Аутор Тема: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia  (Прочитано 5010 пута)

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« послато: Септембар 29, 2023, 11:02:36 поподне »
Радови регистровани на ENA (European Nucleotide Archive) у претходна три мјесеца. Детаљнији подаци се могу наћи на сајту ENA помоћу доле наведених шифри.

Септембар 2023
2023-09-25 PRJEB66319 Genetic Continuity and Change Among the Indigenous Peoples of California
2023-09-21 PRJEB64656 Population Genomics of Late Stone Age Western Eurasia
2023-09-06 PRJEB60689 Multi-isotope and aDNA analyses reveal long-lasting continuity at the periphery of the late antique Roman Empire
2023-09-06 PRJEB55185 Genetic population structure of Xiongnu Empire at imperial and local scales
2023-09-01 PRJEB63184 Genetic Identification of Members of the Prominent Báthory Aristocratic Family

Август 2023
2023-08-18 PRJEB56570 High coverage genome of the Tyrolean Iceman reveals unusually high Anatolian Farmer ancestry
2023-08-18 PRJEB65098 Elevated genetic risk for multiple sclerosis originated in Steppe Pastoralist populations
2023-08-18 PRJEB65118 Biological and substitute parents in Beaker period adult-child graves
2023-08-15 PRJEB61777 Male-specific Y-chromosome data for a Tai-Kadai speaking Southern Thai group

Јули 2023
2023-07-14 PRJEB61655 Ancient DNA from ancient Canarian Islanders illuminates the prehistory of North Africa and evidences the effects of insularity on human populations
2023-07-31 PRJEB51863 Genomic history of coastal societies from eastern South America
2023-07-09 PRJEB58428 Copper Age Alps
2023-07-04 PRJEB48333 Biological history of the human populations inhabiting Central Europe in the first ages of the common era

О овом раду си већ писао пре више од годину дана на овој теми. Добро је што сад имамо BAM фајлове. Колико се сећам било је прилично много неолитских узорака хаплогрупе I-M423 из Данске и можда по неки из Шведске и Британије.

Прије пар дана је објављен препринт рада под називом "Population Genomics of Stone Age Eurasia"

Наводи се секвенцирање "317 genomes of primarily Mesolithic and Neolithic individuals from across Eurasia" Ако сам добро схватио ради се о узорцима који нису раније секвенцирани (нисам детаљније провјеравао па не знам сигурно). Ако је то тачно, ради се о правом благу.

Само сам бацио поглед на рад, дјелује обећавајуће.

ово су линкови
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.04.490594v2
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.04.490594v2.full.pdf
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/05/06/2022.05.04.490594/DC1/embed/media-1.pdf?download=true
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/05/06/2022.05.04.490594/DC2/embed/media-2.pdf?download=true
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/05/06/2022.05.04.490594/DC3/embed/media-3.xlsx?download=true

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1 послато: Септембар 30, 2023, 09:34:02 пре подне »
О овом раду си већ писао пре више од годину дана на овој теми. Добро је што сад имамо BAM фајлове. Колико се сећам било је прилично много неолитских узорака хаплогрупе I-M423 из Данске и можда по неки из Шведске и Британије.

Сирови резултати из овог рада су доступни на NCBI, што је згодно јер се не морају скидати на рачунар. На том сајту постоји Sequence viewer и читања се могу прегледати директно на сајту. Међутим, проблем је што сви ти старији узорци имају обично слабу покривеност и онда треба доста и времена и стрпљења да би се прегледали све позиције. WGS Extract можда може мало убрзати ствари, али онда би се опет подаци морали пребацивати на рачунар.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJEB64656

Једини који је досад имао воље и стрпљења да прегледа те старе узорке је Гуја.  :) Надам се да га ентузијазам неће напустити.

Кад смо већ код овог рада, интересантна ми je сљедећа карта из рада која приказује удио популација из палеолита у данашњем становништву Европе.



Занимљива је чињеница да генетичко наслеђе WHG има свој врхунац у балтичким народима, а не нпр. на британским острвима, гдје га је све до Бронзаног доба значајно било. Рекло би се да се неки збјег популације WHG сконцентрисао током бронзаног доба баш на подручју балто-словенске језичке заједнице. Или можда боље рећи балтске. Словени су свакако значајан дио свог WHG наслеђа примили преко балтске компоненте њихове етногенезе.


На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #2 послато: Септембар 30, 2023, 12:33:14 поподне »
Сирови резултати из овог рада су доступни на NCBI, што је згодно јер се не морају скидати на рачунар. На том сајту постоји Sequence viewer и читања се могу прегледати директно на сајту. Међутим, проблем је што сви ти старији узорци имају обично слабу покривеност и онда треба доста и времена и стрпљења да би се прегледали све позиције. WGS Extract можда може мало убрзати ствари, али онда би се опет подаци морали пребацивати на рачунар.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJEB64656

Једини који је досад имао воље и стрпљења да прегледа те старе узорке је Гуја.  :) Надам се да га ентузијазам неће напустити.

Кад смо већ код овог рада, интересантна ми je сљедећа карта из рада која приказује удио популација из палеолита у данашњем становништву Европе.



Занимљива је чињеница да генетичко наслеђе WHG има свој врхунац у балтичким народима, а не нпр. на британским острвима, гдје га је све до Бронзаног доба значајно било. Рекло би се да се неки збјег популације WHG сконцентрисао током бронзаног доба баш на подручју балто-словенске језичке заједнице. Или можда боље рећи балтске. Словени су свакако значајан дио свог WHG наслеђа примили преко балтске компоненте њихове етногенезе.

