Аутор Тема: Генетичко поријекло Срба  (Прочитано 440258 пута)

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5147
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1220 послато: Јануар 27, 2022, 08:38:56 пре подне »
И не лажи (види цитат и шта сам болдовао), порекло Y3120 занима сваког ко се бави генеалогијом Срба и јужнословенских народа из простог разлога што је најдоминантнија хаплогрупа међу нама и јасно је, бар мени, да иза оног твог коментара и питања које си ми поставио стоје нека другачија размишљања и претпоставке. Ја се свакако нећу појавити на твојој теми (или на било којој другој) са оваквим дрским, да не кажем безобразним ставом, где бих јавно прозвао једног учесника дискусије и критички се понео према његовим претпоставкама а своје задржао само за себе. Где је по теби њено извориште, мислиш ли да је Y3120 настала на Балкану? Можда и CTS10228? Уколико си искрен слободно наведи своју хипотезу.

Баш сам прочитао шта је Атлантише написао, не би ли видио да ли те је можда испоровоцирао са нечим, али не видим ништа што би узроковало да се на овај начин обраћаш учеснику форума, при томе још и уреднику СДП-а. Мислио сам пријавити твоју поруку администраторима форума, али ево ти пишем јавно. Најмање што заслужујеш је бар опомена, да не кажем да бих те ја бановао на неко вријеме да могу директно да одлучујем.

Уопште ми није јасно чему такво понашање. Не зависи овдје никоме живот о томе да ли је узорак Келт, Илир, Словен и да ли је из Бронзаног вијека или 20. вијека.

Ван мреже Владимир Бојановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1367
  • I2>PH908>Y52621>FT190799 Лимски (Тарски) Никшић
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1221 послато: Јануар 27, 2022, 09:26:50 пре подне »
Баш сам прочитао шта је Атлантише написао, не би ли видио да ли те је можда испоровоцирао са нечим, али не видим ништа што би узроковало да се на овај начин обраћаш учеснику форума, при томе још и уреднику СДП-а. Мислио сам пријавити твоју поруку администраторима форума, али ево ти пишем јавно. Најмање што заслужујеш је бар опомена, да не кажем да бих те ја бановао на неко вријеме да могу директно да одлучујем.

Уопште ми није јасно чему такво понашање. Не зависи овдје никоме живот о томе да ли је узорак Келт, Илир, Словен и да ли је из Бронзаног вијека или 20. вијека.
Ево и ја сам поново прочитао његове коментаре и слажем се са тобом, не бих рекао да је провокација била у питању, можда пре сарказам. Мислим да би требало сви ми мало да "спустимо лопту" и сачекамо даљи развој ситуације (укључујући и оне који мисле попут Одисеја јер такве нам теорије уопште нису потребне и могу изазвати само већу штету од користи), као што кажеш тренутно је извучен сваки максимум из овога. Ево ја са овим коментаром се удаљавам са овог места. Што се евентуалног бановања тиче, поштујем сваку одлуку Уредништва па ћу тако и ту коју предлажеш, уколико Уредништво оцени моје обраћање као увредљиву конотацију на рачун Атлантишеа, од које се унапред ограђујем. Претерао можда јесам, али нисам нипошто желео да га увредим, пре да извучем из њега неко његово (конструктивно) размишљање када се већ прикључио дискусији.
« Последња измена: Јануар 27, 2022, 09:28:36 пре подне Владимир Бојановић »

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1222 послато: Јануар 27, 2022, 09:53:25 пре подне »
Гедмеч је завршио анализу датотеке коју сам поставио. Како је било и за очекивати нема неких спектакуларних резултата. Најдужи сегмент на којем наш узорак има преклапања са другима износи 13.5 cM, а процена је да је између њих генеаолошка удаљеност већа од пет генерација. То значи да и даље ништа не знамо, јер је са тако великом удаљеношћу процена аутозомне анализе до те мере непоуздана да се не може знати да ли се заиста ради о 5 или 500 генерација удаљености.

Још једно запажање:
Колико год да су резултати добијени са Гедмеча непоуздани, упадљиво је да међу 1374 резултата са подударањем сегмената дужим од 7 центиморгана (што је и укупан број колико их програм проналази) једва нађох једно презиме за које се може рећи да би могло бити из наших крајева, а и то код странкиње (Jennifer Mamuzic DeTulli).
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5147
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1223 послато: Јануар 27, 2022, 10:01:35 пре подне »
Гедмеч је завршио анализу датотеке коју сам поставио. Како је било и за очекивати нема неких спектакуларних резултата. Најдужи сегмент на којем наш узорак има преклапања са другима износи 13.5 cM, а процена је да је између њих генеаолошка удаљеност већа од пет генерација. То значи да и даље ништа не знамо, јер је са тако великом удаљеношћу процена аутозомне анализе до те мере непоуздана да се не може знати да ли се заиста ради о 5 или 500 генерација удаљености.

