Наравно да генотип има везе за фенотипом, али сам Y-хромозом има идентификованих тек неких 80-ак гена (од око 20-25000 у целом геному), и колико је мени познато ни један од њих није повезан са физичким особинама као што су боја коже, косе и очију. Гени значајни за фенотип се налазе на аутозомалним хромозомима, и могу се наследити од било ког претка из неколико задњих стотина година, тако да је вероватноћа да ћете те гене наследити од директног претка по мушкој линији изузетно мала. Већ смо установили да се плаве очи и коса јављају и код брдских племена која су Е-V13, тако да је јасно да се у данашње време те одлике на нашим просторима не могу значајније повезати ни са једном специфичном хаплогрупом, па тако ни са R1а и I1.
У прошлости је ситуација била другачија, јер су људи били далеко мање измешани и живели су у мање-више одвојеним групама, а у таквој ситуацији је много лакше да се нека фенотипска одлика прошири међу становништвом. Балто-Словени и Германи су били две такве популације, које су у једном тренутку започеле ширење из ранијих релативно малих прапостојбина, а како се за њих са великом сигурношћу могу везати хаплогрупе R1а и I2а (Словени) и I1 (Германи), може се рећи да су те хаплогрупе у одређеном степену донеле гене одговорне за плаве очи и косу, мада сигурно нису ни сви Словени и Германи били плавооки, плавокоси и риђокоси. Видимо да су у областима из којих су потекли Германи (Скандинавија) и Балто-Словени (Балтичке земље, Белорусија), и где није било значајнијег померања и досељавања новог становништва, гени за плаве очи и косу скоро фиксирани (90-98% становништва у Шведској, Финској, Естонији, Литванији, Летонији, Белорусији, северозападној Русији). Са друге стране преци Јужних Словена су се настанили међу многобројнијим староседелачким становништвом, мешали се са њим стотинама година, па та староседелачка генетика и данас преовладава код нас (у аутозомалном смислу).
