Древна ДНК - научни радови

[Кековац]

Граветијански узорци из Кремса који носе хаплогрупу I (има их три ако се не варам) и узорак из Вестоница DLV005 који је такође I, стари су око 30.000 година. Дакле присуство хаплогрупе I у Европи у Граветијену, тј. у периоду прије LGM није спорно. Међутим у Граветијанској Европи не доминира хаплогрупа I већ хаплогрупа C. Иако ови узорци из Кремса и Вестоница носе хаплогрупу I, аутосомално они припадају Vestonice кластеру, за који у раду наводе да је током LGM изумро. Вилабруна кластер је ипак нешто друго у односу на Вестонице кластер. Вилабруна нема ANE компоненту, не види се у њој ни траг Вестонице/Костенки компоненте, међутим свакако је повезана са Fornuol или Goyet-Q116 кластером, али не само са њим. Недостаје нам нека, могло би се рећи "ghost population" која је живјела на Балкану, током Граветијенског периода (дакле прије LGM), која је била богата I хаплогрупом (да не кажем да је вјероватно хаплогрупа I у оквиру ње и настала), која је у мањем проценту свој генетски материјал дала и епипалеолитској популацији Анадолије (отуд та веза Блиски исток-Вилабруна).

Ово је наравно само моје слободно размишљање на тему, не нека изричита тврдња.

Већ смо Никац и ја на овој теми дискутовали о присуству ANE генетике у Вилабруна популацији. Изгледа да је неких утицаја било али након LGM-а. Тако да си у праву што се тиче ANE компоненте. Мислим да се хаплогрупа I пре LGM-а простирала од централне Европе на северозападу до Ирана на југоистоку и на том потезу је била вероватно и та пре-WHG популација. Дефинитивно недостаје ту негде неки аутозомални кластер који би објаснио WHG. Можда није у питању Балкан, него Грузија или Анадолија Једино ми овде није јасно како видиш везу са Fornuol или Goyet-Q116 кластерима?

[Кековац]

Додао бих још и да ми је интересантна блискост Сиделкино (EHG) и Вилабруна (WHG) популација. Можда постоји и нека дубља веза, осим доказаног ширења WHG на исток већ у раном Холоцену. Занимљиво је и да је J1 једна од хаплогрупа које су пронађене у Сиделкино кластеру.

[drajver]

Већ смо Никац и ја на овој теми дискутовали о присуству ANE генетике у Вилабруна популацији. Изгледа да је неких утицаја било али након LGM-а. Тако да си у праву што се тиче ANE компоненте. Мислим да се хаплогрупа I пре LGM-а простирала од централне Европе на северозападу до Ирана на југоистоку и на том потезу је била вероватно и та пре-WHG популација. Дефинитивно недостаје ту негде неки аутозомални кластер који би објаснио WHG. Можда није у питању Балкан, него Грузија или Анадолија Једино ми овде није јасно како видиш везу са Fornuol или Goyet-Q116 кластерима?

Fornuol или Goyet-Q116 је подлога на коју се калемило pre-Villabruna наслеђе. Зато и разликујем граветијанско (pre-LGM) pre-Villabruna наслеђе од класичног епиграветијанског Villabruna кластера. Епиграветијанска Villabruna популација је по мени већ мијешана и у различитим процентима садржи и дио Fornuol или Goyet-Q116 наслеђа. Проблем је само што ми у овом тренутку немамо ниједан pre-Villabruna узорак, па нам онда и сама Villabruna  у односу на Fornuol или Goyet-Q116 изгледа као чист кластер.

[drajver]

Fornuol или Goyet-Q116 је подлога на коју се калемило pre-Villabruna наслеђе. Зато и разликујем граветијанско (pre-LGM) pre-Villabruna наслеђе од класичног епиграветијанског Villabruna кластера. Епиграветијанска Villabruna популација је по мени већ мијешана и у различитим процентима садржи и дио Fornuol или Goyet-Q116 наслеђа. Проблем је само што ми у овом тренутку немамо ниједан pre-Villabruna узорак, па нам онда и сама Villabruna  у односу на Fornuol или Goyet-Q116 изгледа као чист кластер.

Мислим да би се pre-Villabruna могао вјештачки моделовати, кад би нашим мезолитским ђердапским узорцима, изузели ANE дио генетике (а то је неких 10%) и оно што би остало било би pre-Villabruna. У односу на класичну Vilabrunna, pre-Villabruna стоји незнатно источније (према Анадолији) или боље рећи да класична Vilabrunna као дериватив стоји нешто западније у односу на pre-Villabruna. Класична епиграветијенска Вилабруна би се могла моделовати као: 90% pre-Vilabrunna+10% Goyet-Q116.

