Аутор Тема: Dante Labs  (Прочитано 102400 пута)

Ван мреже Златан

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 553
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: Dante Labs
« Одговор #160 послато: Јануар 04, 2020, 05:27:06 поподне »
Поздрав из незваничног дистрибуционог центра Данте Лабса :)
Прослеђивање за Србију, односно Италију у понедељак/уторак.


На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #161 послато: Јануар 04, 2020, 06:06:56 поподне »
Поздрав из незваничног дистрибуционог центра Данте Лабса :)
Прослеђивање за Србију, односно Италију у понедељак/уторак.

Дакле ко је све у питању? :)

На мрежи сɣнце

  • Памтиша
  • ********
  • Поруке: 1671
  • I-A1328
Одг: Dante Labs
« Одговор #162 послато: Јануар 08, 2020, 09:48:30 пре подне »
Мени су већ иссеквенцирали геном; није прошло ни 4 седмице.
Лијеп бит није лијеп се родит,
јербо љепоти може се научит;
а кад душом љепује человјек,
које вањско с тијем поредит?

Ван мреже Златан

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 553
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: Dante Labs
« Одговор #163 послато: Јануар 08, 2020, 10:45:16 пре подне »
Мени су већ иссеквенцирали геном; није прошло ни 4 седмице.

Да ли би могао да поделиш шта си урадио поводом БАМ фајла и како планираш да га проследиш YFull-у?
Колико знам, онај обећани линк између Данте Лабса и YFull-a joш није функционалан.

На мрежи сɣнце

  • Памтиша
  • ********
  • Поруке: 1671
  • I-A1328
Одг: Dante Labs
« Одговор #164 послато: Јануар 08, 2020, 11:34:54 пре подне »
Да ли би могао да поделиш шта си урадио поводом БАМ фајла и како планираш да га проследиш YFull-у?
Колико знам, онај обећани линк између Данте Лабса и YFull-a joш није функционалан.
За сада нисам ништа урадио.  Мислио сам,  да већ постоји установљен начин прослиједити податке до Yfull,  па нисам ломио главу около тога. Баш сам хтио упитати овдје како то извршити.
Лијеп бит није лијеп се родит,
јербо љепоти може се научит;
а кад душом љепује человјек,
које вањско с тијем поредит?

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5267
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #165 послато: Јануар 08, 2020, 02:47:34 поподне »
За сада нисам ништа урадио.  Мислио сам,  да већ постоји установљен начин прослиједити податке до Yfull,  па нисам ломио главу около тога. Баш сам хтио упитати овдје како то извршити.

Ја сам уплатио Гугл драјв на месец дана и тамо поставио BAM датотеку, а онда приступ поделио са Yfull-ом. Цена за 100GB је 2$ за месец дана. 100GB би требало да буде довољно за ChrY+ChrM BAM фајл (мени је било).
Kамене рабъ и госодинъ

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #166 послато: Јануар 08, 2020, 04:51:37 поподне »
У разговору са Sergius-ом, а везано за резултате двојице тестираних код Dante Labs-a, који су наручени пре два месеца, а чији су резултати стигли, може се рећи следеће:

-резултати стижу преко налога у форми како се види на слици.



-за неко брзо сазнање о SNP-овима, довољан је овај SNP (VCF) фајл. Само се "скине" и проследи онима који знају исчитати резултате.

-са друге стране из BАМ фајла се помоћу Линукса извлачи Y хромозом и он се шаље Yfull-y.

То је отприлике једно најпростије објашњење везано за резултате Dante Labs-a, који очито стижу у новој форми.

На мрежи сɣнце

  • Памтиша
  • ********
  • Поруке: 1671
  • I-A1328
Одг: Dante Labs
« Одговор #167 послато: Јануар 09, 2020, 05:57:48 поподне »
Да ли би могао да поделиш шта си урадио поводом БАМ фајла и како планираш да га проследиш YFull-у?
Колико знам, онај обећани линк између Данте Лабса и YFull-a joш није функционалан.

 Yfull је скинуо себи ВАМ фајл након што сам им дао приступ мојему Данте налогу.  Сами ће извући из њега Y и MT Chrom.  податке. Нисам морао саздавати  Yfull налог,  но ће он бити саздан аутоматски њима.  Обрада ће трајати неколике седмице.
Лијеп бит није лијеп се родит,
јербо љепоти може се научит;
а кад душом љепује человјек,
које вањско с тијем поредит?

Ван мреже Златан

  • Познавалац
  • ******
  • Поруке: 553
  • Y: E-V13>А18833>А9739
Одг: Dante Labs
« Одговор #168 послато: Јануар 09, 2020, 06:06:20 поподне »
Хвала. Није лоше знати да и тако може.

Отправлено с моего SM-G975F через Tapatalk


Ван мреже Белић

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 87
Одг: Dante Labs
« Одговор #169 послато: Јануар 13, 2020, 07:33:57 поподне »
21.12. послах пакет  у Данте нашом поштом.
02.01. је стигао у Италију.
08.01. им је уручен, а данас су га убацили у процедуру.
Сад чекање.....

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #170 послато: Јануар 13, 2020, 07:43:54 поподне »
21.12. послах пакет  у Данте нашом поштом.
02.01. је стигао у Италију.
08.01. им је уручен, а данас су га убацили у процедуру.
Сад чекање.....

Хвала на информацијама.

