Древна ДНК - научни радови

[drajver]

Нови препрпинт рада древне днк

A genomic snapshot of demographic and cultural dynamism in Upper Mesopotamia during the Neolithic Transition
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.31.478487v1
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.31.478487v1.full.pdf
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/02/01/2022.01.31.478487/DC1/embed/media-1.pdf?download=true
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/02/01/2022.01.31.478487/DC2/embed/media-2.xlsx?download=true

Анализирано је 13 генома древне днк неолитске културе Çayönü на југоистоку Турске. Старост узорака је из око 8000 г. пне. Колико сам успио видјети, успјели су изоловати Y-днк из само два узорка.

Узорак cay007 припада хаплогрупи Ј2
Узорак cay012 припада хаплогрупи C-M407

Када буду доступни сирови резултати, било би добро провјерити да ли нешто испод Ј2 може да се открије.

Претпоставља се да су у оквиру ове културе први пут свиње почеле да се користе као домаће животиње. Тако да хвала им на сланини и чварцима. Ништа без ових Ј2.

[drajver]

Нови препринт рада древне ДНК

Бронзано доба западне Паноније

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.03.478968v1
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.03.478968v1.full.pdf
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/02/06/2022.02.03.478968/DC1/embed/media-1.pdf?download=true

И овдје би могао бити један необичан резултат, узорак S9 припада хаплогрупи R1a-Z280>CTS3402(V2670)

[drajver]

Везано за узорак S9 R1a-Z280>CTS3402 ево неколико навода из самог рада:

"Interestingly, a tumor marker on the BRCA2 gene (rs80358920, GL=0.999) in individual S9 is nowadays only prevalent in Asian populations."

"At Balatonkeresztúr-Réti-dűlő only one burial (individual S9) can be associated with this archaeological culture according to its 14C date (3929±30 BP, 2560-2290 cal BCE, 95.4% CI). Remains of this individual (Fig. S.1.4.1) were discovered in a settlement pit, lying in a special position, on his back and with the knees and head on the left side, oriented with N/NES/SW 13. Here, only pottery shards and animal bones were found, probably belonging to the waste pit. Bones were preserved in worse condition than other human remains discovered in the group of burials, suggesting bad life conditions. The skeletal remains of this individual consist of a moderately preserved skull and well preserved bone material. Determined as a male of 35-40 years with a calculated height of 154.8 cm, his anthropological features, mainly his skull shape (ultradolichokran curvoccipital) are resembling more to the preceding Copper Age population 14–16. No particular pathological condition could be observed, except some cribra orbitalia (porotic lesions on the upper wall of the eye-orbit), which may resulted from the increased erythrocyte number that signalise a wide variety of pathological conditions from malnutrition to malaria."

"Grave of individual S9 surrounded by animal remains, such as cattle metatarsus under his skull. His burial position shows resemblance to people of high steppe ancestry13, that which this individual possesses too."

"Individual S9 from Bk-I has the R1a-Z280>>V2670 Y chromosome subgroup, which according to STR network analysis of modern samples is identical with a number of individuals from Northeastern Europe. Although the poor diversity pattern of this Y subgroup makes the results conditional."

"As expected based on the chronological gap, individual S9 from Bk-I does not show genetic relationship to any individual from Bk-II nor Bk-III up to the second degree (uncle-nephew, half-sibling, grandparentgrandchild)."

"S9 from Bk-I had European light, almost pale skin that probably had no freckles and was likely a bit less sensitive to sunburn. His hair was dark blonde and his eyes were likely blue, which traits are in accordance with previous studies of people with steppe origin."

