Аутор Тема: Број јединствених СНП-ова  (Прочитано 5414 пута)

На мрежи Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3397
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Број јединствених СНП-ова
« Одговор #20 послато: новембар 13, 2018, 11:58:07 пре подне »
Да не бих отварао нову тему поставићу овде питање које ме занима, а тиче се управо броја јединствених СНП-ова. Надам се да ће неко од познавалаца материје са СДНК пројекта имати одговор.

Није ми јасно како се тестирани појединци сврставају у базне хаплогрупе грана које су се одавно разгранале. Питање се тиче конкретно Ytree стабла на YFull-у. Гледам рецимо хаплогрупу I-S17250 и видим да је чак 12 појединаца сврстано у њу. Причам дакле баш о I-S17250 хаплогрупи а не о њеним низводним гранама. Како је могуће? Разумео бих да су I-S17250*, односно да њихове низводне гране нису још пронађене, или да их је један или двојица, али зар је могуће да сви они немају ни једну јединствену нову СНП мутацију која би се развила у последњих cca. 2000 година колико је стара I-S17250 грана?
Да ли код њих заиста нису нађене нове мутације или ја ипак нешто и даље не разумем...?
« Последња измена: новембар 13, 2018, 12:05:37 поподне Ojler »
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Селаковић

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1980
  • I2>Z17855>FT173833
Одг: Број јединствених СНП-ова
« Одговор #21 послато: новембар 13, 2018, 12:02:05 поподне »
На том конкретном примеру је проблем, јер БигИпсилон најчешће не покрива ПХ908 позицију.

На мрежи Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3397
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Број јединствених СНП-ова
« Одговор #22 послато: новембар 13, 2018, 12:08:11 поподне »
На том конкретном примеру је проблем, јер БигИпсилон најчешће не покрива ПХ908 позицију.

Одговор је дакле да у таквим случајевима нове СНП мутације заиста нису пронађене (што не значи обавезно и да их нема)?
Kамене рабъ и госодинъ

симо

  • Гост
Одг: Број јединствених СНП-ова
« Одговор #23 послато: новембар 13, 2018, 12:08:16 поподне »
Да не бих отварао нову тему поставићу овде питање које ме занима, а тиче се управо броја јединствених СНП-ова. Надам се да ће неко од познавалаца материје са СДНК пројекта имати одговор.

Није ми јасно како се тестирани појединци сврставају у базне хаплогрупе грана које су се одавно разгранале. Питање се тиче конкретно Ytree стабла на YFull-у. Гледам рецимо хаплогрупу I-S17250 и видим да је чак 11 појединаца сврстано у њу. Причам дакле баш о I-S17250 хаплогрупи а не о њеним низводним гранама. Како је могуће? Разумео бих да су I-S17250*, односно да њихове низводне гране нису још пронађене, или да их је један или двојица, али зар је могуће да сви они немају ни једну јединствену нову СНП мутацију која би се развила у последњих cca. 2000 година колико је стара I-S17250 грана?
Да ли код њих заиста нису нађене нове мутације или ја ипак нешто и даље не разумем...?

Има свакако и оних који су S17250*, али је постојање толиког броја хаплотипова на S17250* нивоу, посљедица немогућности Биг Ипсилона да (код већине тестираних) прочита PH908, a вјероватно и још неке низводне СНП-ове (оне који су повезани са промjeнама на маркерима 561 или 557 нпр.). Пошто YFull чита и анализира искључиво оно што им је достављено кроз BAM фајл, и стабло је тако постављено да не узима у обзир неке посредне информације ( добијене од других лабораторија). Рецимо ја сам код Yseq тестирао позитивно PH908, и послао сам информацију о резултату YFullu,aли због њихових стандарда ( а то је да користе само оно што они прочитају из сирових резултата) нису ме пребацили у PH908 групу, тако да сам ја још увијек на S17250* нивоу.

Имају они неки ниво сарадње са Yseq, али још увијек не такав да повезује налоге појединаца са Yseqa и YFulla.
« Последња измена: новембар 13, 2018, 12:09:47 поподне симо »

На мрежи Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3397
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Број јединствених СНП-ова
« Одговор #24 послато: новембар 13, 2018, 12:12:12 поподне »
Има свакако и оних који су S17250*, али је постојање толиког броја хаплотипова на S17250* нивоу, посљедица немогућности Биг Ипсилона да (код већине тестираних) прочита PH908, a вјероватно и још неке низводне СНП-ове (оне који су повезани са промjeнама на маркерима 561 или 557 нпр.). Пошто YFull чита и анализира искључиво оно што им је достављено кроз BAM фајл, и стабло је тако постављено да не узима у обзир неке посредне информације ( добијене од других лабораторија). Рецимо ја сам код Yseq тестирао позитивно PH908, и послао сам информацију о резултату YFullu,aли због њихових стандарда ( а то је да користе само оно што они прочитају из сирових резултата) нису ме пребацили у PH908 групу, тако да сам ја још увијек на S17250* нивоу.

Имају они неки ниво сарадње са Yseq, али још увијек не такав да повезује налоге појединаца са Yseqa и YFulla.

Ја не видим никога на стаблу да је S17250* већ само S17250. Да ли си у ствари мислио на S17250 када пишеш S17250*?
Kамене рабъ и госодинъ

симо

  • Гост
Одг: Број јединствених СНП-ова
« Одговор #25 послато: новембар 13, 2018, 12:14:00 поподне »
Ја не видим никога на стаблу да је S17250* већ само S17250. Да ли си у ствари мислио на S17250 када пишеш S17250*?

Да, управо тако.