И ја сам истог мишљења, нарочито након објављивања овог рада https://www.nature.com/articles/s41467-023-40072-9 који је већ био детаљније коментарисао на теми https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=6835.40. Вероватно је до мешања популације са високим уделом WHG генетике са потомцима Corded Wares културе дошло у оквиру Тшињецке културе и тада је настала балтословенска група. Један њен део се издвојио и помешао са неком другом популацијом, са значајно мањим уделом WHG генетике, у гвозденом добу и тек тада настају Словени. Та популација је можда и донела хаплогрупу I-Y3120 супротно очекивању да је ова хаплогрупа повезана са благо повишеним уделом WHG аутозомално компоненте међу словенским народима, имајући у виду палеолитско порекло ове хаплогрупе.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #3 послато: Септембар 30, 2023, 01:22:19 поподне »
Пробао сам прегледати један узорак I2-M423, али изгледа да сам изабрао неки баш лоше покривености. Ради се о узорку под шифром NEO39, Funnelbeaker култура, налазиште Hindby mosse (предграђе Малмеа) Шведска.

Прегледао сам сав I2-M423>Y3104 ниво и само једно читање на цијелом том нивоу, и то позитивно Y3109 T>2A

Затим сам само започео ниво L621 и чим сам видио да има негативно читање на CTS10300 T>T, прешао сам на грану L161 и ту сам наишао на једно позитивно читање Y3739 C>A

Чим сам видио да није L621, изгубио сам вољу за даљим прегледањем.  :)

Значи, NEO39 I2-M423>Y3104>L161  а можда и нешто ниже од тога.

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1121
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #4 послато: Септембар 30, 2023, 02:05:27 поподне »
Занимљива је чињеница да генетичко наслеђе WHG има свој врхунац у балтичким народима, а не нпр. на британским острвима, гдје га је све до Бронзаног доба значајно било. Рекло би се да се неки збјег популације WHG сконцентрисао током бронзаног доба баш на подручју балто-словенске језичке заједнице. Или можда боље рећи балтске. Словени су свакако значајан дио свог WHG наслеђа примили преко балтске компоненте њихове етногенезе.

Možda je upravo tamo severno bio svojevrsni refugium whg populacije nakon prodora IE. Ovi na britanskim ostrvima jednostavno nisu imali gde da pobegnu, iako po haplogrupama nisu stigli baš sve da ih satru. S time što ne znam koliko bi bilo valjano povezati whg sa slovenskom I2. Slovenska I2 je mogla doći i i pravcem zapad-istok, Bell Beaker - Mierzanowice  - Trzciniec kultura. To bi moglo objasniti otkud ona paralelnda grana u I-CTS10228, kao i činjenica da je jedna od grana ispod I-CTS4002 završila na  ostrvima u vreme kada se R1b širi na ista (odnosno pre 4000 godina /2000b.c. na koliko je i procenjena starost za tu I-FGC20479).  Ova poslednja koju sam pomenuo je siroče jer je na primer I-L161 na ostrvima mnogo duže. I2 je fenomen izgleda, mnogo snalažljivi u nameri da prežive i prilagode/promene se. Ima ona teza da je dinaric fenotip bio prisutan kod bikera i da je učestvovao u ekspanziji na ostrva u bronzanom dobu. Ako je to tako onda bih rekao da je nastao u neolitu u interkaciji I2 muškaraca sa ženama koje su došle iz populacije koja je u centralnu evropu donela G haplogrupu (whg+armenoids).
« Последња измена: Септембар 30, 2023, 02:07:51 поподне Ивица Јовановић »
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2591
  • I2-BY55783>BY79593
Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #5 послато: Септембар 30, 2023, 06:52:24 поподне »
Population Genomics of Late Stone Age Western Eurasia

The later Stone Age in Eurasia (c. 11,000 to 5,000 cal. BP) witnessed several large-scale migration events. These include the transition from foraging to farming facilitated by the spread of Neolithic people from the Middle East, permanently changing the culture, lifestyle, and gene pools of the regions they settled in. To investigate cross-continental differences in impact of these major demographic processes we shotgun sequenced 317 genomes of primarily Mesolithic and Neolithic origin. These were imputed alongside published data to obtain diploid genotypes from >1,600 ancient human genomes. This dataset enabled fine-grained population genetic inferences of these prehistoric events across Northern and Western Eurasia. This revealed a ‘Great Divide’ genomic boundary zone extending from the Black Sea to the Baltic. Mesolithic hunter-gatherers (HGs) were highly genetically differentiated east and west of this zone, and the impact of the neolithisation was equally disparate. Large-scale shifts in genetic ancestry occurred in the west, including an almost complete replacement of HGs in many areas, whereas no substantial shifts in ancestry happened east of the zone during the same period. Similarly, within-group genetic relatedness was reduced substantially in the west from the Neolithic transition onwards, while east of the Urals relatedness remained high until ~4,000 BP, consistent with a longer persistence of localised HG groups. The boundary dissolved when ancestry related to Yamnaya steppe pastoralists spread westwards into Europe and eastwards to Altai around 5,000 BP resulting in a second major cross-continental genetic turnover. This rapid transformation reached most parts of Europe within a 1,000-year span. The genetic origin and fate of Yamnaya have remained elusive but we demonstrate that HGs from the Middle Don region contributed ancestry to Yamnaya people. These later admixed with people from the Globular Amphora Culture to form the Corded Ware groups before expanding into Europe. Similar dramatic turnover-patterns occurred in western Siberia, where we report substantial new genomic data from a ‘Neolithic steppe’ cline spanning the Siberian forest steppe zones to the Lake Baikal region. The spatiotemporal dynamics of these prehistoric migrations were highly heterogeneous but each had profound and lasting effects on the genetic diversity of Eurasian populations.


