IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике

[Небојша]

Ту се управо види да нема везе. Поклапања су ти најјача на западном Балкану, а њихова admixture анализа те моделира највећим дијелом као микс Италијана и Пољака, нигдје везе.

У Италији имаш само неколико поклапања с Молижанима и сродним групама. Ја их имам још и много више од тебе, а имам 0% италијанске компоненте.

Мислио сам више на то да се и ови са FTDNA такође труде да оном мапом уоквире већи део ових конкретних поклапања. Иако је систем сличнији оном са GEDmatch калкулатора и има за циљ да прикаже оквирно какав смо ми аутосомални микс. С тим да су и сама поклапања чини се знатно шира, па иду и далеко ван Балкана.

Судећи по овим објашњењима, MH и 23andMe такође не би требало да имају аутосомалне мапе сличне поклапањима, мада се чини да је то више случај него код FTDNA. Посебно код 23andMe, док MH подсећа на неки микс ова два калкулатора.

[Никац]

Мислио сам више на то да се и ови са FTDNA такође труде да оном мапом уоквире већи део ових конкретних поклапања. Иако је систем сличнији оном са GEDmatch калкулатора и има за циљ да прикаже оквирно какав смо ми аутосомални микс. С тим да су и сама поклапања чини се знатно шира, па иду и далеко ван Балкана.

Судећи по овим објашњењима, MH и 23andMe такође не би требало да имају аутосомалне мапе сличне поклапањима, мада се чини да је то више случај него код FTDNA. Посебно код 23andMe, док MH подсећа на неки микс ова два калкулатора.

23andme и MyHeritage имају сјеверне Балканце, односно Србе међу референтним популацијама, па њихови admixture резултати имају више смисла за нас. ФТДНА нема, имају само Грке и Бугаре.

[Небојша]

MyHeritage calculates Ethnicity Estimates by comparing your DNA to that of the 5000 participants in the Founder Populations project, whose family trees show consistent ancestry from the same region or ethnicity going back many generations.

И на MH Србима може да се појави Велика Британија на мапи, али и та веза претпостављам иде преко наше дијаспоре, тј. не верујем да су од свих популација нашли Ирце или Енглезе као блиске Србима.

[Душан]

Admixture мапа нема никакве везе са тим поклапањима у FTDNA. 

Питање је јесу ли сва та поклапања реална.

[Небојша]

Admixture мапа нема никакве везе са тим поклапањима у FTDNA. 

Питање је јесу ли сва та поклапања реална.

На FTDNA онда нису реални ни мапа ни поклапања.

[Никац]

И на MH Србима може да се појави Велика Британија на мапи, али и та веза претпостављам иде преко наше дијаспоре, тј. не верујем да су од свих популација нашли Ирце или Енглезе као блиске Србима.

тешко да међу само 5000 референтних узорака има већи број Британаца српског поријекла

Та Британија је неко старије насљеђе, то добивају они који и на G25 или гедмечу имају јачи западноевропски утицај.

[Небојша]

Admixture мапа нема никакве везе са тим поклапањима у FTDNA. 

Питање је јесу ли сва та поклапања реална.

Према ономе што је Никац написао, admixture не би требало да има везе ни са поклапањима и на 23andMe/MH, само што се тамо поклапања са мапом кудикамо више "прате".

Мени додуше још увек није јасно како немају везе (морају имати), пошто нам та поклапања заправо и говоре одакле имамо највише уплива.

[Душан]

На FTDNA онда нису реални ни мапа ни поклапања.

Мапа можда донекле јесте само као модел, показује како наша аутосомална слика може да разложи на мање целине.

Тако рецимо мој резултат може да се моделује као 45% Бугарин/Тракијски Грк, 6% Италијан, 23% Пољак, 16% Рус и 11% Мађар.



Те популације су у оптицају и на Гедмеч калкулаторима.


А ова поклапања по Британији и Скандинавији су научна фантастика.

[Exiled]

тешко да међу само 5000 референтних узорака има већи број Британаца српског поријекла

Та Британија је неко старије насљеђе, то добивају они који и на G25 или гедмечу имају јачи западноевропски утицај.

Па и није баш тако што се тиче Британије, ево моја митохондрија H17 све сами Скандинавци и Брити...мој случај није правило али само кажем да ситуација није баш проста за објаснити.

[Душан]

Иначе мапе FTDNA 2.0 су имале више смисла од ових.

[Небојша]

Па и није баш тако што се тиче Британије, ево моја митохондрија H17 све сами Скандинавци и Брити...мој случај није правило али само кажем да ситуација није баш проста за објаснити.

