IBD (Identity by descent) анализа аутосомалне генетике

[Никац]

Одвојио сам чисто због лакше прегледности:

Искрено, не видим неку превелику разлику између ове две мапе. Док се Душан, Никац и ја међусобно ипак доста разликујемо. Можда Никац може да објасни како ово да посматрамо.

То су "локације" твојих аутосомалних поклпања.

Заправо, мјеста рођења њиховог најстаријег познатог претка по директној очевој и мајчиној линији. Исте оне које се користе у FTDNA-овим y-днк и мт-днк пројектима.

[Небојша]

То су "локације" твојих аутосомалних поклпања.

Заправо, мјеста рођења њиховог најстаријег познатог претка по директној очевој и мајчиној линији. Исте оне које се користе у FTDNA-овим y-днк и мт-днк пројектима.

Дакле ове аутосомалне мапе са FTDNA, MH, итд. су заправо креиране на основу локација наших савремених аутосомалних рођака (локација њихових предака). Не показују нешто од чега смо ми саткани кроз дубљу историју. У пренесеном то негде дође на исто, али ипак се гледа из савремене визуре.

На основу овога могу да закључим да, када су аутосомалне мапе у питању, најреални приказ даје 23andMe. Тамо 90% Срба добија компоненту Balkan & Greece преко 95%. То једино има логике ако узмемо у обзир да највећи број Срба и има највише поклапања уназад 300 година управо на овим просторима.

Каква су ово FTDNA аутосомална поклапања Срба у Скандинавији, Великој Британији, итд. 

[drajver]

Треба имати у виду да већина ових наших поклапања на западу Европу потиче од појединаца који имају неког у породици са наших простора. То нпр. може бити само баба са мајчине стране па да се то већ региструје као аутосомално поклапање.

Са друге стране, поклапања на простору словенских земаља, гдје није било миграције наших људи у значајном броју у посљедњих педесетак година, могу бити индикативна.

[Небојша]

Треба имати у виду да већина ових наших поклапања на западу Европу потиче од појединаца који имају неког у породици са наших простора. То нпр. може бити само баба са мајчине стране па да се то већ региструје као аутосомално поклапање.

Са друге стране, поклапања на простору словенских земаља, гдје није било миграције наших људи у значајном броју у посљедњих педесетак година, могу бити индикативна.

Да, јасно ми је то. Зато кажем да су ове мапе заправо слика наших поклапања у виду западне дијаспоре (најчешће), а не некакав предачки аутосомални микс.

Са друге стране, чуди ме да 23andMe, као западна компанија, не даје сличне мапе, већ Балканци имају углавном балканска поклапања. Једино објашњење ми је да тамо има много више тестираних људи одавде, него на FTDNA. 

[Никац]

Дакле ове аутосомалне мапе са FTDNA, MH, итд. су заправо креиране на основу локација наших савремених аутосомалних рођака (локација њихових предака). Не показују нешто од чега смо ми саткани кроз дубљу историју. У пренесеном то негде дође на исто, али ипак се гледа из савремене визуре.

На основу овога могу да закључим да, када су аутосомалне мапе у питању, најреални приказ даје 23andMe. Тамо 90% Срба добија компоненту Balkan & Greece преко 95%. То једино има логике ако узмемо у обзир да највећи број Срба и има највише поклапања уназад 300 година управо на овим просторима.

Каква су ово FTDNA аутосомална поклапања Срба у Скандинавији, Великој Британији, итд.

Оно са 90% Балкана је admixture анализа, то је друго, нема везе са поклапањима.
најједноставније речено, 90% Балкана на 23andme значи да је 90% твоје днк словенско-старобалканска мјешавина (небитно у којем омјеру, зато га и Албанци и Срби могу имати 90-100%).

[Небојша]

Оно са 90% Балкана је admixture анализа, то је друго, нема везе са поклапањима.

Зар мапе са FTDNA и MH нису исто то?

најједноставније речено, 90% Балкана на 23andme значи да је 90% твоје днк словенско-старобалканска мјешавина (небитно у којем омјеру, зато га и Албанци и Срби могу имати 90-100%).

Упоређујући конкретна поклапања на 23andMe са аутосомалном мапом, чини ми се да долазимо до сличног алгоритма(?). Или не користе исте методе FTDNA и 23andMe, остали.