Рад (препринт): https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.04.490594v1

BAM фајлови: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB64656

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2591
  • I2-BY55783>BY79593
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #6 послато: Септембар 30, 2023, 07:12:55 поподне »
Направих нову тему и преместих неколико порука које се односе на овај рад, како бисмо их имали све на једном месту. Ево неколико скандинавских узорака које до сада прегледах:


NEO254; 8698-8332 BC; Koelbjerg, Denmark; Mesolithic; I2a2b-S2555*

NEO17; 7336-7057 BC; Hummervikholmen, Norway; Mesolithic; I2c-L596>Y14158>S6635*

NEO91; 7315-7052 BC; Strøby Grøftemark, Denmark; Mesolithic; I2a1b-M423>S2770>V6473

NEO866; 3633-3380 BC; Lundby-Falster, Denmark; Denmark_N; R1b1b1a1-V2219>V88>PF6343>pre-PF6287

NEO744; 3626-3200 BC; Vig Femhøve, Denmark; Denmark_N; Q1b2-Y2659>Y2700>L940 (xY2679,BZ1024,L933)

NEO599; 3355-3026 BC; Vanløse mose, Denmark; Denmark_N; Q1b2-Y2659 (xZ5902,L940)

NEO870; 2454-2155 BC; Toftum mose, Jutland, Denmark; CWC_LN; R1b1a1b1a1-U106

NEO220; 2140-1932 BC; Falköping 5, Sweden; Sweden_BA; I1a-DF29>Z2893>Y18697 (xY10633,Y7282,A17212,S9297)

NEO563; 1500-1310 BC; Bybjerg, Denmark; Denmark_BA; I1a2-Z58>Z59

NEO590; 1425-1269 BC; Magleø, Denmark; Denmark_BA; I1a2a1-Z58>Z59>CTS8647>Z61>Z60>Z140>Z141>A196 (xFGC19081,A1395,Y6900,FT162874)
« Последња измена: Септембар 30, 2023, 07:27:37 поподне Црна Гуја »

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #7 послато: Септембар 30, 2023, 08:03:18 поподне »
Направих нову тему и преместих неколико порука које се односе на овај рад, како бисмо их имали све на једном месту. Ево неколико скандинавских узорака које до сада прегледах:

NEO91; 7315-7052 BC; Strøby Grøftemark, Denmark; Mesolithic; I2a1b-M423>S2770>V6473

Свака част, Гујо.

Ова грана V6473 почиње да се умножава у оквиру мезолитске сјеверозападне Европе (Норвешка, Луксембург, сад Данска). Било би занимљиво да се појави неки савремени носилац, али бојим се да су мале шансе. Популације гдје би било очекивано да се појави прилично су добро истестиране.

Колико видим, у раду су Данску обрадили као посебан случај. WHG популација у Данској је била прилично стабилна и хомогена кроз читав палеолоит, мезолит и енеолит све до 3900 г. пне, када долазе неолитски земљорадници и практично замјењују становништво Данске, са веома ограниченим удјелом WHG. Међутим ни неолитски земљорадници се нису дуго задржали, тек неких 1000 година и бивају такође преплављени досељеницима који су носили степску генетику око 2600 г. пне. У првој фази, у периоду од 2600 г.пне до 2300 г. пне са истока Европе доселилo je углавном Corded Ware становништво, које је носило хаплогрупу R1a, у периоду од 2300 г. пне до 1800 г. пне досељавало је становништво из централне и западне Европе које је носило хаплогрупу R1b-L51, да би на крају данска мјешавина била комплетирана доласком становништва из Скандинавије које је носило хаплогрупу I1 што је формирало класично нордијско бронзано доба у оквиру којег ће се формирати германски народи Европе.

У раду су за хаплогрупу I1 написали сљедеће:
"The rapid expansion of this haplogroup and associated genome-wide ancestry in the early Nordic Bronze Age indicates a considerable reproductive advantage of individuals associated with this cluster over the preceding groups across large parts of Scandinavia."
« Последња измена: Септембар 30, 2023, 08:05:58 поподне drajver »

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #8 послато: Септембар 30, 2023, 08:59:01 поподне »
Још једна занимљива теза у раду је повезивање не-степске GAC (Globular Amphora culture) са ширењем степске генетике како у Европи, али и у Азији. Да не препричавам, ово су дијелови рада који говоре о томе:

"Following the second transition, Neolithic Anatolian-related farmer ancestry remains in Scandinavia, but the source is now different. It can be modelled as deriving almost exclusively from a genetic cluster associated with the Late Neolithic Globular Amphora Culture (GAC) (Poland_5000BP_4700BP; Extended Data Fig. 4). Strikingly, after the Steppe-related ancestry was first introduced into Europe (Steppe_5000BP_4300BP), it expanded together with GAC-related ancestry across all sampled European regions (Extended Data Fig. 7I). This suggests that the spread of steppe-related ancestry throughout Europe was predominantly mediated through groups that were already admixed with GAC-related farmer groups of the eastern European plains. This finding has major implications for understanding the emergence of the CWC. A stylistic connection from GAC ceramics to CWC ceramics has long been suggested, including the use of amphora-shaped vessels and the development of cord decoration patterns. Moreover, shortly prior to the emergence of the earliest CWC groups, eastern GAC and western Yamnaya groups exchanged cultural elements in the forest-steppe transition zone northwest of the Black Sea, where GAC ceramic amphorae and flint axes were included in Yamnaya burials, and the typical Yamnaya use of ochre was included in GAC burials, indicating close interaction between the groups. Previous ancient genomic data from a few individuals suggested that this was limited to cultural influences and not population admixture. However, in the light of our new genetic evidence it appears that this zone, and possibly other similar zones of contact between GAC and Yamnaya (or other closely-related steppe/forest-steppe groups) were key in the formation of the CWC through which steppe-related ancestry and GAC-related ancestry co-dispersed far towards the west and the north. This resulted in regionally diverse situations of interaction and admixture but a significant part of the CWC dispersal happened through corridors of cultural and demic transmission which had been established by the GAC during the preceding period."

