Аутор Тема: YFull  (Прочитано 35481 пута)

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: YFull
« Одговор #160 послато: Фебруар 05, 2023, 07:03:30 поподне »
Ja sam jedan od Pribakovica i bas bi voleo malo vise da saznam. Inace ja sam I2a

Ови Румуни Прибак су из Тргу Муреша, а тамо су досељени из града Кареј (Carei), у округу Сату Маре, крајњи СЗ Румуније. У том граду је 1910. било само 216 Румуна и 15772 Мађара.

Ван мреже Laszczynski

  • Гост
  • *
  • Поруке: 2
Одг: YFull
« Одговор #161 послато: Фебруар 28, 2023, 09:53:59 пре подне »
Новости у грани E-4526, резултат из Републике Српске (није ставио језик па не знам шта је тачно), разврстан у E-BY4553*, у подгранама испод E-BY4553 Украјинац из области Житомир и  Пољаци Лашчински.

На FTDNA у нашој потклади налази се и Грк (B560364 Anastasios Argyropoulos b. circa 1840) и Немац

Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: YFull
« Одговор #162 послато: Фебруар 28, 2023, 08:08:51 поподне »
На FTDNA у нашој потклади налази се и Грк (B560364 Anastasios Argyropoulos b. circa 1840) и Немац

Да. Они су скорији резултати. Имамо и Шкота са 34 приватне варијанте.

Новости на YFULL испод E-BY174450. Мађар са североистока (Боршод-Абауј-Земплен округ) у групи са Химарцима, али формираће нову подграну.


Ван мреже НикПав

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 511
  • Y: E-BY148067 Никољдан Y (M): E-FT61303 Јовањдан
Одг: YFull
« Одговор #163 послато: Март 19, 2023, 06:04:23 пре подне »
Нови налаз из Напуља нова подграна испод E-BY174450. Све се лепо слаже са аутосомалном дистрибуцијом моје тетке по мајци, али остаје питање ко су заправо били ови људи. И заиста се отвара питање докле у прошлост иду аутосомални тестови, много више од 500 година, чини ми се.








Ван мреже CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: YFull
« Одговор #164 послато: Март 23, 2023, 06:53:39 пре подне »
How to use the YFull Platform – A Tutorial for Beginners
https://nebula.org/blog/yfull-tutorial/

YFull Cost Benefit Analysis
https://phylogeographer.com/yfull-cost-benefit-analysis/

Problematic haplogroup assignments in YFull's MTree
http://www.khazaria.com/genetics/genbank-questions.html
Цитат
Dr. Ian Logan, an mtDNA expert whose website is IanLogan.co.uk and maintains a magnificent "GENBANK SEQUENCES BY HAPLOGROUP" database, informed me that YFull's MTree, which is a comprehensive and often-reliable resource, contains some erroneous haplogroup assignments for particular samples that they downloaded from the National Center for Biotechnology Information's public GenBank database. Sometimes they correct their mistakes and other times they do not. Some of YFull's mistakes in haplogroup assignments did not originate with them because certain mtDNA sequences in GenBank have poor quality with questionable mutations or missing expected mutations, including some of the data set of Marina Silva's September 2021 study in people from Spain.

1. Ian Logan found a problem with YFull MTree's listing of Serbian samples at https://www.yfull.com/mtree/H1as2/ under subclade H1as2a including with sample number MK134305 that came from the data set for the September 2020 study "Complete mitogenome data for the Serbian population: the contribution to high-quality forensic databases" by Slobodan Davidovic's team in International Journal of Legal Medicine. YFull lists the following samples from Serbia there as H1as2a:
GenBank sample MK617219 from Serbia
GenBank sample MK617244 from Serbia
GenBank sample MK134305 from Serbia
YFull customer YF80654 from an ethnic Serbian from Serbia
YFull customer YF07829 from Serbia
Some or all of them don't carry the mutation T4688C that defined membership in H1as. That is why some of them (including also MK617219 and MK617244) were instead called haplogroup H1cm1 or just H1 inside GenBank. At least MK134305 is definitely not a branch of H1as even though some of its other mutations are shared with H1as2. It does not have T4688C. Logan lists its mutations as: A263G A750G T980C A1438G G3010A A4769G A8860G A15326G T16209C T16519C.

I don't know what the YFull customers YF80654 's and YF07829 's lists of mutations are but I doubt they have T4688C either. Please check that too. The mutations T980C and T16209C would not be enough for membership in H1as2a if they are missing T4688C.

CURRENT STATUS: I informed YFull's team about the above problems on September 16, 2021. They are still listed with the wrong haplogroup assignment in YFull as of November 18, 2021.

YFull told me: "Ian Logan has at least one sample MN540564, which also has SNP T4688C negative, but it is located under H1as2. We believe that in this case, a back mutation may have occurred since the remaining signs indicate a high probability of finding these samples under the H1as2a subclade."

