Аутор Тема: Древна ДНК - научни радови  (Прочитано 237361 пута)

Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1280 послато: Децембар 22, 2023, 07:19:29 поподне »
https://www.nature.com/articles/s41588-023-01582-w

званично је објављен рад: Accurate detection of identity-by-descent segments in human ancient DNA

Узорци из култура гробових јама (Јамна) , врпчасте керамике (Corded Ware) и Афанасијево дијеле сегменте и до 20 цм, што значи заједничког претка прије око 5 генерација.

Corded Ware дијели велике сегменте и с Globular Amphora културом, поготово узорцима из западне Украјине.

Ван мреже Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 516
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1281 послато: Децембар 23, 2023, 10:23:46 пре подне »
https://www.nature.com/articles/s41588-023-01582-w

званично је објављен рад: Accurate detection of identity-by-descent segments in human ancient DNA

Узорци из култура гробових јама (Јамна) , врпчасте керамике (Corded Ware) и Афанасијево дијеле сегменте и до 20 цм, што значи заједничког претка прије око 5 генерација.

Corded Ware дијели велике сегменте и с Globular Amphora културом, поготово узорцима из западне Украјине.

И то ништа мање не важи чак и за географски најудаљенију варијанту, културу бојних секира у Шведској. Са друге стране код звонастих пехара (Bell Beaker) узорака GAC компонента драстично опада. Али изгледа да опада и код пољских узорака врпчасте керамике који деле веће сегменте са литванском касним неолитом, што је у најмању руку чудно.

Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1282 послато: Децембар 23, 2023, 05:58:29 поподне »
И то ништа мање не важи чак и за географски најудаљенију варијанту, културу бојних секира у Шведској. Са друге стране код звонастих пехара (Bell Beaker) узорака GAC компонента драстично опада. Али изгледа да опада и код пољских узорака врпчасте керамике који деле веће сегменте са литванском касним неолитом, што је у најмању руку чудно.

Lithuania_LN су такође CWC узорци, нису фармери.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1283 послато: Децембар 23, 2023, 07:16:04 поподне »
Lithuania_LN су такође CWC узорци, нису фармери.

Ти познонеолитски и CWC узорци носе и приличан проценат неолитске земљорадничке генетике, поред оне степске. У оваквом проценту се та генетика први пут јавља на тлу Литваније што значи да је и CWC популација која је продирала у Литванију већ прошла фазу мијешања са земљорадницима (вјероватно управо GAC). Ово крајем неолита, у енеолиту и бронзаном добу прилично мијења генетичку слику на простору Литваније. Претходно је ту живјело становништво које је носило и до 80% WHG генетику.

Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1284 послато: Децембар 23, 2023, 08:04:32 поподне »
Ти познонеолитски и CWC узорци носе и приличан проценат неолитске земљорадничке генетике, поред оне степске. У оваквом проценту се та генетика први пут јавља на тлу Литваније што значи да је и CWC популација која је продирала у Литванију већ прошла фазу мијешања са земљорадницима (вјероватно управо GAC). Ово крајем неолита, у енеолиту и бронзаном добу прилично мијења генетичку слику на простору Литваније. Претходно је ту живјело становништво које је носило и до 80% WHG генетику.

GAC генетику носи и Фатјаново култура (источни огранак CWC) око данашње Москве.

неки сценарио који можемо реконструисати на темељу ових података јесте:

1)Преци Јамне и Афанасијева (R1b-Z2103) и Кордед Вера (R1a-M417 и R1b-L51) су живјели веома близу једни другима, вјероватно у некој касној вариајнти Средни Стог културе у данашњој централној Украјини.

2)Затим се Јамна шири Евроазијском степом, а CWC прво одлази у данашњу западну Украјину гдје се мијеша с GAC, па се одатле шири на сјеверозапад и сјевероисток.

отприлике све како је приказано на овој мапи:

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 909
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1285 послато: Децембар 23, 2023, 08:15:38 поподне »
Нарва, енигма. Мада и не толико, сличан проценат су носиле још неке популације, али значајно западније и у мањој мери (не 80%). Уочава се образац, обично је то био физичким особинама терена формиран запећак. Буквално се нису мешали ни по мтдна, јер су доминантно WHG mtdna U. Пошто тамо нема планина (као у Шкотској) могу захвалити шумама и мочварама што неолићани нису били заинтересовани. И хладноћи. Остаје додуше питање зашто EHG нису бацили око на тај простор.
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1286 послато: Децембар 23, 2023, 08:25:11 поподне »
Нарва, енигма. Мада и не толико, сличан проценат су носиле још неке популације, али значајно западније и у мањој мери (не 80%). Уочава се образац, обично је то био физичким особинама терена формиран запећак. Буквално се нису мешали ни по мтдна, јер су доминантно WHG mtdna U. Пошто тамо нема планина (као у Шкотској) могу захвалити шумама и мочварама што неолићани нису били заинтересовани. И хладноћи. Остаје додуше питање зашто EHG нису бацили око на тај простор.

