Аутор Тема: Балкански народи- генетичке сличности и разлике  (Прочитано 5566 пута)

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« послато: Април 09, 2023, 08:54:31 поподне »
Пошто нисам пронашао одговарајућу постојећу тему, направио сам нову. На отварање теме ме потакнула једна табела резултата из рада Standing at the Gateway to Europe - The Genetic Structure of Western Balkan Populations Based on Autosomal and Haploid Markers. У овом раду из 2014. године, дата је својеврсна рекапитулација дотадашњих сазнања о генетици балканских народа (углавном оних са западног Балкан), али је тестирано и нешто нових појединаца. Оно што је такође ново у раду јесте да су што се тиче Y хромозома, сви резултати провучени кроз одређени сет SNP-ова, тако да су и неки ранији резултати додатно профилисани. Поред Y хромозома у раду је анализирана и мтднк и аутосомална днк, а постоји и прилично сведена анализа по IBD сегментима.

Ово је линк на основну студију из 2014. године
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4141785/

а ово су линкови на претходне студије чији су резултати кориштени:
https://www.draganprimorac.com/wp-content/uploads/2020/03/Marjanovic-D-et-al-The-Peopling-of-Modern-Bosnia-Herzegovina-Y-chromosome-Haplogroups-Annals-of-Human-Genetics-2005-69757%E2%80%93763.pdf
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2947100/
https://academic.oup.com/mbe/article/22/10/1964/1137872?login=false

Ово је збирна табела која је сабрала резултате из сва наведена три-четири рада уз додатну SNP профилацију



Било би добро да се прокоментаришу мало подаци из табеле. Узорак није превелик, али би методолошки гледано ово требао бити квалитетан одабир узорка.


Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13169
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #1 послато: Април 09, 2023, 09:10:39 поподне »
Пошто нисам пронашао одговарајућу постојећу тему, направио сам нову. На отварање теме ме потакнула једна табела резултата из рада Standing at the Gateway to Europe - The Genetic Structure of Western Balkan Populations Based on Autosomal and Haploid Markers. У овом раду из 2014. године, дата је својеврсна рекапитулација дотадашњих сазнања о генетици балканских народа (углавном оних са западног Балкан), али је тестирано и нешто нових појединаца. Оно што је такође ново у раду јесте да су што се тиче Y хромозома, сви резултати провучени кроз одређени сет SNP-ова, тако да су и неки ранији резултати додатно профилисани. Поред Y хромозома у раду је анализирана и мтднк и аутосомална днк, а постоји и прилично сведена анализа по IBD сегментима.

Ово је линк на основну студију из 2014. године
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4141785/

а ово су линкови на претходне студије чији су резултати кориштени:
https://www.draganprimorac.com/wp-content/uploads/2020/03/Marjanovic-D-et-al-The-Peopling-of-Modern-Bosnia-Herzegovina-Y-chromosome-Haplogroups-Annals-of-Human-Genetics-2005-69757%E2%80%93763.pdf
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2947100/
https://academic.oup.com/mbe/article/22/10/1964/1137872?login=false

Ово је збирна табела која је сабрала резултате из сва наведена три-четири рада уз додатну SNP профилацију



Било би добро да се прокоментаришу мало подаци из табеле. Узорак није превелик, али би методолошки гледано ово требао бити квалитетан одабир узорка.

Качио сам раније овај рад, само не знам тачно на којој теми. Ту су оним старим резултатима природати резултати из истраживања 2014. Углавном, иако свуда насумичан узорак од око 100 тестираних, врло мало, или никако не одудара од онога што добијамо када се направе пресеци са резултатима из јавних база (маркери, SNP).

Јутрос баш хтедох да прокоментаришем како је код Хрвата са 23andMe најзаступљенија J2a подграна J2a-L70 (50% њихове читаве J2a). То видимо и на овом истраживању (J-DYS445=6). Иако су жаришне тачке ове подгране углавном на простору јужног и централног Балкана, видимо да је широко распрострањена код Јужних Словена. Узевши у обзир оне налазе старе ДНК из околине Травника, изгледа је тако било још у средњем веку. То делимично може објаснити присуство J2a-L70 код Хрвата.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #2 послато: Април 09, 2023, 09:11:27 поподне »
Ево неких детаља који су мени запели за око:

- одсуство хаплогрупе N код босанских Хрвата и муслимана, и солидно присуство код Срба у БИХ, око 5,2% (претпостављам да је то све N2). Има нешто N и код Хрвата (узорак је из Загреба) али то може бити и N1 која је већ регистрована у Хрватској. Такође је присутан низак проценат N међу Србима и Црногорцима (0,8%).

