Форум - Порекло

ДНК порекло => Основе генетичке генеалогије => Тему започео: vojinenad октобар 19, 2015, 01:16:56 поподне

Наслов: Мутације на маркерима
Порука од: vojinenad октобар 19, 2015, 01:16:56 поподне
Интересује ме једна ствар која ће можда некоме бити смешна и глупа, али ја морам да питам да бих могао да будем сигуран у то што само претпостављам да је тако. Интересује ме да ли када настане мутација на маркеру вредност расте или се смањује? Конкретно у мом и Ћетковићевом случају, ја имам на маркерима 389-I и 389-II вредности 13 и 30 а Ћетковић 12 и 29. Да ли у нашем случају то значи да је у мојој грани дошло до мутације, при чему су се вредности ових маркера (или овог маркера пошто капирам да је у питању један маркер) код моје гране повећеле за по један?
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Radul јун 16, 2017, 02:18:28 пре подне
Стопе мутације по алелима:
http://www.hawgoodfamily.co.uk/ystrdatabase.html

(http://www.hawgoodfamily.co.uk/wpimages/wp14358165_06.png)
(http://www.hawgoodfamily.co.uk/wpimages/wp0b68d493_06.png)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Radul јун 16, 2017, 03:39:13 пре подне
Mutation Rates and Discriminating Power for 13 Rapidly-Mutating Y-STRs between Related and Unrelated Individuals (2016)
(http://journals.plos.org/plosone/article/figure/image?size=large&id=10.1371/journal.pone.0165678.t002)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Sharelock јун 23, 2017, 10:57:28 пре подне
Стопе мутације по алелима:
Радуле, у вези прилога о стопама мутације по алелима, молим те објасни ми на једном примеру. Рацимо, по Чендлеру, за ДИС 19 вредност је 0,0015, а ДИС 390 је 0,0031. Да ли то значи да је брзина промене ДИС 390 два пута већа од брзине промене ДИС 19, односно да на две промене ДИС 390 долази једна промена ДИС 19?
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Voljen od Boga септембар 20, 2017, 09:49:19 поподне
Ima samo jednu razliku na testirane markere sa testiranim Dudićem, i to na brzomutirajući Y GATAH4, nikakva posebna razlika za rođake !

Разлог зашто сам провјеравао хаплогрупу јер је тестирани из Београда за ове маркере добио објашњење да припада хаплогрупи Е1б1. Зашто ???
Занимњиво је и то да су то маркери оца и сина, дакле, разлике у маркерима може бити и међу најближим сродницима. Поставља се питање зашто настају ови "ожиљци" на Y хромозому. Мени се чини да они настају увијек и код сваког човјека због прележаних дјечијих болести али се сви они не преносе на наслједнике или временом исчезавају. Стално остају и увијек се наслјеђују ине мутације које су настале због прележане неке теже болести као што је куга, заушњаци итд. Тако би се могло обијаснити зашто број мутација није бесконачан. Када би се знао тачан разлог зашто настају те мутације лакше би било проучават миграције хуманоида. Засада знамо да се, приликом тражења заједничког претка, сви маркери не морају преклапат, довољно је да се преклапају маркери даво настали и који дефинишу хаплогрупу. Мало сам наглас размишљао ;) Поздрав !
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Jelic септембар 20, 2017, 10:23:22 поподне
Разлог зашто сам провјеравао хаплогрупу јер је тестирани из Београда за ове маркере добио објашњење да припада хаплогрупи Е1б1. Зашто ???
Занимњиво је и то да су то маркери оца и сина, дакле, разлике у маркерима може бити и међу најближим сродницима. Поставља се питање зашто настају ови "ожиљци" на Y хромозому. Мени се чини да они настају увијек и код сваког човјека због прележаних дјечијих болести али се сви они не преносе на наслједнике или временом исчезавају. Стално остају и увијек се наслјеђују ине мутације које су настале због прележане неке теже болести као што је куга, заушњаци итд. Тако би се могло обијаснити зашто број мутација није бесконачан. Када би се знао тачан разлог зашто настају те мутације лакше би било проучават миграције хуманоида. Засада знамо да се, приликом тражења заједничког претка, сви маркери не морају преклапат, довољно је да се преклапају маркери даво настали и који дефинишу хаплогрупу. Мало сам наглас размишљао ;) Поздрав !