Глишовићу и Милетићу стигло у Италију 08.01. Још им није уручено. Данас је и Миличевић послао.

Ван мреже Сова

  • Шегрт
  • ***
  • Поруке: 68
  • I2-PH908>FT16449>Y151633> FT34788
Одг: Dante Labs
« Одговор #171 послато: Јануар 23, 2020, 05:13:27 поподне »
Поздрав, само да јавим да је мој узорак стигао у лабораторију.

13.01. послах пакет у Данте обичном поштом.
17.01. је стигао у Италију.
21.01. им је уручен, а данас су ме обавестили мејлом да је мој узорак у статусу провере квалитета и да ће након провере ако буде све у реду почети са секвенцирањем.

« Последња измена: Јануар 23, 2020, 05:19:48 поподне Сова »

Ван мреже Белић

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 87
Одг: Dante Labs
« Одговор #172 послато: Јануар 30, 2020, 11:23:28 пре подне »
Dante за 13 дана завршио секвенцирање и послао ми извештаје.
17.01. је узорак прошао проверу и отишао на секвенцирање.
Данас ми послаше обавештење да је завршено све.
У пријатном шоку сам.  ;D

Шаљем ових дана Yfull.

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #173 послато: Јануар 30, 2020, 11:27:09 пре подне »
Dante за 13 дана завршио секвенцирање и послао ми извештаје.
17.01. је узорак прошао проверу и отишао на секвенцирање.
Данас ми послаше обавештење да је завршено све.
У пријатном шоку сам.  ;D

Шаљем ових дана Yfull.

Одлично. И Тарским Никшићима је при крају. Чека се само извештај.

Ван мреже Прерад

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 121
Одг: Dante Labs
« Одговор #174 послато: Јануар 31, 2020, 12:36:25 пре подне »
Отворио сам једну тему, која би понајвише могла користити муштеријама ДантеЛабса.

Линк

Ван мреже Белић

  • Члан Друштва
  • Шегрт
  • *****
  • Поруке: 87
Одг: Dante Labs
« Одговор #175 послато: Јануар 31, 2020, 11:45:25 пре подне »
Проследих Yfull-u BAM, на исти начин како је Сунце урадио.
Дао сам им User и Pass и сами скинуше шта им треба.
Добих и потврду да је све како треба.
Приступићу новоформираном пројекту на Yfull.

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #176 послато: Фебруар 01, 2020, 10:14:07 пре подне »
Проследих Yfull-u BAM, на исти начин како је Сунце урадио.
Дао сам им User и Pass и сами скинуше шта им треба.
Добих и потврду да је све како треба.
Приступићу новоформираном пројекту на Yfull.

Свака част! Брзо и ефикасно.

Већ си са Иветићем у истој грани на Yfull стаблу. Биће занимљиво видети TMRCA вас двојице.

Ван мреже Зрно

  • Помоћник уредника
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2334
  • R1b>Z2705>BY200954
Одг: Dante Labs
« Одговор #177 послато: Фебруар 01, 2020, 10:40:22 пре подне »
Свака част! Брзо и ефикасно.

Већ си са Иветићем у истој грани на Yfull стаблу. Биће занимљиво видети TMRCA вас двојице.

Побогу, Милоше! И даље верујеш у тај TMRCA. :)

На мрежи Милош

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5481
  • Y134591 Тарски Никшићи
Одг: Dante Labs
« Одговор #178 послато: Фебруар 01, 2020, 10:56:41 пре подне »
Побогу, Милоше! И даље верујеш у тај TMRCA. :)

Свакако...Отприлике то је исто као да си ме питао: "Побогу, Милоше! И даље верујеш у сеобу Словена?" И не верујем, верује се у натприродно, него једноставно постоји наука која се тиме бави. А и научни рад, на основу кога се и користи методологија за TMRCA. Једино након ове боље покривености, мислим да формула треба да се мења. Моје мишљење је да имамо у просеку један СНП на око100 година, односно након сваке 3-4. генерације. О томе је Урасин нешто и писао скоро.
« Последња измена: Фебруар 01, 2020, 11:11:36 пре подне Милош »

Ван мреже Слатинац

  • Писар
  • *****
  • Поруке: 375
  • R1b>Z2705>BY199059*
Одг: Dante Labs
« Одговор #179 послато: Фебруар 03, 2020, 12:04:22 пре подне »
Свакако...Отприлике то је исто као да си ме питао: "Побогу, Милоше! И даље верујеш у сеобу Словена?" И не верујем, верује се у натприродно, него једноставно постоји наука која се тиме бави. А и научни рад, на основу кога се и користи методологија за TMRCA. Једино након ове боље покривености, мислим да формула треба да се мења. Моје мишљење је да имамо у просеку један СНП на око100 година, односно након сваке 3-4. генерације. О томе је Урасин нешто и писао скоро.
Не знам баш колико је TMRCA који одреде ови са Yfull-a поуздан. Конкретно навешћу пар примера код моје гране. Зрну и Грабежу су ставили да им је заједнички предак живео пре 150 година, а у стварности њих двоје су генетски и историјски удаљени око 300-400 година. Сличан случај је и са Битићима. Њима је TMRCA процењен на 700 година, а требало би да буде око 400 година. Знам да Yfull не може са 100% поузданошћу да потврди када је живео заједнички предак између две особе, али ово што су урадили код Зрна и Грабежа и Битићија су мало претерали.