Приметих да су Грци, Албанци, Македонци и Срби на 23andMe махом B&G +90%. С тим да се код Срба неретко у мањем проценту јавља и Источна Европе. Дакле и она је код Срба део неке те опште словенско-старобалканске мешавине. 

[Никац]

Што се тиче самих поклапања (мислим на људе с којима имамо поклапања) , 23andme дефинитивно има строжи алгоритам за филтрирање од осталих компанија. Филтрирају се лажна поклапања, али с њима и већина оних с којима имамо средњовјековне и старије везе (нпр. протословенске). На FTDNA и MyHeritage та старија поклапања за сада још увијек можемо видјети.

[Никац]

Зар мапе са FTDNA и MH нису исто то?

Упоређујући конкретна поклапања на 23andMe са аутосомалном мапом, чини ми се да долазимо до сличног алгоритма(?). Или не користе исте методе FTDNA и 23andMe, остали.

Приметих да су Грци, Албанци, Македонци и Срби на 23andMe махом B&G +90%. С тим да се код Срба неретко у мањем проценту јавља и Источна Европе. Дакле и она је код Срба део неке те опште словенско-старобалканске мешавине.

Двије су главне методе које сви користе: admixture и IBD.

admixture анализа је свака која садржи неке проценте у себи, тако је можеш препознати.
Ради се тако да се узме 100 Балканаца, 100 Скандинаваца, итд. , они се дефинишу као "популације". Затим се твој узорак убаци у алгоритам који одређује јеси ли чисти припадник неке од ових популација (онда добијеш 100%), или си мјешавина више њих.

IBD анализа је свака која се темељи на твојем сродству (заједничким центиморганима) с конкретним појединцима. Па их покушава некако филтрирати или "извући неки закључак" из њих. Она не може бити изражена у процентима.

сврха им је иста, одредити гдје су ти живјели преци.

Ево примјера с MyHeritage и 23andme . Заокружио сам оно што је IBD анализа, а не admixture.



Дакле, ова прецизнија регионална мјеста поријекла су одређена на темељу дијељења центиморгана с конкретним поклапањима, "рођацима", то је IBD.

Остатак анализе, ови проценти, су admixture анализа. То двоје нема везе једно с другим, може се вршити потпуно одвојено.
Некада су обије компаније имале само admixture анализу, без IBD. На FTDNA је још увијек тако.

Ова мапа с FTDNA није никаква анализа, то је само листа свих поклапања, без икаквог филтрирања, приказана на мапи.

[Небојша]

Дакле, ова прецизнија регионална мјеста поријекла су одређена на темељу дијељења центиморгана с конкретним поклапањима, "рођацима", то је IBD.

Остатак анализе, ови проценти, су admixture анализа. То двоје нема везе једно с другим, може се вршити потпуно одвојено.
Некада су обије компаније имале само admixture анализу, без IBD. На FTDNA је још увијек тако.

Ова мапа с FTDNA није никаква анализа, то је само листа свих поклапања, без икаквог филтрирања, приказана на мапи.

Како нема везе. На основу овога што си поделио, IBD је само детаљнији део admixture. Не могу се гледати одвојено заправо. 

[Никац]

Како нема везе. На основу овога што си поделио, IBD је само детаљнији део admixture. Не могу се гледати одвојено заправо.

Па свакако има највише смисла кад се комбинују и једна и друга.
Само што је IBD алгоритам напреднији и "млађи", релативно скоро се почео користити у односу на admixture.

[Никац]

ова студија сибирских народа, ако неког занима, извлачи максимум из IBD-а, показује шта се све може сазнати помоћу њега

https://www.researchgate.net/publication/322110176_Between_Lake_Baikal_and_the_Baltic_Sea_Genomic_history_of_the_gateway_to_Europe

[Небојша]

Па свакако има највише смисла кад се комбинују и једна и друга.
Само што је IBD алгоритам напреднији и "млађи", релативно скоро се почео користити у односу на admixture.

Сад сам нпр. проверио MyHeritage. Admixture мапа је заправо у уској вези са конкретним поклапањима. То се може проверити тако што се оде на DNA matches, па кроз опцију Filters проверити која поклапања ти долазе преко које компоненте. Проценат конкретних поклапња одговара ооном са мапе.

