Форум - Порекло

ДНК порекло => Дискусије о хаплогрупама => Y-ДНК географија => Тему започео: Radul Фебруар 02, 2020, 10:21:58 поподне

Наслов: I1
Порука од: Radul Фебруар 02, 2020, 10:21:58 поподне: Почињемо са I1 8)

(https://i.imgur.com/jaYgGsH.png)

Литература, 1/2

1. Adams, S. M., Bosch, E., Balaresque, P. L., Ballereau, S. J., Lee, A. C., Arroyo, E., ... &
Carracedo, A. (2008). The genetic legacy of religious diversity and intolerance: paternal
lineages of Christians, Jews, and Muslims in the Iberian Peninsula. The American Journal
of Human Genetics, 83(6), 725-736.

2. Battaglia, V., Fornarino, S., Al-Zahery, N., Olivieri, A., Pala, M., Myres, N. M., ... &
Hadziselimovic, R. (2009). Y-chromosomal evidence of the cultural diffusion of
agriculture in Southeast Europe. European Journal of Human Genetics, 17(6), 820-830.

3. Broich, G., Fabbri, M., & Avato, F. M. Specific European Y-Chromosome Haplotype I and
its subclasses: migrations and modern prevalence.

4. Dogan, S., Babic, N., Gurkan, C., Goksu, A., Marjanovic, D., & Hadziavdic, V. (2016). Y-
chromosomal haplogroup distribution in the Tuzla Canton of Bosnia and Herzegovina: A
concordance study using four different in silico assignment algorithms based on Y-STR
data. Homo, 67(6), 471-483.

5. Francalacci, P., & Sanna, D. (2008). History and geography of human Y-chromosome in
Europe: a SNP perspective. Journal of anthropological sciences= Rivista di antropologia:
JASS, 86, 59-89.

6. Grugni, V., Raveane, A., Mattioli, F., Battaglia, V., Sala, C., Toniolo, D., ... & Torroni, A.
(2018). Reconstructing the genetic history of Italians: new insights from a male (Y-
chromosome) perspective. Annals of human biology, 45(1), 44-56.

7. Helgason, A., Sigurðardóttir, S., Nicholson, J., Sykes, B., Hill, E. W., Bradley, D. G., ... &
Stefánsson, K. (2000). Estimating Scandinavian and Gaelic ancestry in the male settlers of
Iceland. The American Journal of Human Genetics, 67(3), 697-717.

8. Karachanak, S., Grugni, V., Fornarino, S., Nesheva, D., Al-Zahery, N., Battaglia, V., ... &
Toncheva, D. (2013). Y-chromosome diversity in modern Bulgarians: new clues about
their ancestry. PLoS One, 8(3).

9. Karlsson, A. O., Wallerström, T., Götherström, A., & Holmlund, G. (2006). Y-chromosome
diversity in Sweden–a long-time perspective. European Journal of Human Genetics,
14(8), 963-970.

10. Kayser, M., Lao, O., Anslinger, K., Augustin, C., Bargel, G., Edelmann, J., ... & Hohoff, C.
(2005). Significant genetic differentiation between Poland and Germany follows present-
day political borders, as revealed by Y-chromosome analysis. Human genetics, 117(5),
428-443.

11. Kharkov, V. N., Stepanov, V. A., Feshchenko, S. P., Borinskaya, S. A., Yankovsky, N. K., &
Puzyrev, V. P. (2005). Frequencies of Y chromosome binary haplogroups in Belarussians.
Russian Journal of Genetics, 41(8), 928-931.

12. Kushniarevich, A., Utevska, O., Chuhryaeva, M., Agdzhoyan, A., Dibirova, K., Uktveryte, I.,
... & Shanko, A. (2015). Genetic heritage of the Balto-Slavic speaking populations: a
synthesis of autosomal, mitochondrial and Y-chromosomal data. PloS one, 10(9),
e0135820.

13. Lappalainen, T., Laitinen, V., Salmela, E., Andersen, P., Huoponen, K., Savontaus, M. L., &
Lahermo, P. (2008). Migration waves to the Baltic Sea region. Annals of human genetics,
72(3), 337-348.

14. Luca, F., Di Giacomo, F., Benincasa, T., Popa, L. O., Banyko, J., Kracmarova, A., ... &
Brdicka, R. (2007). Y‐chromosomal variation in the Czech Republic. American Journal ofPhysical Anthropology: The Official Publication of the American Association of Physical
Anthropologists, 132(1), 132-139.

15. Mršić, G., Gršković, B., Vrdoljak, A., Popović, M., Valpotić, I., Anđelinović, Š., ... &
Underhill, P. (2012). Croatian national reference Y-STR haplotype database. Molecular
biology reports, 39(7), 7727-7741.

