Форум - Порекло

ДНК порекло => ГГ Разно => Рачунарски програми => Тему започео: Kor август 22, 2020, 12:50:52 поподне

Наслов: GGtree, цртање филогенетичких стабала
Порука од: Kor август 22, 2020, 12:50:52 поподне
Када је пре сада већ много година започињана рубрика о рачунарским програмима који су од помоћи за рад са подацима везаним за генетичку генеалогију, мислио сам да ће то бити нешто што ће свима нама бити од велике користи. Брзо се испоставило да људи не желе да улажу додатни напор у ствари које излазе из домена интелектуалне апстракције. Тако сам и ја изгубио вољу да тему дубље развијам. Један од првих наслова које сам тада хтео да покажем је управо ggtree који представлја одавно доказано средство за креирање филогенетичких стабала. Основу програма чини интерпретативни програмски језик "R" који се сматра као врло подесно средство за обављање статистичких калкулација.  Осим статистичких функција, краси га и подршка за графичко приказивање података. Синтакса му је у суштини врло једноставна и уз мало кода је могуће постићи импресивне резултате.
За оне које ова тема интересује, више података је могуће наћи на следећим линковима:
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ggtree.html (https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ggtree.html)
https://www.molecularecologist.com/2017/02/phylogenetic-trees-in-r-using-ggtree/ (https://www.molecularecologist.com/2017/02/phylogenetic-trees-in-r-using-ggtree/)
https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/packages/3.8/bioc/vignettes/ggtree/inst/doc/treeVisualization.html (https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/packages/3.8/bioc/vignettes/ggtree/inst/doc/treeVisualization.html)
https://www.rjgrayecology.com/blog/quick-easy-phylogenetic-visualizations-and-trait-analysis-in-r#/ (https://www.rjgrayecology.com/blog/quick-easy-phylogenetic-visualizations-and-trait-analysis-in-r#/)
https://guangchuangyu.github.io/software/ggtree/ (https://guangchuangyu.github.io/software/ggtree/)
https://4va.github.io/biodatasci/r-ggtree.html (https://4va.github.io/biodatasci/r-ggtree.html)
https://guangchuangyu.github.io/ggtree-book/chapter-ggtree.html (https://guangchuangyu.github.io/ggtree-book/chapter-ggtree.html)


(https://guangchuangyu.github.io/ggtree-book/ggtree-book_files/figure-html/layout-1.png)

Наслов: Одг: GGtree, цртање филогенетичких стабала
Порука од: Amicus август 22, 2020, 12:58:34 поподне
Ово је одлично, Коре.

Хвала на приложеним линковима.
Наслов: Одг: GGtree, цртање филогенетичких стабала
Порука од: Азот август 22, 2020, 01:24:17 поподне
Овај под H. делује најинтересантније
Наслов: Одг: GGtree, цртање филогенетичких стабала
Порука од: Дејан Ратковић август 22, 2020, 03:00:52 поподне
Што се тиче цртања стабала, препоручујем Вам она која "се читају" са лева на десно.
Дуга је прича, али се показало да су такви дијаграми "најчитљивији", јер људи у нашим културама читају текстове са лева на десно,
па исто важи и за графичке репрезентације.
Ситница, али може некад да значи.
Наслов: Одг: GGtree, цртање филогенетичких стабала
Порука од: marigold август 22, 2020, 04:43:24 поподне
Што се тиче цртања стабала, препоручујем Вам она која "се читају" са лева на десно.
Дуга је прича, али се показало да су такви дијаграми "најчитљивији", јер људи у нашим културама читају текстове са лева на десно,
па исто важи и за графичке репрезентације.
Ситница, али може некад да значи.

Слажем се, најпрегледније је под Г (за цео родослов), а долази у обзир и А уколико се прати само мушка или женска линија.
Наслов: Одг: GGtree, цртање филогенетичких стабала
Порука од: Ojler август 22, 2020, 05:14:37 поподне
Испробао сам баш много алата за праћење родослова и цртање породичних стабала и наравно, нема идеалног. Што се тиче ручног цртања стабла, најбољи ми се показао Microsoft Visio, пре свега због релативно једноставног накнадног реорганизовања и допуњавања. Треба имати у виду да се проблеми који искрсавају код каснијег одржавања стабла разликују у зависности од тога да ли радите предачко или потомачко стабло. Код предачког стабла, код којег пратите све ваше претке, стабло је бинарно и једноставно га је организовати. Ако пак радите потомачко стабло, односно кренете од неког вашег далеког претка па онда пратите његове потомачке линије, стабло је много компликованије па су самим тим и накнадна уписивања и доцртавања већи изазов. Ту ми се Визио показао као добар алат јер је у стању да код померања чворова и листова стабла сам прилагођава дужину и позицију грана, одржавајући притом исту структуру стабла.
Што се тиче програма за аутоматско генерисање стабала, који цртају стабло нпр. из готовог GED фајла, није лоше решење програм yED (https://www.yworks.com/downloads#yEd).
Солидан модул за цртање стабла има и програм Family Tree Maker (http://ftm), који ја користим за чување и одржавање родослова.
Наслов: Одг: GGtree, цртање филогенетичких стабала
Порука од: Миодраг август 22, 2020, 10:47:33 поподне
Najpraktičnije tj najpreglednije meni kao umetniku je I (koje je malo bolje od F). A najbesmislenije je E i B -- to nikako.

Nego, koja je stvarna razlika u dizajniranju između ovih za ljude sa uglastim autoritarnim pogledom na svet tj A i G, osim što u A nemamo sve podatke za oba pretka svake osobe u lancu a u G je pretpostavljeno da ih imamo?

Ili kod ovog za new agere, C, D i H -- šta je tu razlika? OK, H je malo ujednačenije jer je svud isti razmak pa zauzima veći prostor, ali C i D su potpuno isti, zašto je to uošte dato kao dve varijante?