Истраживачки програм "All of Us"

[Ojler]

Амерички национални институт за здравље (NIH) покренуо је пре четири године велики истраживачки програм под називом "All of Us", са циљем да унапреди прецизну медицину, нови вид лечења пацијената код кога се терапија прилагођава генетичком профилу сваког пацијента. У оквиру програма урађене су на стотине хиљада WGS тестова, а резултати првог скупа од 98,640 тестова публиковани су овог месеца партнерским организацијама које учествују у програму. Подаци о резултатима тестирања делимично су и јавно доступни и могу се прегледати преко сајта истраживачког програма.

Чланак о истраживању:
https://directorsblog.nih.gov/2022/03/29/nihs-all-of-us-research-programs-first-nearly-100000-complete-human-genome-sequences-set-stage-for-new-discoveries/

Сајт истраживачког програма:
https://www.researchallofus.org/

Прегледач пронађених SNP-ова:
https://databrowser.researchallofus.org/genomic-variants

[Ojler]

Алат за преглед омогућава да видите колико је носилаца одређеног SNP-а било у тестираном узорку и одакле су. На пример, међу поменутих 98640 резултата, њих 54 припада грани I2-Z17855 и у великој већини су из Европе:

[drajver]

Занимљиво, нађох двојицу Y52621+.

[НиколаВук]

Занимљиво је да су присутна чак шесторица припадника N2-FT182494.

[НиколаВук]

Занимљиво је да су присутна чак шесторица припадника N2-FT182494.

Од њих 6, четворица су припадници ниже подгране FGC28435. 

[drajver]

Има и шест припадника хаплогрупе J2b-M205>Y22059. При томе су свих шест уједно и Y22063, а од тога четворица припадају још нижој грани Y22069.

[drajver]

Четири Дробњака I1-FGC22045, при томе сви из подгране FGC22054.

[Ojler]

Иначе, од поменутог броја од 98.640 WGS тестираних, мушкараца је 38.300, ако се већ фокусирамо на Y-DNA стабло.

[Милан Петровић]

Шта да упишем да бих проверио за FT277965 i Y93865 ?

[drajver]

Шта да упишем да бих проверио за FT277965 i Y93865 ?

Има десет I2-FT277965, од тога два Y93865, нема ниједног Y95760.

[Милан Петровић]

Има десет I2-FT277965, од тога два Y93865, нема ниједног Y95760.

Хвала!

[Селаковић]

Алат за преглед омогућава да видите колико је носилаца одређеног SNP-а било у тестираном узорку и одакле су. На пример, међу поменутих 98640 резултата, њих 54 припада грани I2-Z17855 и у великој већини су из Европе:

Можда сам нешто погрешио, али није ми избацило никог под Y230196, као ни под Y230195, што је далеко највећа подграна Z17855.

[Ojler]

Шта да упишем да бих проверио за FT277965 i Y93865 ?

Можеш рецимо преко овог сајта утврдити позицију SNP-a на хромозому:

https://www.genetichomeland.com/welcome/dnamarkerindex.asp

За унети SNP добићеш податак о локацији мутације у Hg38 и Hg19 референтном моделу генома, као и основну и мутирану нуклеобазу.
Конкретно, за FT277965 добијеш ово:

Дакле, SNP FT277965 представља мутацију нуклеобазе T у C на позицији 17443561 хромозома Y, гледано у односу на референтни геном Hg38
То сада укуцаш у пољу за претрагу All-of-Us прегледача у формату Y-17443561-T-C и добићеш податак има ли тестираних припадника гране FT277965.

[drajver]

Можда сам нешто погрешио, али није ми избацило никог под Y230196, као ни под Y230195, што је далеко највећа подграна Z17855.

Да, нема их. Оба ова SNP-a су из подручја високе покривености, тако да је могуће да их не покрива покривеност секвенцирања овог истраживања. Мислим д аисто тако није покривен ни FT14506. Пробај са неким нижим SNPом из ранга покривености BIGY500.