16. Passarino, G., Cavalleri, G. L., Lin, A. A., Cavalli-Sforza, L. L., Børresen-Dale, A. L., &
Underhill, P. A. (2002). Different genetic components in the Norwegian population
revealed by the analysis of mtDNA and Y chromosome polymorphisms. European Journal
of Human Genetics, 10(9), 521-529.

17. Pericic, M., Lauc, L. B., Klaric, I. M., Rootsi, S., Janićijević, B., Rudan, I., ... & Šijački, A.
(2005). High-resolution phylogenetic analysis of southeastern Europe traces major
episodes of paternal gene flow among Slavic populations. Molecular biology and
evolution, 22(10), 1964-1975.

18. Petrejčíková, E., Čarnogurská, J., Hronská, D., Bernasovská, J., Boroňová, I., Gabriková, D.,
... & Mačeková, S. (2014). Y-SNP analysis versus Y-haplogroup predictor in the Slovak
population. Anthropologischer Anzeiger, 71(3), 275-285.

19. Ramos-Luis, E., Blanco-Verea, A., Brión, M., Van Huffel, V., Sanchez-Diz, P., & Carracedo,
A. (2014). Y-chromosomal DNA analysis in French male lineages. Forensic Science
International: Genetics, 9, 162-168.

20. Rosser, Z. H., Zerjal, T., Hurles, M. E., Adojaan, M., Alavantic, D., Amorim, A., ... &
Beckman, G. (2000). Y-chromosomal diversity in Europe is clinal and influenced primarily
by geography, rather than by language. The American Journal of Human Genetics, 67(6),
1526-1543.

21. Sanchez, J. J., Børsting, C., Hernandez, A., Mengel-Jørgensen, J., & Morling, N. (2004,
April). Y chromosome SNP haplogroups in Danes, Greenlanders and Somalis. In
International Congress Series (Vol. 1261, pp. 347-349). Elsevier.

22. Varzari, A. (2006). Population History of the Dniester-Carpathians: evidence from Alu
insertion and Y-chromosome polymorphisms (Doctoral dissertation, lmu).
Наслов: Одг: I1
Порука од: Radul Фебруар 02, 2020, 10:24:46 поподне: Литература, 2/2

23. YHRD, 13 matches in 109 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Eastern Switzerland [Swiss]

24. YHRD, 13 matches in 129 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Western Switzerland [Swiss]

25. YHRD, 14 matches in 130 haplotypes with Y-SNP information. Population samples: Bern,
Switzerland [Swiss]

26. YHRD, 17 matches in 41 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Blekinge, Sweden [Swedish]

27. YHRD, 18 matches in 40 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Gotland, Sweden [Swedish]

28. YHRD, 19 matches in 42 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Värmland, Sweden [Swedish]

29. YHRD, 2 matches in 46 haplotypes with Y-SNP information. Population samples: Aragon,
Spain [Spanish]

30. YHRD, 20 matches in 54 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Uppsala, Sweden [Swedish]

31. YHRD, 23 matches in 187 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Vlaams-Brabant, Belgium [Belgian]

32. YHRD, 27 matches in 258 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Reutte, Austria [Tyrolean]

33. YHRD, 29 matches in 136 haplotypes with Y-SNP information. Population samples: Berlin
Brandenburg, Germany [German]

34. YHRD, 3 matches in 48 haplotypes with Y-SNP information. Population samples: Walloon,
Belgium [Belgian]

35. YHRD, 30 matches in 1375 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Catalonia, Spain [Spanish]

36. YHRD, 33 matches in 241 haplotypes with Y-SNP information. Population samples: West-
Vlaanderen, Belgium [Belgian]

37. YHRD, 4 matches in 2114 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Netherlands [Dutch]

38. YHRD, 46 matches in 342 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Antwerpen, Belgium [Belgian], Antwerpen, Belgium [Dutch]

39. YHRD, 48 matches in 405 haplotypes with Y-SNP information. Population samples: United
Kingdom [British]

40. YHRD, 62 matches in 551 haplotypes with Y-SNP information. Population samples: Tiroler
Unterland, Austria [Austrian]

41. YHRD, 7 matches in 79 haplotypes with Y-SNP information. Population samples: Central
Switzerland [Swiss]

42. YHRD, 8 matches in 296 haplotypes with Y-SNP information. Population samples: Albania
[Albanian], Albania [Gabel Romani], Albania [Gheg Albanian], Albania [Jevg Romani],
Albania [Tosk Albanian]

43. YHRD, 9 matches in 149 haplotypes with Y-SNP information. Population samples:
Limburg, Belgium [Belgian]

44. Zastera, J., Roewer, L., Willuweit, S., Sekerka, P., Benesova, L., & Minarik, M. (2010).
Assembly of a large Y-STR haplotype database for the Czech population and investigation
of its substructure. Forensic science international: genetics, 4(3), e75-e78.
Наслов: Одг: I1
Порука од: Небојша Фебруар 06, 2020, 10:28:41 пре подне: Свака част за карте, Радуле!