Сад сам погледао. Слажем се да и даље ништа одређено не знамо. Међутим, оно што ми је мање више јасно из ове IBD анализе јесте да се не ради о евентуално Србину или Јужном Словену из скоријег периода. Без обзира на изразиту компоненталну блискост, узорак I18719 и ја не дијелимо ниједан сегмент већи од 3cM. Ово уједно говори колико су компоненталне анализе (PCA) небитне када се ради о скоријем периоду и код изразито мијешаних блиских популација.

Узорак I18719 дијели велик број крупних сегмената (преко 10cM) са већим бројем савремених тестираних појединаца. Ради се углавном о западним Европљанима. Не видим ни Балканце ни Словене. Ово не мора да значи да нужно није стар, јер и неки узорци из бронзаног доба (BR2) имају савремених тестираних са преко 10cM дијељеног сегмента.

Оно што јесте интересантно је да I18719 и BR2, иако су узорци из истог периода и географски прилично блиски, не дијеле ниједан сегмент већи од 3cM а и IBD поклапања међу савременим тестираним им нису иста. Ако се и претпостави да оба јесу из бронзаног доба, рекао бих да нису припадала истим популацијама.

Ово IBD поклапање са западњацима, можда треба посматрати и у контексту митохондријалне хаплогрупе (која, ако сам добро запамтио такође иде у том смјеру).

Укратко, ништа сасвим одређено ни из ове IBD анализе, бар што се тиче старости узорка, осим што ми се чини да се не ради о Србину или Јужном Словену из скоријег периода.
« Последња измена: Јануар 27, 2022, 10:03:58 пре подне drajver »

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 962
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1224 послато: Јануар 27, 2022, 10:49:12 пре подне »
Још једно запажање:
Колико год да су резултати добијени са Гедмеча непоуздани, упадљиво је да међу 1374 резултата са подударањем сегмената дужим од 7 центиморгана (што је и укупан број колико их програм проналази) једва нађох једно презиме за које се може рећи да би могло бити из наших крајева, а и то код странкиње (Jennifer Mamuzic DeTulli).

Ево и процесирање овог суперкита што сам ја правио је завршено па погледах поклапања - међутим видим да је последња колона (overlap) скоро свуда розе ("слаба упоредивост") или црвена ("екстремно слаба упоредивост"). То значи да је врло мали број снипова могуће упоредити и да резултате треба узети са много резерве. Код аутозомалних узорака живих људи, обично буде упоредиво око 800.000 снипова, док је код овог археогенетског узорка упоредиво свега 82.000 снипова са резултатима данашњих људи.

Нека ме исправи неко ко је анализирао како раде алгоритми за аутозомално поређење, ја нисам још стигао, али сам читао туђе интерпретације - одређивање дужине сегмента функционише тако што се мери најдужа дистанца између позиција на хромозому код којих је процењено да између два особе нема разлика.

А сматра се да нема разлика ако су сви расположиви узорковани снипови између те две позиције такође једнаки. Међутим, ако код једне особе између две удаљене позиције на посматраном хромозому има још 20-30 узоркованих SNP-ова, а код друге само 2-3, поредиће се оно што је упоредиво, па може да се деси "фантомски" погодак, услед лоше резолуције поређења. То је често ситуација и код поређења FTDNA/MyHeritage резултата са резултатиама компанија 23andMe, Ancestry и сл. - зато се и праве комбиновани (супер)китови, да се прочисти случајан шум и остане само оно што стварно представља легитимно поклапање. Код I18719 међутим изворни BAM је толико шупаљ да ни суперкит није Бог зна колико помогао.

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1225 послато: Јануар 27, 2022, 10:57:42 пре подне »
Ево и процесирање овог суперкита што сам ја правио је завршено па погледах поклапања - међутим видим да је последња колона (overlap) скоро свуда розе ("слаба упоредивост") или црвена ("екстремно слаба упоредивост"). То значи да је врло мали број снипова могуће упоредити и да резултате треба узети са много резерве. Код аутозомалних узорака живих људи, обично буде упоредиво око 800.000 снипова, док је код овог археогенетског узорка упоредиво свега 82.000 снипова са резултатима данашњих људи.

