Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia

[Ивица Јовановић]

NEO900 припада Јелунинској култури.

Bravo za pronalazak!

The culture was formed by interaction of migrants, who brought with them tradition of bronze metallurgy and advanced animal husbandry, with the local mix of Caucasoid-Mongoloid substrate. According to A. Tishkin, who excavated Elunin monuments, molecular testing points to interaction between migrant Caucasoid ethnic groups and indigenous Mongoloid-Caucasoid mixed populations in the foothills and plains area of the Altai's Upper Ob at the end of the 3rd millennium BCE.

[НиколаВук]

Bravo za pronalazak!

The culture was formed by interaction of migrants, who brought with them tradition of bronze metallurgy and advanced animal husbandry, with the local mix of Caucasoid-Mongoloid substrate. According to A. Tishkin, who excavated Elunin monuments, molecular testing points to interaction between migrant Caucasoid ethnic groups and indigenous Mongoloid-Caucasoid mixed populations in the foothills and plains area of the Altai's Upper Ob at the end of the 3rd millennium BCE.

Ова култура припада Сеима-Турбино феномену, кога колико видим везују, између осталог, и за приспеће одређених N1 подграна у Европу. Изгледа да су се међу њима налазили и припадници неких подграна од N2-P189.2.

[Uzi]

Ова култура припада Сеима-Турбино феномену, кога колико видим везују, између осталог, и за приспеће одређених N1 подграна у Европу. Изгледа да су се међу њима налазили и припадници неких подграна од N2-P189.2.

Нисам сигуран да су N2-P189.2 били део Сеима-Турбино феномена, јер би се до сада вероватно већ пронашао неки N2-P189.2 мало северније од овог што је до сада пронађено. У опису лобање NEO900 не каже се да припада Јелунинској култури, него да има сличности облика лобање са мушком популацијом Јелунске културе региона горњег Оба.

The skull is dolichocephalic, Europeoid with a narrow face, similar to the type of male population of the Yelunin culture of the Upper Ob region.

[Кековац]

Нисам сигуран да су N2-P189.2 били део Сеима-Турбино феномена, јер би се до сада вероватно већ пронашао неки N2-P189.2 мало северније од овог што је до сада пронађено. У опису лобање NEO900 не каже се да припада Јелунинској култури, него да има сличности облика лобање са мушком популацијом Јелунске културе региона горњег Оба.

The skull is dolichocephalic, Europeoid with a narrow face, similar to the type of male population of the Yelunin culture of the Upper Ob region.

Да, цитат који сам навео не разјашњава у потпуности контекст овог узорка, међутим у пратећем материјалу је наведен опис целог налазишта на ком је пронађен овај узорак, па мислим да се на основу њега може закључити да он ипак припада Јелуњинској култури.

Archaeological material accompanying the bone remains indicates that the burials of the Shauke 1 burial ground belong to the Yelunin archaeological culture, based on four AMS dates. Burial No. 2 is dated to the XXIII–XX centuries BC, burial No. 3 to the XXIII–XXI centuries BC.

Има још детаља у приложеном документу Supplementary Information part 2 али не бих да затрпавам тему.

[Uzi]

Да, цитат који сам навео не разјашњава у потпуности контекст овог узорка, међутим у пратећем материјалу је наведен опис целог налазишта на ком је пронађен овај узорак, па мислим да се на основу њега може закључити да он ипак припада Јелуњинској култури.

Archaeological material accompanying the bone remains indicates that the burials of the Shauke 1 burial ground belong to the Yelunin archaeological culture, based on four AMS dates. Burial No. 2 is dated to the XXIII–XX centuries BC, burial No. 3 to the XXIII–XXI centuries BC.

Има још детаља у приложеном документу Supplementary Information part 2 али не бих да затрпавам тему.

Без обзира на то јесу или нису били део Јелуњинске културе, мислим да се на основу до сада пронађених археогентских узорака N2-P189.2 више може претпоставити да су се ширили са Андроново културом и/или ранијом Јамна културом него са Сеима-Турбино феноменом.