Ово има смисла.

Мада, не морају на стопу мутације утицати само болести у раном детињству, већ и "модеран" начин живота и исхране у задњих педесетак година. Зато је некако боље и "правилније" тестирати старије људе него млађе, како би се добила "чистија" слика у вредностима маркера.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Sharelock септембар 20, 2017, 10:39:58 поподне
... Зато је некако боље и "правилније" тестирати старије људе него млађе, како би се добила "чистија" слика у вредностима маркера.
Да, али не заборавимо да старији људи не преносе гене потомству, већ они старости од 18 до 40 година.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Jelic септембар 20, 2017, 10:41:25 поподне
Да, али не заборавимо да старији људи не преносе гене потомству, већ они старости од 18 до 40 година.

То стоји, али то "данашње" потомство је изгледа пуно склоније "мутацијама у задњих пар генерација" него од "потомства" које се рађало пре 100 година.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Sharelock септембар 20, 2017, 10:46:40 поподне
То стоји, али то "данашње" потомство је изгледа пуно склоније "мутацијама у задњих пар генерација" него од "потомства" које се рађало пре 100 година.

"Потомство које се рађало пре 100 година" није јело банане и поморанџе, а у своје гене уписујемо и информацију о исхрану, нису се зрачили смартфонима, нити су таложили нано честице метала у свој организам путем дезодоранса, спрејева итд, али нисмо сигурни да нам таква врста материјала можда не буде неопходна када будемо живели у "месечевој престоници Moonville-u".
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 20, 2017, 11:26:49 поподне
Ово има смисла.

Мада, не морају на стопу мутације утицати само болести у раном детињству, већ и "модеран" начин живота и исхране у задњих педесетак година. Зато је некако боље и "правилније" тестирати старије људе него млађе, како би се добила "чистија" слика у вредностима маркера.

Чек' полако... Да ли сам добро разумео тезу: да се мој хромозом мења током живота и да се појединачне мутације на мом хаплотипу могу разликовати у зависности од околности и тренутка када сам радио тестирање?
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Jelic септембар 20, 2017, 11:31:30 поподне
Чек' полако... Да ли сам добро разумео тезу: да се мој хромозом мења током живота и да се појединачне мутације на мом хаплотипу могу разликовати у зависности од околности и тренутка када сам радио тестирање?

Не. Да се разумемо, нисам ја стручњак за ово и не мора значити да сам у праву.

Могуће је да се по рођењу мутира, а да до краја живота хаплотип остаје непромењен. Дакле, каквог га по рођењу добијеш, такав је, непроменљив.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 20, 2017, 11:47:51 поподне
Не. Да се разумемо, нисам ја стручњак за ово и не мора значити да сам у праву.

Могуће је да се по рођењу мутира, а да до краја живота хаплотип остаје непромењен. Дакле, каквог га по рођењу добијеш, такав је, непроменљив.

Да, то је и моје разумевање. Нисам ни ја стручан али на основу оно мало колико знам рекао бих да оно што добијеш при рођењу, то ти је за цео живот. Зато не видим како би некаква болест као што су заушке или куга могла да утиче на појаву мутације. Једино је могуће да услед таквих или сличних утицаја до мутације долази баш на Y хромозому сперматозоида која се онда преноси на потомство. Али за тако нешто наука сигурно већ зна уколико се дешава јер то барем није тешко утврдити. Некако сам склонији претпоставци да до мутације ипак долази приликом самог процеса зачећа, мада само нагађам.
Добро би било ако имамо неког генетичара да нам ово појасни.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Jelic септембар 20, 2017, 11:50:43 поподне
Да, то је и моје разумевање. Нисам ни ја стручан али на основу оно мало колико знам рекао бих да оно што добијеш при рођењу, то ти је за цео живот. Зато не видим како би некаква болест као што су заушке или куга могла да утиче на појаву мутације. Једино је могуће да услед таквих или сличних утицаја до мутације долази баш на Y хромозому сперматозоида која се онда преноси на потомство. Али за тако нешто наука сигурно већ зна уколико се дешава јер то барем није тешко утврдити. Некако сам склонији претпоставци да до мутације ипак долази приликом самог процеса зачећа, мада само нагађам.
Добро би било ако имамо неког генетичара да нам ово појасни.