Нека ме исправи неко ко је анализирао како раде алгоритми за аутозомално поређење, ја нисам још стигао, али сам читао туђе интерпретације - одређивање дужине сегмента функционише тако што се мери најдужа дистанца између позиција на хромозому код којих је процењено да између два особе нема разлика.

А сматра се да нема разлика ако су сви расположиви узорковани снипови између те две позиције такође једнаки. Међутим, ако код једне особе између две удаљене позиције на посматраном хромозому има још 20-30 узоркованих SNP-ова, а код друге само 2-3, поредиће се оно што је упоредиво, па може да се деси "фантомски" погодак, услед лоше резолуције поређења. То је често ситуација и код поређења FTDNA/MyHeritage резултата са резултатиама компанија 23andMe, Ancestry и сл. - зато се и праве комбиновани (супер)китови, да се прочисти случајан шум и остане само оно што стварно представља легитимно поклапање. Код I18719 међутим изворни BAM је толико шупаљ да ни суперкит није Бог зна колико помогао.

Тих 82000 је преклапање код узорка са најдужим сегментом, али има узорака са нешто краћим сегментима где је преклапање знатно боље. Максимално је око 196000. Неки оптимум ми се чини код узорка M948898, где је преклапање 165169, а максимални сегмент 11.9 cM.
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже balkanian

  • Гост
  • *
  • Поруке: 4
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1226 послато: Јануар 27, 2022, 01:20:46 поподне »
Сад сам погледао. Слажем се да и даље ништа одређено не знамо. Међутим, оно што ми је мање више јасно из ове IBD анализе јесте да се не ради о евентуално Србину или Јужном Словену из скоријег периода. Без обзира на изразиту компоненталну блискост, узорак I18719 и ја не дијелимо ниједан сегмент већи од 3cM. Ово уједно говори колико су компоненталне анализе (PCA) небитне када се ради о скоријем периоду и код изразито мијешаних блиских популација.

Узорак I18719 дијели велик број крупних сегмената (преко 10cM) са већим бројем савремених тестираних појединаца. Ради се углавном о западним Европљанима. Не видим ни Балканце ни Словене. Ово не мора да значи да нужно није стар, јер и неки узорци из бронзаног доба (BR2) имају савремених тестираних са преко 10cM дијељеног сегмента.

Оно што јесте интересантно је да I18719 и BR2, иако су узорци из истог периода и географски прилично блиски, не дијеле ниједан сегмент већи од 3cM а и IBD поклапања међу савременим тестираним им нису иста. Ако се и претпостави да оба јесу из бронзаног доба, рекао бих да нису припадала истим популацијама.

Ово IBD поклапање са западњацима, можда треба посматрати и у контексту митохондријалне хаплогрупе (која, ако сам добро запамтио такође иде у том смјеру).

Укратко, ништа сасвим одређено ни из ове IBD анализе, бар што се тиче старости узорка, осим што ми се чини да се не ради о Србину или Јужном Словену из скоријег периода.

I'm also fascinated by this sample and tried to upload it to Gedmatch.

I found out that most ancient samples are pseudo-haploid, and because of this they cannot be properly analyzed for IBD segments.

The 10cm segments are false positives, because this would mean a common ancestor 5-6 generations ago, and all his shorter segments are probably false too, because this is a pseudo-haploid genome, and cannot be analyzed this way.

The age of this sample cannot be tested this way, unless his diploid genome is sequenced in the future. It's still possible that this is a recent sample.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5147
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1227 послато: Јануар 27, 2022, 01:47:20 поподне »
I'm also fascinated by this sample and tried to upload it to Gedmatch.

I found out that most ancient samples are pseudo-haploid, and because of this they cannot be properly analyzed for IBD segments.

The 10cm segments are false positives, because this would mean a common ancestor 5-6 generations ago, and all his shorter segments are probably false too, because this is a pseudo-haploid genome, and cannot be analyzed this way.

The age of this sample cannot be tested this way, unless his diploid genome is sequenced in the future. It's still possible that this is a recent sample.

Yes, I have noticed some not so logical things too. For example, no matter how old the sample is, segments larger than 10cm appear. On the other hand, if these false positives appear, why don't they appear in South Slavic tested individuals, at least to some extent.