"Similar to the dynamics in western Eurasia, Yamnaya-related ancestry is here correlated with late Neolithic GAC-related farmer ancestry (Poland_5000BP_4700BP; Extended Data Fig. 9G), recapitulating the previously documented eastward expansion of admixed Western Steppe pastoralists from the Sintashta and Andronovo complexes during the Bronze Age. However, GAC-related ancestry is notably absent in individuals of the Okunevo culture, providing further support for two distinct eastward migrations of Western Steppe pastoralists during the early (Yamnaya) and later (Sintashta, Andronovo) Bronze Age"

"We have identified a hitherto unknown source of ancestry in hunter-gatherers from the Middle Don region contributing ancestry to the Yamnaya pastoralists, and we have documented how the later spread of steppe-related ancestry into Europe was very rapid and mediated through admixture with people from the Globular Amphora Culture."

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #9 послато: Октобар 01, 2023, 11:39:57 пре подне »
Добар кандидат за маркер GAC популације је према досадашњим сазнањима хаплогрупа I-L801 која је дефинитивно повезана са каснијим германским племенима. Занимљива је сличност генетике ове популације са истовременом појавом на Балкану где такође у време првих додира степских сточара Јамне културе са старом европском популацијом имамо популацију која носи повишену аутозомалну WHG компоненту (15-30%), док остатак потиче скоро у потпуности од EEF (мада на Балкану постоји и примеса CHG генетике од око 10%). Са друге стране хаплогрупе су потпуно другачије у односу на неолит и рани халколит. Доминирају хаплогрупе типичне за WHG популацију. На Балкану I-L701 и I-L621, а на подручју GAC културе I-L801. Обе ове популације су се по мом мишљењу убрзо помешале са степским сточарима Јамне културе и пренеле своју генетику по Европи у наредном периоду. Можда би у овај феномен могла да се уврсти и Баденска култура.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #10 послато: Октобар 08, 2023, 02:38:38 поподне »
NEO855 датиран 4671 - 4253 BCE из Данске припада хаплогрупи I-L701, и то грани Y87044, као и узорци PIE060 и PIE061 из Пиетрела у Румунији датирани на 4776 - 4551 BCE и 4672 - 4450 BCE. Узорци су приказани на FTDNA стаблу: https://discover.familytreedna.com/y-dna/I-Y87044/tree. Ова грана на YFull-у тренутно има само једног Немца који је означен као Y5606* https://www.yfull.com/tree/I-Y5606/.

Узорци из Румуније су аутозомално мешавина WHG популације са локалном халколитском популацијом, која је директни потомак неолитске популације Балкана. Могуће да је у раном бакарном добу на Балкану можда било генетског мешања са популацијом са севера Европе. Можда то објашњава и присуство хаплогрупе L621 на Балкану у раном бронзаном добу, јер се хаплогрупа Y87044 налази у раном бронзаном добу на истом подручју, па и на истим налазиштима као и хаплогрупа L621.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #11 послато: Октобар 13, 2023, 09:00:21 поподне »
NEO900 узорак стар 1936-1771 из Казанстана, локалитет Сјауке код Павлодара, припада хаплогрупи N-P189 и постављен је на FTDNA стабло https://discover.familytreedna.com/y-dna/N-P189/tree.

Ван мреже Uzi

  • Одбор за архивистику
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1646
  • N2-P189.2>FT182494>FGC28435
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #12 послато: Октобар 15, 2023, 01:02:45 поподне »
NEO900 узорак стар 1936-1771 из Казанстана, локалитет Сјауке код Павлодара, припада хаплогрупи N-P189 и постављен је на FTDNA стабло https://discover.familytreedna.com/y-dna/N-P189/tree.

1936-1771 п. н. е.

Као и BOT15 и овај NEO900 би требало да је негативан на Y6467 грану.
https://www.yfull.com/live/tree/N-P189.2/

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #13 послато: Октобар 15, 2023, 01:21:11 поподне »
1936-1771 п. н. е.

