IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике

[Ивица Јовановић]

Не знам да ли има неке везе, али на фтДНА Compare Origins нема ни једне друге групе до Ј и Р1а. Имам двојицу О, по једног I-Z2338 и I-M253. Чак и ова екипа горе по балтику и остарвима је или Ј или Р1а.

[Никац]

Neka, što bi rekli u mom kraju neka ću trpim 

Možeš ti samo ponabadati ove lokacije na gugl mapi, zbilja nije komplikovano, a ja da ti uradim ovo ostalo, minuta posla

[НикПав]

Никац, да ли си узимао као границу 18цм укупно или највећи комад да је 18цм?

[Никац]

Никац, да ли си узимао као границу 18цм укупно или највећи комад да је 18цм?

Ukupno

[НикПав]

Одлучио сам се да мапирам само поклапања са 23andme и Ancestry до 18цм, да бих показао колико је мало ових чудних небалканских поклапања. То је дефинитивно нека бољка МХ и ФТДНА алгоритма. Туфна у Буџаку у Украјини су Бугари.

[Небојша]

Како сте одређивали рођаке на мапи ако је поставио 4 локације различите код предака (све линије), нпр на 23andMe? Или имате тестиране и родитеље, па на основу тога можете да закључите са које тачно стране долази која линија?

Нпр. ако имаш са неким поклапање на 23andMe (али и осталим сајтовима), он има 4 основне предачке линије. Нпр. деда по оцу Лика, баба по оцу Шумадија, деда по мајци Срем, итд. Не можеш уносити све 4 тачке, пошто си вероватно повезан преко једне линије са њим.

[НикПав]

Како сте одређивали рођаке на мапи ако је поставио 4 локације различите код предака (све линије), нпр на 23andMe? Или имате тестиране и родитеље, па на основу тога можете да закључите са које тачно стране долази која линија?

Нпр. ако имаш са неким поклапање на 23andMe (али и осталим сајтовима), он има 4 основне предачке линије. Нпр. деда по оцу Лика, баба по оцу Шумадија, деда по мајци Срем, итд. Не можеш уносити све 4 тачке, пошто си вероватно повезан преко једне линије са њим.

Ако су из крајева одакле су моји то увек прво уписујем, ако су из крајева где немам никог или прескочим или, уколико имам грозд поклапања у тој зони, ставим то.

[НикПав]

Тетка по мајци, опет само 23andme и Ancestry.

Скромније, али тачније од овог мислим да није могло. Деда и она на МХ добијају Црну Гору, о томе још нисам успео ништа да сазнам.





Тетка по оцу ће већ бити проблем, јер има више поклапања од нас.

[Никац]

Како сте одређивали рођаке на мапи ако је поставио 4 локације различите код предака (све линије), нпр на 23andMe? Или имате тестиране и родитеље, па на основу тога можете да закључите са које тачно стране долази која линија?

Нпр. ако имаш са неким поклапање на 23andMe (али и осталим сајтовима), он има 4 основне предачке линије. Нпр. деда по оцу Лика, баба по оцу Шумадија, деда по мајци Срем, итд. Не можеш уносити све 4 тачке, пошто си вероватно повезан преко једне линије са њим.

По мом искуству и нема много таквих случајева. Али тамо гдје је тешко одредити, као у тој ситуацији с Ликом, Сремом, и Шумадијом, можеш га или не унијети, или унијети све 4 локације. Па онда нпр. у Лици нађеш још 10 поклапања које ће створити хотспот заједно с овим, а ова локација у Срему ће остати усамљена, па неће кварити општу слику.

[Никац]

Одлучио сам се да мапирам само поклапања са 23andme и Ancestry до 18цм, да бих показао колико је мало ових чудних небалканских поклапања. То је дефинитивно нека бољка МХ и ФТДНА алгоритма. Туфна у Буџаку у Украјини су Бугари.

Видим да ти имаш ове јужне италијане и на 18 cm, па ми теорија донекле пада у воду.
Али по овим по овим твојим мапама, поготово за тетку, ипак се чини да је баш негдје око 18 cm граница за "recent ancestry" (око 400 година?)

[НикПав]

Видим да ти имаш ове јужне италијане и на 18 cm, па ми теорија донекле пада у воду.
Али по овим по овим твојим мапама, поготово за тетку, ипак се чини да је баш негдје око 18 cm граница за "recent ancestry" (око 400 година?)

Не знам шта бих рекао Никац, можда је изолованост и међусобни бракови донекле допринело циркулацији истих гена код њих, а можда је и 18цм та нека граница.

[Небојша]

Мапа најближих днк рођака са 23andMe (од 23cM на горе).

плаво: Срби
црвено: Хрвати
црно: Немци/Аустријанци
жуто: Бугари
зелено: Бошњаци
браон: Албанци
наранџасто: Мађари

[Небојша]

Мапа најближих днк рођака са 23andMe (од 23cM на горе).

плаво: Срби
црвено: Хрвати
црно: Немци/Аустријанци
жуто: Бугари
зелено: Бошњаци
браон: Албанци
наранџасто: Мађари

Иако admixture мапа не би требало да има везе са ДНК поклапањима, мени се чини да се на 23andMe (бар код мене) то доста поклапа. Посебно када се оде на детаљније регије у Хрватској (Далмација, Лика).

То је вероватно добро, с обзиром да се, колико сам схватио, за admixture користи потпуно независан узорак.