"Bk-I surprisingly show rather similar makeup, although the HG levels (and coverage) for S9 are so low that it could bias the results"

"Bk-I (individual S9) resembles most to Northern Bronze Age groups in terms of HG affinity"

[drajver]

Препринт рада који који говори о генетици прото-Мађара

Tracing genetic connections of ancient Hungarians to the 6-14th century populations of the Volga-Ural region

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.04.478947v1
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.04.478947v1.full.pdf
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/02/08/2022.02.04.478947/DC1/embed/media-1.pdf?download=true
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/02/08/2022.02.04.478947/DC2/embed/media-2.xlsx?download=true

[filipi]

Ancient DNA at the edge of the world: Continental immigration and the persistence of Neolithic male lineages in Bronze Age Orkney

https://www.pnas.org/content/119/8/e2108001119

Y-Chromosome Variation.
There are 16 known Y-chromosome (Y-DNA) haplotypes from Neolithic Orkney, of which 14 appear to be well resolved (13, 32). All 14 belong to haplogroup I2a, of which seven are I2a1b-M423, four are I2a1b1-S185, one is I2a2-S33, one is I2a2a1b-CTS10057, and one is I2a2a1a2-Y3679 (the remaining two are poorly resolved I and I2). In BA LoN, even though the majority of genome-wide and female lineages most likely arrived in Britain and Orkney with the BBC or BA, all but one of the nine Y-DNA lineages belong to haplogroup I2a1b-M423, with just one belonging to R1b-M269 (SI Appendix, Section S6 and Dataset S1H). We found four distinct haplotypes within I2a1b: I2a1b-M423, I2a1b1-S185, and the more derived I2a1b1a1b-A1150 and I2a1b1a1b1-A8742.

This predominance of I2a1b-M423 is surprising because it is completely absent elsewhere in CA/BA Europe, where the Y-DNA landscape is heavily dominated by R1b-M269 (Figs. 2–4 and SI Appendix, Figs. S13–S15). For example, in a dataset of 21 BBC males from Britain, 20 carry the R1b-M269 lineage and only one I2a, which is on the distinct I2a2a-M223 lineage. If we include CA and EBA Britain and Ireland, 41 out of 43 males carried R1b-M269, two I2a2a-M223, and none I2a1b-M423.

[Милан Петровић]

Ancient DNA at the edge of the world: Continental immigration and the persistence of Neolithic male lineages in Bronze Age Orkney

https://www.pnas.org/content/119/8/e2108001119

Y-Chromosome Variation.
There are 16 known Y-chromosome (Y-DNA) haplotypes from Neolithic Orkney, of which 14 appear to be well resolved (13, 32). All 14 belong to haplogroup I2a, of which seven are I2a1b-M423, four are I2a1b1-S185, one is I2a2-S33, one is I2a2a1b-CTS10057, and one is I2a2a1a2-Y3679 (the remaining two are poorly resolved I and I2). In BA LoN, even though the majority of genome-wide and female lineages most likely arrived in Britain and Orkney with the BBC or BA, all but one of the nine Y-DNA lineages belong to haplogroup I2a1b-M423, with just one belonging to R1b-M269 (SI Appendix, Section S6 and Dataset S1H). We found four distinct haplotypes within I2a1b: I2a1b-M423, I2a1b1-S185, and the more derived I2a1b1a1b-A1150 and I2a1b1a1b1-A8742.

This predominance of I2a1b-M423 is surprising because it is completely absent elsewhere in CA/BA Europe, where the Y-DNA landscape is heavily dominated by R1b-M269 (Figs. 2–4 and SI Appendix, Figs. S13–S15). For example, in a dataset of 21 BBC males from Britain, 20 carry the R1b-M269 lineage and only one I2a, which is on the distinct I2a2a-M223 lineage. If we include CA and EBA Britain and Ireland, 41 out of 43 males carried R1b-M269, two I2a2a-M223, and none I2a1b-M423.

I2a1b-M423 likely arrived in Orkney with the first farmers. In the Neolithic, I2a1b-M423 was largely distributed in an arc around the Atlantic façade of Europe, from the western Mediterranean to the Baltic. Outside Britain, most I2a1b-M423 lineages are from Middle/Late Neolithic Spain and France, with one from Germany and a small number from Sweden, where, at a megalithic site on Gotland, all four genotyped males belonged to I2a1b-M423 (Fig. 4) (32). It is also present in several hunter-gatherers in northern and central Europe, including Mesolithic Ireland. This distribution, the molecular-clock age of the two major subclades (I2a1b1-S185 and I2a1b2-S392 both date to ∼7 ka)

I2a1b2-S392, je L621, зар не? 