Да, заборавио сам да додам кључну временску одредницу п.н.е. Хвала на исправци.
« Последња измена: Октобар 15, 2023, 01:23:56 поподне Кековац »

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1121
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #14 послато: Октобар 15, 2023, 02:35:02 поподне »
Da li su ta dva uzorka iz Kazahstana ukopana u takozvanim Kanay grobnicama i da li se zna njihova mtDNA haplogrupa? Postoji mogućnost da Balkanski ogranak potiče od Skita ili Sarmata, što bi moglo objasniti prisustvo njihovih potomaka od Kazahstana do Britanije (Rimsko carstvo jeste koristilo sarmatsku konjicu u Britaniji). Evo primera uzorka iz Moldavije, Ciumai 19926, čija mtDNA haplogrupa je T2b34, koja se i danas nalazi u regionu od Irana do istočne Evrope (a to je teritorija Skita i kasnije Sarmata). Postoje mnoge praznine i moguće teorije, kao što su Avari ili rana asimilacija N-P189 u Slovene, što bi moglo objasniti odsustvo arheogenetskih uzoraka (jer su Sloveni praktikovali kremaciju). Haplogrupa N ostaje misterija kod nas do daljnjeg, čak i veća od PH908. Zato i jeste zanimljivo.
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #15 послато: Октобар 15, 2023, 02:57:58 поподне »
Као и BOT15 и овај NEO900 би требало да је негативан на Y6467 грану.
https://www.yfull.com/live/tree/N-P189.2/

Нисам сигуран да је негативан. Можда му та позиција није покривена. Иначе је и грана Y6467 археогенетски потврђена у Казахстану. Њој припада Mereke, I11735, 2460 - 2296 BCE. Требало би да је грана овог узорка на YFull стаблу https://www.yfull.com/tree/N-Y101945/.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #16 послато: Октобар 15, 2023, 03:54:50 поподне »
Da li su ta dva uzorka iz Kazahstana ukopana u takozvanim Kanay grobnicama i da li se zna njihova mtDNA haplogrupa? Postoji mogućnost da Balkanski ogranak potiče od Skita ili Sarmata, što bi moglo objasniti prisustvo njihovih potomaka od Kazahstana do Britanije (Rimsko carstvo jeste koristilo sarmatsku konjicu u Britaniji). Evo primera uzorka iz Moldavije, Ciumai 19926, čija mtDNA haplogrupa je T2b34, koja se i danas nalazi u regionu od Irana do istočne Evrope (a to je teritorija Skita i kasnije Sarmata). Postoje mnoge praznine i moguće teorije, kao što su Avari ili rana asimilacija N-P189 u Slovene, što bi moglo objasniti odsustvo arheogenetskih uzoraka (jer su Sloveni praktikovali kremaciju). Haplogrupa N ostaje misterija kod nas do daljnjeg, čak i veća od PH908. Zato i jeste zanimljivo.

Зна се mtDNA хаплогрупа ових узорака. Могу се прочитати на овом линку https://discover.familytreedna.com/y-dna/N-P189/ancient. Узорак NEO900 припада митохондријалној хаплогрупи U2e1. Узорак BOT15 припада хаплогрупи R1b1*.

Што се тиче културног контекста NEO900, мислим да није припадао Окуневској култури али је дефинитивно генетски повезан са овом културом.

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1121
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #17 послато: Октобар 15, 2023, 04:20:16 поподне »
Андроново мешанац, мајка U2е1 (U2e1: found in Mesolithic Sweden, Estonia and Latvia, in Neolithic Ukraine).
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже Uzi

  • Одбор за архивистику
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1646
  • N2-P189.2>FT182494>FGC28435
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #18 послато: Октобар 15, 2023, 07:31:23 поподне »
Нисам сигуран да је негативан. Можда му та позиција није покривена. Иначе је и грана Y6467 археогенетски потврђена у Казахстану. Њој припада Mereke, I11735, 2460 - 2296 BCE. Требало би да је грана овог узорка на YFull стаблу https://www.yfull.com/tree/N-Y101945/.

Позиција Y6467 код NEO900 није покривена, али му је покривена Y6508 на коју је негативан и која је део Y6467 гране. Код BOT15 су покривене обе позиције и на обе је негативан. Зато сам и написао да би NEO900 као и BOT15 требало да је негативан на Y6467 грану. Значи претпоставка али са добром подлогом, надам се.   :)

Ако је P189.2 грана ушла на територију данашњег Казахстана негде између Алтајског округа у Кини и Алма Ата у Казахстану, онда би један део могао да остаје северније нпр. NEO900 и BOT15, а један део да оде западније нпр. Y6467 грана.

Постоје и теорије да је P189.2 дошла на територију средње Азије преко Бајкал језера и Алтај планина. А можда и преко Таримске котлине и Памирских планина. Надам се да ће нам нека будућа истраживања то и разјаснити, јер можда нису све подгране P189.2 дошле у западније крајеве истим путем.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #19 послато: Октобар 15, 2023, 11:18:28 поподне »
NEO900 припада Јелунинској култури.

Цитат
Burial No. 2 contained an open, jar-shaped vessel, decorated with a “stepping” comb stamp
(made by rolling). A piece of a stone crucible and a tanged arrowhead, and bones of sheep
and calf were found nearby. Skeletal remains belonged to a man, 40–50 years old. The skull
is dolichocephalic, Europeoid with a narrow face, similar to the type of male population of the
Yelunin culture of the Upper Ob region. The sample was dated to 3831±20 uncal BP, OxA-
39284.


Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1121
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #20 послато: Октобар 16, 2023, 12:20:56 пре подне »
NEO900 припада Јелунинској култури.

Bravo za pronalazak!

The culture was formed by interaction of migrants, who brought with them tradition of bronze metallurgy and advanced animal husbandry, with the local mix of Caucasoid-Mongoloid substrate. According to A. Tishkin, who excavated Elunin monuments, molecular testing points to interaction between migrant Caucasoid ethnic groups and indigenous Mongoloid-Caucasoid mixed populations in the foothills and plains area of the Altai's Upper Ob at the end of the 3rd millennium BCE.
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8657
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #21 послато: Октобар 16, 2023, 09:30:38 пре подне »
Bravo za pronalazak!