[Ojler]

Можда сам нешто погрешио, али није ми избацило никог под Y230196, као ни под Y230195, што је далеко највећа подграна Z17855.

Ниси ништа погрешио али из неког разлога не показује податке за све SNP-ове. Нема рецимо никога ко је Y3120 што је по природи ствари немогуће, ако има свих ових поменутих млађих мутација. Са друге стране, за CTS10228 има 618 тестираних. Немогуће је да ни један од њих није позитиван на Y3120, јер то би била права сензација.

[Селаковић]

Да, корисно би било знати које регионе хромозома су покрили. Видећу да ли има нешто о томе у њиховом материјалу.

[Ojler]

Ниси ништа погрешио али из неког разлога не показује податке за све SNP-ове. Нема рецимо никога ко је Y3120 што је по природи ствари немогуће, ако има свих ових поменутих млађих мутација. Са друге стране, за CTS10228 има 618 тестираних. Немогуће је да ни један од њих није позитиван на Y3120, јер то би била права сензација.

Ипак, има њих 617 који су позитивни на мутацију YP196, која је на YFull стаблу на истој грани као и Y3120. Један тестирани Европљанин је позитиван на CTS10228, а негативан на YP196.
Не би било лоше проверити и остале SNP-ове који су на Y3120 грани YFull стабла јер би смо можда могли ухватити још нека до сада непозната гранања.

[drajver]

Ипак, има њих 617 који су позитивни на мутацију YP196, која је на YFull стаблу на истој грани као и Y3120. Један тестирани Европљанин је позитиван на CTS10228, а негативан на YP196.
Не би било лоше проверити и остале SNP-ове који су на Y3120 грани YFull стабла јер би смо можда могли ухватити још нека до сада непозната гранања.

И мени је то пало на памет, међутим био би то лов на слијепо, јер не знамо којих СНП-ова суштински нема, а који само нису покривени.

[Небојша]

Има и шест припадника хаплогрупе J2b-M205>Y22059. При томе су свих шест уједно и Y22063, а од тога четворица припадају још нижој грани Y22069.

Ово је интересантно, пошто је J-Y22069 доста млада подграна и за сада присутна само код Расјана из копаоничког и расинског округа. Уколико је присутна и код неких random појединаца Y22063, то може значити да је доста честа у оквиру ове подгране.

[Ojler]

И мени је то пало на памет, међутим био би то лов у мутном, јер не знамо којих СНП-ова суштински нема, а који само нису покривени. Осим тога, неки проблематични SNP-ови, попут PH908 су код неких узорака очитани, а код других нису.

Ја колико видим, PH908 није нигде очитан?

[drajver]

Ово је интересантно, пошто је J-Y22069 доста млада подграна и за сада присутна само код Расјана из копаоничког и расинског округа. Уколико је присутна и код неких random појединаца Y22063, то може значити да је доста честа у оквиру ове подгране.

Сад сам провјерио још једанпут и изгледа да на тој позицији постоји још нека мутација која није повезана са J-Y22069. Имају је неки ван Европе, тако да је сасвим сигурно да се не ради о J-Y22069.

У сваком случају остаје ово за Y22063, шест узорака из Европе.

[drajver]

Ја колико видим, PH908 није нигде очитан?

Да, видио сам малоприје, зато сам и избацио из своје поруке тај дио.

[Селаковић]

Проверио сам својих десет новела најбољег квалитета, и осам прихватљивог.

Укупно 15 њих нема представника, или нису покривени.

Међутим!

Три СНП-а су присутна: FT160394 G>A (2 European, 2 Latin American), BY182386 G>A (2 Other) и FGC49234 G>A (2 European).