Па да, него, мене занима зашто долази до тих мутација данас тј. зашто када се млађи човек тестира, он као млађи има нешто веће одступање од модалног хаплотипа за његов род/кластер него старији човек када се тестира. Ово знам на сопственом примеру.

Ваљало би да се ово сво писаније о мутацијама пребаци овде http://www.poreklo.rs/forum/index.php?topic=1062.msg14031#msg14031
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 21, 2017, 12:00:40 пре подне
Па да, него, мене занима зашто долази до тих мутација данас тј. зашто када се млађи човек тестира, он као млађи има нешто веће одступање од модалног хаплотипа за његов род/кластер него старији човек када се тестира. Ово знам на сопственом примеру.

Ваљало би да се ово сво писаније о мутацијама пребаци овде http://www.poreklo.rs/forum/index.php?topic=1062.msg14031#msg14031

Нека пребаци админ, а до тада да наставимо :).

Опет нисам сигуран да сам разумео шта кажеш. Да ли сматраш да би исти човек који се тестирао као млад имао различит хаплотип са више мутација ако би се поново тестирао кроз 40 година?

А што се тиче разлога мутација, шта год да их узрокује оне су у основи саме еволуције, тј. оно "божанско" у развоју живота које тешко да ћемо баш ми умети да објаснимо ;).
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Jelic септембар 21, 2017, 12:03:32 пре подне
Нека пребаци админ, а до тада да наставимо :).

Опет нисам сигуран да сам разумео шта кажеш. Да ли сматраш да би исти човек који се тестирао као млад имао различит хаплотип са више мутација ако би се поново тестирао кроз 40 година?

А што се тиче разлога мутација, шта год да их узрокује оне су у основи саме еволуције, тј. оно "божанско" у развоју живота које тешко да ћемо баш ми умети да објаснимо ;).

Па, рекох ти да размишљам исто као и ти тј. да се то по рођењу добија и да се не мења, али ипак не искључујем сасвим ни ту другу могућност по којој се може мутирати током живота. ;)

Могуће, мутације су се дешавале сигурно када су настајали многи родови који су профилисани сада код нас на пројекту, али да ли је промељивост тих маркера била толика код њихових потомака у прошлости као што се данас код њихових потомака промени тј. мутира на одређени маркерима кроз једну или две генерације, то је упитно. :)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Jelic септембар 21, 2017, 12:09:47 пре подне
Оно што је такође уочљиво је то да је стопа мутација на маркерима другачија не само за одређене хаплогрупе већ и за одређене СНП гране унутар тих хаплогрупа.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 21, 2017, 12:10:35 пре подне
Па, рекох ти да размишљам исто као и ти тј. да се то по рођењу добија и да се не мења, али ипак не искључујем сасвим ни ту другу могућност по којој се може мутирати током живота. ;)

Могуће, мутације су се дешавале сигурно када су настајали многи родови који су профилисани сада код нас на пројекту, али да ли је промељивост тих маркера била толика код њихових потомака у прошлости као што се данас код њихових потомака промени тј. мутира на одређени маркерима кроз једну или две генерације, то је упитно. :)