[НиколаВук]

This distribution, the molecular-clock age of the two major subclades (I2a1b1-S185 and I2a1b2-S392 both date to ∼7 ka)

I2a1b2-S392, je L621, зар не? 

У тексту је поменут само у контексту датовања настанка ових грана, нигде није поменуто да је S392 пронађен на бронзанодопским налазиштима на Оркнијским острвима.

[Милан Петровић]

У тексту је поменут само у контексту датовања настанка ових грана, нигде није поменуто да је S392 пронађен на бронзанодопским налазиштима на Оркнијским острвима.

Аха, схватам.

[Кековац]

Везано за узорак S9 R1a-Z280>CTS3402 ево неколико навода из самог рада:

"Interestingly, a tumor marker on the BRCA2 gene (rs80358920, GL=0.999) in individual S9 is nowadays only prevalent in Asian populations."

"At Balatonkeresztúr-Réti-dűlő only one burial (individual S9) can be associated with this archaeological culture according to its 14C date (3929±30 BP, 2560-2290 cal BCE, 95.4% CI). Remains of this individual (Fig. S.1.4.1) were discovered in a settlement pit, lying in a special position, on his back and with the knees and head on the left side, oriented with N/NES/SW 13. Here, only pottery shards and animal bones were found, probably belonging to the waste pit. Bones were preserved in worse condition than other human remains discovered in the group of burials, suggesting bad life conditions. The skeletal remains of this individual consist of a moderately preserved skull and well preserved bone material. Determined as a male of 35-40 years with a calculated height of 154.8 cm, his anthropological features, mainly his skull shape (ultradolichokran curvoccipital) are resembling more to the preceding Copper Age population 14–16. No particular pathological condition could be observed, except some cribra orbitalia (porotic lesions on the upper wall of the eye-orbit), which may resulted from the increased erythrocyte number that signalise a wide variety of pathological conditions from malnutrition to malaria."

"Grave of individual S9 surrounded by animal remains, such as cattle metatarsus under his skull. His burial position shows resemblance to people of high steppe ancestry13, that which this individual possesses too."

"Individual S9 from Bk-I has the R1a-Z280>>V2670 Y chromosome subgroup, which according to STR network analysis of modern samples is identical with a number of individuals from Northeastern Europe. Although the poor diversity pattern of this Y subgroup makes the results conditional."

"As expected based on the chronological gap, individual S9 from Bk-I does not show genetic relationship to any individual from Bk-II nor Bk-III up to the second degree (uncle-nephew, half-sibling, grandparentgrandchild)."

"S9 from Bk-I had European light, almost pale skin that probably had no freckles and was likely a bit less sensitive to sunburn. His hair was dark blonde and his eyes were likely blue, which traits are in accordance with previous studies of people with steppe origin."

"Bk-I surprisingly show rather similar makeup, although the HG levels (and coverage) for S9 are so low that it could bias the results"

"Bk-I (individual S9) resembles most to Northern Bronze Age groups in terms of HG affinity"

Још пар занимљивих цитата:

"Interestingly, a tumor marker on the BRCA2 gene (rs80358920, GL=0.999) in individual S9 is nowadays only prevalent in Asian populations22. For further discussions, see Supplementary Information section 3.2."

"According to the principal component analysis (PCA) based on 590k nuclear SNPs (Fig. 3 a.) Bk-I is clearly separated from Bk-II and Bk-III, where Bk-II has a strong shift towards HG samples23 overlapping with only a fraction of known archaic samples23 and Bk-III. Admixture and qpAdm analyses for assessing genetic components (Supplementary Tables S9, S12-16; Supplementary Information sections 5.2 and 5.5.2) revealed ~17% HG, ~40% European farmer, and ~43% steppe ancestry for Bk-I, similar to average Bronze Age Europeans. Bk-I is most likely derived from a single source that is genetically related to a Poland Southeast Bell Beaker culture (BBC) associated population (p = 0.784) in line with archaeological observations24."