Anyway, I am not some expert in IBD analysis to be able to say are these positives false or not.

Ван мреже НиколаВук

  • Уредник
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 8506
  • I2-PH908>Y250780>A32852, род Никшића
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1228 послато: Јануар 27, 2022, 03:07:04 поподне »
Баш сам прочитао шта је Атлантише написао, не би ли видио да ли те је можда испоровоцирао са нечим, али не видим ништа што би узроковало да се на овај начин обраћаш учеснику форума, при томе још и уреднику СДП-а. Мислио сам пријавити твоју поруку администраторима форума, али ево ти пишем јавно. Најмање што заслужујеш је бар опомена, да не кажем да бих те ја бановао на неко вријеме да могу директно да одлучујем.

Уопште ми није јасно чему такво понашање. Не зависи овдје никоме живот о томе да ли је узорак Келт, Илир, Словен и да ли је из Бронзаног вијека или 20. вијека.

Ево и ја сам поново прочитао његове коментаре и слажем се са тобом, не бих рекао да је провокација била у питању, можда пре сарказам. Мислим да би требало сви ми мало да "спустимо лопту" и сачекамо даљи развој ситуације (укључујући и оне који мисле попут Одисеја јер такве нам теорије уопште нису потребне и могу изазвати само већу штету од користи), као што кажеш тренутно је извучен сваки максимум из овога. Ево ја са овим коментаром се удаљавам са овог места. Што се евентуалног бановања тиче, поштујем сваку одлуку Уредништва па ћу тако и ту коју предлажеш, уколико Уредништво оцени моје обраћање као увредљиву конотацију на рачун Атлантишеа, од које се унапред ограђујем. Претерао можда јесам, али нисам нипошто желео да га увредим, пре да извучем из њега неко његово (конструктивно) размишљање када се већ прикључио дискусији.

Опомињем овом приликом Владимира због кршења члана 5. Правилника форума "Порекло" и позивам га да свој начин комуникације прилагоди оном који је устаљен на овом форуму. За следећи прекршај правилника следи мера удаљавања са форума.
Чињеницама против самоувереног незнања.

Ван мреже Atlantische

  • Уредник СДНКП
  • Памтиша
  • *****
  • Поруке: 1943
  • G2a-FT221531
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1229 послато: Јануар 27, 2022, 05:39:21 поподне »
Још једном ћу те питати, на основу чега претпостављаш некадашњу широку распрострањеност I-L621 у централној и/или западној Европи, предачке хаплогрупи I-Y3120, ако јој је садашња оваква: https://www.yfull.com/tree/I-L621/?
Не желим да изазивам било какву нову жустру расправу, нити ми је уопште јасно због чега је дискусија отишла у оном смеру, али ћу одговорити да те не бих оставио у недоумици о неком мом ставу. Ја уопште немам идеју нити личну претпоставку о томе којој су популацији припадали и на којој су се територији пре утапања у (прото)словенски корпус налазили носиоци Y3120. Као лаик се руководим оним што је више или мање усаглашено међу људима упућеним и најзаинтересованијим за то питање. Јавио сам се искључиво због твоје занимљиве теорије о Келтима као првобитним носиоцима Y3120, и то као неко ко се можда више од просечног члана форума неко време занимао за Келте, Халштат, Латен, док се нисам добрано ''охладио'' од изучавања далеке прошлости, којој у односу на пре коју годину много мање посвећујем пажње. А твоја теорија о Келтима ми је занимљива због од стране мене поменутог солидног броја скоро објављених келтских узорака са подручја њихових првобитних култура, међу којима нема ниједног Y3120, па ме је занимало како то објашњаваш. А уз то бих додао и непостојање и било какву разноврсност Y3120 међу данашњим алпским популацијама. То је дакле мој једини разлог јављања и дискутовања о Y3120 са тобом, ништа лично нити спектакуларно.