Нажалост, мора се бити опрезно, јер исте мутације настају у, иначе неповезаним, гранама и хаплогрупама. Већ на мом примеру, два СНП-а су позитивна код људи из Европе (и Латинске Америке), а један је "Друго". Јасно је да је бар један од три СНП-а лажно поклапање, а могу лако бити и сва три. Или су, у најбољем случају, различити узорци са различитим регионима покривености, што је ужас своје врсте.

[Небојша]

Сад сам провјерио још једанпут и изгледа да на тој позицији постоји још нека мутација која није повезана са J-Y22069. Имају је неки ван Европе, тако да је сасвим сигурно да се не ради о J-Y22069.

У сваком случају остаје ово за Y22063, шест узорака из Европе.

Да, било би доста нелогично да је Y22069 толико заступљена. И ова шесторица Y22063 вероватно воде порекло са Балкана. Не знам какав им је узорак, али чудна процентуална заступљеност у оквиру M205. Половина из Европе, нити један са Блиског истока и једна трећина из Јужне Америке. Ово су свакако шпански колонисти. Надам се највећим делом из Аргентине (тако показују и неки резултати са YHRD), пошто сам одувек навијао за ову репрезентацију. 

[vid.knezevic]

Ја сам имао успеха са BY68536:

[Милан Петровић]

Очитан је један YP206 испод FT277965, као она двојица Сардинијаца.

[Ojler]

Проверио сам ипак све SNP-ове који тренутно дефинишу грану I2-Y3120 на YFull стаблу. Тестирана су укупно три:

YP196: мутација присутнa код 617 резултата
YP189/S9952: мутација присутнa код 616 резултата
Y3113/FGC12083: мутација присутнa код 615 резултата

Имајући наравно у виду све ограде које су навели drajver и Селаковић, уколико ипак претпоставимо да су у свим случајевима тестовима покривени исти региони хромозома и да нема лоших очитавања наведених мутација, редослед настанка ових SNP-ова би био YP196>YP189>Y3113.

[Неродимац]

За подграну PH908-Y84307 пише да има 4 припадника и да су сви из Европе.

[НикПав]

Y20805 код дванаест резултата, десет из Европе, два из Африке.

[Ojler]

Било би јако добро ако би смо сазнали како се тачно раде тестови и шта се тестира. Надам се да ће неко имати времена и воље да мало боље истражи тему.

За оне који нису прочитали чланак на који сам проследио линк, план је да тестирањем буде обухваћено 1.000.000 становника САД, тако да је ово само прва тура резултата који ће пристизати. Сваке седмице обрађују око 5000 узорака. Тестирање је бесплатно за оне који се пријаве и они добијају комплетне резултате теста (шта год то значило). Права прилика да се бесплатно тестирају они који су свакако планирали да то ураде. Једина "квака" је у томе што то морају бити они који живе у САД.

Занимљиво је да међу објављеним резултатима упадљиво већи број припада женским особама. Може бити да жене користе прилику да тестовима провере присуство гена који повећавају шансе за обољевање од карцинома дојке, јер видим да се у опису програма пример превенције ове болести често наводи као нешто позитивно што би истраживање могло донети.

Не знам хоће ли истраживачи са овог програма имати слуха да погледају и нас који смо заинтересовани за генетичку генеалогију, па да направе Y-DNA i mtDNA филогенетичка стабла на основу резултата тестова након што се истраживање заврши, или још боље, док још траје. Анализа милион резултата WGS тестова би направила огроман помак у овоме чиме се ми бавимо.

[Драган Обреновић]

Било би јако добро ако би смо сазнали како се тачно раде тестови и шта се тестира. Надам се да ће неко имати времена и воље да мало боље истражи тему.

...

Не знам хоће ли истраживачи са овог програма имати слуха да погледају и нас који смо заинтересовани за генетичку генеалогију, па да направе Y-DNA i mtDNA филогенетичка стабла на основу резултата тестова након што се истраживање заврши, или још боље, док још траје. Анализа милион резултата WGS тестова би направила огроман помак у овоме чиме се ми бавимо.

