Древна ДНК - научни радови

[Јовица Кртинић]

Само да обавестим, у међувремену је уплаћен и остатак новца - 6.000 динара за Y-Full и 29 евра.
Хвала свима још једном! Наредне недеље узимам узорак од кандидата с Мањаче па шаљемо за Италију.

Узет узорак, а сад предстоји тежи део подухвата - наћи начина да узорак стигне до Италије...

[Radul]

Ancient DNA reveals admixture history and
endogamy in the prehistoric Aegean

Изашао рад, анализирано 102 скелета. Преовлађују Ј2а мушкараци 

[Небојша]

Ancient DNA reveals admixture history and
endogamy in the prehistoric Aegean

Изашао рад, анализирано 102 скелета. Преовлађују Ј2а мушкараци 

Ancient DNA reveals admixture history and endogamy in the prehistoric Aegean
https://www.nature.com/articles/s41559-022-01952-3#Sec20

Колико видим, Микењани J2b-M241.

[Radul]

Ух овакав сам рад чекао, коначно и Медитеран да се почне радити како требује.

[drajver]

Ancient DNA reveals admixture history and endogamy in the prehistoric Aegean
https://www.nature.com/articles/s41559-022-01952-3#Sec20

Колико видим, Микењани J2b-M241.

Има један узорак који је E1b, у табели је наведена шифра XAN014. Прегледао сам тај узорак, међутим није E1b. Послије видим да је изгледа ту дошло до неког мијешања шифара.

Тај узорак која год да је шифра требао би бити https://www.yfull.com/tree/E-BY6578/

Са Антхрогенике "XAN014- Chania LBA E-BY6578, in the tree mistakenly (?) labeled as XAN016"

[ak]

ima li neko da uradi "TLDR"...

[ak]

https://www.yfull.com/ancient/

https://www.yfull.com/samples-from-paper/707/

[drajver]

Јуче је објављен препринт рада под називом Medieval social landscape through the genetic history of Cambridgeshire before and after the Black Death

Колико видим садржи неких нових 275 геномских узорака из касносредњовјековне Енглеске.

Вјероватно ништа интересантно за нас, али никад се не зна, присутан је шири дијапазон хаплогрупа.

Ово су линкови.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.03.531048v1
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.03.531048v1.full.pdf
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2023/03/06/2023.03.03.531048/DC1/embed/media-1.pdf?download=true
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2023/03/06/2023.03.03.531048/DC2/embed/media-2.xlsx?download=true

[НиколаВук]

Јуче је објављен препринт рада под називом Medieval social landscape through the genetic history of Cambridgeshire before and after the Black Death

Колико видим садржи неких нових 275 геномских узорака из касносредњовјековне Енглеске.

Вјероватно ништа интересантно за нас, али никад се не зна, присутан је шири дијапазон хаплогрупа.

Ово су линкови.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.03.531048v1
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.03.531048v1.full.pdf
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2023/03/06/2023.03.03.531048/DC1/embed/media-1.pdf?download=true
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2023/03/06/2023.03.03.531048/DC2/embed/media-2.xlsx?download=true

Узорци 919 и 936 са некрополе Чери Хинтон би можда могли да буду интересантни, припадају L1b-B374 хаплогрупи (M11489 на Yfull) где се налази и један Словенац из Постојне:

https://www.yfull.com/tree/L-M11489/

Можда овој грани припада и наш L1b род Доброгорана. Сазнаћемо то у току ове године.

[Кековац]

Нова два рада о древним ловцима-сакупљачима:

https://www.nature.com/articles/s41586-023-05726-0

Преко 100 нових резултата. Почеле су хаплогрупе да пристижу и на YFull:

https://www.yfull.com/samples-from-paper/710/

Чини ми се да нема већих изненађења. Међутим изгледа је сељакање различитих група ловаца-сакупљача у палеолиту и мезолиту коначно добило обрисе.

[drajver]

Нова два рада о древним ловцима-сакупљачима:

https://www.nature.com/articles/s41586-023-05726-0

Преко 100 нових резултата. Почеле су хаплогрупе да пристижу и на YFull:

https://www.yfull.com/samples-from-paper/710/

Чини ми се да нема већих изненађења. Међутим изгледа је сељакање различитих група ловаца-сакупљача у палеолиту и мезолиту коначно добило обрисе.

Хаплогрупа I2 доминантна на Догерлeнду. При том прилично разноврсна. Присутне све три главне гране I2-M223, I2-M423 и I2-L596.

[drajver]

Чини ми се да је узорак OKL002 из предграђа Бона (Oberkassel) досад најстарија нађена I2-M423. Старост узорка је процијењена на период око 11.000 г. пне.