Цитат
И не лажи (види цитат и шта сам болдовао), порекло Y3120 занима сваког ко се бави генеалогијом Срба и јужнословенских народа из простог разлога што је најдоминантнија хаплогрупа међу нама и јасно је, бар мени, да иза оног твог коментара и питања које си ми поставио стоје нека другачија размишљања и претпоставке. Ја се свакако нећу појавити на твојој теми (или на било којој другој) са оваквим дрским, да не кажем безобразним ставом, где бих јавно прозвао једног учесника дискусије и критички се понео према његовим претпоставкама а своје задржао само за себе. Где је по теби њено извориште, мислиш ли да је Y3120 настала на Балкану? Можда и CTS10228? Уколико си искрен слободно наведи своју хипотезу.
Мислим да постоји немали број припадника било које хаплогрупе, па тако и саме Y3120, који не придају много значаја или личног труда у покушају да себи и другима одгнонетну проблематику порекла и ширења неке хаплогрупе. Једноставно, неким људима је занимљивије бавити се сеобама и кретањима од пре 200, 500, 1000 година, јер све то спада у домен генетичке генеаологије, докле год је уз њену помоћ нешто ново доказиво или обориво. Неко само прати теме о хаплогрупама и кретањима народа од пре више миленијума, али се не упушта у њих, све више тако радим и ја. Када си већ одредио мој став о томе, грешиш. Ја лично највише волим и уживам да читам дискусије о новим или егзотичним подгранама било које хаплогрупе, попут рецимо J1-PF7263, док ме вишегодишње дискусије (док се не објави неки нови древни резултат или нпр. узводна грана) које се најчешће врте око истих ствари у случају Y3120 не занимају толико. Надам се да сам овим спустио беспотребно изазване тензије.
''Заведени светским чудима, заборависмо на себе и на своје порекло." - М. Капор

Ван мреже Србин

  • Помоћник
  • ****
  • Поруке: 164
  • Y-DNA: I2a-Z17855>BY190177
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1230 послато: Јануар 27, 2022, 06:49:06 поподне »
Из рада Ружице Дрехслер-Бижић да се приметити како постоје само две ознаке са бројем 10 и то: гроб 10 и блок 10.

На последњим странама рада приказан је хоризонтални и вертикални профил у различитој размери, као и мапа хоризонталног профила са ознакама. Ради лакше визуелизације локалитета спојио сам слике хоризонталног профила, те означио димензије што омогућава поређење са вертикалним профилом приказаним у другој размери.

Хоризонтални профил:
https://drive.google.com/file/d/1m_VjihRlw-VcykDHjltRw4dnimQl8uKu/view?usp=sharing

Вертикални профил:
https://drive.google.com/file/d/1_xG1JCmelTLo2oh6fL3abGXCNn_NKl-_/view?usp=sharing

Ван мреже Александар Невски

  • Редакција СДНКП
  • Истраживач
  • ******
  • Поруке: 1136
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1231 послато: Јануар 27, 2022, 07:40:45 поподне »
И я се прикључуйем расправи о изворности наводно древна узорка из яме Бездањаче у Хрватской. Пошто ми йе йутрос Ойлером послат узорак, погледах га, проучих, и ево шта могу рећи о њем.
Прво урадих за њега рачунач ВВорлд9 и упоредих га с другими узорки, с узорки Србов.

ВВорлд9         Бездањача      Я         Човѣк са Златибора      Човѣк из Врања   Шумадинац      Моя мати

Atlantic_Baltic:   57.3445%      60.3651%      60.7233%         55.9402%   61.4515%      60.3111%
Southern:      21.2519%      21.3668%      18.9867%         22.2446%   19.4206%      20.8639%
Caucasus_Gedrosia:   16.4822%      16.1865%      18.9342%         20.4764%   17.1599%      16.7268%
African:      2.0700%         0.0000%         0.0000%            0.0000%      0.0000%         0.0000%
Siberian:      1.8691%         1.6163%         0.0000%            0.7051%      0.5480%         1.8828%
Amerindian:      0.4339%         0.0000%         0.0374%            0.1377%      0.3793%         0.0015%
Australasian:      0.3101%         0.1922%         0.0000%            0.4510%      0.3648%         0.2088%
East_Asian:      0.2383%         0.1236%         1.3184%            0.0436%      0.2724%         0.0028%
South_Asian:      0.0000%         0.1496%         0.0000%            0.0013%      0.4035%         0.0023%

Могу рећи да се по скоро свих областих узорак I18719 одлично слаже са србскими узорки. Написах по скоро свих, йер се не слаже по Африци. Он има 2.0700% Африке, док сви остали Срби койе имах прилике погледати или имайу чисту 0, или су йой врло близки, реда 0.05%. Вѣруйем да се ту ради о подсахарской Африци. Али, на слици гдѣ су исцртани одсѣчци истим рачуначем, нема одсѣчака из Африке, осим мале мрље на крайу 16-га хромозома. Што говори да би ово могао бити шум.