The culture was formed by interaction of migrants, who brought with them tradition of bronze metallurgy and advanced animal husbandry, with the local mix of Caucasoid-Mongoloid substrate. According to A. Tishkin, who excavated Elunin monuments, molecular testing points to interaction between migrant Caucasoid ethnic groups and indigenous Mongoloid-Caucasoid mixed populations in the foothills and plains area of the Altai's Upper Ob at the end of the 3rd millennium BCE.

Ова култура припада Сеима-Турбино феномену, кога колико видим везују, између осталог, и за приспеће одређених N1 подграна у Европу. Изгледа да су се међу њима налазили и припадници неких подграна од N2-P189.2.



Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Uzi

  • Одбор за архивистику
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1646
  • N2-P189.2>FT182494>FGC28435
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #22 послато: Октобар 16, 2023, 12:25:05 поподне »
Ова култура припада Сеима-Турбино феномену, кога колико видим везују, између осталог, и за приспеће одређених N1 подграна у Европу. Изгледа да су се међу њима налазили и припадници неких подграна од N2-P189.2.

Нисам сигуран да су N2-P189.2 били део Сеима-Турбино феномена, јер би се до сада вероватно већ пронашао неки N2-P189.2 мало северније од овог што је до сада пронађено. У опису лобање NEO900 не каже се да припада Јелунинској култури, него да има сличности облика лобање са мушком популацијом Јелунске културе региона горњег Оба.

The skull is dolichocephalic, Europeoid with a narrow face, similar to the type of male population of the Yelunin culture of the Upper Ob region.
« Последња измена: Октобар 16, 2023, 01:03:53 поподне Uzi »

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #23 послато: Октобар 16, 2023, 06:35:33 поподне »
Нисам сигуран да су N2-P189.2 били део Сеима-Турбино феномена, јер би се до сада вероватно већ пронашао неки N2-P189.2 мало северније од овог што је до сада пронађено. У опису лобање NEO900 не каже се да припада Јелунинској култури, него да има сличности облика лобање са мушком популацијом Јелунске културе региона горњег Оба.

The skull is dolichocephalic, Europeoid with a narrow face, similar to the type of male population of the Yelunin culture of the Upper Ob region.

Да, цитат који сам навео не разјашњава у потпуности контекст овог узорка, међутим у пратећем материјалу је наведен опис целог налазишта на ком је пронађен овај узорак, па мислим да се на основу њега може закључити да он ипак припада Јелуњинској култури.

Цитат
Archaeological material accompanying the bone remains indicates that the burials of the Shauke 1 burial ground belong to the Yelunin archaeological culture, based on four AMS dates. Burial No. 2 is dated to the XXIII–XX centuries BC, burial No. 3 to the XXIII–XXI centuries BC.

Има још детаља у приложеном документу Supplementary Information part 2 али не бих да затрпавам тему.
« Последња измена: Октобар 16, 2023, 10:20:57 поподне Кековац »

Ван мреже Uzi

  • Одбор за архивистику
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1646
  • N2-P189.2>FT182494>FGC28435
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #24 послато: Октобар 16, 2023, 09:20:36 поподне »
Да, цитат који сам навео не разјашњава у потпуности контекст овог узорка, међутим у пратећем материјалу је наведен опис целог налазишта на ком је пронађен овај узорак, па мислим да се на основу њега може закључити да он ипак припада Јелуњинској култури.
Цитат
Archaeological material accompanying the bone remains indicates that the burials of the Shauke 1 burial ground belong to the Yelunin archaeological culture, based on four AMS dates. Burial No. 2 is dated to the XXIII–XX centuries BC, burial No. 3 to the XXIII–XXI centuries BC.
Цитат
Има још детаља у приложеном документу Supplementary Information part 2 али не бих да затрпавам тему.

Без обзира на то јесу или нису били део Јелуњинске културе, мислим да се на основу до сада пронађених археогентских узорака N2-P189.2 више може претпоставити да су се ширили са Андроново културом и/или ранијом Јамна културом него са Сеима-Турбино феноменом.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #25 послато: Октобар 21, 2023, 01:51:01 поподне »
Сирови резултати из овог рада су доступни на NCBI, што је згодно јер се не морају скидати на рачунар. На том сајту постоји Sequence viewer и читања се могу прегледати директно на сајту. Међутим, проблем је што сви ти старији узорци имају обично слабу покривеност и онда треба доста и времена и стрпљења да би се прегледали све позиције. WGS Extract можда може мало убрзати ствари, али онда би се опет подаци морали пребацивати на рачунар.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJEB64656

Једини који је досад имао воље и стрпљења да прегледа те старе узорке је Гуја.  :) Надам се да га ентузијазам неће напустити.

Кад смо већ код овог рада, интересантна ми je сљедећа карта из рада која приказује удио популација из палеолита у данашњем становништву Европе.



Занимљива је чињеница да генетичко наслеђе WHG има свој врхунац у балтичким народима, а не нпр. на британским острвима, гдје га је све до Бронзаног доба значајно било. Рекло би се да се неки збјег популације WHG сконцентрисао током бронзаног доба баш на подручју балто-словенске језичке заједнице. Или можда боље рећи балтске. Словени су свакако значајан дио свог WHG наслеђа примили преко балтске компоненте њихове етногенезе.