Била би права штета ако не буде искоришћено и за конструисање филогенетичких стабала. Видех да за неке SNP-ове које сам проверио има много више позитивних у програму "All of us" него на YFull стаблу.

[Uzi]

Од њих 6, четворица су припадници ниже подгране FGC28435. 

Од њих 4, двојица су припадници још ниже подгране Y89317.

[Exiled]

Од десет припадника моје прапредачке гране У32084 два су из источне Азије...ајд ти сад буди паметан...шта се под тим подразумева? И како завршише тамо или колико је то источно? Елем, груби су ово подаци...ми се ипак бавимо финесама...бар ја.

[CosicZ]

Ово је још грубља слика, али хаплогрупа I је присутна у источној Азији.
https://yhrd.org/details/branch/I

[CosicZ]

https://www.researchallofus.org/data-tools/data-access/

PUBLIC TIER
The Public Tier dataset contains only aggregate data with identifiers removed. These data are available to everyone through Data Snapshots and the Data Browser, an interactive tool on the Research Hub. Counts differ between Data Snapshots and Data Browser due to the lag time in the curation process.

REGISTERED TIER
The Registered Tier curated dataset contains individual-level data, available only to approved researchers on the Researcher Workbench. The Registered Tier currently includes data from electronic health records (EHRs), wearables, and surveys, as well as physical measurements taken at the time of participant enrollment.

CONTROLLED TIER
In addition to the data in the Registered Tier, the Controlled Tier dataset contains genomic data in the form of whole genome sequencing (WGS) and genotyping arrays, previously suppressed demographic data fields from EHRs and surveys, and unshifted dates of events.

To find out more about particular data fields available within the Registered or Controlled Tier, visit the Data Dictionary.

Data Access Framework
Below are some key points from the Data Access Framework. The full document is available for download at the bottom of this page.
The Data Access Framework explains how the All of Us data are structured, the steps Research Hub users must take to access the data, and how the program oversees the data’s use.
The framework is inclusive; this means data can be accessed not only by researchers affiliated with institutions, but also by citizen and community scientists and individuals conducting research outside of academic medical centers.
There are three tiers of data access: Public (no login required); Registered (login required); and Controlled (additional approval required).

Data User Code of Conduct
Below are some key points from the All of Us Research Program Data User Code of Conduct. The full agreement is available for download at the bottom of this page.

The Data User Code of Conduct describes how All of Us Research Program data can and cannot be used for research projects. For researchers, this includes but is not limited to agreeing to the following terms. As an “Authorized Data User” of the All of Us Research Program data, you:

Respect the privacy of research participants at all times.
You will NOT use or disclose any information that directly identifies one or more participants.
Use the All of Us data only for the purpose of biomedical or health research.
Provide a meaningful and accurate description of your research purpose every time you create an All of Us Research Program workspace.
Take full responsibility for any external data, files, or software that you import into the All of Us Researcher Workbench and the consequences thereof.
DO NOT share your login information with anyone, including other authorized data users of the All of Us Research Program.
DO NOT attempt to contact All of Us Research Program participants.
DO NOT take screenshots or attempt in any way to copy, download, or otherwise remove any participant-level data from the All of Us Researcher Workbench.
You will NOT publish or otherwise distribute any participant-level data from the All of Us Research Program database.
You will NOT publish or otherwise distribute any data or aggregate statistics corresponding to fewer than 20 participants unless expressly permitted under the terms of the All of Us Data and Statistics Dissemination Policy.
DO NOT redistribute or publish Registered or Controlled Tier data
DO NOT attempt to link Registered or Controlled Tier All of Us Research Program data at the participant level with data from other sources.
DO NOT use All of Us Research Program data or any part of Research Hub for marketing purposes.
DO NOT represent that the All of Us Research Program endorses or approves of any research unless such endorsement is expressly provided in writing by the All of Us Research Program.