Разумем. То да околина и услови живота можда некако утичу на убрзавање појаве мутација ни ја не искључујем као могућност.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Селаковић септембар 21, 2017, 12:15:51 пре подне
Разлог зашто сам провјеравао хаплогрупу јер је тестирани из Београда за ове маркере добио објашњење да припада хаплогрупи Е1б1. Зашто ???
Занимњиво је и то да су то маркери оца и сина, дакле, разлике у маркерима може бити и међу најближим сродницима. Поставља се питање зашто настају ови "ожиљци" на Y хромозому. Мени се чини да они настају увијек и код сваког човјека због прележаних дјечијих болести али се сви они не преносе на наслједнике или временом исчезавају. Стално остају и увијек се наслјеђују ине мутације које су настале због прележане неке теже болести као што је куга, заушњаци итд. Тако би се могло обијаснити зашто број мутација није бесконачан. Када би се знао тачан разлог зашто настају те мутације лакше би било проучават миграције хуманоида. Засада знамо да се, приликом тражења заједничког претка, сви маркери не морају преклапат, довољно је да се преклапају маркери даво настали и који дефинишу хаплогрупу. Мало сам наглас размишљао ;) Поздрав !

Ово ни случајно није тачно!!

Мутације на ДНК немају везе са заушкама и кугом.

За почетак, можете почети да читате о веома сложеном механизму репликације и репарације ДНК, као и о регулацији експресије гена. У питању су процеси у којима учествује велики број ензима. Мутације о којима ми овде говоримо су случајне, и последица су несавршености ћелијског механизма умножавања ДНК. Иако се ми бавимо "некодирајућим" делом ДНК ланца, дакле делом који не носи генетске информације, већ је у принципу небитан (на нивоу садашњег људског сазнања), исто важи и за кодирајући део низа, где се налазе гени. Захваљујући томе што се повремено неке мутације провуку, десила се и дешава се еволуција. А захваљујући мутацијама на некодирајућем делу ипсилон хромозома, ми данас имамо различите гране СНП стабла и различите комбинације појединачних хаплотипова. Мутације приликом умножавања првобитних спермогонијума код мушкарца дешавају се целог живота. Зато један син може имати ДИС 19 = 16, а други ДИС 19 = 15.

Модеран живот, исхрана, болести и други извори стреса за организам, кроз одређене хемијске и физичке процесе или загађиваче, могу бити узрочник мутација. Међутим, у питању су често друге врсте мутација, које, уколико немамо среће да су безазлене и уколико не буду идентификоване у механизму репарације или одстрањене кроз апоптозу оштећене ћелије, воде, на пример, малигним обољењима.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 21, 2017, 12:21:47 пре подне
Ово ни случајно није тачно!!

Мутације на ДНК немају везе са заушкама и кугом.

За почетак, можете почети да читате о веома сложеном механизму репликације и репарације ДНК, као и о регулацији експресије гена. У питању су процеси у којима учествује велики број ензима. Мутације о којима ми овде говоримо су случајне, и последица су несавршености ћелијског механизма умножавања ДНК. Иако се ми бавимо "некодирајућим" делом ДНК ланца, дакле делом који не носи генетске информације, већ је у принципу небитан (на нивоу садашњег људског сазнања), исто важи и за кодирајући део низа, где се налазе гени. Захваљујући томе што се повремено неке мутације провуку, десила се и дешава се еволуција. А захваљујући мутацијама на некодирајућем делу ипсилон хромозома, ми данас имамо различите гране СНП стабла и различите комбинације појединачних хаплотипова. Мутације приликом умножавања првобитних спермогонијума код мушкарца дешавају се целог живота. Зато један син може имати ДИС 19 = 16, а други ДИС 19 = 15.

Модеран живот, исхрана, болести и други извори стреса за организам, кроз одређене хемијске и физичке процесе или загађиваче, могу бити узрочник мутација. Међутим, у питању су често друге врсте мутација, које, уколико немамо среће да су безазлене и уколико не буду идентификоване у механизму репарације или одстрањене кроз апоптозу оштећене ћелије, воде, на пример, малигним обољењима.

Пребацисмо ову расправу већ на другу тему :)

Селаковићу, ако сам те добро разумео, син наслеђује мутацију од оца у смислу да је већ садржи сперматозоид који формира зигот из кога настаје син?
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Селаковић септембар 21, 2017, 12:29:17 пре подне
Пребацисмо ову расправу већ на другу тему :)

Селаковићу, ако сам те добро разумео, син наслеђује мутацију од оца у смислу да је већ садржи сперматозоид који формира зигот из кога настаје син?

