Аутор Тема: dnapainter.com - ДНК сликар  (Прочитано 745 пута)

Ван мреже Uzi

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 656
  • Y-DNA: N2>P189.2>FGC28435
dnapainter.com - ДНК сликар
« послато: новембар 05, 2018, 12:46:02 пре подне »
Ево једне доста нове и занимљиве апликације, која може помоћи да се поклапања на аутосомалном тесту лакше могу лоцирати на породичном стаблу.

Ово испод је верзија ДНК сликара за мушку линију мог оца, коју сам успео до сад офарбати 57%.



Ево и кратке Јутубе презентације и упуте за употребу.

<a href="https://www.youtube.com/v/wyjcJxywTZI" target="_blank" class="new_win">https://www.youtube.com/v/wyjcJxywTZI</a>

симо

  • Гост
Одг: dnapainter.com - ДНК сликар
« Одговор #1 послато: јануар 05, 2019, 12:36:00 поподне »
Надовезујем се на овај Узијев пост, да не отварам нову тему, јер је једним дијелом везан за ово што је поставио.

Гледајући властита поклапања на Family Finder примјетио сам да је тестирање аутосомалне генетике много масовније, него Y-днк. Узрок томе је свакако у приступачнијој цијени аутосомалног теста, а такође и погодности таквог вида теста за женску популацију. Од мојих задњих 20 поклапања на Family Finder, 14 су жене. Ово значи да су жене пронашле у овом тесту далеко већи интерес него што је то случај са Мтдна. Са друге стране, чини ми се да су могућности овакве врсте теста за истраживање поријекла појединаца, па и презимена, недовољно искориштене и на форуму и на сајту. При томе не мислим на општу аутосомалну днк и генералну везу са старим и новим популацијама (о чему се писало), већ прије свега о употреби резултата аутосомалних тестова за реконструкцију породичног стабла, ондосно детаљнија анализа хромозома. Колико ме сјећање служи једино је Узи покушавао да актуелизује тај дио приче. Морам признати да ни сам нисам раније превише обраћао пажњу на те могућности.

Ако сам добро схватио принцип, аутосомални тест нам не може сасвим јасно показати са којим појединцима имамо одређено ближе и даље поријекло. Разлог томе је што од својих предака увијек наслеђујемо само дио гена и теоретски може да се деси да нпр. са неким са ким дијелимо заједничког чукундеду, уопште не дијелимо исте сегменте гена. Њему је у тим многобројним рекомбинацијама отишао један дио гена, а вама други. Истовремено, можете дијелити исте сегменте гена са неким ко је од вас удаљен 7 или више генерација, јер су се на неки начин исти сегменти гена у рекомбинацијама сачували код вас и код тог појединца. Oво значи да вам се на Fаmily finder поклапањима могу појавити неки даљи рођаци,а да вам се неки ближи уопште не појаве.

Логично би онда било запитати се: каква корист уопште од аутосомалног теста?

Корист може бити управо у праћењу тих хромозомалних поклапања. Покушаћу то илустровати на примјеру: на својим Family Finder поклапањима, у категорији 3rd Cousin - 5th Cousin, преко Chromosome Browsera, примјетио сам да са двије женске особе различитих презимена дијелим два прилично крупна сегмента на истом положају хромозома 16. То изгледа отприлике овако:

Послије сам видио, преко објављених породичних стабала, да су те двије женске особе са којима имам поклапање родбински повезане и да се ради о баки и унуци. Тај сегмент који дијелим са њима, дакле је унука наслиједила од баке. За баку су остављени подаци да јој је отац Србин из мјеста Трпиња код Винковаца,а мајка из породице српских оптаната из Мађарске (оца њене мајке сам нашао у списку оптаната из Српскох Хидоша). Моја веза са њима је дакле или преко Трпиње или преко оптаната. Узимајући у обзир смјер сеоба и скорашње везе сасвим је извјесно да је веза преко Трпиње, српског села у источној Славонији, које је након 1697. године било насељено српским становништвом из Босне и Херцеговине. Могу претпоставити да је то та веза.

Наравно, детаљнија тестирања још неких даљих рођака тестиране, у Трпињи, можда би могла још даље одмотати ту везу. У том смислу би алат који је Узи горе поставио, DNA Painter, био итекако користан.

Треба рећи да за ову сврху на Family Finder налогу постоји алатка Chromosome Browser. Њено једино ограничења је што допушта упоређивање до 7 тестираних. Нешто је корисинија сличан алатка на Gedmatch Multi Kit Analysis помоћу којих се може упоредити и до 50 тестираних.