[CosicZ]

J2-A11525 Y-6969005-G-A   6 European 2 South Asian
N2-B482 Y-2851976-C-T   6 European
I1-Y11203 Y-13815275-G-A   16 European
I1-Y29628 Y-4246214-C-A   2 European
I1-FT115021 Y-6584001-C-G   10 European

[Неродимац]

Било би јако добро када би могли контактирати тењтиране особе.

[Lajbnic]

Y-17118748-A-T      R-YP6047   6 European   
   Y-16836652-T-C           R-FT288648   4 European
   Y-11662673-G-A          R-Y290723    2 European

Свих 6 испод R-YP6047 су у "нашим" гранама. Хвала CosicZ-у за објашњење претраге СНП-ова у овом истраживању.

[Ojler]

Било би јако добро када би могли контактирати тењтиране особе.

Na žalost, to nije moguće.

[CosicZ]

Хвала CosicZ-у за објашњење претраге СНП-ова у овом истраживању.

Објашњење је колеге математичара, Ојлера.
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=6683.msg171215#msg171215

Било би јако добро када би могли контактирати тењтиране особе.

Као што је наведено, забрањено је чак и истраживачима.

https://www.researchallofus.org/data-tools/data-access/
DO NOT attempt to contact All of Us Research Program participants.

Не знам какве податке добијају сами тестирани. Ако укључују и геномске податке, неко ко живи у Америци би могао да се тестира, па да на основу њих одреди хаплогрупу. Ако не укључују, морао би да прати промене у јавно доступним подацима па да примети појаву хаплогрупе која га занима ( на пример, ако је он или неки његов рођак већ радио STR тест, па добио процену коју хаплогрупу или хаплогрупе можда има).

Или да неко направи истраживање о утицају хаплогрупа Y хромозома на појаву ендемских болести које би укључивало податке о географском пореклу тестираних.

[Ojler]

Како сам сазнао, учесници истраживања који се тестирају имају могућност да затраже да се резултати њиховог теста проследе медицинској установи. Лично не добијају никакве дигиталне резултате (BAM, FASTQ или VCF датотеке) већ могу на захтев добити "генетичке извештаје", шта год то било.
Све у свему, изгледа да се нећемо баш овајдити од овог истраживања.

[Lajbnic]

Објашњење је колеге математичара, Ојлера.
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=6683.msg171215#msg171215

Лапсус, што и није страно математичарима  . Хвала на исправци, а наравно захвалност и колеги Ојлеру на објашњењу за ову претрагу.

[Ojler]

Лапсус, што и није страно математичарима  . Хвала на исправци, а наравно захвалност и колеги Ојлеру на објашњењу за ову претрагу.

Математичар само у души, али не и по професији
Драго ми је ако сам био од помоћи.

[CosicZ]

N-CTS813 Y-7162271-T-G   4 African 48 East Asian 368 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 466 Total
N-FGC10745 Y-10158043-A-G   4 African 48 East Asian 368 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 466 Total
N-CTS2275 Y-12124231-C-G   4 African 48 East Asian 366 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 464 Total
N2-B482 Y-2851976-C-T    0 African 0 East Asian 6 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 6 Total
N1-CTS833 Y-7172055-T-A   4 African 48 East Asian 362 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 460 Total
N1-CTS5221 Y-13958956-G-T   4 African 48 East Asian 360 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 458 Total
N1-L1281 Y-5977325-G-T   8 African 48 East Asian 360 European 20 Latin American 0 Middle Eastern 6 South Asian 20 Other 462 Total