Ian Logan in response told me: "I do not like the idea of a 'back mutation'. So much more likely a new subgroup."
https://www.yfull.com/mtree/H1as2/
https://www.yfull.com/mtree/H1cm/
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/h1as_genbank_sequences.htm H1as2 T980C
http://www.ianlogan.co.uk/lists/malyarchuk-2019-2.htm
MK134305(Serbia) Malyarchuk Haplogroup H1 18-DEC-2019
http://www.ianlogan.co.uk/lists/davidovic-serbia.htm
MK617219(Serbia) Davidovic Haplogroup H1cm1 16-JUN-2020
MK617244(Serbia) Davidovic Haplogroup H1cm1 16-JUN-2020

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #165 послато: Март 23, 2023, 07:19:27 пре подне »
Није баш тачно да FTDNA стабло не укључује древне ДНК узорке, али остатак "Cost-Benefit" анализе је ОК.
« Последња измена: Март 23, 2023, 07:21:58 пре подне Драган Обреновић »

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #166 послато: Март 23, 2023, 02:47:43 поподне »
Хмм, Никола Вукосављевић ми је скренуо пажњу да је тај митохондријални кит YF80654 кога помиње др Јан Логан, заправо мој резултат. И јесте - сад сам проверио број свог кита у административном панелу нa YFull:



Ступићу у контакт с њим, интересантно је то што тврди да је YFull погрешно формирао подграну.

Ван мреже CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: YFull
« Одговор #167 послато: Март 23, 2023, 06:05:54 поподне »
Није баш тачно да FTDNA стабло не укључује древне ДНК узорке, али остатак "Cost-Benefit" анализе је ОК.
Поменута анализа је из 2019. У међувремену FTDNA се потрудила да оно што се може видети на њеним стаблима буде слично оном што се може видети на YFull-овим. Још један доказ да је конкуренција добра, а монопол лош.

Хмм, Никола Вукосављевић ми је скренуо пажњу да је тај митохондријални кит YF80654 кога помиње др Јан Логан, заправо мој резултат. И јесте - сад сам проверио број свог кита у административном панелу нa YFull:



Ступићу у контакт с њим, интересантно је то што тврди да је YFull погрешно формирао подграну.
Било би добро да сви које је YFull сврстао у H1as2a провере да ли имају мутације T980C ( хаплогрупа H1as2, претежно јеврејска) и T4688C ( H1as).

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #168 послато: Март 23, 2023, 09:08:57 поподне »
Било би добро да сви које је YFull сврстао у H1as2a провере да ли имају мутације T980C ( хаплогрупа H1as2, претежно јеврејска) и T4688C ( H1as).

Управо гледам, испадох позитиван на обе мутације:




На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #169 послато: Март 24, 2023, 07:30:05 пре подне »
Одговорио ми је др Јан Логан. По свему судећи мој резултат није погрешно сврстан, али и даље има пет резултата који тамо не би требало да стоје.

Нити сам упознат са женским хаплогрупама, нити сам претерано залазио на мтДНК стабло, али заиста TMRCA од 200 година за за онолики број људи, при чему је у питању мешавина резултата из Србије и Финске, врло јасно указује да нешто није у реду са стаблом.

--------------

Hello Dragan,

Thank you for your interesting email.

It is unfortunate that YFULL continues to have errors - even though they appear to update their tree on almost an hourly basis.
And, the trouble with H1as is by no means an isolated problem !

I have had a fresh look at H1as, and have revised my page at: http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/h1as_genbank_sequences.htm to include the later subgroups H1a22a & H1as2b.

But  ... on YFULL the present part for H1as2a is still erroneous:
...........
H1as2a T16209C formed 2000 ybp, TMRCA 200 ybp
id:YF110632
id:YF090122
id:YF080654SRB [RS-17]srp
id:MK617219.1SRB
id:MK617244.1SRB
id:MK134305.1SRB
id:MN540564.1FIN [FI-ES]age
id:JQ705052.1
id:YF007829SRB [RS-07]

----------

as the sequences:

id:MK617219.1SRB
id:MK617244.1SRB
id:MK134305.1SRB
id:MN540564.1FIN [FI-ES]age
id:JQ705052.1
do not belong here, as they do not have T4688C.

I only have access to GenBank FASTA files, so I cannot check the YF sequences for the T4688C mutation
but clearly your sequence has this mutation - which does make you H1as2a.

As for your sequence, have you thought of submitting it to GenBank ?   (A simple Do-It-Yourself program is on my website).

I will be very happy to discuss this further - so I shall be pleased to hear from you again.

Best wishes
Ian

Ван мреже CosicZ

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 898
  • Ђурђевдан Y:I1>P109>FGC22045 Панчево
Одг: YFull
« Одговор #170 послато: Март 25, 2023, 06:51:27 пре подне »
МтДНК стабла су више лабиринт од жбуња, где је тешко утврдити где се налазите. Слично као код кратких STR хаплотипа, иста комбинација се може појавити у више хаплогрупа, а реверзне мутације се често јављају. Процене TMRCA варирају у широким границама. Има случајева где су археоузорци и десет пута старији од процењене TMRCA. Нису много од користи у прављењу родослова, једино ако треба установити да ли имате с неким заједничку прабабу или чукунбабу. Имају предност у односу на хаплогрупе Y хромозома у истраживању праисторије, јер је преживело много више мтДНК хаплогрупа.

