Аутор Тема: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes  (Прочитано 21005 пута)

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3130
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #120 послато: јул 06, 2019, 12:27:02 пре подне »
Требало је да се тестирате преко ФТДНА.

Требало је. Сад је готово.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже НиколаВук

  • Помоћник уредника
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5529
  • I2-PH908>Y52621>Y189944, род Никшића
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #121 послато: јул 10, 2019, 08:31:18 пре подне »
Тед Кандел је у објави на ФБ (Yfull група) написао да Dante Labs користи другачију конвенцију за именовање хромозома, па можда то има неке везе и са Ојлеровим чудним аутосомалним резултатима. Цитат:

"‎Ted Kandell‎ за YFull.com
7 ч. ·
Vadim, I would like to point out that BAM files with the chromosome naming convention 1 ... 22, X, Y, MT do not have errors, but are using the Ensembl chromosome naming convention.
Dante Labs is using Sequencing .com's isaac-align (for some mysterious reason) for their realignment to hg38, and this has been producing BAM files with this chromosome naming convention as opposed to the UCSC chr1 ... chr22, chrX, chrY, chrM.
There is a simple way to handle these BAM files, test for the presence of the Ensembl chromosome naming convention, and produce a BAM file with the UCSC "chr1 .. chr22, chrX, chrY, chrM" naming convention:
if [[ $(samtools view -H 60820188473843.grch38-Y-MT.bam | grep 'SN:Y' | wc -l) == 1 ]]
then
   samtools view -H XXXXXXXXXXXX.grch38.bam | sed -e 's/
SN:\([[:digit:]]\+\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:\([XY]\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' > new_header.sam
   samtools reheader new_header.sam  XXXXXXXXXXXX.grch38.bam >  XXXXXXXXXXXX.grch38.reheadered.bam
fi
BTW, the UCSC Genome Browser can now handle BAM and VCF files that use Ensembl chromosome names.
"

"Ted Kandell For a list of conversions between the various chromosome name mappings, see here:
https://github.com/dpryan79/ChromosomeMappings
"
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3130
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #122 послато: јул 10, 2019, 11:27:13 пре подне »
Тед Кандел је у објави на ФБ (Yfull група) написао да Dante Labs користи другачију конвенцију за именовање хромозома, па можда то има неке везе и са Ојлеровим чудним аутосомалним резултатима. Цитат:

"‎Ted Kandell‎ за YFull.com
7 ч. ·
Vadim, I would like to point out that BAM files with the chromosome naming convention 1 ... 22, X, Y, MT do not have errors, but are using the Ensembl chromosome naming convention.
Dante Labs is using Sequencing .com's isaac-align (for some mysterious reason) for their realignment to hg38, and this has been producing BAM files with this chromosome naming convention as opposed to the UCSC chr1 ... chr22, chrX, chrY, chrM.
There is a simple way to handle these BAM files, test for the presence of the Ensembl chromosome naming convention, and produce a BAM file with the UCSC "chr1 .. chr22, chrX, chrY, chrM" naming convention:
if [[ $(samtools view -H 60820188473843.grch38-Y-MT.bam | grep 'SN:Y' | wc -l) == 1 ]]
then
   samtools view -H XXXXXXXXXXXX.grch38.bam | sed -e 's/
SN:\([[:digit:]]\+\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:\([XY]\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' > new_header.sam
   samtools reheader new_header.sam  XXXXXXXXXXXX.grch38.bam >  XXXXXXXXXXXX.grch38.reheadered.bam
fi
BTW, the UCSC Genome Browser can now handle BAM and VCF files that use Ensembl chromosome names.
"

"Ted Kandell For a list of conversions between the various chromosome name mappings, see here:
https://github.com/dpryan79/ChromosomeMappings
"

Није до тога. Ово о чему пише Тед је тривијална разлика која се огледа у томе да се у једном формату за ознаку хромозома користи само број, од 1 до 22, плус слова X, Y и MT, док у другом формату испред повенутих бројева и слова стоји још и скраћеница "chr". Дакле, chr1, chr2, ... chr22, chrX, chrY и chrM.

Иначе, нашао сам објашње за чудне резултате које сам добио:

Цитат
The VCF file only contains the variants of your genome against the human reference.
The DTC RAW files contain both types, variants and non variants.
On GEDmatch Admixture calculator, at the bottom of the page of the result chart, you will get count of SNPs used for the calculation. For regular old FTDNA or Ancestry format you will get around 170.000 snps used, but for your Dante Labs converted file is less than 50.000, so there is a big chunk of analysis that is not being correctly performed.
So, the VCF file converted to 23andMe, FTDNA or Ancestry format, isn’t going to work for GEDmatch, because it’s missing all of the homozygous reference calls.