R1b-Y10789 Y-13045319-T-C   0 African 0 East Asian 10 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 14 Total
R1b-Y23373 Y-12785642-C-T   0 African 0 East Asian 10 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 14 Total
R1b-PH970 Y-12053436-C-T   0 African 0 East Asian 10 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 14 Total
R1b-BY38894 Y-3102258-T-G   0 African 0 East Asian 10 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 14 Total
R1b-Y177765 Y-12823131-G-A   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1b-FT49932 Y-9243472-T-C   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1b-FT48902 Y-4040635-T-C   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total
R1b-Y32147 Y-6805691-G-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 2 Other 6 Total
R1b-FGC72723 Y-20637563-C-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 2 Other 6 Total
R1b-Y177308 Y-19418323-A-G   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 2 Other 6 Total
R1b-Y33199 Y-7348699-A-G   0 African 2 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 4 Other 10 Total

Сумњиви N1-L1281 Африканци и R1b-Y33199 Источни Азијати.

[CosicZ]

https://www.yfull.com/tree/R-PF6155/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-PF6155
R1a-PF6161 Y-8371143-C-T   26 African 0 East Asian 1108 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1194 Total
R1a-PF7525 Y-16289479-A-G   8 African 0 East Asian 1106 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1174 Total
R1a-PF6155 Y-7387314-A-G   6 African 0 East Asian 1106 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1172 Total
R1a-FGC2603 Y-8299378-T-C   6 African 0 East Asian 1104 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1170 Total
R1a-AM01875 Y-7501105-C-A   6 African 0 East Asian 1102 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 45 Other 1167 Total

https://www.yfull.com/tree/R-BY32026/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-BY32026
R1a-BY32027 Y-14417965-C-T   0 African 0 East Asian 12 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 12 Total
R1a-BY32026 Y-9586521-C-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total
R1a-BY32028 Y-19096601-G-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total

https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-FT272591
R1a-FT272591 Y-2842651-A-G   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total

https://www.yfull.com/tree/R-M458/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-M458
C/R1a-PF6202 Y-16010979-T-C   6 African 8 East Asian 1100 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 48 Other 1176 Total
R1a-FGC2634 Y-20521933-C-T   6 African 0 East Asian 1098 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 46 Other 1164 Total
PF6202 се јавља и у https://www.yfull.com/tree/C-B65/

https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-FT205923

https://www.yfull.com/tree/R-A11460/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-A11460
R1a-YP6496 Y-7979973-C-T   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total
R1a-A11460 Y-8870328-C-A   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total
R1a-FT65132 Y-12576805-G-A   0 African 0 East Asian 4 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 4 Total

https://www.yfull.com/tree/R-BY202471/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-BY202471
R1a-BY202982 Y-9979264-G-C   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-FGC58770 Y-14781425-A-T   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-Y183718 Y-10154957-T-G   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-BY203482 Y-14465476-C-T   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 2 Other 4 Total
R1a-BY202471 Y-6930324-G-A   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-BY202870 Y-8935103-A-T   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total
R1a-BY203963 Y-17011843-G-A   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total

https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-BY202644
R1a-BY202644 Y-7941409-C-T   0 African 0 East Asian 2 European 0 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 0 Other 2 Total

https://www.yfull.com/tree/R-PF7521/
https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/R;name=R-PF7521
R1a-PF7521 Y-13917476-A-C   6 African 0 East Asian 1098 European 14 Latin American 0 Middle Eastern 0 South Asian 45 Other 1163 Total

[Селаковић]

Алат за преглед омогућава да видите колико је носилаца одређеног SNP-а било у тестираном узорку и одакле су. На пример, међу поменутих 98640 резултата, њих 54 припада грани I2-Z17855 и у великој већини су из Европе:

Colin Munro са фтдна се запитао зашто је увек паран број "узорака", па је добио појашњење од All of US. Укратко, број треба поделити са два:

I was suspicious that almost all the allele numbers were even, and asked AllofUS. I got the following response: “The genotype is not phased, and our variant caller treats everything as diploid. That's why you would see 0/0, 1/1, 2/2, etc. even on chromosomes X and Y for males. “  i.e. any one occurrence of a Y variant is reported as two (homozygous) alleles. The figures quoted thus need to be halved.