Узорак S9 би по свему судећи могао да се протумачи као један од чланова популације која је директно учествовала у етногенези Словена у наредним миленијумима.

[Србин]

Објављен рад "Палеогенетско испитивање остатака из једног масовног гроба у Јарославу из 1238 године", Мустафин ет ал. С Антрогенике: https://anthrogenica.com/showthread.php?97-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(TITLES-ABSTRACTS-ONLY)&p=835755&viewfull=1#post835755

Текст је на 107. страни, а Y STR резултати на 111. страни, па не би било лоше упоредити их са хаплотиповима из других база.

4xR-Z280 (2xR-Z92, 2xR-CTS1211>CTS3402)
1xR-M458>L1029
1xN-M46>L1026
1xN-CTS6380>VL67
1xE-V13

[drajver]

Недавно је изашао рад у руском часопису "Генетика" који се бави археогенетском анализом скелета са подручја Хазарског каганата, односно из 8-9. века са територије ростовске области. У питању је 57. том, бр. 4 тог часописа, који је изашао ове године и до чијег апстракта се може доћи преко следећег линка:

http://vigg.ru/genetika/

Име чланка је "Y-ГАПЛОГРУППЫ КОСТНЫХ ОСТАНКОВ ИЗ КУРГАННЫХ ПОГРЕБЕНИЙ ХАЗАРСКОГО ВРЕМЕНИ НА ТЕРРИТОРИИ ЮГА РОССИИ". О саставу хаплогрупа се из апстракта може сазнати следеће - три скелета су носиоци R1a хаплогрупе, два су C2b, и по један скелет припада G2a, N1a, Q и R1b хаплогрупи. Рађено је само SNP тестирање, не и NGS тест, а помињу се и маркери.

Тек сам јуче успио доћи до пуног текста овог рада. Рађено је SNP тестирање, али веома сведено, само на мутације R-M207, R1a-M420, R1b-M343, N-M231, Q-M242. Добро је што су урадили STR профилисање и то на проширени YFiller (17 маркера плус), па су извучене хаплогрупе и за неке од узорака којима није успјело SNP тестирање. Укупно, профилисано је девет хазарских узорака.

Сви су са простора доњег Дона, данашње Ростовске области на југу Русије. Датирани су на основу археолошких података у период 7-9. вијека. Ради се о хазарској војној елити (на то указује богат археолошки инвентар гробова). Тако да би ово заиста могао бити неки генетички пресјек Хазара, бар тог њиховог владајућег слоја.





Сам текстуални дио рада и анализа веома су површни.  Довољно је индикативно да на самом почетку опредјељују R1a и R1b као европске хаплогрупе, иако су и те гране међу Хазарима азијског поријекла. Користили су више предиктора међу њима и Невген, али се нису упуштали у ближе одређење грана.

Прошао сам кроз хаплотипове и у односу на основне хаплогрупе дате у самом раду може се сљедеће закључити у вези припадности узорака одређеним гранама:

Узорак 67      R1b-M73    (Близак му је на 17 маркера један тестирани из околине Пирота из САНУ истраживања)
Узорак 457   G2a-U1>L1266   (највећа је блискост са граном L1266, која нагиње углавном кавкаској зони)
531   R1a-M417 (не може се грана тачно одредити, али мислим да се ради о R1a-Z93)   
619   Q-F1096   
656   C-F1756   (није предалеко тестирани из Баната)
1251   R1a-Z93   
1564   C-F1756   (није предалеко тестирани из Баната)
1566   N1c   (вјероватно грана M2019, није далеко тестирани из Задра)
1986   R1a-Z93   

Очигледно је у етногенези Хазара учествовао источноазијски елемент, али је постојао и сарматски (алански?) удио. Узорци су обрађени антрополошки и преовладава монголоидни тип са значајним учешћем европеидног типа, а присутни су и мијешани типови.