Укратко, VCF фајл, што је формат који "по дифолту" испоручује Данте Лабс, садржи само варијације у односу на референтни људски геном, у њиховом случају hg19. Како GEDmatch више не прихвата VCF фајлове, неопходно је овај VCF фајл добијен од Дантеа конвертовати у неки од подржаних формата (23andMe, Ancestry, FTDNA,...) што је једноставно урадити помоћу програма DNA Kit Studio. Проблем је што овако добијени фајлови не садрже довољно информација да би GEDmatch калкулатори могли правилно да раде. У наведеном објашњењу се помиње да недостају хомозиготне референце (шта год то било). Нисам сигуран могу ли се те недостајуће информације некако реконструисати из референтног генома и укључити у фајл за GEDmatch анализу. Поставио сам питање на једној групи Данте Лабс муштерија али нико још не одговара. Тед Кендал је писао нешто о томе да је реконструкција свих очитавања само на основу VCF фајла и референтног генома немогућа, јер се у VCF фајлу губи информација која очитавања су била неуспешна, тако да реконструкција може да да или лажна позитивна или лажна негативна очитавања локуса за које недостају информације.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Сова

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 56
  • I2-PH908>FT16449>Y151633> FT34788
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #123 послато: фебруар 27, 2020, 06:06:37 поподне »
Резултат Српкиње из Војводине. Отац Србин староседелац Бачке, мајка Српкиња пореклом из места Кокори код Прњавора у Републици Српској.

EUtest V2 K15


North Sea 20.17%
Atlantic 14.73%
Baltic 20.28%
Eastern European 13.81%
West Mediterranean 13.31%
West Asian 5.82%
East Mediterranean 7.95%
Red Sea 2.53%
South Asian 0.00%
Southeast-Asian 0.00%
Siberian 1.19%
Amerindian 0.11%
Oceanian 0.12%
Northeast African 0.00%
Sub-Saharan 0.00%

Closest population distances

Population
   
Distance
Moldavian 0.4906003
Croatian 0.5992644
Hungarian 0.6460828
Serbian 0.8002974
Austrian 0.9970822
Ukrainian_Lviv 1.1095283
Romanian 1.1099554
East_German 1.1631812

Eurogenes K13


North_Atlantic 27.36%
Baltic 32.70%
West Mediterranean 15.97%
West Asian 6.47%
East Mediterranean 12.02%
Red Sea 2.68%
South Asian 0.00%
East Asian 0.00%
Siberian 2.11%
Amerindian 0.39%
Oceanian 0.30%
Northeast African 0.00%
Sub-Saharan 0.00%

Closest population distances

Population
   
Distance
Moldavian 0.5294343
Croatian 0.5339105
Hungarian 0.6745333
Serbian 0.727114
Austrian 1.130176
Romanian 1.180174
East_German 1.1920853
Ukrainian_Lviv 1.2199164
« Последња измена: фебруар 27, 2020, 06:08:35 поподне Сова »

Ван мреже Сова

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 56
  • I2-PH908>FT16449>Y151633> FT34788
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #124 послато: фебруар 29, 2020, 03:29:14 поподне »


 


Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1031
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #125 послато: март 15, 2020, 01:04:34 поподне »
Пробао сам ових дана неколико комбинација својих резултата на апликацијама Vahaduo, углавном користећи  Global25 скалиране резултате, а које ми је прије неког времена послао Давидски (хвала Сремцу на савјетима и упутствима око наручивања и разумијевања ових резултата). Нисам био баш вичан у коришћењу тих резултата раније у monte или R програму, али ова Vahaduo апликација је баш згодна, јер веома лако можете комбиновати различите популације (конкретне старе узорке) и поредити их са својим резултатима.

Тако сам са сајта Давидског ( http://eurogenes.blogspot.com/ ) ископирао скалиране координате Global25 старих узорака. Из њих сам пробрао оне које се односе на средњеовјековни период и убацио их у два Vahaduo калкулатора.
http://g25vahaduo.genetics.ovh/
https://vahaduo.github.io/custompca/

При томе ме је више интересовала дистанца до конкретних старих узорака, него збирни удјели појединих група узорака у односу на мој резултат.

Ово је резултат удаљености:



Као што се може видјети, генетски су ми далеко ближи узорци из периода сеобе народа, пронађени у лангобардским гробовима у Панонији и Италији, као и средњовјековни узорци из околине Рима, него рани Словен из Чешке. И Сунгирац је у овој рачуници, али стоји од мене толико далеко да није ни обухваћен у овом излиставању.

