Разлог због којег Y хаплогрупа никако не може утицати на физички изглед је баш та чињеница да је она одређена Y хромозомом.
Код неупућеног света постоји заблуда да мушке физичке особине карактеришу гени садржани у Y хромозомому. То је сасвим нетачно. Y хромозомом садржи веома мало корисних гена. Од око 200 потенцијалних генских јединица, функционално је око 60, од којих добар део има своје хомологне парове у X хромозому (нису хемизиготни, што ће рећи да функција којој служе може доћи и од оног другог, који долази од мајке). Све укупно, то је можда 0.2% наших гена. То значи да Y хромозом носи изузетно малу количину информација уопштено, а самим тим и када је у питању наш физички изглед.
Где се онда налазе гени који карактеришу мушкарце? Па у свим осталим хромозомима. Сви од нас, било да смо мушког или женског пола, носимо у себи 99,8% генетског материјалa од кога смо могли постати мушкарци или жене. Могли би смо рећи да смо у ембрионалној фази сви "женског" пола, а онда између шесте и осме недеље они ембриони код којих се ствара тзв. SRY протеин почињу да се развијају у мушкарце. Овај протеин је својеврсни "читач" оних гена који носе мушке карактеристике и који се налазе на разним позицијама у свих 46 човекових хромозома. SRY протеин тиме омогућава развој ткива и органа који одређују мушкараца. У чему је онда улога Y хромозома? Па Y хромозом у себи садржи ген који активира стварање SRY протеина. Он је дакле својеврстан окидач којим се покреће механизам стварања мушкарца, а сва остала потребна "рецептура" се садржи у осталим генима, које наслеђујемо по разним наследним линијама.
Ово је наравно лаичко и упрошћено објашњење за нас, широке народне масе, али у основи тако стоје ствари.
Због свега овога довођење физичког изгледа у везу са Y хромозомом нема никаквог смисла.