- заиста висок проценат I2-M423 (свакако I2-Y3120) међу босанскохерцеговачким Хрватима од 69,8%. Узорак је из западне Херцеговине, уз Жепче и Маглај (што су такође херцеговачке колоније). Претпостављам да је велика већина од овог I2-PH908, што говорнике новоштокавског икавског свакако позиционира као најтипичнију I2-PH908 популацију. Наравно, само профилација дубинским тестовима може показати да ли је у случају ове популације било одређеног founder effect-a.

- занимљиво је да су профилисани и припадници J2a-L70, преко DYS445=6. И налазимо их код босанскохерцеговачких Срба и Хрвата и код Хрвата из Загреба. Претпостављам да се ради о оном хаплотипу који је пронађен у старој днк из околине Витеза и код Срба на Мањачи.
« Последња измена: Април 09, 2023, 09:25:42 поподне drajver »

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #3 послато: Април 09, 2023, 09:24:43 поподне »
Неке рјеђе гране могле би у табели бити сакривене под E-M35 (грана E-Y177539 присутна код Срба у БиХ) и I2*/M438 (грана I-Y283553 такође присутна код Срба у БиХ).

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #4 послато: Април 09, 2023, 09:32:41 поподне »
Драстична разлика у проценту R1a код Хрвата из Загреба (29%) и херцеговачких Хрвата (11,8%).

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13169
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #5 послато: Април 09, 2023, 09:34:47 поподне »
Ево неких детаља који су мени запели за око:

- одсуство хаплогрупе N код босанских Хрвата и муслимана, и солидно присуство код Срба у БИХ, око 5,2% (претпостављам да је то све N2). Има нешто N и код Хрвата (узорак је из Загреба) али то може бити и N1 која је већ регистрована у Хрватској. Такође је присутан низак проценат N међу Србима и Црногорцима (0,8%).

- заиста висок проценат I2-M423 (свакако I2-Y3120) међу босанскохерцеговачким Хрватима од 69,8%. Узорак је из западне Херцеговине, уз Жепче и Маглај (што су такође херцеговачке колоније). Претпостављам да је велика већина од овог I2-PH908, што говорнике новоштокавског икавског свакако позиционира као најтипичнију I2-PH908 популацију. Наравно, само профилација дубинским тестовима може показати да ли је у случају ове популације било одређеног founder effect-a.

- занимљиво је да су профилисани и припадници J2a-L70, преко DYS445=6. И налазимо их код босанскохерцеговачких Срба и Хрвата и код Хрвата из Загреба. Претпостављам да се ради о оној хаплотипу који је пронађен у старој днк из околине Витеза и код Срба на Мањачи.

Код Хрвата је веома мали број тестираних из Средње Босне, тако да главнина одлази на Западну Херцеговину. Реалан проценат I2 код Хрвата из Босне (рачунајући све области) је вероватно нешто нижи, али будући да се главнина БиХ налази управо у Херцеговини, као и да су ови по Босни махом херцеговачког порекла, може се рећи да су то ти проценти (+60%).

Код БиХ Срба се проценат I2-M423 око 37% сасвим лепо уклапа у ону слику коју су добили Никац и Нухи на основу маркера/23andMe (39-41%). С том разликом да наш узорак није методолошки исправан због великог броја тестираних Херцеговаца, што условно може да подиже проценат I2.

Код БиХ муслимана I2 увек закуцана на 43%, на скоро свим истраживањима, осим на оном у Зеници (ту је проценат типичан за средњу Босну, око 50%). Интересантан је и појачан проценат J2a-M67 као и у јавним базама.

Код БиХ Срба се на свим пресецима са маркерима/23andMe N2-P189.2 јавља са 5-6%, док је код Хрвата практично и нема.