Треба рећи да се Нарва генетика код прото-Балта донекле обновила послије овог индоевропског "удара" у енеолиту и бронзаном добу. Никад наравно на ранији ниво, али су генерално прото-балтске популације позног бронзаног и гвозденог доба више "Нарва" него што су то биле популације енеолита и раног бронзаног доба са истог простора. Може се рећи, шума је узвратила ударац.  :)

Ван мреже Ивица Јовановић

  • Члан Друштва
  • Истраживач
  • *****
  • Поруке: 909
  • J-L70 > J-Z40772* mdDNA:HV-b15a
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1287 послато: Децембар 23, 2023, 08:48:52 поподне »
Жилава је та I2, много жилава раса. Остаће на крају само они и бубашвабе.
Милутин Бранковић, 4. ескадрон Коњичке дивизије. Крф 26.04.1916.
Сава Питић, 13. Пук. Острво Видo 24.01.1916.
Сима Мијуцић, 9. пешадијски пук. Браунау 1917.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1288 послато: Децембар 23, 2023, 08:53:31 поподне »
Жилава је та I2, много жилава раса. Остаће на крају само они и бубашвабе.

У случају Нарве, прије ће бити да су жене биле те које су биле жилаве, јер Нарва I2 линије и нису баш преживјеле.

Ван мреже Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 516
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1289 послато: Децембар 23, 2023, 10:36:39 поподне »
GAC генетику носи и Фатјаново култура (источни огранак CWC) око данашње Москве.

неки сценарио који можемо реконструисати на темељу ових података јесте:

1)Преци Јамне и Афанасијева (R1b-Z2103) и Кордед Вера (R1a-M417 и R1b-L51) су живјели веома близу једни другима, вјероватно у некој касној вариајнти Средни Стог културе у данашњој централној Украјини.

2)Затим се Јамна шири Евроазијском степом, а CWC прво одлази у данашњу западну Украјину гдје се мијеша с GAC, па се одатле шири на сјеверозапад и сјевероисток.

отприлике све како је приказано на овој мапи:



Јасно. А Bell Beaker је директо из степе, без много мешања са GAC?

Ван мреже Црна Гуја

  • Уредник СДНКП
  • Етнолог
  • *****
  • Поруке: 2523
  • I2-BY55783>BY79593
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1290 послато: Децембар 24, 2023, 12:30:11 поподне »

Јасно. А Bell Beaker је директо из степе, без много мешања са GAC?

Bell Beaker је проистекао из CWC. Рани Bell Beaker узорци су аутосомално готово идентични CWC, док каснији имају већи удео EEF, због мешања са каснонеолитским популацијама централне и западне Европе. Једина разлика између CWC и раних Bell Beaker-a су мушке лозе, код првих је била доминантна R1a-Z283, а код других R1b-L51.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1291 послато: Децембар 24, 2023, 02:32:48 поподне »
Било би добро кад би се на основу досадашњих археогентичких узорака могла направити динамичка карта (или неки видео), продора степске генетике у Европу. Претпостављам да је све почело око 2700-2800 п.н.е. када престају да постоје "староевропске" културе, трипољска и GAC, на подручју данашње Украјине. Најмање је јасна ситуација на дунавском ушћу и источном Балкану. Да ли је ту дошло до ранијег продора Индоевропљана? Уколико јесте, у којој мјери. Судећи по раду који је љетос објављен, "староевропске" културе енеолита и прије продора Индевропљана биле су замрле. Поред тога, евидентно је да су културе са подручја дунавске делте, Чернавода и Усатово, прелазне културе у којима је било степских елемената и прије суштинског продора Индоевропљана.

Постоје теорије да су климатски услови (сушно доба) условиле да земљорадничке културе пропадну. А да су становници степе као сточари, боље прошли кроз тај период и касније у својој експанзији искористили то као предност. Посебно је интересантно што је култура балканског енеолита,  која је била технолошки напредна (са развијеном прерадом бакра), и са већ социјално стратификованим друштвом, сама од себе пропала. И то пар стотина година прије продора Индоевропљана.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1292 послато: Јануар 12, 2024, 06:35:17 пре подне »
Не могу се сјетити да ли смо је помињали у препринту, али видим да је ових дана објављена коначна верзија студије под називом:
Population genomics of post-glacial western Eurasia
https://www.nature.com/articles/s41586-023-06865-0

Ван мреже Кековац

  • Уредник СДНКП
  • Познавалац
  • *****
  • Поруке: 516
  • I2-S25733>PH2670>Y200040
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1293 послато: Јануар 12, 2024, 06:58:39 пре подне »
Не могу се сјетити да ли смо је помињали у препринту, али видим да је ових дана објављена коначна верзија студије под називом:
Population genomics of post-glacial western Eurasia
https://www.nature.com/articles/s41586-023-06865-0

Мислим да смо о препринту дискутовали на овој теми. Такође су објављени и повезани радови као што је овај https://www.nature.com/articles/s41586-023-06862-3.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1294 послато: Јануар 12, 2024, 11:52:51 пре подне »
Не знам да ли сам добро разумио, али чини ми се да су у горе наведеном раду аутосомално извориште за WHG популацију пронашли у палеолитском узорку са Кавказа, старом преко 20.000 година. Ради се о женском узорку NEO283 из налазишта Kotias Klde у Грузији.