Објављена нова верзија Y стабла YTree v11.02.00 .

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #171 послато: Март 25, 2023, 08:17:02 пре подне »
Послао сам Јану свој FASTA фајл, па је заправо открио да ни мене нису добро позиционирали (моја позиција на FTDNA стаблу рецимо одговара ономе где ме он смешта - само H1). Нисам сигуран шта се на YFull стаблу дешава, и шта они сматрају да је статус моје мутације обележене као C4688T!  - моја претпоставка је да сматрају да је у питању повратна (реверзна на старо стање) мутација, па су ме сместили у подграну са људима који су заиста позитивни на њу.

Ово је Јанов одговор:

------------------------------------------------

Dragan

Now I am confused.  This sequence is not H1as2a - there is no 4688 mutation. So you are just an H1.

You need to send the submission file to the GenBank office. I cannot do this for you, as it has to be done by you. So go ahead ...

I now see your YFULL diagram has C4688T!   - which is a confusing way of describing things, to say the least.

USING CRS: you do not have T4688C.

Your results from the FASTA file and the .sqn file are: A263G 315.1C A750G T980C A1438G G3010A A4769G A8860G A15326G T16209C T16519C ....

I do wish everyone just used the CRS system !!!

This makes your motif 'H1-T980C-T16209C'   - and it appears that YFULL has yet to give this node a label (but they cannot just put it on H1as, which is just wrong).

Ian
« Последња измена: Март 25, 2023, 08:18:40 пре подне Драган Обреновић »

На мрежи Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 955
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: YFull
« Одговор #172 послато: Март 27, 2023, 10:41:10 поподне »
Добио сам одговор од Јулије са YFulla, у вези чудне позиције на MTree стаблу. Што би се рекло "људски су признали грешку" и раде на темељној корекцији стабла:

----------------------

Hello, Dragan Obrenovic

Thank you for letting us know of this error.

The H1as2a branch was created quite a long time ago and by mistake. Due to its presence, the samples could not move to the correct place on the Mtree.

Yes, we really update the Mtree hourly and are gradually working to bring our tree to the best option. The H1as2a subclades were deleted, as indeed there were samples with the missing mutation 4688 in it (Now, almost all samples were moved under H1ed).

https://www.yfull.com/mtree/H1ed/

Best regards, Julia
YFull Team

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1076
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: YFull
« Одговор #173 послато: Август 26, 2023, 03:54:17 поподне »
 YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.

Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?
Догодине у Холштајну!

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5268
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: YFull
« Одговор #174 послато: Август 26, 2023, 04:48:49 поподне »
YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.

Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?
Sumnjam da oni to čuvaju.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Неродимац

  • Члан Друштва
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 627
Одг: YFull
« Одговор #175 послато: Август 26, 2023, 05:05:42 поподне »
Sumnjam da oni to čuvaju.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

Чувају али се плаћа 25 еура и опет је доступан око месец дана. А шта се добија ако се ради upgrade на T2T?

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8478
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: YFull
« Одговор #176 послато: Август 26, 2023, 05:18:03 поподне »
YFull sada ima upgrade na T2T.
Traže da se dostavi bam fajl i da se plati 25 dolara.

Pitanje: Da li Dante čuva moj bam fajl i da li mogu da dođem do njega? (nemam više bam fajl zbog kvara na disku)
Ili moram ponovo da uradim test?

Контактирај их, требало би да га чувају на засебном хард диску, али се та "услуга" повлачења BAM фајла са тог диска плаћа (мислим да је у питању 20 евра).
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1076
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: YFull
« Одговор #177 послато: Август 26, 2023, 05:21:50 поподне »
Контактирај их, требало би да га чувају на засебном хард диску, али се та "услуга" повлачења BAM фајла са тог диска плаћа (мислим да је у питању 20 евра).
Odlično, ako je tako, rado ću im platiti. Samo da ne moram opet da radim test.
Догодине у Холштајну!

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5268
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: YFull
« Одговор #178 послато: Август 26, 2023, 05:22:49 поподне »
Чувају али се плаћа 25 еура и опет је доступан око месец дана. А шта се добија ако се ради upgrade на T2T?
Trebalo bi da se pojave SNP noveli u regionu hromozoma koji do sada nije bio mapiran. Za sada to nece znaciti puno ali u budocnosti ce to omoguciti definisanje novih grana kada veci broj rezultata bude mapiran na T2T referentni hromozom.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже Милан Петровић

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1076
  • I2-PH908 FT277965>Y93865>Y95760 Род Зорића
Одг: YFull
« Одговор #179 послато: Август 26, 2023, 05:43:06 поподне »
Trebalo bi da se pojave SNP noveli u regionu hromozoma koji do sada nije bio mapiran. Za sada to nece znaciti puno ali u budocnosti ce to omoguciti definisanje novih grana kada veci broj rezultata bude mapiran na T2T referentni hromozom.

Sent from my SM-A528B using Tapatalk

Ispod moje FT277965 je nova FTT64. Uradice i Skenderis upgrade pa ćemo videti. Trebalo bi da bude novosti.
Догодине у Холштајну!