Затим погледах зайедничке одсѣчке узорка I18719 с другими узорки у мойем посѣду, и уочих да их нема већих од 3-4 цМ. Затим, упоредих мой узорак с овим узорком, али и с неколикими другими, укључуйући ту и неколике древне узорке. Чини ми се безмисленим да имам веће зайедничке одсѣчке с Лошбуром и Штугартом него ли с узорком из Бездањаче.
Затим посматрах податак постотка укупних разлик у упоредивих ПЙРовах између мене и других узорака, и ево шта добих, поређано у растући поредак:

23.6203%% разлик са Србином 1
23.7028%% разлик са Србином 2
23.8672% разлик са Србином 3
23.9568% разлик са узорком "Бр2" (древни узорак, око 1000 годин п.н.е. из Мађарске)
24.1620% разлик са узорком "ЛБК Штутгарт" (древни узорак, око 6000 годин п.н.е.)
25.2965% разлик са узорком "Лошбур" (древни узорак, око 6000 годин п.н.е.)
26.2392% разлик са узорком "Костенки 14" (древни узорак, око 35000-40000 годин п.н.е.)
27.0417% разлик са узорком "I18719"

Испада да имам већи постотак разлика с узорком из Бездањаче него са гомилом древних узорака, укључуйући ту и узорак од прѣ 35-40 тисушт годин, што йе йош безсмисленийе.
Очито йе да узорак I18719 има знатан постотак погрѣшно очитаних врѣдности, "смећа", койе онемогућава одређивање зайедничких одсѣчака с другими узорки, али при том не прави већу штету за одређивање постотака измѣшаности.

Затим ми паде на памет да би чудан постотак Африке у његовом рачуначу могао бити послѣдица ових погрѣшних врѣдностий, пошто йе општеродствена наслѣдна твар подсахарске Африке найразноликия, па би било очекивано да буде послѣдица погрѣшнога очитавања. И то онда провѣрих. Ево шта се добия када у мойем узорку само два посто ПЙРова замѣним случайними врѣдностими (при том трѣба имати у виду да ће у 50% случайева случайне врѣдности бити истовѣтне стварними, йер су оне у суштини двойне, 0 или 1).


"Чисти" Невски, ВВорлд9            "Запрљани" Невски, с 2% случайних врѣдностий.

Atlantic_Baltic:   60.3651%      58.3784%
Southern:      21.3668%      20.8035%
Caucasus_Gedrosia:   16.1865%      15.7852%
Siberian:      1.6163%         1.4170%
Australasian:      0.1922%         0.0976%
South_Asian:      0.1496%         0.0928%
East_Asian:      0.1236%         1.3293%
African:      0.0000%         2.0962%
Amerindian:      0.0000%         0.0000%

Као што видимо, убацивањем случайних врѣдностий, Африка скаче с нуле на 2.09%, док Источна Азия има нешто мањи скок, док се све остале врѣдности смањуйу, мање или више сразмѣрно.
Исто тако погледайте шта се догађа када мой запрљани узорак (исто на 2%) упоредим с узорком мойе матере:



Умѣсто да изгледайу овако.



Као што видимо, запрљани узорци су неупотрѣбљиви за поређење зайедничких одсѣчака. То обяшњава зашто наш узорак нема поклапања тамо гдѣ их очекуйемо.

Погрѣшне врѣдности ПЙРов су послѣдица мале дубине очитавања. Вѣроватно нѣсу имали новаца платити за већу дубину. А с већом дубином брзо опада брой погрѣшно очитаних врѣдностий, у њихове вредности постайу поузданийе и погоднийе за зайедничке одсѣчке.

На крайу, рекао бих да йе мало вѣроватно да узорак стварно потиче из желѣзнога доба. Све изгледа исувише натегнуто, да и мушка лоза и општа генетика буду онакве каквих тада нѣйе било, а да се одлично слажу са садашњим стањем. Мислим да ту нема ни "Д" од древнога узорка. А сада, йе ли то скория жртва, из 2-га свѣтскога рата, или од прѣ некога вѣка, то не знамо.
За мене йе ово питање завршено, бар док се не появе нови подаци.
Србски пѣсник Лаза Костић: "у млазових прочитам сричући" "по уздасих тако први' у јунака реч поврви"

Ван мреже Ojler

  • Члан Управног одбора
  • Бели орао
  • *
  • Поруке: 5294
  • Y-DNK: I2-Y3120 Z17855>PH3414 Мириловићи
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1232 послато: Јануар 27, 2022, 07:53:54 поподне »
Свака част Невски на анализи!
Kамене рабъ и госодинъ

Ван мреже balkanian

  • Гост
  • *
  • Поруке: 4
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1233 послато: Јануар 28, 2022, 02:10:12 поподне »
Yes, I have noticed some not so logical things too. For example, no matter how old the sample is, segments larger than 10cm appear. On the other hand, if these false positives appear, why don't they appear in South Slavic tested individuals, at least to some extent.