[Милан Петровић]

Чини ми се да је узорак OKL002 из предграђа Бона (Oberkassel) досад најстарија нађена I2-M423. Старост узорка је процијењена на период око 11.000 г. пне.

  Ово је онда добар знак да су наши преци из Оберкасел кластера?

[drajver]

  Ово је онда добар знак да су наши преци из Оберкасел кластера?

Далека је то прошлост, а и I2-M423 је доста узводно. Ипак, евидентно је да је у палеолиту и мезолиту ова грана углавном присутна на сјеверу и западу Европе.

[Кековац]

Чини ми се да је узорак OKL002 из предграђа Бона (Oberkassel) досад најстарија нађена I2-M423. Старост узорка је процијењена на период око 11.000 г. пне.

Мислим да је оборен још један рекорд што се тиче хаплогрупе I. Узорак DLV005 из Чешке је стар 31.000 година. Имали смо до сада најстарији узорак исто из Чешке али је био ипак мало млађи, око 30.250 година.
 

[CosicZ]

Хаплогрупе.

The genetic distinction between the Oberkassel and Sidelkino clusters is also clearly noticeable in the diversity of uniparentally inherited markers, as the Oberkassel cluster is dominated by mtDNA haplogroup U5 and Y-chromosome haplogroup I, whereas individuals from the Sidelkino cluster show a higher frequency of mtDNA haplogroups U2, U4 and R1b, and carry uniquely Y-chromosome haplogroups Q, R and J (Extended Data Figs. 1 and 2).

https://www.nature.com/articles/s41586-023-05726-0/figures/6

https://www.nature.com/articles/s41586-023-05726-0/figures/7


О фенотипу.

a, The genetic ancestry of hunter-gatherers dated between 14 ka and 5.2 ka modelled using qpAdm, with Oberkassel, Yuzhniy Oleniy Ostrov, Goyet Q-2 and Neolithic farmers from present-day Turkey (Barcın, Menteşe and Boncuklu sites) representing Oberkassel (WHG) (blue), Sidelkino (EHG) (red), GoyetQ2 (orange) and Anatolian Neolithic farmer (green) ancestries, respectively. The average calibrated date is shown, with pie charts indicating the estimated proportion of ancestry for each group or individual. Details of the modelling are provided in Supplementary Data 3.E,F. The expansion of farming by 9, 8, 7.5 and 7 ka is shown as green shades. Adapted from https://doi.org/10.5281/zenodo.5903165 (CC BY 4.0). b, Allele frequencies of different hunter-gatherer groups (coloured dots) on four SNPs related to skin colour (SLC24A5 and SLC45A2), eye colour (HERC2/OCA2) and lactase persistence (LCT). Dots are maximum likelihood estimates and error bars show 95% confidence intervals of the derived allele frequencies (n, the number of individuals in each group, is provided in Supplementary Data 3.G). Dashed lines show the frequencies estimated for the indicated present-day 1000 Genomes Project populations (CEU, Utah residents of northern and western European ancestry; GBR, British; IBS, Spanish; TSI, Tuscan )37.

Phenotypically relevant variants
Leveraging the substantially increased sample size, we investigated genetically distinct hunter-gatherer groups for allele frequencies at selected loci that are known to be associated with specific phenotypic traits in present-day Europeans (Fig. 5b and Supplementary Figs. 27 and 28). Consistent with previous findings, none of the analysed groups show the derived allele at SNP rs4988235 on the LCT gene, which is responsible for lactase persistence. As previously hinted37, we find a large frequency variation in alleles related to skin and eye pigmentation among post-LGM hunter-gatherer groups. For the SNP associated with light eye colour (HERC2/OCA2 (rs12913832)), individuals from the Villabruna cluster, Oberkassel cluster, Baltic HG and SHG groups show high frequencies of the derived allele (>90%), which is responsible for the green or blue eye phenotype, whereas Sidelkino cluster, Ukraine HG and Iron Gates HG groups show low occurrence of this allele (10–25%). Instead, for the two SNPs associated with skin colour (SLC24A5 (rs1426654) and SLC45A2 (rs16891982)), Sidelkino cluster and Ukraine HG groups show a higher frequency (>90% for SLC24A5 and 29–61% for SLC45A2) of the derived alleles related to light skin colour, compared with Oberkassel and Villabruna clusters, where those alleles are almost completely absent (<1%). On the basis of the genetic variation of present-day Europeans, this could imply phenotypic differences between post-14 ka hunter-gatherer populations across Europe, with individuals in the Oberkassel cluster possibly exhibiting darker skin and lighter eyes, and individuals in the Sidelkino cluster possibly lighter skin and darker eye colour.