EHG генетика је најприсутнија међу данашњим становницима Финске и Монголије. Помало неочекивано за Монголију, рекао бих.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #26 послато: Октобар 21, 2023, 04:46:13 поподне »
На овим горе компонентним картама за Европу, још су двије ствари занимљиве:

- драстична компонентална разлика између "келтских" и "германских" дијелова британских острва. Јамнаја претеже у келтским дијеловима Британије и у Ирској, док су све остале компоненте присутније у германским дијеловима Британије. Ово значи да су бронзанодопски освајачи британских острва, који су готово потпуно замијенили енеолитско становништво (WHG+EEF), данас успјели у већем проценту да се одрже у келтским дијеловима острва, а WHG је из других извора, прије свега Скандинавије, поново обновљен у источним дијеловима Британије

- такође је занимљиво да је WHG или како ја још зову Вилабруна кластер, а који је своју експанзију почео из Италије (могуће и западног Балкана) у палеолиту, данас у Европи најнижи проценат иам управо у Италији, да не кажем да је непостојећи. Он би и код нас био на нивоу статистичке грешке да није било сеобе Славена и да они ту WHG компоненту нису донијели са сјевера. Најбоље се то види на аутосомалним узорцима дјевојака из Трогира (рани средњи вијек), које скоро уопште не посједују WHG компоненту. Укратко, чини ми се да је је јужно од Алпа и лука Карпата, у периоду до сеобе народа, WHG био скоро па непостојећи. Овдје не треба укључивати Пиринејско полоустрво, гдје је WHG у неком проценту успио да се одржи у континуитету још од палеолита.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #27 послато: Октобар 21, 2023, 05:16:31 поподне »
Овај аутосомални допринос Словена најбоље се види када се упореде аутосомални резултати данашњег Србина (у овом случају мене) са резултатима Ромејки из раносредњовјековног Трогира. Ја сам у суштини мјешанац, а Трогиранке су full-blooded Ромејке без словенске примјесе (била је додуше једна међу њима која је имала словенске примјесе (I15742) , али је овдје нисам укључио). Из приложеног се јасно види да су Словени на нашим просторима појачали прије свега Yamnaya и WHG компоненту. При чему се треба имати у виду да је код мене лично Barcin компонента нешто јача него код просјечног Србина. Такође и оно мало WHG што имамо, можемо захвалити искључиво словенским прецима.


Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1121
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #28 послато: Октобар 21, 2023, 05:24:52 поподне »
Ovo suštinski znači da je Jamnaja tamo potisnuo WHG do te mere da se uopšte ne prikazuje. Isto važi i za ostrva pre Normana. Pitam se da li je whg kod Slovena iz Skandinavije ili sa Baltika. Koji je ovo kalkulator?
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #29 послато: Октобар 21, 2023, 05:36:35 поподне »
Ovo suštinski znači da je Jamnaja tamo potisnuo WHG do te mere da se uopšte ne prikazuje. Isto važi i za ostrva pre Normana. Pitam se da li je whg kod Slovena iz Skandinavije ili sa Baltika. Koji je ovo kalkulator?

Ја сам убацио само ове три основне компоненте које су највећим дијелом учествовале у етногенези данашњег европског становништва. WHG компонента је виша код словенских народа сјеверно од Карпата него у Скандинавији. Тако да ми је сасвим логично да је највише наше WHG компоненте дошло са Словенима.


На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #30 послато: Октобар 21, 2023, 05:39:30 поподне »
Ovo suštinski znači da je Jamnaja tamo potisnuo WHG do te mere da se uopšte ne prikazuje.

И прије Јамнаје, EEF је такође значајно редуковао WHG. Јамнаја је само довршила посао. Мислим на подручје јужно од Карпата и Алпа тј. Балкан и Апенинско полуострво.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #31 послато: Октобар 21, 2023, 06:11:34 поподне »

- драстична компонентална разлика између "келтских" и "германских" дијелова британских острва. Јамнаја претеже у келтским дијеловима Британије и у Ирској, док су све остале компоненте присутније у германским дијеловима Британије. Ово значи да су бронзанодопски освајачи британских острва, који су готово потпуно замијенили енеолитско становништво (WHG+EEF), данас успјели у већем проценту да се одрже у келтским дијеловима острва, а WHG је из других извора, прије свега Скандинавије, поново обновљен у источним дијеловима Британије


Колико се сећам рада из 2021. о Келтима постојао је и пре досељавања Германа у Британију талас обнове неолитске генетике крајем бронзаног доба, па је још тада постојала на неки начин ова подела Британије и Ирске на део са веома повишеним генетским наслеђем Јамне културе на северу и западу у поређењу са југоистоком Британије. Германске сеобе су свакако допринеле пооштравању овакве поделе.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #32 послато: Октобар 21, 2023, 06:18:48 поподне »
Колико се сећам рада из 2021. о Келтима постојао је и пре досељавања Германа у Британију талас обнове неолитске генетике крајем бронзаног доба, па је још тада постојала на неки начин ова подела Британије и Ирске на део са веома повишеним генетским наслеђем Јамне културе на северу и западу у поређењу са југоистоком Британије. Германске сеобе су свакако допринеле пооштравању овакве поделе.

Да, код британских острва кроз цијелу историју и праисторију постоји исти образац који се циклично понавља: старије становништво се повлачи према сјеверу и западу, југ и исток увијек примају утицаје са континента. Зато сам и ставио оно "келтско" и "германско" под наводнике.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #33 послато: Октобар 21, 2023, 07:05:38 поподне »
- такође је занимљиво да је WHG или како ја још зову Вилабруна кластер, а који је своју експанзију почео из Италије (могуће и западног Балкана) у палеолиту, данас у Европи најнижи проценат иам управо у Италији, да не кажем да је непостојећи. Он би и код нас био на нивоу статистичке грешке да није било сеобе Славена и да они ту WHG компоненту нису донијели са сјевера. Најбоље се то види на аутосомалним узорцима дјевојака из Трогира (рани средњи вијек), које скоро уопште не посједују WHG компоненту. Укратко, чини ми се да је је јужно од Алпа и лука Карпата, у периоду до сеобе народа, WHG био скоро па непостојећи. Овдје не треба укључивати Пиринејско полоустрво, гдје је WHG у неком проценту успио да се одржи у континуитету још од палеолита.