Anyway, I am not some expert in IBD analysis to be able to say are these positives false or not.

I think all the matches are false positives.
The official genotype files are available here in the .geno/snp/ind format: https://www.nature.com/articles/s41586-021-04287-4#Sec20

When the i18719 sample is extracted, his data looks like this:

rs3094315   1   752566   AA
rs7419119   1   842013   TT
rs950122   1   846864   CC

all his alleles are homozygous (AA, CC etc.) in other words this is not a proper human genome, but a pseudo-haploid one.
When this file is uploaded to gedmatch, it isn't even accepted into the matching process, because of this.

I think the BAM conversion software you used added some fake heterozygous SNPs, which i18719 actually doesn't have, and all the matches he gets are a result of this.
The matches are western European simply because they are very overrepresented on Gedmatch.

I'm also not an expert and maybe I'm doing something wrong in the conversion, but on the Reich lab website it says most of their ancient genotypes are pseudo-haploid, and it really looks to me that this is the case with i18719 too.

Ван мреже Драган Обреновић

  • Члан Управног одбора
  • Истраживач
  • *
  • Поруке: 962
  • R1b-U152>FTA27217
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1234 послато: Јануар 28, 2022, 02:17:22 поподне »
Thanks man, that's a very valuable insight!

Ван мреже balkanian

  • Гост
  • *
  • Поруке: 4
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1235 послато: Јануар 28, 2022, 02:38:21 поподне »

Ван мреже balkanian

  • Гост
  • *
  • Поруке: 4
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1236 послато: Јануар 28, 2022, 03:09:02 поподне »
ВВорлд9         Бездањача      Я         Човѣк са Златибора      Човѣк из Врања   Шумадинац      Моя мати

Very interesting Analysis!
could you share the Eurogenes k13 results of these Serbian perons?

Ван мреже Владимир Бојановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 1367
  • I2>PH908>Y52621>FT190799 Лимски (Тарски) Никшић
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1237 послато: Јануар 29, 2022, 09:19:15 пре подне »
Не желим да изазивам било какву нову жустру расправу, нити ми је уопште јасно због чега је дискусија отишла у оном смеру, али ћу одговорити да те не бих оставио у недоумици о неком мом ставу. Ја уопште немам идеју нити личну претпоставку о томе којој су популацији припадали и на којој су се територији пре утапања у (прото)словенски корпус налазили носиоци Y3120. Као лаик се руководим оним што је више или мање усаглашено међу људима упућеним и најзаинтересованијим за то питање. Јавио сам се искључиво због твоје занимљиве теорије о Келтима као првобитним носиоцима Y3120, и то као неко ко се можда више од просечног члана форума неко време занимао за Келте, Халштат, Латен, док се нисам добрано ''охладио'' од изучавања далеке прошлости, којој у односу на пре коју годину много мање посвећујем пажње. А твоја теорија о Келтима ми је занимљива због од стране мене поменутог солидног броја скоро објављених келтских узорака са подручја њихових првобитних култура, међу којима нема ниједног Y3120, па ме је занимало како то објашњаваш. А уз то бих додао и непостојање и било какву разноврсност Y3120 међу данашњим алпским популацијама. То је дакле мој једини разлог јављања и дискутовања о Y3120 са тобом, ништа лично нити спектакуларно.
Мислим да постоји немали број припадника било које хаплогрупе, па тако и саме Y3120, који не придају много значаја или личног труда у покушају да себи и другима одгнонетну проблематику порекла и ширења неке хаплогрупе. Једноставно, неким људима је занимљивије бавити се сеобама и кретањима од пре 200, 500, 1000 година, јер све то спада у домен генетичке генеаологије, докле год је уз њену помоћ нешто ново доказиво или обориво. Неко само прати теме о хаплогрупама и кретањима народа од пре више миленијума, али се не упушта у њих, све више тако радим и ја. Када си већ одредио мој став о томе, грешиш. Ја лично највише волим и уживам да читам дискусије о новим или егзотичним подгранама било које хаплогрупе, попут рецимо J1-PF7263, док ме вишегодишње дискусије (док се не објави неки нови древни резултат или нпр. узводна грана) које се најчешће врте око истих ствари у случају Y3120 не занимају толико. Надам се да сам овим спустио беспотребно изазване тензије.
Хвала на одговору. Желим овом приликом да ти се јавно извиним и укратко одговорим што се теорије о (прото)келтском пореклу узорка тиче, сасвим је могућа под условом да је старост узорка нешто млађа од предвиђене, али то је само моја претпоставка. Да ли ће на крају испасти Келт или Илир или нешто треће скроз ми је небитно јер сам отворен за било коју могућност. Ми о развоју I-CTS10228 и периода када је настала (пре 5000 година) до њеног грањања па чак ни о развоју Y3120 од њеног настанка од пре 3400. год. до 2-3. века пне. (дакле, ради се о скоро 3000 година развоја наших предачких линија) не знамо апсолутно ништа. У сваком случају будући археогенетски резултати са западног Балкана и уопште са Балкана даће нам можда одговоре на ова питања (само да се не буде спекулисало о масовним саботажама аутохтониста :) ), а можда и неће.
« Последња измена: Јануар 29, 2022, 09:22:03 пре подне Владимир Бојановић »