Мешање истока и запада.
https://www.nature.com/articles/s41586-023-05726-0/figures/13

The bivariate plots show the expansion of Oberkassel and Sidelkino ancestries through time in two European areas (longitude below and above 30 degrees). The x-axis shows the average age of each tested individual/group and the y-axis shows the proportion of Sidelkino ancestry, relative to the total hunter-gatherer ancestry (Oberkassel + Sidelkino) in each group. The three squares highlight Baltic HG groups associated with the Comb Ceramic Culture (CCC) that show a marked increase in Sidelkino-related ancestry compared to older Baltic HG groups.

Fifth, the Oberkassel ancestry in western and central Europe and the Sidelkino ancestry in eastern Europe remained largely isolated for almost 6,000 years until genetic interactions were first observed—around 8 ka in northeastern Germany, possibly associated with cultural exchanges along the Baltics49 and around 7.5 ka in the upper Volga region, possibly linked to the spread of pottery in the region50.

[CosicZ]

Аутосомална генетика у поређењу са данашњим популацијама.
https://www.nature.com/articles/s41586-023-05726-0/figures/11


Балкански рефугијум?

In conclusion, our study reveals that western and southwestern Europe served as climatic refugia for the persistence of human groups during the coldest phase of the last Ice Age whereas populations in the Italian peninsula and the eastern European plain were genetically overturned, challenging the role of these regions as glacial refugia for humans. The incoming Villabruna ancestry later became the most widespread hunter-gatherer ancestry across Europe. Further palaeogenomic studies on Upper Palaeolithic individuals from the Balkans will be essential for understanding whether southeastern Europe represents the source of the Villabruna ancestry and a climatic refugium for human populations during the LGM.

https://www.nature.com/articles/s41586-023-05726-0/figures/14

[Никац]

Далека је то прошлост, а и I2-M423 је доста узводно. Ипак, евидентно је да је у палеолиту и мезолиту ова грана углавном присутна на сјеверу и западу Европе.

Постоје и L621 узорци из неолита и бакреног доба из Португала, Француске и острва Guernsey између Француске и Британије.
https://discover.familytreedna.com/y-dna/I-CTS7213/tree

Налазе се на нивоу I-CTS7213 (на yfull-у еквивалент с L621) , а неки су у засебној грани I-FT376000, видјети на дну странице.

Миграција L621 на исток Европе се могла десити (једна од опција) истовремено с раздвајањем грана I-BY37319/I-Y45825 (пронађена код Чеха, Нијемца и Енглеза) и I-CTS10936 (пронађена код узорка из Румуније, датираног око 4000 п.н.е.), дакле око 4500 п.н.е. (бакрено доба).

[drajver]

Постоје и L621 узорци из неолита и бакреног доба из Португала, Француске и острва Guernsey између Француске и Британије.
https://discover.familytreedna.com/y-dna/I-CTS7213/tree

Налазе се на нивоу I-CTS7213 (на yfull-у еквивалент с L621) , а неки су у засебној грани I-FT376000, видјети на дну странице.

Миграција L621 на исток Европе се могла десити (једна од опција) истовремено с раздвајањем грана I-BY37319/I-Y45825 (пронађена код Чеха, Нијемца и Енглеза) и I-CTS10936 (пронађена код узорка из Румуније, датираног око 4000 п.н.е.), дакле око 4500 п.н.е. (бакрено доба).

Не треба губити из вида ни чињеницу да је грана I2-L621 данас разноврснија на сјеверозападу Европе, као и постојање гране I-Y81696, локализоване на подручју Њемачке и Француске, која представља најближег филогенетичког "рођака" I-Y3120, са старошћу везе око 3400 година тј. 1400 г. пне.

Без обзира на нека гранања старе L621  на подручју Карпата, мислим да су и даље све опције на столу, па и она да се  I-CTS10228 помјерила ка истоку крајем гвозденог доба са подручја Њемачке.

[Кековац]

Балкански рефугијум?https://www.nature.com/articles/s41586-023-05726-0/figures/14

Раније сам мислио да је хаплогрупа I била прилично широко распрострањена по Европи и пре LGMа па је можда и једина преживела уско грло целокупне људске популације у Европи за време LGMа управо захваљујући својој разгранатости. Међутим, резултати из овог рада изгледа да упућују на нешто другачији сценарио а то је да је хаплогрупа C1a-V20 била широко распрострањена у Европи пре LGMа док се хаплогрупа I јављала само спорадично, тако да је вероватније да је једино хаплогрупа C1a-V20 преживела LGM у Европи и то у франко-кантабријском рефугијуму. Хаплогрупа I је дошла након LGMа прво са Балкана на Апенинско полуострво па онда полако и на Пиринејско да би пре 14.000 година нагло овладало целом Европом и потпуно потиснула хаплогрупу C1a-V20.