[Никац]

Сад сам нпр. проверио MyHeritage. Admixture мапа је заправо у уској вези са конкретним поклапањима. То се може проверити тако што се оде на DNA matches, па кроз опцију Filters проверити која поклапања ти долазе преко које компоненте. Проценат конкретних поклапња одговара ооном са мапе.

То је филтрирање поклапања по компонентама које они добивају у својим резултатима. У том филтеру Нпр. Можеш видјети сва поклапања која имају бар мало Ашкенази компоненте, иако је ти сам немаш.

Проценти се рачунају на темељу 5000 референтних узорака:

MyHeritage calculates Ethnicity Estimates by comparing your DNA to that of the 5000 participants in the Founder Populations project, whose family trees show consistent ancestry from the same region or ethnicity going back many generations.

[Небојша]

То је филтрирање поклапања по компонентама које они добивају у својим резултатима. У том филтеру Нпр. Можеш видјети сва поклапања која имају бар мало Ашкенази компоненте, иако је ти сам немаш.

Проценти се рачунају на темељу 5000 референтних узорака:

MyHeritage calculates Ethnicity Estimates by comparing your DNA to that of the 5000 participants in the Founder Populations project, whose family trees show consistent ancestry from the same region or ethnicity going back many generations.

Али чини ми се да се проценат тих поклапања поклапа са оним на мапи. То написах због оне констатације да admixture мапа нема везе са конкретним поклапањима. У случају 23andMe и MyHeritage се чини да ипак има.

Имају та поклапања везе и са мапом на MyOrigins, што смо могли видети јуче, само се темеље на нешто другачијој ввези, колико сам схватио.

[Небојша]

Детаљније моје две најјаче компоненте

Southern Europe (Italian Peninsula 35% + Greece & Balkans 11%)


Eastern Europe (West Slavic 50%)

[ZO]

Моја шира слика поклапања.



зумирано



Занима ме ова Шпанија.

[ZO]

Са овима немам никакве повезнице преко Балкана. Мушке линије су Е и нека Р1б.

[Ивица Јовановић]

Malo po bivšoj Jugi. Interesantno je da ovo što imam poklapanja po Srbiji i Bosni muškarci su u 80% slučajeva J2.

[Никац]

Детаљније моје две најјаче компоненте

Southern Europe (Italian Peninsula 35% + Greece & Balkans 11%)

Eastern Europe (West Slavic 50%)

Ту се управо види да нема везе. Поклапања су ти најјача на западном Балкану, а њихова admixture анализа те моделира највећим дијелом као микс Италијана и Пољака, нигдје везе.

У Италији имаш само неколико поклапања с Молижанима и сродним групама. Ја их имам још и много више од тебе, а имам 0% италијанске компоненте.

[Никац]

Не измишљам ја ово, то су ствари које сам прочитао на на њиховим FAQ страницама.

с 23andme сајта:

How we calculate your ancestral breakdown (admixture анализа)
To determine your ancestral breakdown, we use an algorithm that individually looks at short pieces of DNA across your genome. We compare each piece to DNA from reference populations from around the world

ово су ти референтни узорци, и детаљнији приказ за Европу. има их укупно 14,812



How we match you to genetic groups (IBD анализа)
...To determine these results, we identify groups of people with known and shared ancestry, based on their DNA and reported ancestor information. These individuals act as a reference who represent specific ethnic and ethnolinguistic groups. With over 400,000 reference individuals, we can identify over 2000 different regions and genetic groups around the world. Then, to match you to a genetic group, we look for identical pieces of DNA that you have in common with the reference individuals. As our customer database expands, the number of reference individuals and genetic groups will continue to grow, enabling new ancestry insights for all customers.

ово су други узорци (има их 400,000) и други начин рачунања.

То су заправо њихове муштерије (customer database), које можеш видјети и у својим поклапањима.

Када се тестираш код њих, ако су ти оба дједа и бабе рођена у истој административној јединици, и ако даш пристанак за то, твој узорак се користи за IBD анализу осталих тестираних.
Можеш донирати свој узорак и за admixture анализу. Само што је то учинило много мање људи.