Заправо је фасцинантно колико се ови проценти поклапају са оним што добијамо ако рачунамо тестиране именом и презименом. Једини изузетак је однос E-V13 и R1a код БиХ Срба (20% спрам 15%). У реалности тај однос вероватно нешто другачији у корист R1a.

Неке рјеђе гране могле би у табели бити сакривене под E-M35 (грана E-Y177539 присутна код Срба у БиХ) и I2*/M438 (грана I-Y283553 такође присутна код Срба у БиХ).

Присутна и код Хрвата. То су оне подгране које не упадају у I2-M223, I2-L38 и I2-M423. Код Хрвата на 23andMe се најчешће појављује овај SNP. Затим код БиХ муслимана (мање) и код Срба скоро никако.

Хрвати I2-M438 (23andMe):

Марјановић, Ливно
Брунски, Озаљ
Бошковић-Павковић, Истра
Ливаковић, Каштел Лукши

Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #6 послато: Април 09, 2023, 09:38:57 поподне »
Пошто нисам пронашао одговарајућу постојећу тему, направио сам нову. На отварање теме ме потакнула једна табела резултата из рада Standing at the Gateway to Europe - The Genetic Structure of Western Balkan Populations Based on Autosomal and Haploid Markers. У овом раду из 2014. године, дата је својеврсна рекапитулација дотадашњих сазнања о генетици балканских народа (углавном оних са западног Балкан), али је тестирано и нешто нових појединаца. Оно што је такође ново у раду јесте да су што се тиче Y хромозома, сви резултати провучени кроз одређени сет SNP-ова, тако да су и неки ранији резултати додатно профилисани. Поред Y хромозома у раду је анализирана и мтднк и аутосомална днк, а постоји и прилично сведена анализа по IBD сегментима.

Ово је линк на основну студију из 2014. године
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4141785/

а ово су линкови на претходне студије чији су резултати кориштени:
https://www.draganprimorac.com/wp-content/uploads/2020/03/Marjanovic-D-et-al-The-Peopling-of-Modern-Bosnia-Herzegovina-Y-chromosome-Haplogroups-Annals-of-Human-Genetics-2005-69757%E2%80%93763.pdf
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2947100/
https://academic.oup.com/mbe/article/22/10/1964/1137872?login=false

Ово је збирна табела која је сабрала резултате из сва наведена три-четири рада уз додатну SNP профилацију



Било би добро да се прокоментаришу мало подаци из табеле. Узорак није превелик, али би методолошки гледано ово требао бити квалитетан одабир узорка.

Чини ми се да су у студији покушали приказати неко тренутно генетско "стање на терену".

Резултати Срба одражавају подручја с којих су узети узорци (Крајина и сјеверна Босна), неки проценти су мало необични (E-M35, J2b2, R1b) , вјероватно је до малог узорка.

Резултати Хрвата подсјећају на студију Мостара и Широког Бријега, или резултате херцеговачких Хрвата са 23andme. Наводно су узорци узимани и на више локација у Босни, али очигледно неки врло мали број, иначе би резултати били другачији.

Резултати Бошњака овдје изгледају као микс средње/сјеверне и источне Босне, опет има смисла јер су узорци углавном из Сарајева.

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13169
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #7 послато: Април 09, 2023, 09:44:36 поподне »
Чини ми се да су у студији покушали приказати неко тренутно генетско "стање на терену".

Резултати Срба одражавају подручја с којих су узети узорци (Крајина и сјеверна Босна), неки проценти су мало необични (E-M35, J2b2, R1b) , вјероватно је до малог узорка.

Резултати Хрвата подсјећају на студију Мостара и Широког Бријега, или резултате херцеговачких Хрвата са 23andme. Наводно су узорци узимани и на више локација у Босни, али очигледно неки врло мали број, иначе би резултати били другачији.

Резултати Бошњака овдје изгледају као микс средње/сјеверне и источне Босне, опет има смисла јер су узорци углавном из Сарајева.

Код Срба су мислим тестирани Бања Лука, Добој и Бијељина (или само прве две области). Свакако се на том потезу јавља нешто више J2b-M241. Проценат R1b је код Срба из БиХ (без Херцеговине), 3.3%, тако да овде јесте мало повишен.