[crni]

Тек сам јуче успио доћи до пуног текста овог рада. Рађено је SNP тестирање, али веома сведено, само на мутације R-M207, R1a-M420, R1b-M343, N-M231, Q-M242. Добро је што су урадили STR профилисање и то на проширени YFiller (17 маркера плус), па су извучене хаплогрупе и за неке од узорака којима није успјело SNP тестирање. Укупно, профилисано је девет хазарских узорака.

Сви су са простора доњег Дона, данашње Ростовске области на југу Русије. Датирани су на основу археолошких података у период 7-9. вијека. Ради се о хазарској војној елити (на то указује богат археолошки инвентар гробова). Тако да би ово заиста могао бити неки генетички пресјек Хазара, бар тог њиховог владајућег слоја.

...

Сам текстуални дио рада и анализа веома су површни.  Довољно је индикативно да на самом почетку опредјељују R1a и R1b као европске хаплогрупе, иако су и те гране међу Хазарима азијског поријекла. Користили су више предиктора међу њима и Невген, али се нису упуштали у ближе одређење грана.

Прошао сам кроз хаплотипове и у односу на основне хаплогрупе дате у самом раду може се сљедеће закључити у вези припадности узорака одређеним гранама:

Узорак 67      R1b-M73    (Близак му је на 17 маркера један тестирани из околине Пирота из САНУ истраживања)
Узорак 457   G2a-U1>L1266   (највећа је блискост са граном L1266, која нагиње углавном кавкаској зони)
531   R1a-M417 (не може се грана тачно одредити, али мислим да се ради о R1a-Z93)   
619   Q-F1096   
656   C-F1756   (није предалеко тестирани из Баната)
1251   R1a-Z93   
1564   C-F1756   (није предалеко тестирани из Баната)
1566   N1c   (вјероватно грана M2019, није далеко тестирани из Задра)
1986   R1a-Z93   

Очигледно је у етногенези Хазара учествовао источноазијски елемент, али је постојао и сарматски (алански?) удио. Узорци су обрађени антрополошки и преовладава монголоидни тип са значајним учешћем европеидног типа, а присутни су и мијешани типови.

Према истраживању из 2019. године, Wen, SQ., Yao, HB., Du, PX. et al. Molecular genealogy of Tusi Lu’s family reveals their paternal relationship with Jochi, Genghis Khan’s eldest son, аутори закључују да: "наши резултати показују да би хаплогрупа C2b1a1b1-F1756 могла бити још један кандидат за праву Y лозу Џингис Кана".

Овдје заиста необично изгледа и податак о налазу европеидног антрополошког типа овог двојца C2b1a1b1-F1756, припадника хазарске војне елите 7-9. вијека, узорака број 656 и 1564?

[Драган Обреновић]

Origin and mobility of Iron Age Gaulish groups in present-day France revealed through archaeogenomics

Published: March 17, 2022  DOI: https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104094

Summary

The Iron Age period occupies an important place in French history, as the Gauls are regularly presented as the direct ancestors of the extant French population. We documented here the genomic diversity of Iron Age communities originating from six French regions. The 49 acquired genomes permitted us to highlight an absence of discontinuity between Bronze Age and Iron Age groups in France, lending support to a cultural transition linked to progressive local economic changes rather than to a massive influx of allochthone groups. Genomic analyses revealed strong genetic homogeneity among the regional groups associated with distinct archaeological cultures. This genomic homogenisation appears to be linked to individuals’ mobility between regions as well as gene flow with neighbouring groups from England and Spain. Thus, the results globally support a common genomic legacy for the Iron Age population of modern-day France that could be linked to recurrent gene flow between culturally differentiated communities.


https://www.cell.com/iscience/fulltext/S2589-0042(22)00364-9

[Atlantische]

Origin and mobility of Iron Age Gaulish groups in present-day France revealed through archaeogenomics


https://www.cell.com/iscience/fulltext/S2589-0042(22)00364-9

Most individuals were found
1146 to carry haplogroup R1b1a (69%), other males belonging to haplogroups G2a2 (17,24%)

Није лоше. 

