Y-ДНК Прѣдвиђач НЕВГЕН

[Platin]

Браво за Невског !

[Зрно]

Само треба неко ко добро зна енглески, да сложи реченице.

Right prediction - да ли се тако каже?

[Иван Вукићевић]

У октобру ове године објављено је истраживање хаплотипова бразилске популације (1382 тестирана Yfiler Plus). Оно што је занимљиво јесте да су кроз ово истраживање хтјели провјерити и успјешност примјене предвиђача хаплогрупа, између осталих и Невгена. У поређењу са Haplogroup Predictor-ом Невген је однио побједу. То смо знали и раније, али свакако честитамо. 

Од оваквих поређења тешко да има боље промоције за Невген. Можда би их чак и требало цитирати на следећој страници:
http://www.nevgen.org/AboutNevGen.html

Само треба неко ко добро зна енглески, да сложи реченице.

Right prediction - да ли се тако каже?

Мислим да није неправилно, али "accurate prediction" је вероватно ближе духу енглеског језика. Број резултата на Гуглу:
"accurate prediction" - About 2,710,000 results
"correct prediction" - About 489,000 results
"right prediction" - About 333,000 results

[Александар Невски]

У октобру ове године објављено је истраживање хаплотипова бразилске популације (1382 тестирана Yfiler Plus). Оно што је занимљиво јесте да су кроз ово истраживање хтјели провјерити и успјешност примјене предвиђача хаплогрупа, између осталих и Невгена. У поређењу са Haplogroup Predictor-ом Невген је однио побједу. То смо знали и раније, али свакако честитамо. 

"The performance of Haplogroup Predictor and NevGen software in haplogroup prediction based on Yfiler Plus and Yfiler haplotypes was evaluated in a subset of 416 Brazilian samples that were also genotyped for 51 Y-SNPs. In 25% of the samples, no classification or errors were found for at least one of the prediction tools or marker sets. NevGen presented lower error rates (5.52% and 8.65% with Yfiler Plus and Yfiler, respectively) than Haplogroup Predictor (16.11% with Yfiler Plus and 13.70% with Yfiler). In conclusion, both haplogroup prediction tools can be useful to direct the SNP typing, but present large error rates to be used in forensic analysis, especially in predicting African haplogroups in admixed South American populations."

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31704485

Видѣх ово прѣ неки дан. Хвала свим за честитке, али нема никаква смисла поредити НевГен Прѣдвиђач с дѣлом Атея, койи нѣйе освѣжаван годинами, те йе непоштено поредити га с НевГеном койи се освѣжава скоро на недѣљной основи.
То йе као поређење у брзини трчања двадесетогодишњака и осамдесетогодишњака. Нема никакве славе првоме ако надтрчи другога. НевГен има далеко већу збирку узорака над койими се прави статистика, и знатно већи скуп огранака койе прѣдвиђа, а обойе знатно олакшава прѣдвиђање.
Йедини поштен и мѣродаван начин за утврђивање койи йе прѣдвиђач бољи било би када би се направило надметање гдѣ се статистика свакога од њих прави над истим скупом хапловрст за обуку и над истим скупом огранака за прѣдвиђање, па да се онда над таквими податки изврши прѣдвиђање узорака с познатими СНПови. Све остало йе без смисла.

[Radul]

Ево још једног рада из 2017, гдје је коришћен НевГен у додацима:
Dogan, S., Gurkan, C., Dogan, M., Balkaya, H. E., Tunc, R., Demirdov, D. K., Ameen, N. A., & Marjanovic, D. (2017). A glimpse at the intricate mosaic of ethnicities from Mesopotamia: Paternal lineages of the Northern Iraqi Arabs, Kurds, Syriacs, Turkmens and Yazidis. PloS one, 12(11), e0187408. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0187408

[Јовица Кртинић]

Хајде да ухватим муштулук - Невген добио свој сајт: https://site.nevgen.org/

[Kor]

добар муштулук али помало забачен од очију већине посетилаца форума. Штета што Невски није додао могућност аутоматског рачунања заједничког претка између два хаплотипа. То није тежак посао, говорио сам му својевремено о томе али на жалост није реализовано у пракси. Та би могућност још боље пристајала табели СДП и много би помогла у анализи података.
За сваки маркер узети коефицијенте мутације, сумирати и то је то.

[Atlantische]

Невген коришћен у скоро објављеном раду Sequencing of autosomal, mitochondrial and Y-chromosomal forensic markers in the People of the British Isles cohort detects population structure dominated by patrilineages. Анализирана су 362 STR хаплотипа.

Haplogroups were predicted from mtDNA CR sequences using both EMPOP [24, 25] and HaploGrep2 [[26]]. The desktop version of the Y-STR-based NevGen Y-DNA Haplogroup Predictor software (Gentula and Nevski, Serbian DNA Project, 2015, available at: https://www.nevgen.org/ - with NevGenGeneralPredictor_23_STR.dat file dated 15–10–19) was used to predict MSY haplogroups

[Atlantische]

У казахстанској студији објављеној прошлог месеца су користили Невген.

Genetic Polymorphism of 27 Y-STR Loci in the Western Kazakh Tribes from Kazakhstan and Karakalpakstan, Uzbekistan

Data on the genetic polymorphism of 27 Y-STR in Kazakhs of the Junior Zhuz has been presented and analyzed in relation to forensic features. A total of 464 representatives of the Western Kazakh tribes of Kazakhstan (Western Kazakhs, n = 405) and Uzbekistan (Karakalpakstan Kazakhs, n = 59) were examined by the Yfiler Plus set.

The belonging of haplotypes to haplogroups was assessed using the Nevgen Y-DNA haplogroup predictor software (https://www.nevgen.org/).

[Atlantische]

Из Акре моји, знаш ти добро који!

Haplogroup prediction in the Ghanaian population using haplotype data of 27 Yfiler® Plus loci and TaqMan SNP genotyping

This study describes the use of the 27 loci Yfiler® Plus kit and TaqMan™ SNP genotyping to characterise and predict the haplogroups of Y chromosomes within the four major ethnic populations of Ghana. Haplogroups were assigned using the desktop NevGen software (https://www.nevgen.org/).

The NevGen predicted haplogroups were further screened with TaqMan™ genotyping for confirmation. In conclusion, ≈ 95% of the dataset was classified as M-E1b1a using NevGen combined with TaqMan™ SNP Genotyping for confirmation.