Пребаците и ово, да буде кохерентно  ;)

Тако је, син ће наравно наследити ону мутацију коју отац у својим сперматозоидима, разуме се, у тренутку када је направио тог сина. А надаље се код самог сина може, у неком тренутку, десити мутација. Наравно, нека места на ДНК подложнија су мутацијама од других, али то је друга прича.

Помињали смо на форуму раније чувени научни рада, када су неки несрећни Индијци, нека силна браћа, силовали неку девојку. Онда кад је рађено вештачење да би се утврдио ко су тачно злочинци, а анализиран им и отац, утврђено да на једном брзомутирајућем СТР маркеру браћа имају три различите вредности, типа: први и трећи по старости имају вредност 14, други има 13, а четврти и пети 15. То је управо ово о чему причамо.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Sharelock септембар 21, 2017, 12:39:22 пре подне
Помињали смо на форуму раније чувени научни рада, када су неки несрећни Индијци, нека силна браћа, силовали неку девојку. Онда кад је рађено вештачење да би се утврдио ко су тачно злочинци, а анализиран им и отац, утврђено да на једном брзомутирајућем СТР маркеру браћа имају три различите вредности, типа: први и трећи по старости имају вредност 14, други има 13, а четврти и пети 15. То је управо ово о чему причамо.
Будимо брутално реални: особе склоне таквим "породичним силовањима" често одрастају и живе у сиромашним уџерицама-насељима, вишегенерацијске, рекли бисмо задружне породице. Увек постоји сумња да тај тата није тата свим синовима, можда се ту умешао татин брат од стрица, чичин чича итд. Све у кругу породице.
Ово није са националног, етничког и социјалног становишта, него са становишта брзина мутација, можда те мутације нису толике колико су приказане.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 21, 2017, 12:42:17 пре подне
Пребаците и ово, да буде кохерентно  ;)

Тако је, син ће наравно наследити ону мутацију коју отац у својим сперматозоидима, разуме се, у тренутку када је направио тог сина. А надаље се код самог сина може, у неком тренутку, десити мутација. Наравно, нека места на ДНК подложнија су мутацијама од других, али то је друга прича.

Помињали смо на форуму раније чувени научни рада, када су неки несрећни Индијци, нека силна браћа, силовали неку девојку. Онда кад је рађено вештачење да би се утврдио ко су тачно злочинци, а анализиран им и отац, утврђено да на једном брзомутирајућем СТР маркеру браћа имају три различите вредности, типа: први и трећи по старости имају вредност 14, други има 13, а четврти и пети 15. То је управо ово о чему причамо.

У том случају ово што Лука каже да је приметио, да код старијих генерација у хаплотипу има мање одступања од модала, ако није чиста случајност може једино да укаже на то да савремени услови живота или неки други фактори због разних разлога доводе до већег броја мутација.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: ДушанВучко септембар 21, 2017, 12:50:17 пре подне
И код брзих и код спорих маркера, ако се деси, и кад год се деси мутација, деси се код једног човека :) А мени је занимљиво и да некада две особе које су род, напр. заједнички предак пре 200 година, са 2 маркера разлике, а једна од те две особе има само 1 разлике са неким ко је даљи, само зато што је мутација код једног од ове двојице приближила резултатски тој трећој особи...Напр. особа А и Б су род, једна има вредност 31, друга има 30 (код друге је мутирала са 31 на 30 ), а трећа особа има исто 30 као и друга, али је некада мутирала са 29 на 30...
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Селаковић септембар 21, 2017, 12:52:18 пре подне
У том случају ово што Лука каже да је приметио, да код старијих генерација у хаплотипу има мање одступања од модала, ако није чиста случајност може једино да укаже на то да савремени услови живота или неки други фактори због разних разлога доводе до већег броја мутација.

Да ли су данашње генерације много склоније мутацијама? Била би то тема за веома озбиљно истраживање, а можда се неко већ бавио тиме.