[Exiled]

Није лоше. 

Ох воденицо, мила ли си за вазда и на вијек😀

[drajver]

Origin and mobility of Iron Age Gaulish groups in present-day France revealed through archaeogenomics

Published: March 17, 2022  DOI: https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104094

Summary

The Iron Age period occupies an important place in French history, as the Gauls are regularly presented as the direct ancestors of the extant French population. We documented here the genomic diversity of Iron Age communities originating from six French regions. The 49 acquired genomes permitted us to highlight an absence of discontinuity between Bronze Age and Iron Age groups in France, lending support to a cultural transition linked to progressive local economic changes rather than to a massive influx of allochthone groups. Genomic analyses revealed strong genetic homogeneity among the regional groups associated with distinct archaeological cultures. This genomic homogenisation appears to be linked to individuals’ mobility between regions as well as gene flow with neighbouring groups from England and Spain. Thus, the results globally support a common genomic legacy for the Iron Age population of modern-day France that could be linked to recurrent gene flow between culturally differentiated communities.


https://www.cell.com/iscience/fulltext/S2589-0042(22)00364-9

Хвала на информацији, Драгане. Колико видим нема Supplementary files. Волио бих видјети о којој се I2 ради.

[drajver]

Препринт новог рада о Аварима под називом: Ancient genomes reveal origin and rapid trans-Eurasian migration of 7th century Avar elites

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00267-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867422002677%3Fshowall%3Dtrue

Нисма ни сам стигао да погледам садржину, па не знам да ли има неких нових узорака или су користили узорке из ранијих радова.

[drajver]

Изгледа да се ипак ради о 66 нових узорака. Од тога 39 узорака су мушки. Ово је преглед локација, периода и хаплогрупа за мушке узорке.



На ENA се налазе и сирови резултати:
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB50368?show=reads

[НиколаВук]

Препринт новог рада о Аварима под називом: Ancient genomes reveal origin and rapid trans-Eurasian migration of 7th century Avar elites

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00267-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867422002677%3Fshowall%3Dtrue

Нисма ни сам стигао да погледам садржину, па не знам да ли има неких нових узорака или су користили узорке из ранијих радова.

Изгледа да су у питању сасвим нови узорци. Код аварске елите доминира грана N1-F4205:

https://www.yfull.com/tree/N-F4205/

Такође сам на брзину приметио и двојицу R1b-CTS9219 и једног нешто узводнијег CTS7556, који би могли у ствари бити R1b-Z2705, као и једног E-L618, који је вероватно E-V13, уз њега има још један који има само ISOGG а не и SNP ознаку а који је исто тако E-V13. Ови скелети потичу са позноаварских некропола и колико видех, нису припадали елити. Такође су ту двојица I2-M223 којима су очитани снипови испод L801 (CTS4348 и CTS10743) и двојица I1-Z141 (један има и ниже очитан снип S2205), али су они са "касносарматске" некрополе из 5. века, дакле пре доласка Авара. Изгледа да нема ниједног I2-Y3120.

[drajver]

Изгледа да су у питању сасвим нови узорци. Код аварске елите доминира грана N1-F4205:

https://www.yfull.com/tree/N-F4205/

Такође сам на брзину приметио и двојицу R1b-CTS9219 и једног нешто узводнијег CTS7556, који би могли у ствари бити R1b-Z2705, као и једног E-L618, који је вероватно E-V13, уз њега има још један који има само ISOGG а не и SNP ознаку а који је исто тако E-V13. Ови скелети потичу са позноаварских некропола и колико видех, нису припадали елити. Такође су ту двојица I2-M223 којима су очитани снипови испод L801 (CTS4348 и CTS10743) и двојица I1-Z141 (један има и ниже очитан снип S2205), али су они са "касносарматске" некрополе из 5. века, дакле пре доласка Авара. Изгледа да нема ниједног I2-Y3120.

Да, изгледа да у овом сету уопште нема словенских узорака. Примјетио сam само један R1a-Z92.