Ван мреже Exiled

  • Члан Друштва
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2394
  • ПХ908>А20333>FT14649>FT175994
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #8 послато: Април 09, 2023, 09:46:51 поподне »
Какве су вам процене Хрвата Средње Босне,можда повишен Р1а?

Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #9 послато: Април 09, 2023, 09:52:03 поподне »
Какве су вам процене Хрвата Средње Босне,можда повишен Р1а?

да, види овдје под "Босна"
https://forum.poreklo.rs/index.php?topic=146.msg177013#msg177013

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13169
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #10 послато: Април 09, 2023, 09:53:00 поподне »
Какве су вам процене Хрвата Средње Босне,можда повишен Р1а?

Чини ми се да код сва три народа на простору Средње Босне постоји повишен проценат R1a.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #11 послато: Април 09, 2023, 09:56:21 поподне »
У раду из 2014 , колона N3 у табели, ово су локације тестираних:

The sample of Bosnia and Herzegovina consisted of subsamples of three main ethnic groups: Bosniacs (Sarajevo and Zavidovici), Bosnian Croats (Central Bosnia - Zepce and Maglaj; South Bosnia and Herzegovina - Mostar, Grude, Livno, Capljina), Bosnian Serbs (Doboj and Banjaluka region); Croatia (mainland, Zagreb region), Serbia (Belgrade region), Montenegro (Podgorica), Kosovo (Pristina and Prizren) and Macedonia (Skopje).

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13169
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #12 послато: Април 09, 2023, 09:59:53 поподне »
У раду из 2014 , колона N3 у табели, ово су локације тестираних:

The sample of Bosnia and Herzegovina consisted of subsamples of three main ethnic groups: Bosniacs (Sarajevo and Zavidovici), Bosnian Croats (Central Bosnia - Zepce and Maglaj; South Bosnia and Herzegovina - Mostar, Grude, Livno, Capljina), Bosnian Serbs (Doboj and Banjaluka region); Croatia (mainland, Zagreb region), Serbia (Belgrade region), Montenegro (Podgorica), Kosovo (Pristina and Prizren) and Macedonia (Skopje).

Ово су локације тестираних, нашао сам сада рад из 2005.



Дакле код Срба је и Бијељина тестирана. То ће свакако објаснити проценат J2b-M241.  8)

Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #13 послато: Април 09, 2023, 10:03:00 поподне »
У раду из 2014 , колона N3 у табели, ово су локације тестираних:

The sample of Bosnia and Herzegovina consisted of subsamples of three main ethnic groups: Bosniacs (Sarajevo and Zavidovici), Bosnian Croats (Central Bosnia - Zepce and Maglaj; South Bosnia and Herzegovina - Mostar, Grude, Livno, Capljina), Bosnian Serbs (Doboj and Banjaluka region); Croatia (mainland, Zagreb region), Serbia (Belgrade region), Montenegro (Podgorica), Kosovo (Pristina and Prizren) and Macedonia (Skopje).

С ових локација је узето 9 српских, 14 бошњачких и 29 хрватских узорака. Већина узорака је преузето из Приморчевог рада, гдје су локације Срби-Добој, Бања Лука и Бијељина, Бошњаци-Сарајево и Хрвати-западна Херцеговина(по мапи отприлике Посушје и Међугорје), с тим да су неки од тестираних поријеклом из, или досељени из других дијелова БиХ (није баш најјасније)

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #14 послато: Април 09, 2023, 10:03:53 поподне »
Ово су локације тестираних, нашао сам сада рад из 2005.



Дакле код Срба је и Бијељина тестирана. То ће свакако објаснити проценат J2b-M241.  8)

Да, ово су резултати који су инкорпорирани у колону N1 у табели.

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13169
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #15 послато: Април 09, 2023, 10:06:08 поподне »
Да, ово су резултати који су инкорпорирани у колону N1 у табели.