Уколико јесам добро разумио, ово би могла бити аутосомална профилација првобитне IJ популације, тј. популације из које су се издвојиле I и J хаплогрупе.


Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1295 послато: Јануар 12, 2024, 01:14:37 поподне »
Не знам да ли сам добро разумио, али чини ми се да су у горе наведеном раду аутосомално извориште за WHG популацију пронашли у палеолитском узорку са Кавказа, старом преко 20.000 година. Ради се о женском узорку NEO283 из налазишта Kotias Klde у Грузији.

Уколико јесам добро разумио, ово би могла бити аутосомална профилација првобитне IJ популације, тј. популације из које су се издвојиле I и J хаплогрупе.

Мислим да је овај узорак ипак само пријелазна популација између прото-Вилабруне која је већ у палеолиту постојала на Балкану и базалних евроазијаца који су живјели на Арапском полуострву. Исто као и необјављени узорак Дзудзуана с Кавказа.

Само што још немамо узорке Вилабруне и базалних евроазијаца из палеолоита, па је у њиховом моделу од понуђених палеолитксих узорака овај најближе сродан каснијим WHG/Вилабруна узорцима.

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1296 послато: Јануар 12, 2024, 03:21:20 поподне »
Мислим да је овај узорак ипак само пријелазна популација између прото-Вилабруне која је већ у палеолиту постојала на Балкану и базалних евроазијаца који су живјели на Арапском полуострву. Исто као и необјављени узорак Дзудзуана с Кавказа.

Само што још немамо узорке Вилабруне и базалних евроазијаца из палеолоита, па је у њиховом моделу од понуђених палеолитксих узорака овај најближе сродан каснијим WHG/Вилабруна узорцима.

Претпоставио сам нешто слично. Волио бих видјети, кад узорци буду доступни у scaled варијанти, како овај NEO283 стоји не само у односу на Вилабруну, већ и у односу на мезолитске CHG кавкаске узорке.

Ван мреже Никац

  • Истраживач
  • *******
  • Поруке: 938
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1297 послато: Јануар 12, 2024, 04:26:41 поподне »
Претпоставио сам нешто слично. Волио бих видјети, кад узорци буду доступни у scaled варијанти, како овај NEO283 стоји не само у односу на Вилабруну, већ и у односу на мезолитске CHG кавкаске узорке.

Према овом препринту https://www.biorxiv.org/content/10.1101/423079v1
-Дзудзуана је 72% Вилабруна + 28% базалан
-CHG је 63% Дзудзуана + 37% АNЕ из Сибира
-Неолитски Анадолски фармери су остали јако блиски (готово идентични) Дзудзуани

NEO283 и Дзудзуана су вјероватно иста популација, из истог су периода и подручја, а и у овој новој студији моделују NEO283 слично као и Дзудзуану:

we find that a well-fitting graph for this Caucasus Upper Palaeolithic lineage derives it as a mixture of predominantly west Eurasian Upper Palaeolithic HG ancestry (76%), with a contribution of about 24% from a ‘basal Eurasian’ ghost population

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1298 послато: Јануар 15, 2024, 08:39:28 пре подне »
Нова студија под насловом

"Cases of Trisomy 21 and Trisomy 18 among Historic and Prehistoric Individuals discovered from Ancient DNA"

Трисомије или полисомије су као што је познато умножавање копија хромозома које доводе до генетичких поремећаја, попут Дауновог синдрома. У студији су покушавали да детектују такве случајеве у сету древних узорака и занимљиво да су више случајева трисомије нашли у иберијском гвозденом добу (углавном код дјеце). Такође из гробног инвентара закључују да су појединци са таквим поремећајима били пуноправни чланови заједнице. Ово је апстракт:

"Aneuploidies, and in particular, trisomies represent the most common genetic aberrations observed in human genetics today. To explore the presence of trisomies in historic and prehistoric populations we screen nearly 10,000 ancient human individuals for the presence of three copies of any of the target autosomes. We find clear genetic evidence for six cases of trisomy 21 (Down syndrome) and one case of trisomy 18 (Edwards syndrome), and all cases are present in infant or prenatal burials. We perform comparative osteological examinations of the skeletal remains and find overlapping skeletal markers, many of which are consistent with these syndromes. Interestingly, three cases of trisomy 21, and the case of trisomy 18 were detected in two contemporaneous sites in early Iron Age Spain (800-400 BCE), potentially suggesting a higher frequency of burials of trisomy carriers in those societies. Notably, the care with which the burials were conducted, and the items found with these individuals indicate that ancient societies likely acknowledged these individuals with trisomy 18 and 21 as members of their communities, from the perspective of burial practice."

Узорци су постављени на ENA
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB71003

Ван мреже drajver

  • Члан Друштва
  • Бели орао
  • *****
  • Поруке: 5170
Одг: Древна ДНК - научни радови
« Одговор #1299 послато: Јануар 15, 2024, 01:07:33 поподне »
Шематизован приказ археогенетичке композиције савременог европског становништва из рада "The selection landscape and genetic legacy of ancient Eurasians"
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38200293/