Популаризацијом и објашњењем ових алатки мислим да би се управо већи број припадница љепшег пола могао заинтересовати за истраживање поријекла,а што се увијек спомињало као проблем.

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1272
  • G2a-L42>YSC33
Одг: dnapainter.com - ДНК сликар
« Одговор #2 послато: јануар 05, 2019, 12:55:47 поподне »
Потписујем све што је написано, и мислим да би комотно би могло ићи и на портал. :)

Додао бих само да једина мана овога јесте још увек релативно мали број наших људи који су аутосомално тестирани, што онемогућава добијање неких доста ближих поклапања какве има практично сваки Енглез или Француз који се тестира. Чини ми се да је на MyHeritage-у у последње време прави бум тестираних, нарочито међу нашом европском дијаспором (Немачка, Швајцарска и Аустрија првенствено).

Узгред, синоћ сам после дуже времена ушао на свој Гедмеч и видим обавештење на које пре нисам обраћао пажњу.

Одем на поменути Гедмеч Генезис и у најближим поклапањима видим неке особе које су ми на редовном Гедмечу биле доста слабо котиране. У сваком случају, треба обратити више пажње на ову тематику јер може бити доста корисна како појединцима, тако и свима који се занимају за генетичку генеаологију.

NOTICE: We are making progress on migration to the new Genesis site at genesis.gedmatch.com . Genesis will become the only GEDmatch.com at some point in the near future. This has become necessary because of the divergence of SNP sets used by various testing companies.

As of 12/18/2018 all new raw DNA kit uploads are only accepted by Genesis. The legacy GEDmatch site will continue to be available for some time, but results are "frozen" with all new kits being accepted, processed and results available only on Genesis.

The Genesis site can be accessed through a link at the bottom of the right column on this page, or directly by logging in at
https://genesis.gedmatch.com

''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

симо

  • Гост
Одг: dnapainter.com - ДНК сликар
« Одговор #3 послато: март 06, 2019, 09:24:54 пре подне »
Отворио сам налог на DNA Painter-у и пренио своја ближа поклапања са Family Finder Chromosome Browser. Алат је и више него користан, заправо пружа могућност да се извуче максимум информације из ФФ резултата. Основна опција ( која је сасвим задовољавајућа), а то је да отворите један налог и да видите поклапања на хромозoмиима, је бесплатна. Има још неких алатки које се плаћају.

Приказ резултата поклапања је веома добро урађен и веома лако се може видјети које су особе међусобно повезане. Ово је заправо обједињена опција Matrix и Chromosome Browser из ФФ-а, само што је тамо број уноса ограничен до 7, а овдје је неограничен. Приликом уношења на DNA Painter користио сам само поклапања код којих је највећи сегмент био 13cM па навише. То су у ствари она поклапања код којих ФФ одређује блискост до 3-5th Cousin. Такође, веома је корисно ако сте радили ФФ тестирање родитеља, јер се онда на DNA Painteru види по којој линији (очевој или мајчиној) су вам други тестирани блиски.

Свако поклапање на конкретним позицијама хромозома, значи да са појединцима дијелите релативно скоријег заједничког претка ( мушког или женског). Уколико су тестирани оставили своја породична стабла, буквално би се у размјени података између тестираних могло доћи до идентификације конкретних предака од којих сте наслиједили заједничке сегменте хромозома.

У нашим поклапањима има доста тестираних са англосаксонским презименима и именима (због масовности тестирања тамо), али кад се уђе у конкретно поријекло појединаца види се да они обично имају по некој линији поријекло из наших крајева. Нпр. примјетио сам два поклапања са Американцима из Пенсилваније са презименима Hobbs и Steffaro. Кад сам ушао на породично стабло Hobbsa, видио сам да је по женској страни предака поријеклом од Срба из Крајине (Бјелић, Јузбаша). Таквих примјера има још.

Најинтересантнији ми је блок заједничких поклапања на 7 хромозому који садржи чак 7 појединаца (види се на исјечку у прилогу), међу којима има и католика и муслимана и православних, углавном са простора Босне и Херцеговине. Питам се који нам је то заједнички предак, који вјероватно предатира религијску подјелу.

Ово је исјечак са мојих поклапања са DNA Painter,на којима се виде групације поклапања, свака групација је неидентификовани заједнички предак.