Код Срба није тестирана Херцеговина, али јесте Озрен, где је проценат I2 већи него доле. :D

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #16 послато: Април 09, 2023, 10:18:37 поподне »
С ових локација је узето 9 српских, 14 бошњачких и 29 хрватских узорака. Већина узорака је преузето из Приморчевог рада, гдје су локације Срби-Добој, Бања Лука и Бијељина, Бошњаци-Сарајево и Хрвати-западна Херцеговина(по мапи отприлике Посушје и Међугорје), с тим да су неки од тестираних поријеклом из, или досељени из других дијелова БиХ (није баш најјасније)

Не само из Приморчевог, већ и из овог рада https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2947100/, а и ту су узимани неки узорци из претходних радова, мада има и неких само из тог рада (као 29 Хрвата из Осијека који су додати хрватском mainlandu из претходних радова). Значи, ради се о једној мало широј компилацији.

Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #17 послато: Април 09, 2023, 10:23:01 поподне »
Не само из Приморчевог, већ и из овог рада https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2947100/, а и ту су узимани неки узорци из претходних радова, мада има и неких само из тог рада (као 29 Хрвата из Осијека који су додати хрватском mainlandu из претходних радова). Значи, ради се о једној мало широј компилацији.

Што се тиче БиХ, у том раду су само преузели Приморчеве узорке и тестирали их на већи број snp-ова

Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13169
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #18 послато: Април 09, 2023, 10:30:54 поподне »
Покушаћу временом да креирам табелу са резултатима са 23andMe по истом овом принципу. Биће лако зато што се SNP-ови углавном поклапају. Нешто слично сам недавно урадио и ево резултата. Временом бих могао додати Србе/Црногорце, Хрвате и Македонце. Резултате Албанаца са 23andMe не евидентирам посебно.


Ван мреже Небојша

  • Уредник СДНКП
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 13169
Одг: Балкански народи- генетичке сличности и разлике
« Одговор #19 послато: Април 24, 2023, 08:28:24 поподне »
По узору на следећу мапу, направићу пресек резултата са 23andMe за Србије из Србије. Пресек је прилагођен табели ДНК пројекта, па нпр. у Шумадију и Западну Србију улазе резултати из Старог Влаха и Шумадије према подели из пројекта. Касније можемо урадити исто за остале народе из региона. Мислим да ова мапа донекле прати дијалектолошку поделу, а уједно ће за сваки регион узорак бити задовољавајућ (изузев Косова и Метохије).
 


ШУМАДИЈА И ЗАПАДНА СРБИЈА, УЗОРАК 314

I2-M423 = 33.1%
I2-S17250 = 22.9%
I2-M423 = 4.5%
I2-Z17855 = 3.2%
I2-Z16983 = 1.3%
I2-CTS5966 = 1.3%

R1a = 15%
R1a-Z280 = 9.2%
R1a-M458 = 3.5%
R1a-M512/M417 = 2.2%
 
E = 14.3%
E-V13 = 13.1%
E-L241 = 0.3%
E-L677 = 0.3%
E-M123 = 0.3%
E-M78 = 0.3%

I1 = 12.7%
I1-P109 = 8%
I1-Z63 = 3.8%
I1-Z58 = 0.3%
I1-M227 = 0.3%
I1-M253 = 0.3%

R1b = 5.7%
R1b-Z2103 = 2.2%
R1b-U152 = 0.6%
R1b-U106 = 0.6%
R1b-PF7558 = 0.6%
R1b-P297 = 0.6%
R1b-L23 = 0.6%
R1b-L51 = 0.3%

J2b = 5.7%
J2b-M205 = 4.5%
J2b-M241 = 1.3%

G2a = 4.1%
G2a-L497 = 2.2%
G2a-P15 = 1%
G2a-M406 = 0.6%
G2a-L91 = 0.3%

J2/J2a = 3.5%
J2-M172 = 0.9%
J2a-L26 = 0.9%
J2a-M92 = 0.6%
J2a-L581 = 0.6%
J2a-L70 = 0.3%

N = 2.9%
N2-P189.2 = 2.5%
N-TAT = 0.3%

I2-M223 = 1.6%

J1 = 0.6%

I2-L38 = 0.3%

T-M70 = 0.3%


« Последња измена: Април 30, 2023, 07:07:00 поподне Небојша »