Пиринејско полуострво је занимљиво јер је изгледа ту обитавало становништво са високим уделом WHG генетике које је усвојило земљорадњу. Да ли је то становништво пореклом од локалних ловаца и скупљача или је ипак досељено с истока нисм сигуран али ми се чини да је ипак дошло са југа Балкана или Апенина. Мислим да је један од маркера ове популације хаплогрупа I-L161.

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #34 послато: Октобар 21, 2023, 07:27:37 поподне »
Покушао сам да измоделујем ову WHG компоненту код нас, на начин да сам узео двије популације из приближно истог периода око 6000 г пне., које су носиле преовлађујући проценат WHG компоненте: узорак Loschbour из Луксембурга и неколико узорака Нарва културе из Литваније. При томе треба имати у виду да је Loschbour 100%WHG док је Narva око 70-80% WHG. Код Нарве 20-30% отпада на степску (или EHG) генетику. Ниједни ни други узорци немају уопште EEF генетике.

Резултати су сљедећи:



Рекло би се на основу овога да је практично сва моја WHG компонента потекла највећим дијелом из културе Нарва. С тим да треба имати у виду да сам упоредио само ова два географски удаљена извора WHG генетике. Али Нарва има логике и због слиједа Нарва>балтске културе бронзаног и жељезног доба>словенске културе.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #35 послато: Октобар 21, 2023, 09:10:19 поподне »
Нарва је највероватније објашњење за WHG генетику код Словена, па и код Срба. Прочитах скоро један занимљив рад на тему могуће интеракције ловаца-сакупљача и земљорадника на северу Европе https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2310138120 Занимљиво је да је и на Балкану било случајева веће експлоатације водних ресурса у халколиту и то баш у Пјетрелу, где је пронађен узорак са високим уделом WHG генетике и карактеристичном хаплогрупом I-Y5606(xL699).

На мрежи drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5406
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #36 послато: Октобар 21, 2023, 09:21:23 поподне »
Проблем са горњим моделовањем је у томе што Нарва са својих 20-30% EHG увијек искаче као доминантна када се посматрају удјели у савременим, па и древним популацијама у односу на Loschbur. Међутим, без обзира на то, вјерујем да је управо популација Нарве извор доброг дијела WHG код нас.

На мрежи Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 623
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Allentoft et al: Population Genomics of Late Stone Age West Eurasia
« Одговор #37 послато: Октобар 26, 2023, 06:47:30 поподне »
Објављен је још један препринт The Selection Landscape and Genetic Legacy of Ancient Eurasians у коме су анализирани исти ови резултати уз додатно коришћење UK Biobank базе генома савремених људи. Акценат у раду је дат анализи генетског наслеђа древних популација које су најзначајније утицале на генетику данашње европске популације али узимајући у обзир и природну селекцију, а не само масовне сеобе и мешања различитих популација. Дошли су до низа занимљивих закључака.

На пример, појава толеранције на лактозу је постала учесталија у Европи хиљаду година пре сеобе степских сточара Јамне културе.
Цитат
We find strong changes in selection associated with lactose digestion after the introduction of farming, but prior to the expansion of the Steppe pastoralists into Europe around 5,000 years ago, the timing of which is a long standing controversy. The strongest overall signal of selection in the pan-ancestry analysis is observed at the MCM6 / LCT locus (rs4988235:A; p=1.68e-59; s=0.0194), where the derived allele results in lactase persistence. The trajectory inferred from the pan-ancestry analysis indicates that the lactase persistence allele began increasing in frequency c. 6,000 years ago and has continued to increase up to present times.
У неким деловима Европе је сигурно дошло до промене доминантне пољопривредне гране са ратарства на сточарство и пре ширења сточара из степе. Мислим да је Балкан једна од области у којој се то готово сигурно десило пре 6000 година.

Занимљиво је да су креирали нови метод бојења хромозома. На крају су добили занимљив квантитивни граф мешања популација западне Евроазије у последњих 50.000 година, а видим да су за његову израду користили и неке од техника машинског учења. :)

Цитат
Having identified that significant differences in ancestries persist in seemingly homogeneous present-day populations, we sought to disentangle these effects by developing a novel chromosome painting technique that allows us to label haplotypes based on their genetic affinities to ancient individuals. To achieve this, we built a quantitative admixture graph model that represents the four major ancestry flows contributing to present-day European genomes over the last 50,000 years. We used this model to simulate genomes at time periods and in sample sizes equivalent to our empirical dataset, and inferred tree sequences using Relate. We trained a neural network classifier to estimate the path backwards in time through the population structure taken by each simulated individual, at each position in the genome. Our trained classifier was then used to infer the ancestral paths taken at each site, using 1,015 imputed ancient genomes from West Eurasia which passed quality filters. Using simulations, we show that our novel chromosome painting method has an average accuracy of 94.6% for the four ancestral paths leading to present-day Europeans and is robust to model misspecification.



Најближа популација WHG ловцима су EHG ловци. Вероватно из те прадавне везе произилази присуство хаплогрупе R-V2219 међу мезолитским ловцима широм Европе. И узорак Вилабруна који је дао име целом прото-WHG кластеру је припадао овој хаплогрупи.