Треба узети у обзир просечну доб када отац добија синове, степен морталитета код новорођенчади данас и некад, али и сву осталу могућу статистику. Имајмо у виду да што даље идемо у прошлост, људи су по природи ствари ближи неком модалу тј. заједничком претку кога посматрамо. Не заборавимо и да нас је данас 3,5 милијарде мушкараца на земљи, а да нас је пре 200 година било 0,5 милијарди и размислимо о свој разноврсности која се рађа из тог умножавања. Експоненцијални пораст становништва креће тек од краја 18. века.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 21, 2017, 01:08:03 пре подне
Да ли су данашње генерације много склоније мутацијама? Била би то тема за веома озбиљно истраживање, а можда се неко већ бавио тиме.

Треба узети у обзир просечну доб када отац добија синове, степен морталитета код новорођенчади данас и некад, али и сву осталу могућу статистику. Имајмо у виду да што даље идемо у прошлост, људи су по природи ствари ближи неком модалу тј. заједничком претку кога посматрамо. Не заборавимо и да нас је данас 3,5 милијарде мушкараца на земљи, а да нас је пре 200 година било 0,5 милијарди и размислимо о свој разноврсности која се рађа из тог умножавања. Експоненцијални пораст становништва креће тек од краја 18. века.

Зашто помињеш просечну доб када отац добија синове? Да ли вероватноћа појаве већег броја мутација зависи од доба када отац добија сина?
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: vojinenad септембар 21, 2017, 01:11:28 пре подне
Будимо брутално реални: особе склоне таквим "породичним силовањима" често одрастају и живе у сиромашним уџерицама-насељима, вишегенерацијске, рекли бисмо задружне породице. Увек постоји сумња да тај тата није тата свим синовима, можда се ту умешао татин брат од стрица, чичин чича итд. Све у кругу породице.
Ово није са националног, етничког и социјалног становишта, него са становишта брзина мутација, можда те мутације нису толике колико су приказане.
To ono: "brate bolji si od čaleta", "znam rekla mi to i keva".
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: ДушанВучко септембар 21, 2017, 01:21:09 пре подне
Зашто помињеш просечну доб када отац добија синове? Да ли вероватноћа појаве већег броја мутација зависи од доба када отац добија сина?
Нема то везе, него мислим што каже Селаковић, на већем броју становника, већа је вероватноћа да ће се произвољне мутације чешће дешавати, тј. код више људи...Претпостављам да је тако, а и да су мутације појава која нема везе са спољним фактором...Можда право питање: имају ли мутације везе са спољним фактором или су чиста случајност? Ја мислим да је ово друго у питању...
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Селаковић септембар 21, 2017, 07:53:38 пре подне
Зашто помињеш просечну доб када отац добија синове? Да ли вероватноћа појаве већег броја мутација зависи од доба када отац добија сина?

Што је старији родитељ, већије вероватноћа да ће имати неку мутацију.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 21, 2017, 09:33:46 пре подне
Што је старији родитељ, већије вероватноћа да ће имати неку мутацију.

Да те питам још нешто ако знаш:

С обзиром да Y хромозом садржи свака ћелија а не само полна, као и то да се у организму целог живота умножавају и остале ћелије, да ли то значи да мутације о којима ми овде говоримо могу настајати и на Y хромозому и у осталим ћелијама, те да последично из неких од њих може бити код неког човека у различитим тестирањима изолован другачији хаплотип?
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Селаковић септембар 21, 2017, 10:29:25 пре подне
Да те питам још нешто ако знаш:

С обзиром да Y хромозом садржи свака ћелија а не само полна, као и то да се у организму целог живота умножавају и остале ћелије, да ли то значи да мутације о којима ми овде говоримо могу настајати и на Y хромозому и у осталим ћелијама, те да последично из неких од њих може бити код неког човека у различитим тестирањима изолован другачији хаплотип?

Тако је! И још нешто, већина ћелија има једро и сав генетски материјал у њему, али не све. Рецимо еритроцити - црвена крвна зрнца - немају једро.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 21, 2017, 10:42:54 пре подне
Тако је! И још нешто, већина ћелија има једро и сав генетски материјал у њему, али не све. Рецимо еритроцити - црвена крвна зрнца - немају једро.