Ови узорци нађени у Панонији и сјеверној Италији заправо нису ни Лангобарди, ради се о углавном о романском становништву Паноније које се мијешало са Германима. Иако моји резултати имају благу тенденцију ка западном Медитерану и Централној Европи ( и ранији калкулатори су то показивали), мислим да не одступам пуно од резултата просјечног Србина, па би ови резултати вјероватно били приближно и српски резултати.

Ово би нам показало да, без обзира што по Y днк претеже укупан збир словенских хаплогрупа преко 50%, аутосомално смо можда више дословенског поријекла. У тој нашој дословенској генетици, мислим да више доминира западномедитеранско-централноевтопска, него источномедитеранско-левантинска генетика, мада недостају неки аутентични грчки или анадолски узорци из средњег вијека.

Иначе, мислим да је смислено поредити своје резултате са узорцима из једног историјског раздобља, а не из различитих. Тек онда можемо добити приближно тачну слику.
« Последња измена: март 15, 2020, 01:06:51 поподне drajver »

На мрежи ДушанВучко

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 4693
  • I2-Y52621>Y189944, род Никшића-Гојаковића
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #126 послато: март 15, 2020, 02:18:03 поподне »


Ово би нам показало да, без обзира што по Y днк претеже укупан збир словенских хаплогрупа преко 50%, аутосомално смо можда више дословенског поријекла. У тој нашој дословенској генетици, мислим да више доминира западномедитеранско-централноевтопска, него источномедитеранско-левантинска генетика, мада недостају неки аутентични грчки или анадолски узорци из средњег вијека.
Oво је занимљиво. Ту вероватно може да се постави нека граница на Балкану, где би могла од старобалканске генетике да преовладава западномедитеранско-централноевтопска , а где источномедитеранско-левантинска генетика. И она би била битна за то где је ко живео на Балкану у средњем веку (у зависности којој дословенској генетици припада више)

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1031
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #127 послато: март 15, 2020, 03:03:13 поподне »
Oво је занимљиво. Ту вероватно може да се постави нека граница на Балкану, где би могла од старобалканске генетике да преовладава западномедитеранско-централноевтопска , а где источномедитеранско-левантинска генетика. И она би била битна за то где је ко живео на Балкану у средњем веку (у зависности којој дословенској генетици припада више)

Најкориснији би нам у овом смислу били неки аутосомални узорци Ромеја из Грчке и Цариграда 6-8 в. Међутим, има неких рачунача који праве подјелу: Западни насупрот Источни Медитеран и моји резултати су такви да показују 75% Западног у односу на 25% Источног Медитерана.

Иначе, у средњовјековни узорак заборавио сам убацити неколико иберијских тестираних из Каталоније, са визиготског гробља. Управо ми je jeдан од тих "Визигота" аутосомално  најближи. Међутим, вјероватно се ради о некој романско-германској мјешавини, с обзиром да тај узорак припада хаплогрупи E-V13 и да су Визиготи на свом путу до Шпаније прошли и преко Балкана и Италије. И узорак из Паноније Szolad:SZ18 припада хаплогрупи E-V13.
 
Тако да вјерујем да је романско-германска мјешавина из периода сеобе народа на Балкану и Панонији (4-6 в.) веома битна за наше генетско наслеђе.

Моји резултати са убаченим иберијским узорцима:

« Последња измена: март 15, 2020, 03:04:59 поподне drajver »

Ван мреже filipi

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 910
  • I-CTS10228_Y4882_A1328*
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #128 послато: март 15, 2020, 03:15:26 поподне »
Evo jos nekih mojih K13 ancient


Ван мреже barbarylion

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 486
  • I2-PH908>Y56203
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #129 послато: март 22, 2020, 12:21:40 поподне »
Mislim da smo dobili rekordera kada je u pitanju komponenta baltik na eurogenes K13

Vulićević-Zapadna Srbija Baltic 36.43%
Prate ga Krnjajić iz Petrinje(Banija) sa sličnim vrednostima.

Ван мреже filipi

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 910
  • I-CTS10228_Y4882_A1328*
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #130 послато: април 01, 2020, 09:04:19 поподне »
Moji rezultati K15 i K12




Ван мреже Ojler

  • Одбор за хералдику
  • Аскурђел
  • ******
  • Поруке: 3130
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: ЕВРОГЕНИ рачунач - Eurogenes
« Одговор #131 послато: април 02, 2020, 01:05:27 поподне »
Коначно сам и ја изгледа успео да извучем неке смислене аутосомалне анализе из DanteLabs-ових резултата:

Kамене рабъ и госодинъ