[Кековац]

Сирови резултати из овог рада су доступни на NCBI, што је згодно јер се не морају скидати на рачунар. На том сајту постоји Sequence viewer и читања се могу прегледати директно на сајту. Међутим, проблем је што сви ти старији узорци имају обично слабу покривеност и онда треба доста и времена и стрпљења да би се прегледали све позиције. WGS Extract можда може мало убрзати ствари, али онда би се опет подаци морали пребацивати на рачунар.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJEB64656

Једини који је досад имао воље и стрпљења да прегледа те старе узорке је Гуја.  Надам се да га ентузијазам неће напустити.

Кад смо већ код овог рада, интересантна ми je сљедећа карта из рада која приказује удио популација из палеолита у данашњем становништву Европе.



Занимљива је чињеница да генетичко наслеђе WHG има свој врхунац у балтичким народима, а не нпр. на британским острвима, гдје га је све до Бронзаног доба значајно било. Рекло би се да се неки збјег популације WHG сконцентрисао током бронзаног доба баш на подручју балто-словенске језичке заједнице. Или можда боље рећи балтске. Словени су свакако значајан дио свог WHG наслеђа примили преко балтске компоненте њихове етногенезе.

EHG генетика је најприсутнија међу данашњим становницима Финске и Монголије. Помало неочекивано за Монголију, рекао бих.

[drajver]

На овим горе компонентним картама за Европу, још су двије ствари занимљиве:

- драстична компонентална разлика између "келтских" и "германских" дијелова британских острва. Јамнаја претеже у келтским дијеловима Британије и у Ирској, док су све остале компоненте присутније у германским дијеловима Британије. Ово значи да су бронзанодопски освајачи британских острва, који су готово потпуно замијенили енеолитско становништво (WHG+EEF), данас успјели у већем проценту да се одрже у келтским дијеловима острва, а WHG је из других извора, прије свега Скандинавије, поново обновљен у источним дијеловима Британије

- такође је занимљиво да је WHG или како ја још зову Вилабруна кластер, а који је своју експанзију почео из Италије (могуће и западног Балкана) у палеолиту, данас у Европи најнижи проценат иам управо у Италији, да не кажем да је непостојећи. Он би и код нас био на нивоу статистичке грешке да није било сеобе Славена и да они ту WHG компоненту нису донијели са сјевера. Најбоље се то види на аутосомалним узорцима дјевојака из Трогира (рани средњи вијек), које скоро уопште не посједују WHG компоненту. Укратко, чини ми се да је је јужно од Алпа и лука Карпата, у периоду до сеобе народа, WHG био скоро па непостојећи. Овдје не треба укључивати Пиринејско полоустрво, гдје је WHG у неком проценту успио да се одржи у континуитету још од палеолита.

[drajver]

Овај аутосомални допринос Словена најбоље се види када се упореде аутосомални резултати данашњег Србина (у овом случају мене) са резултатима Ромејки из раносредњовјековног Трогира. Ја сам у суштини мјешанац, а Трогиранке су full-blooded Ромејке без словенске примјесе (била је додуше једна међу њима која је имала словенске примјесе (I15742) , али је овдје нисам укључио). Из приложеног се јасно види да су Словени на нашим просторима појачали прије свега Yamnaya и WHG компоненту. При чему се треба имати у виду да је код мене лично Barcin компонента нешто јача него код просјечног Србина. Такође и оно мало WHG што имамо, можемо захвалити искључиво словенским прецима.

[Ивица Јовановић]

Ovo suštinski znači da je Jamnaja tamo potisnuo WHG do te mere da se uopšte ne prikazuje. Isto važi i za ostrva pre Normana. Pitam se da li je whg kod Slovena iz Skandinavije ili sa Baltika. Koji je ovo kalkulator?

[drajver]

Ovo suštinski znači da je Jamnaja tamo potisnuo WHG do te mere da se uopšte ne prikazuje. Isto važi i za ostrva pre Normana. Pitam se da li je whg kod Slovena iz Skandinavije ili sa Baltika. Koji je ovo kalkulator?