Онда се сигурно Y-DNK анализа ради на већем броју Y хромозома узетих из узорка како би се добио прави хаплотип тестираног а не игром случаја мутирани.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Селаковић септембар 21, 2017, 11:30:43 пре подне
Онда се сигурно Y-DNK анализа ради на већем броју Y хромозома узетих из узорка како би се добио прави хаплотип тестираног а не игром случаја мутирани.

Без бриге  :) Мутације су, по природи ствари, ретке. Када се узме узорак - букални брис - он садржи огроман број ћелија, од којих огромна већина садржи репрезентативан хаплотип одређене особе. Сигнал добијамо од свих тих ћелија.

Једино где улогу може одиграти баш једна мутирана ћелија је баш оно о чему смо говорили синоћ, а то је прављење детета. Дете настаје од једног јединог сперматозоида и јајне ћелије. Тако да шта год тај сперматозоид има специфично, дете ће понети то. 
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 21, 2017, 11:43:49 пре подне
Без бриге  :) Мутације су, по природи ствари, ретке. Када се узме узорак - букални брис - он садржи огроман број ћелија, од којих огромна већина садржи репрезентативан хаплотип одређене особе. Сигнал добијамо од свих тих ћелија.

Једино где улогу може одиграти баш једна мутирана ћелија је баш оно о чему смо говорили синоћ, а то је прављење детета. Дете настаје од једног јединог сперматозоида и јајне ћелије. Тако да шта год тај сперматозоид има специфично, дете ће понети то.

Претпостављао сам да тако стоје ствари. Баш ми је жао што немамо мало више оваквих тема које се баве теоријом генетике и генетичке генеалогије.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Селаковић септембар 21, 2017, 11:45:22 пре подне
Претпостављао сам да тако стоје ствари. Баш ми је жао што немамо мало више оваквих тема које се баве теоријом генетике и генетичке генеалогије.

Штета је што немамо неког генетичара овде, ове приче су за њих мачји кашаљ и могли би лако и прецизно да одговарају на наша питања.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 21, 2017, 12:05:41 поподне
Из целе ове преписке закључио бих да оно што је уочио Лука, да се код старијих људи мутације ређе јављају него код млађих, не може имати везе са старошћу тестираног. Уколико уочена појава није пука случајност и уколико је посматрани узорак тестираних људи репрезентативан, онда се једино може размишљати о могућем убрзавању мутација код новијих генерација.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Селаковић септембар 21, 2017, 12:26:58 поподне
Из целе ове преписке закључио бих да оно што је уочио Лука, да се код старијих људи мутације ређе јављају него код млађих, не може имати везе са старошћу тестираног. Уколико уочена појава није пука случајност и уколико је посматрани узорак тестираних људи репрезентативан, онда се једино може размишљати о могућем убрзавању мутација код новијих генерација.

Било би добро да нам Лука елаборира ту тезу, на неким примерима, ако је расположен  :)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Voljen od Boga септембар 21, 2017, 11:15:48 поподне
Дакле, о мутацијама ништа незнамо. У биологији се то неда предпостављат као у историји ;)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Гмитар септембар 27, 2017, 11:02:29 поподне
Шта тачно означава вредност стопе мутације, нппр  0,00492? Је ли је то реципрочна вредност броја година када се она деси (статистички). У смислу: стопа мутације = 1 / број година
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler септембар 27, 2017, 11:12:03 поподне
Шта тачно означава вредност стопе мутације, нппр  0,00492? Је ли је то реципрочна вредност броја година када се она деси (статистички). У смислу: стопа мутације = 1 / број година

Како ја разумем, то би значило да се вредност маркера на одређеном локусу у просеку промени у 492 од 100000 случајева. Дакле, у случају 100000 особа, у просеку код 492 ће доћи до промене вредности дотичног маркера у односу на ону коју је имао отац.
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Ojler октобар 02, 2017, 05:36:36 поподне
Што је старији родитељ, већије вероватноћа да ће имати неку мутацију.