Ван мреже ZO

  • Члан Друштва
  • Помоћник
  • *****
  • Поруке: 161
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1238 послато: Јануар 29, 2022, 04:29:41 поподне »
Сад сам погледао. Слажем се да и даље ништа одређено не знамо. Међутим, оно што ми је мање више јасно из ове IBD анализе јесте да се не ради о евентуално Србину или Јужном Словену из скоријег периода. Без обзира на изразиту компоненталну блискост, узорак I18719 и ја не дијелимо ниједан сегмент већи од 3cM. Ово уједно говори колико су компоненталне анализе (PCA) небитне када се ради о скоријем периоду и код изразито мијешаних блиских популација.

Узорак I18719 дијели велик број крупних сегмената (преко 10cM) са већим бројем савремених тестираних појединаца. Ради се углавном о западним Европљанима. Не видим ни Балканце ни Словене. Ово не мора да значи да нужно није стар, јер и неки узорци из бронзаног доба (BR2) имају савремених тестираних са преко 10cM дијељеног сегмента.

Оно што јесте интересантно је да I18719 и BR2, иако су узорци из истог периода и географски прилично блиски, не дијеле ниједан сегмент већи од 3cM а и IBD поклапања међу савременим тестираним им нису иста. Ако се и претпостави да оба јесу из бронзаног доба, рекао бих да нису припадала истим популацијама.

Ово IBD поклапање са западњацима, можда треба посматрати и у контексту митохондријалне хаплогрупе (која, ако сам добро запамтио такође иде у том смјеру).

Укратко, ништа сасвим одређено ни из ове IBD анализе, бар што се тиче старости узорка, осим што ми се чини да се не ради о Србину или Јужном Словену из скоријег периода.

У вези овог спорног узорка из Бездењаче у Хрвстакој - ево једног рада који објашњава на који начин, којом методом, у случају контаминације са ДНК данашњег човека научници могу да буду сигурни да се ради о древном узорку.

https://www.pnas.org/content/111/6/2229

Separating endogenous ancient DNA from modern day contamination in a Siberian Neandertal

Pontus Skoglund, Bernd H. Northoff, Michael V. Shunkov, Anatoli P. Derevianko, Svante Pääbo, Johannes Krause, and Mattias Jakobsson
 
February 11, 2014


Ван мреже filipi

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 1141
  • I-CTS10228_Y4882_A1328*
Одг: Генетичко поријекло Срба
« Одговор #1239 послато: Јануар 29, 2022, 09:28:32 поподне »
У вези овог спорног узорка из Бездењаче у Хрвстакој - ево једног рада који објашњава на који начин, којом методом, у случају контаминације са ДНК данашњег човека научници могу да буду сигурни да се ради о древном узорку.

https://www.pnas.org/content/111/6/2229

Separating endogenous ancient DNA from modern day contamination in a Siberian Neandertal

Pontus Skoglund, Bernd H. Northoff, Michael V. Shunkov, Anatoli P. Derevianko, Svante Pääbo, Johannes Krause, and Mattias Jakobsson
 
February 11, 2014
Kontaminacija se sigurno nije desila. Problem je što se kod ovog uzorka nije radilo radiokarbonsko datiranje.