Ја сам убацио само ове три основне компоненте које су највећим дијелом учествовале у етногенези данашњег европског становништва. WHG компонента је виша код словенских народа сјеверно од Карпата него у Скандинавији. Тако да ми је сасвим логично да је највише наше WHG компоненте дошло са Словенима.

[drajver]

Ovo suštinski znači da je Jamnaja tamo potisnuo WHG do te mere da se uopšte ne prikazuje.

И прије Јамнаје, EEF је такође значајно редуковао WHG. Јамнаја је само довршила посао. Мислим на подручје јужно од Карпата и Алпа тј. Балкан и Апенинско полуострво.

[Кековац]

- драстична компонентална разлика између "келтских" и "германских" дијелова британских острва. Јамнаја претеже у келтским дијеловима Британије и у Ирској, док су све остале компоненте присутније у германским дијеловима Британије. Ово значи да су бронзанодопски освајачи британских острва, који су готово потпуно замијенили енеолитско становништво (WHG+EEF), данас успјели у већем проценту да се одрже у келтским дијеловима острва, а WHG је из других извора, прије свега Скандинавије, поново обновљен у источним дијеловима Британије

Колико се сећам рада из 2021. о Келтима постојао је и пре досељавања Германа у Британију талас обнове неолитске генетике крајем бронзаног доба, па је још тада постојала на неки начин ова подела Британије и Ирске на део са веома повишеним генетским наслеђем Јамне културе на северу и западу у поређењу са југоистоком Британије. Германске сеобе су свакако допринеле пооштравању овакве поделе.

[drajver]

Колико се сећам рада из 2021. о Келтима постојао је и пре досељавања Германа у Британију талас обнове неолитске генетике крајем бронзаног доба, па је још тада постојала на неки начин ова подела Британије и Ирске на део са веома повишеним генетским наслеђем Јамне културе на северу и западу у поређењу са југоистоком Британије. Германске сеобе су свакако допринеле пооштравању овакве поделе.

Да, код британских острва кроз цијелу историју и праисторију постоји исти образац који се циклично понавља: старије становништво се повлачи према сјеверу и западу, југ и исток увијек примају утицаје са континента. Зато сам и ставио оно "келтско" и "германско" под наводнике.

[Кековац]

- такође је занимљиво да је WHG или како ја још зову Вилабруна кластер, а који је своју експанзију почео из Италије (могуће и западног Балкана) у палеолиту, данас у Европи најнижи проценат иам управо у Италији, да не кажем да је непостојећи. Он би и код нас био на нивоу статистичке грешке да није било сеобе Славена и да они ту WHG компоненту нису донијели са сјевера. Најбоље се то види на аутосомалним узорцима дјевојака из Трогира (рани средњи вијек), које скоро уопште не посједују WHG компоненту. Укратко, чини ми се да је је јужно од Алпа и лука Карпата, у периоду до сеобе народа, WHG био скоро па непостојећи. Овдје не треба укључивати Пиринејско полоустрво, гдје је WHG у неком проценту успио да се одржи у континуитету још од палеолита.

Пиринејско полуострво је занимљиво јер је изгледа ту обитавало становништво са високим уделом WHG генетике које је усвојило земљорадњу. Да ли је то становништво пореклом од локалних ловаца и скупљача или је ипак досељено с истока нисм сигуран али ми се чини да је ипак дошло са југа Балкана или Апенина. Мислим да је један од маркера ове популације хаплогрупа I-L161.

[drajver]

Покушао сам да измоделујем ову WHG компоненту код нас, на начин да сам узео двије популације из приближно истог периода око 6000 г пне., које су носиле преовлађујући проценат WHG компоненте: узорак Loschbour из Луксембурга и неколико узорака Нарва културе из Литваније. При томе треба имати у виду да је Loschbour 100%WHG док је Narva око 70-80% WHG. Код Нарве 20-30% отпада на степску (или EHG) генетику. Ниједни ни други узорци немају уопште EEF генетике.

