ДНК порекло > Научни радови

Методи за рачунање брзине мутације СТР-ова

(1/2) > >>

Селаковић:
Прегледах мало у радовима експерименталне поступке за одређивање брзине мутирања конкретних СТР-ова или СТР-ова у глобалу у просеку. Инспирисало ме је пре свега оно што је Ђорђе писао јуче, а тиче се одређивања најскоријег заједничког претка Н1а, где је добијен резултат од око 475 година старости гране, који је према њему прилично натегнут за потомке Руђа и Бранила.

Синиша је на то рекао да број појединаца на основу којих је ова цифра одређена вероватно мали (само Чорак и Јокић?, који, јасно, могу бити ближи него укупна старост гране), а Милан је после додао да на другим форумима људи сматрају да на ову цифру треба додати 15-20%, тј. да је старост подцењена.

Сада видим један рад где су пратили око 11000 парова дете-родитељ, пратећи вредност на 10 СТР-ова (не само ипсилон хромозом) код родитеља и код детета. Закључак је наравно био да брзина мутације зависи од структуре, али и од броја понављања - дакле различити СТР-ови мутирају различитом брзином (међусобно, брзине мутирања различитих СТР-ова могу се разликовати за неколико редова величине!).  Такође, на истом СТР-у, брзина мутације је у функцији броја понављања основног мотива, тако да није исто када се са 13 понављања мутира на 14, као када се са 14 мутира на 15, на пример. Све ово што сам написао наравно познато је већини овде на форуму и логично је и природно да структура утиче на брзину мутације и то двојако.

Међутим, само желим скренути пажњу на методу. Дакле, није било реч о експериментима који на унутарћелијском нивоу одређују, унутар једног појединца, колико СТР-ови варирају у целокупном корпусу његових полних ћелија од којих ће једну потенцијално пренети детету. Напротив, метода је анализирала већ дате парове родитељ-дете, што ће рећи да је јединична вредност за брзину мутације рецимо једна генерација. И ово је претпостављам познато вероватно већини овде, али мислим да није било нигде написмено дато, због оних који се питају. Дакле, пошто је брзина мутирања израчуната на јединичну вредност једне генерације - јасно је да процена старости неке гране зависи од старости једне генерације. Претпостављам да је вероватноћа да ће дете имати другачију вредност на неком СТР-у од свог родитеља већа уколико је родитељ старији, али мислим да то није узимано у обзир, већ је све упросечено.

Мислим да Ђорђе не треба да брине. Код мене на стаблу има не мало број људи, од којих су неки и даље у живом сећању, који су потомство имали у својим педесетим и шездесетим годинама. Довољно је пар таквих догађаја да поремете процену старости гране. Има ли данас толико таквих родитеља, када се на паровима родитељ-дете одређује брзина мутације? Не знам да ли је то узрок додавања 15-20% на процењену старост, или је пре производ оних пар редова величине различитих брзина мутације различитих СТР? Да ли је и 111 маркера мало за поуздана предвиђања, узмемо ли у обзир несавршеност добијених коефицијената мутације?

НиколаВук:

--- Цитат: Селаковић  Септембар 21, 2016, 01:13:11 поподне ---Претпостављам да је вероватноћа да ће дете имати другачију вредност на неком СТР-у од свог родитеља већа уколико је родитељ старији, али мислим да то није узимано у обзир, већ је све упросечено.

Мислим да Ђорђе не треба да брине. Код мене на стаблу има не мало број људи, од којих су неки и даље у живом сећању, који су потомство имали у својим педесетим и шездесетим годинама. Довољно је пар таквих догађаја да поремете процену старости гране. Има ли данас толико таквих родитеља, када се на паровима родитељ-дете одређује брзина мутације? Не знам да ли је то узрок додавања 15-20% на процењену старост, или је пре производ оних пар редова величине различитих брзина мутације различитих СТР? Да ли је и 111 маркера мало за поуздана предвиђања, узмемо ли у обзир несавршеност добијених коефицијената мутације?

--- Крај цитата ---

Имам ја пример што се тиче добијања деце у позним годинама, код мојих предака. Мој наврдеда је рођен 1817. а мог чукундеду је добио са 44 године, 1861. Мој чукундеда је прадеду добио кад је имао 44 године, 1905., значи исто као кад је његов отац добио њега!  :) Невероватна случајност. Такође је невероватна случајност да су и наврдеда и чукундеда умрли са 80 година, наврдеда 1897. а чукундеда 1941. Ову "традицију" је прекинуо мој прадеда, који је мог деду добио са 26 година, 1931.  :) Колико је ово утицало на промену СТР маркера је добро питање.

Селаковић:

--- Цитат: НиколаВук  Септембар 21, 2016, 03:16:19 поподне --- Колико је ово утицало на промену СТР маркера је добро питање.

--- Крај цитата ---

Треба нам одговор молекуларног биолога. Мало сам се помучио на интернету да нађем одговор и нисам нашао. Све мушкарчеве зреле полне ћелије настају из примарних полних ћелија - сперматогонијума. Сперматогонијуме имамо већ на рођењу. Ако се они у току живота умножавају у нове сперматогонијуме, онда ће ти новији имати мутације и што су новији имаће више и више мутација и касније у животу рођена деца имаће већу вероватноћу за мутираним СТР-овима. Нашао сам један извор на интернету који каже да се сперматогонијуми умножавају.

Међутим, такође сам нашао и извор који каже да су сперматогонијуми које имамо на рођењу једини, за цео живот. И онда иде један по један или неколико по неколико, сваки дан, диференцирају се и дају зреле полне ћелије. Ово би значило да је вероватноћа за мутацијама иста у било ком животном добу да мушкарац добије дете.

Молим неки стручњак да нам се јави  :)

Đorđo:
Питање је да ли је икада на неки начин практично проверена тачност метода прорачуна до заједничког претка или му се само верује на "часну пионирску"

Đorđo:
Извесно је да главнина старих родова из Пиве и Бањана припада Н1а П189.2. По ТМРЦА прорачунима то све заједно временски не пије воду. Извесно је да сви потичу од једног човека али ТМРЦА прорачуни га смештају у 15. век, што је, да простите, немогуће. Сам летимичан поглед на попис нахије Пива други назив Бања из 1477. показује да је то широко подручје било релативно доста насељено са обзиром на негостопримљиву природу терена. Презиме Кулић које је и данас опстало је документовано као заселак још онда. Кулићи су (по предању) део Слијепчевића тј. једне старе групације Браниловића. Ок. Колико времена пре тога су се раздвојили са Руђићима. Па колико пре тога још са старим Бањанима. Да ли то може да се смести у 15. век? Никако. У 14.? тешко. У 13? Можда некако. Сви потичу од једног човека чији се пород множио и временом диференцираои који је у прво време највероватније сточарио на потезу Пива - Бањани. ТМРЦА прорачун дебело шкрипи. Појавиће се ош примера који ће да потврде ово што ја пишем, сигуран сам у то. Мало је овај пример специфичан па се јасно види да нешто није како треба код ТМРЦА

Навигација

[0] Индекс порука

[#] Следећа страна