Код I1 је ова мрља у Горњем Подрињу и Полимљу вероватно на основу резултата из нашег пројекта (иако то није наведено у литератури)? Ако је тако, требала је ићи и једна мрља +10% и на простору Северне Далмације. :)

Углавном, ту се увек јавља оно старо питање, да ли мапе правимо на основу анонимних истраживања, или на основу пројеката. По мени је увек правилније на основу анонимних. Тамо се наиме говори углавном о популацији једног подручја, где могу бити обухваћене и мањине које су ту присутне (што нам даје реалнију слику о заступљености одређене хаплогрупе). Када радимо на основу српског днк пројекта, онда добијемо заправо проценте неке хаплогрупе међу Србима само.

Даћу баналан пример. Када би радили нпр. мапу за N-P189.2, на простору западне Хрватске би заступљеност била вероватно 1-2%, пошто код Хрвата ове хаплогрупе готово и да нема. Када би радили мапу за Србе са тог подручја, морала би заступљеност на карти ићи +7%.
Наслов: Одг: I1
Порука од: Radul Фебруар 07, 2020, 02:43:49 поподне: Цитат: Небојша Фебруар 06, 2020, 10:28:41 пре подне
Свака част за карте, Радуле!

Код I1 је ова мрља у Горњем Подрињу и Полимљу вероватно на основу резултата из нашег пројекта (иако то није наведено у литератури)? Ако је тако, требала је ићи и једна мрља +10% и на простору Северне Далмације. :)

Углавном, ту се увек јавља оно старо питање, да ли мапе правимо на основу анонимних истраживања, или на основу пројеката. По мени је увек правилније на основу анонимних. Тамо се наиме говори углавном о популацији једног подручја, где могу бити обухваћене и мањине које су ту присутне (што нам даје реалнију слику о заступљености одређене хаплогрупе). Када радимо на основу српског днк пројекта, онда добијемо заправо проценте неке хаплогрупе међу Србима само.

Даћу баналан пример. Када би радили нпр. мапу за N-P189.2, на простору западне Хрватске би заступљеност била вероватно 1-2%, пошто код Хрвата ове хаплогрупе готово и да нема. Када би радили мапу за Србе са тог подручја, морала би заступљеност на карти ићи +7%.

Збрза српске државе да што прије завршим и ето ;D. Конкретно грешка је једино у оном дијелу Рашке који припада Србији и у регији Фоче. Биће исправљено. На Романијском платоу иду до 20%+. Карта је рађена по трентном стању, па у Крајини нису означени.

Изостављене су следеће референце:

45. Cinnioğlu, C., King, R., Kivisild, T., Kalfoğlu, E., Atasoy, S., Cavalleri, G. L., ... & Oefner, P. J. (2004). Excavating Y-chromosome haplotype strata in Anatolia. Human genetics, 114(2), 127-148.
46. Српски ДНК пројекат
47. Bošnjački DNK projekat-stanje od 3.5.2019 godine.

---------------------------

Цитат: Небојша Фебруар 06, 2020, 10:28:41 пре подне
Углавном, ту се увек јавља оно старо питање, да ли мапе правимо на основу анонимних истраживања, или на основу пројеката. По мени је увек правилније на основу анонимних.

Све референце су као што се види из истраживања. Једино су од пројеката узети у обзир Српски и Бошњачки јер братају великим базама за овај мали простор. Јер шта је релевантиније за српске земље, стотињак резултата из истраживања или 3 хиљаде резултата? Једна стар:
по методологији научног истраживања релевантне су и пројекти. Најобјективнији приступ је укрштање података, Браунов мост и остало, али ето.
Наслов: Одг: I1
Порука од: Radul Фебруар 15, 2020, 10:07:15 поподне: Нова карта као и све остале/претходне биће усклађене према стању са почетка 20. вијека. ;)
Наслов: Одг: I1
Порука од: Radul Март 08, 2020, 01:44:50 пре подне: Освјежена карта, стање са почетка 20. вијека: 8)

(https://i.imgur.com/pNf6P8v.png)

додата литература:

