Што се Хрвата тиче, од три словенске компоненте које су учествовале у њиховој етногенези, за двије: штокавску и кајкавску је мање више познато којим су правцем дошле. Штокавци су дио Словена са доњег Дунава, кајкавци су дио Словена са средњег Дунава. Ове двије групе Словена разишле су се још у словенској прапостојбини и до Балкана дошле сасвим различитим путањама. Отуд и њихова велика генетичка разлика. Код кајкаваца одсуствује неке хаплогрупе, које су најтипичније код доњодунавске струје попут I2-PH908, I2-Z17855 или R1a-M458>L1029, док су са друге стране веома присутне хаплогрупе које одсуствују код штокаваца, попут I2-Z16971, Y4460 или R1a-M458>L260.
И док је стање код кајкаваца и штокаваца прилично јасно, најзагонетније је поријекло чакавских Хрвата, који би судећи по историјским изворима , требали бити прави потомци средњовјековних Хрвата. Није јасно да ли су они као и Срби, уз које се најчешће помињу, мигрирали правцем доњи Дунав-Панонија- чешке земље- Далмација или су били дио миграције са средњег Дунава. Проблем за идентификацију правих чакавских Хрвата стоји и у томе што су они почетком новог вијека највише потискивани од штокаваца и изгубили су добар дио своје континенталне базе. Штавише, штокавских усељеника је било и у чисто чакавским срединама (довољно је поменути теестиране Карабаиће са Крка (досељени из Босне) или Турке из Кастава). Ипак, онај невелик број тестираних правих чакавских породица показује да је средњовјековна чакавска популација била доминантно R1a хаплогрупе. Поједине гране R1a хаплогрупе и данас доминирају на најизразитијим чакавским острвима попут Крка или Цреса.
Вјероватно би се детаљнијом анализом дубински одређених грана досад тестираних појединаца, могло доћи и до одговора, какав је био раносредњовјековни смјер миграције чакаваца (читај оригиналних Хрвата).