Резултати су сљедећи:



Рекло би се на основу овога да је практично сва моја WHG компонента потекла највећим дијелом из културе Нарва. С тим да треба имати у виду да сам упоредио само ова два географски удаљена извора WHG генетике. Али Нарва има логике и због слиједа Нарва>балтске културе бронзаног и жељезног доба>словенске културе.

[Кековац]

Нарва је највероватније објашњење за WHG генетику код Словена, па и код Срба. Прочитах скоро један занимљив рад на тему могуће интеракције ловаца-сакупљача и земљорадника на северу Европе https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2310138120 Занимљиво је да је и на Балкану било случајева веће експлоатације водних ресурса у халколиту и то баш у Пјетрелу, где је пронађен узорак са високим уделом WHG генетике и карактеристичном хаплогрупом I-Y5606(xL699).

[drajver]

Проблем са горњим моделовањем је у томе што Нарва са својих 20-30% EHG увијек искаче као доминантна када се посматрају удјели у савременим, па и древним популацијама у односу на Loschbur. Међутим, без обзира на то, вјерујем да је управо популација Нарве извор доброг дијела WHG код нас.

[Кековац]

Објављен је још један препринт The Selection Landscape and Genetic Legacy of Ancient Eurasians у коме су анализирани исти ови резултати уз додатно коришћење UK Biobank базе генома савремених људи. Акценат у раду је дат анализи генетског наслеђа древних популација које су најзначајније утицале на генетику данашње европске популације али узимајући у обзир и природну селекцију, а не само масовне сеобе и мешања различитих популација. Дошли су до низа занимљивих закључака.

На пример, појава толеранције на лактозу је постала учесталија у Европи хиљаду година пре сеобе степских сточара Јамне културе.

We find strong changes in selection associated with lactose digestion after the introduction of farming, but prior to the expansion of the Steppe pastoralists into Europe around 5,000 years ago, the timing of which is a long standing controversy. The strongest overall signal of selection in the pan-ancestry analysis is observed at the MCM6 / LCT locus (rs4988235:A; p=1.68e-59; s=0.0194), where the derived allele results in lactase persistence. The trajectory inferred from the pan-ancestry analysis indicates that the lactase persistence allele began increasing in frequency c. 6,000 years ago and has continued to increase up to present times.

У неким деловима Европе је сигурно дошло до промене доминантне пољопривредне гране са ратарства на сточарство и пре ширења сточара из степе. Мислим да је Балкан једна од области у којој се то готово сигурно десило пре 6000 година.

Занимљиво је да су креирали нови метод бојења хромозома. На крају су добили занимљив квантитивни граф мешања популација западне Евроазије у последњих 50.000 година, а видим да су за његову израду користили и неке од техника машинског учења.

Having identified that significant differences in ancestries persist in seemingly homogeneous present-day populations, we sought to disentangle these effects by developing a novel chromosome painting technique that allows us to label haplotypes based on their genetic affinities to ancient individuals. To achieve this, we built a quantitative admixture graph model that represents the four major ancestry flows contributing to present-day European genomes over the last 50,000 years. We used this model to simulate genomes at time periods and in sample sizes equivalent to our empirical dataset, and inferred tree sequences using Relate. We trained a neural network classifier to estimate the path backwards in time through the population structure taken by each simulated individual, at each position in the genome. Our trained classifier was then used to infer the ancestral paths taken at each site, using 1,015 imputed ancient genomes from West Eurasia which passed quality filters. Using simulations, we show that our novel chromosome painting method has an average accuracy of 94.6% for the four ancestral paths leading to present-day Europeans and is robust to model misspecification.

Најближа популација WHG ловцима су EHG ловци. Вероватно из те прадавне везе произилази присуство хаплогрупе R-V2219 међу мезолитским ловцима широм Европе. И узорак Вилабруна који је дао име целом прото-WHG кластеру је припадао овој хаплогрупи.