Имао сам исту дилему када сам сазнао mtDNA V1a и приметио да ми се по калкулаторима у неком проценту 2-5% јављају Скандинавија и Финска. Ова митохондијална је најчашћа управо на том простору. Али нисам сигуран да аутосомални пресеци иду тако далеко у прошлост.

[Exiled]

Имао сам исту дилему када сам сазнао mtDNA V1a и приметио да ми се по калкулаторима у неком проценту 2-5% јављају Скандинавија и Финска. Ова митохондијална је најчашћа управо на том простору. Али нисам сигуран да аутосомални пресеци иду тако далеко у прошлост.

То јесте и највећа цака која нас баца у лутање што нисмо сигурни колко АС дубоко иде и одакле прикупља шумове. Моје уверење је да је АС чиста комерцијала и зато се превише и не трудим да проникнем у "тајне". Испратим нове мечеве направим неку своју пројекцију могуће везе и то је то. Може да се изроди неко фино откриће али треба чини ми се и среће имати.

[Никац]

Према ономе што је Никац написао, admixture не би требало да има везе ни са поклапањима и на 23andMe/MH, само што се тамо поклапања са мапом кудикамо више "прате".

Мени додуше још увек није јасно како немају везе (морају имати), пошто нам та поклапања заправо и говоре одакле имамо највише уплива.

поклапања се одређују на темељу IBD сегмената. То је дугачки одсјечак ДНК који је идентичан код два човјека, па је онда вјероватно наслијеђен од заједничког претка.

admixture је другачији. ту се гледају фреквенције алела. Нпр. на узроку од 600 "Балканца", 75.23% их носи алел G на позицији 23454. Ти рецимо такође имаш G на тој позицији, дакле, ту имаш добро поклапање.
и тако за неколико стотина хиљада алела, наравно уз неке компликованије формуле.

[Небојша]

поклапања се одређују на темељу IBD сегмената. То је дугачки одсјечак ДНК који је идентичан код два човјека, па је онда вјероватно наслијеђен од заједничког претка.

admixture је другачији. ту се гледају фреквенције алела. Нпр. на узроку од 600 "Балканца", 75.23% их носи алел G на позицији 23454. Ти рецимо такође имаш G на тој позицији, дакле, ту имаш добро поклапање.
и тако за неколико стотина хиљада алела, наравно уз неке компликованије формуле.

Ово звучи логично.

Међутим, тек онда поклапања са FTDNA (Ирска, Шкотска), немају смисла, пошто са њима сигурно не делимо претке уназад 300 година (колико је релевантно за просечан аутосомал). Могу да схватим једино ако сама база нагиње више западу, а нема довољно Балканаца, па је то неки ехо наших даљих поклапања.

[Никац]

Ово звучи логично.

Међутим, тек онда поклапања са FTDNA (Ирска, Шкотска), немају смисла, пошто са њима сигурно не делимо претке уназад 300 година (колико је релевантно за просечан аутосомал). Могу да схватим једино ако сама база нагиње више западу, а нема довољно Балканаца, па је то неки ехо наших даљих поклапања.

Постоје те "pile up" регије на хромозомима које се не би смјеле користити за одређивање поклапања, а FTDNA и MyHeritage их користе, већ је било говора о томе. Само 23andme их филтрира.

[Никац]

Ово су сва моја поклапања са 18 ЦМ или више.
узео сам 18 као границу, зато што на 17 већ имам неке који су повезани с миграцијама Балканаца у јужну Италију, које су се десиле у 15/16 вијеку.

[Никац]

ево и heatmape:



израђена помоћу сајта: http://www.heatmapper.ca/geocoordinate/

[Ивица Јовановић]

Никац, шта си то аплоадовао (Select Data File) да би добио ову последњу топлотну мапу?

[Никац]

Никац, шта си то аплоадовао (Select Data File) да би добио ову последњу топлотну мапу?

prvo moraš pomoću ovog alata manuelno staviti poklapanja na mapu, jedno po jedno : https://www.google.com/maps/d/

zatim klikni na ove tri tačkice pokraj sloja/layer 1, i izvezi/export podatke u CSV formatu.

CSV format izgleda ovako:

WKT,naziv,opis
"POINT (18.3816407 43.8402114)",Tačka 1,
"POINT (15.8509498 43.9530637)",Tačka 4,

trebaš ga preoblikovati u ovo, pomoću text editora i excela:

Longitude   Latitude   Value
18.3816407   43.8402114   1
15.8509498   43.9530637   1

prvi red mora biti  "Longitude   Latitude   Value", u zadnjoj koloni "1" za sve tačke, vrijednosti razdvojene tab-om
i takav fajl možeš uploadovati na heatmapper.

[Ивица Јовановић]

Neka, što bi rekli u mom kraju neka ću trpim