Ево и новинског чланка који говори у прилог овоме:

Још један поучан текст са Блица:

http://www.blic.rs/vesti/drustvo/godine-muskarca-kljucne-za-zdravu-bebu-genetske-poremecaje-i-retke-bolesti-deca/ycmkckc (http://www.blic.rs/vesti/drustvo/godine-muskarca-kljucne-za-zdravu-bebu-genetske-poremecaje-i-retke-bolesti-deca/ycmkckc)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Radul новембар 27, 2017, 12:51:31 поподне
Рачунање НЗП-а по Кљосову:
Y12, Y22, Y25, Y37, Y67, Y111

 Mutation rate constants in DNA genealogy (Y chromosome) 8) (https://xa.yimg.com/kq/groups/30100016/485864431/name/AA20110200002_25354986.pdf)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Radul новембар 27, 2017, 01:02:21 поподне
Стопе мутација на 110 Y-STR:

 Mutation rate estimates for 110 Y-chromosome STRs combining population and father–son pair data. Табела (https://images.nature.com/original/nature-assets/ejhg/journal/v19/n1/extref/ejhg2010154x3.pdf)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Radul новембар 27, 2017, 01:07:44 поподне
 Haplotype data and mutation rates for the 23 Y-STR loci of PowerPlex® Y 23 System in a Northeast Italian population sample (https://link.springer.com/article/10.1007/s00414-014-1053-6)

Посебно је занимљива табела 5
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Radul новембар 27, 2017, 01:15:18 поподне
 Mutation rate estimates for 110 Y-chromosome STRs combining population and father–son pair data]https://www.nature.com/articles/ejhg2010154.pdf] Mutation rate estimates for 110 Y-chromosome STRs combining population and father–son pair data (https://www.nature.com/articles/ejhg2010154.pdf)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Поповски септембар 17, 2018, 03:46:45 поподне
Проширио сам свој тест од 12 на 37 маркера али на ФТДНА немам никаква поклапања на 25 и 37 маркера.
Зато што се несналазим баш најбоље како могу да најлакше претражим остале базе о могуќим поклапања?
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Златан јануар 04, 2019, 04:35:39 поподне
Питање: код разлика на DYS464, ту постоје 4 упоредљиве вредности, тј четири цифре.

Уколико постоји разлика на 2,3 или 4 вредности, да ли се то рачуна као једна разлика, или се свака разлика (од укупно 4 могуће) рачуна као посебна?
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: Селаковић јануар 04, 2019, 04:44:42 поподне
Питање: код разлика на DYS464, ту постоје 4 упоредљиве вредности, тј четири цифре.

Уколико постоји разлика на 2,3 или 4 вредности, да ли се то рачуна као једна разлика, или се свака разлика (од укупно 4 могуће) рачуна као посебна?

Пошто постоје четири копије, теоријски и више мутација може да се "маскира" у мањи број итд, али генерално рачунајте сваку вредност посебно:

(https://i.postimg.cc/wBN53YKQ/5-Figure2-1.png) (https://postimages.org/)
Наслов: Одг: Мутације на маркерима
Порука од: ДушанВучко август 04, 2019, 04:59:18 поподне
Није нешто битно, али чисто мало статистике...Малопре смо помињали на теми PH908 маркер DYS 391, као и маркер  DYS19, који су споромутирајући. Али није код свих родова та тенденција ка мутацијама иста, па сам погледао код неких родова колико су мутације честе:

Одступања од модала на маркерима : број тестираних  DYS19   DYS 391
Катуњани-Риђани:                                47                         1           1
Кучи:                                                      30                         0           0
Бјелопавлићи:                                       21                         0            4
Бобани-Васојевићи:                             35                          0            1
Дробњаци:                                           140                        16          6
Никшићи:                                              40                          6           6
Тарски Никшићи:                                  21                          0           2
Озринићи:                                             54                          5           5
Род "Св. Аврамије":                              60                          6           2
итд

Код родова из хаплогрупе Е се показала најмања склоност ка мутацијама на овим маркерима, а највећа је код Никшића, што значи да није свуда исто...(управо сам и размишљао како је код Никшића већи број разлика него код других родова, иду и до 8,9 у појединим случајевима на 23 маркера, што би говорило да су подложнији мутацијама него неки други родови)