Ancestry Composition

[Ивица Јовановић]

Ovo je kod tebe izgleda ispravno, ako ne gresim ti i jesi poreklom iz tog grozda tu oko bosanske krajine i rsk. Moram da probam 23andme, cuo sam od jednog dobrog coveka da tamo ima mnogo nasih ljudi.

[Никац]

Иако admixture мапа не би требало да има везе са ДНК поклапањима, мени се чини да се на 23andMe (бар код мене) то доста поклапа. Посебно када се оде на детаљније регије у Хрватској (Далмација, Лика).

То је вероватно добро, с обзиром да се, колико сам схватио, за admixture користи потпуно независан узорак.

Ancestry Composition

Ove mape s 23andme i jesu IBD, tj. gdje su ti koncentrisani bliski rođaci u onoj bazi od 400,000 ljudi

Admixture ima uglavnom nadnacionalne "komponente" (Balkan, istočna Evropa) i računa se uvijek u procentima

[Небојша]

Ovo je kod tebe izgleda ispravno, ako ne gresim ti i jesi poreklom iz tog grozda tu oko bosanske krajine i rsk. Moram da probam 23andme, cuo sam od jednog dobrog coveka da tamo ima mnogo nasih ljudi.

Имам и Баната (Нецми) и Горње Пчиње, што се такође види на овој мапи. Добар је 23andMe, али сам ја само ближе генетичке рођаке издвајао. Било би занимљиво направити ово са свим рођацима. Добила би се шира, али вероватно и не тако прецизна слика.

Оно што је велики проблем, је то што и међу ближим днк рођацима има доста странаца који су оставили само своју локацију у Америци, или Немачкој. Има међу ближима и доста Срба који су оставили само име и презиме што, уз аутосомални пресек, није довољно да се открије одакле тачно долази ваша веза.

Питање је да ли би се слика променила са више тестираних (слабије генетичке везе), вероватно не превише.

[НикПав]

Тетка по оцу. Има нечега у нашој причици, време ће, надам се, показати шта се ту тачно десило. За сада се чини да би се прича о Узуновићима који су примили Ислам па се вратили, могла применити и на нас, пошто сви славимо другачије славе:

[Ивица Јовановић]

U odnosu na vas ostale malo Balkana. Ovo sto imamo je taj grozd juzno od Vidina (gde ima dosta vlaha prim. aut.), onda ovo oko Krajove. Ono sto je cudno je veliki broj poklapanja u severnoj Rumuniji (i severnije od toga sto nije prikazano na ovoj mapi). Na zapadnom Balkanu imam samo izolovane slucajeve (prezimena Krič, Kričković, Lakić itd. i 90% njih je j-M205). Probacu sa mapom sa MyHeritage, mislim da cemo zbog broja testiranih sa Balkana dobiti jasniju sliku. Mada, evo gledam upravo, realno to je tu negde samo ima vise testiranih pojedinaca u tim epicentrima.

[Небојша]

U odnosu na vas ostale malo Balkana. Ovo sto imamo je taj grozd juzno od Vidina (gde ima dosta vlaha prim. aut.), onda ovo oko Krajove. Ono sto je cudno je veliki broj poklapanja u severnoj Rumuniji (i severnije od toga sto nije prikazano na ovoj mapi). Na zapadnom Balkanu imam samo izolovane slucajeve (prezimena Krič, Kričković, Lakić itd. i 90% njih je j-M205). Probacu sa mapom sa MyHeritage, mislim da cemo zbog broja testiranih sa Balkana dobiti jasniju sliku. Mada, evo gledam upravo, realno to je tu negde samo ima vise testiranih pojedinaca u tim epicentrima.

Да ли ти је ово са FTDNA, или укупно FTDNA + MyHeritage. Искрено, мислим да то које су ти конкретно Y хаплогрупе аутосомална поклапања у овом случају нема превише везе. 

[Небојша]

Мапа најближих днк рођака са 23andMe (од 23cM на горе).

плаво: Срби
црвено: Хрвати
црно: Немци/Аустријанци
жуто: Бугари
зелено: Бошњаци
браон: Албанци
наранџасто: Мађари

Издвојио сам и најближе аутосомалне рођаке са MH, како би упоредио са 23andMe. Чини се најпре да на MH има више оних блиских и релативно блиских поклапања. На FTDNA има најмање блиских рођака, самим тим и више простора за лажна поклапања. Она сигурно постоје и на MH/23andMe, али их пре свега треба тражити међу удаљенијим рођацима.

Згодно је што MH има нешто детаљнију admixture мапу за сваког појединца, па је то некад добар траг у откривању порекла тестираног из поклапања. Такође, често су ту породична стабла, породична презимена, локације.

плаво: Срби
црвено: Хрвати
црно: Немци и Аустријанци
жуто: Бугари
зелено: Бошњаци
браон: Албанци
наранџасто: Мађари
сиво: Македонци
светлобраон: Пољаци и Словаци



У конкретно мом случају, резултати се доста поклапају. Мапа се поклапа и са оним што MyHeritage одређује преко тзв. крајишког кластера.



Код 23andMe најближи днк рођаци јављају се на простору Подгрмеча и Поткозарја, док су на MyHeritage најближа поклапња на простору Лике (околина Зрмање), околине Книна, Унца и такође Подгрмеча. Треба узети у обзир да се Крајишници знатно чешће тестирају у односу на остале Србе, али резултати свакако имају смисла.