is a variation on a single chromosome or genetic system that can be easily inherited.
The exact variant is passed down and shared by all others who have that variation at that location.
Because of the stability of DNA from generation to generation, all instances of the haplotype
come from a common ancestor, the first human to possess that particular mutation.

The mutation rate of STRs is about the same as for mitochondrial DNA—virtually unchanging.
The time depth is very deep. A haplotype usually reflects the last 5,000 years or more, since the
end of the last Ice Age before the beginning of recorded history.

https://dnaconsultants.com/product/our-tests/rare-genes-from-history-dna-test/

All 33 of DNA Consultants’ new markers are rare, but that’s what makes them interesting.

Coming from all sections of human diversity—African, European, Middle Eastern, Asian and Native American—they are like the tiny gold filaments in a huge, outspread multi-colored tapestry.

These rare but robust signals of deep history can act as unique touchstones for the surprising stories of individuals and help clarify your DNA Fingerprint Plus results.

https://dnaconsultants.com/wp-content/uploads/2016/04/website.RareGenes.NEW_.101620.pdf

Most personal DNA profiles have a likelihood of 1 in one trillion of occurring in another randomly sampled individual. If populations are considered rather than individuals, your unique DNA fingerprint has a stated mathematical probability of being present in any given population. This statistic is termed random match probability (RMP). Your profile may be relatively common in one population (say among Portuguese people) and relatively uncommon in others (say in Scandinavian populations). By searching population databases, we can determine the primary populations (“matches”) in which your profile is likely to have arisen in high frequency over the past few centuries. From these matches we can infer geographical places of origin within a meaningful (historical) time depth. You can find out if you have Portuguese or American Indian or other types of ancestry.

https://dnaconsultants.com/product/our-tests/basic-world-dna-fingerprint-test/

Our new Basic World DNA Fingerprint Test is a value-priced version of our flagship product DNA Fingerprint Plus. This mid-range choice is “just the facts.” Like the full product, it examines standard locations on your whole-genome DNA used in the forensic sciences and gives you a comprehensive picture of your ancestry based on all your ancestral lines. The time depth is historical, not ancient (200 – 500 years).

https://dnaconsultants.com/wp-content/uploads/2016/04/Sample-Basic-World-DNA-Fingerprint-Test.pdf

https://dnaconsultants.com/all-populations/

https://en.wikipedia.org/wiki/STR_analysis

When comparing SNP and STR analysis, the use of high-quality SNPs has proven to be better for delineating population structure, as well as genetic relationships at the individual and population level.[10] Using the best 15 SNPs (30 alleles) was similar to the best 4 STR loci (83 alleles), and increasing the STR made no difference, but increasing to 100 SNPs substantially increased assignment giving the highest result. Researchers found that some of the STR loci out-performed the SNP loci on a single locus basis, but combinations of SNPs outperformed the STRs based upon total number of alleles. The SNPs from a larger panel gave significantly more accurate individual genetic self-assignment compared to any combination of the STR loci.