48. Balanovsky, O., Rootsi, S., Pshenichnov, A., Kivisild, T., Churnosov, M., Evseeva, I., Pocheshkhova, E., Boldyreva, M., Yankovsky, N., Balanovska, E., & Villems, R. (2008). Two sources of the Russian patrilineal heritage in their Eurasian context. American journal of human genetics, 82(1), 236–250. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2007.09.019
49. Martínez-Cruz, B., Mendizabal, I., Harmant, C., de Pablo, R., Ioana, M., Angelicheva, D., Kouvatsi, A., Makukh, H., Netea, M. G., Pamjav, H., Zalán, A., Tournev, I., Marushiakova, E., Popov, V., Bertranpetit, J., Kalaydjieva, L., Quintana-Murci, L., & Comas, D. (2016). Origins, admixture and founder lineages in European Roma. European journal of human genetics : EJHG, 24(6), 937–943. https://doi.org/10.1038/ejhg.2015.201; Supplementary Table 2. Y chromosome haplotypes and haplogroup classification.
50. Boattini, A., Martinez-Cruz, B., Sarno, S., Harmant, C., Useli, A., Sanz, P., ... & Quintana-Murci, L. (2013). Uniparental markers in Italy reveal a sex-biased genetic structure and different historical strata. PloS one, 8(5).
51. Karachanak, S., Grugni, V., Fornarino, S., Nesheva, D., Al-Zahery, N., Battaglia, V., ... & Toncheva, D. (2013). Y-chromosome diversity in modern Bulgarians: new clues about their ancestry. PLoS One, 8(3).
Наслов: Одг: I1
Порука од: Radul Септембар 16, 2020, 01:29:46 поподне: Ажурирана карта.

(https://i.imgur.com/74aogv1.png)

додата литература:

52. Rootsi, S., Kivisild, T., Benuzzi, G., Help, H., Bermisheva, M., Kutuev, I., ... & Dion, D. (2004). Phylogeography of Y-chromosome haplogroup I reveals distinct domains of prehistoric gene flow in Europe. The American Journal of Human Genetics, 75(1), 128-137.
53. Рожанский, И. Л. (2018). Славянские супер-ветви: Y-ДНК как маркер ранних миграций славян. Исторический формат, (1-2 (13-14)).
Наслов: Одг: I1
Порука од: Radul Фебруар 05, 2021, 10:21:01 поподне: Плава тема:
(https://i.imgur.com/N9NWQFu.png)
Наслов: Одг: I1
Порука од: Kor Мај 08, 2021, 03:33:34 поподне: Радуле, препоручио би ти да када правиш ове карте обавезно додаш датум негде у углу да би се избегли проблеми који су последица више сличних примерака.
Наслов: Одг: I1
Порука од: CosicZ Децембар 02, 2024, 05:07:40 поподне: Карта припадника хаплогрупе I1 у Европи, али не по релативним, већ по апсолутним бројевима, то јест у милионима.
Мислим да нису узели у обзир да је имају само мушкарци.
https://www.reddit.com/r/europe/comments/6loos1/haplogroup_i1_population_map/
https://www.reddit.com/media?url=https%3A%2F%2Fpreview.redd.it%2Ficpqmcopa18z.jpg%3Fwidth%3D1080%26crop%3Dsmart%26auto%3Dwebp%26s%3D5dea5ca1d022f97710600af3ce333ccc6c46b6ff
(https://preview.redd.it/icpqmcopa18z.jpg?width=1080&crop=smart&auto=webp&s=5dea5ca1d022f97710600af3ce333ccc6c46b6ff)
Наслов: Одг: I1
Порука од: Ojler Децембар 02, 2024, 08:41:50 поподне: Цитат: CosicZ Децембар 02, 2024, 05:07:40 поподне
Карта припадника хаплогрупе I1 у Европи, али не по релативним, већ по апсолутним бројевима, то јест у милионима.
Мислим да нису узели у обзир да је имају само мушкарци.
https://www.reddit.com/r/europe/comments/6loos1/haplogroup_i1_population_map/
https://www.reddit.com/media?url=https%3A%2F%2Fpreview.redd.it%2Ficpqmcopa18z.jpg%3Fwidth%3D1080%26crop%3Dsmart%26auto%3Dwebp%26s%3D5dea5ca1d022f97710600af3ce333ccc6c46b6ff
(https://preview.redd.it/icpqmcopa18z.jpg?width=1080&crop=smart&auto=webp&s=5dea5ca1d022f97710600af3ce333ccc6c46b6ff)

Својевремено сам радио такву процену и колико видим односи се поклапају са овом мапом. Оно где је аутор погрешио је да подели добијене бројеве са два, с обзиром да су припадници Y хаплогрупа само мушкарци. Ево мојих процена:

(https://imgur.com/GjqeSLC.png)