[Кековац]

Мислим да би се pre-Villabruna могао вјештачки моделовати, кад би нашим мезолитским ђердапским узорцима, изузели ANE дио генетике (а то је неких 10%) и оно што би остало било би pre-Villabruna. У односу на класичну Vilabrunna, pre-Villabruna стоји незнатно источније (према Анадолији) или боље рећи да класична Vilabrunna као дериватив стоји нешто западније у односу на pre-Villabruna. Класична епиграветијенска Вилабруна би се могла моделовати као: 90% pre-Vilabrunna+10% Goyet-Q116.

Наводно је узорак Pradis 1 најбазалнији епиграветијански узорак. Не знам да ли због ниског удела Goyet-Q116 компоненте.

Next, we investigated the genetic relationships between Epigravettian-associated individuals across the Italian peninsula, by reconstructing a phylogeny based on a matrix of pairwise f2 genetic distances (Fig. 3a and Supplementary Fig. 9) and testing the relative affinity among them using f4-statistics in the form f4(Mbuti, Epigravettian A; Epigravettian B, Epigravettian C) (Supplementary Data 2.E). The inferred topology reveals a phylogeographic pattern irrespective of individual ages. In particular, the 13 ka Pradis 1 individual from northeastern Italy represents the most basal lineage compared to all other Epigravettian-associated individuals, including the older Tagliente 2 and Villabruna genomes from northern Italy (group 1). Individuals from northwestern Italy (Arene Candide 16), central Italy (Continenza) and Sicily fall on a phylogenetically more derived branch (group 2), which further diversified into a branch composed of Sicilian hunter-gatherers only (group 3). Within Sicily, the 14 ka Oriente C individual shows higher affinity with the much younger but geographically closer 10 ka Uzzo group30 (n = 2) than with the almost contemporaneous San Teodoro 2 individual from eastern Sicily.

[drajver]

Наводно је узорак Pradis 1 најбазалнији епиграветијански узорак. Не знам да ли због ниског удела Goyet-Q116 компоненте.

Могуће, међутим немам овај узорак разбијен на G25scaled координате, па не могу провјерити.

[Кековац]

Мислим да би се pre-Villabruna могао вјештачки моделовати, кад би нашим мезолитским ђердапским узорцима, изузели ANE дио генетике (а то је неких 10%) и оно што би остало било би pre-Villabruna. У односу на класичну Vilabrunna, pre-Villabruna стоји незнатно источније (према Анадолији) или боље рећи да класична Vilabrunna као дериватив стоји нешто западније у односу на pre-Villabruna. Класична епиграветијенска Вилабруна би се могла моделовати као: 90% pre-Vilabrunna+10% Goyet-Q116.

У сваком случају, недостају нам узорци из LGM-а за Вилабруна кластер. С обзиром да тада Јадранско море скоро да није ни постојало јер је ниво морске обале био око 150 метара нижи него данас, вероватно су остаци људи из те популације данас претежно на дну мора. Мислим да се ипак не може тврдити да су Вилабруњани имали баш Fornuol или Goyet-Q116 компоненте. Можда би се Вилабруна исто тако могао моделовани као 90% пре-Вилабруна + 10% Вестонице?

In the MDS plot, we find that all of the newly and previously reported Epigravettian-associated individuals fall within the Villabruna cluster (Fig. 1c). A series of f4-symmetry statistics confirm that all the Epigravettian-associated individuals are cladal, and do not share excess affinity with any local (Paglicci 12) or non-local preceding ancestries (Goyet Q116-1, Kostenki 14, Mal’ta 1 or Věstonice) (Supplementary Data 2.F). Moreover, none of the Epigravettian-associated individuals have more affinity to southern European than to central-eastern European Gravettian-associated groups, as shown by f4(Mbuti, Epigravettian-associated individual/group; Věstonice, Paglicci 12) that is consistent with 0 (Supplementary Data 2.G).

[drajver]

У сваком случају, недостају нам узорци из LGM-а за Вилабруна кластер. С обзиром да тада Јадранско море скоро да није ни постојало јер је ниво морске обале био око 150 метара нижи него данас, вероватно су остаци људи из те популације данас претежно на дну мора. Мислим да се ипак не може тврдити да су Вилабруњани имали баш Fornuol или Goyet-Q116 компоненте. Можда би се Вилабруна исто тако могао моделовани као 90% пре-Вилабруна + 10% Вестонице?

Они су свакако посебна популација, оно што добијам када убацим све претходне кластере и Вилабруну, јесте тај неки мали дио од 10% Goyet-Q116 наслеђа. Примјетићеш и на графику горе постављеном из рада да и они такође наводе да се Вилабруна мијешала са Fornuol-ом, али од Kostenki-Vestonice није наслиједила ништа. То не значи да прије LGM негдје на границама  pre-Villabruna кластера и Костенки-Вестонице кластера није долазило до мијешања те двије популације, већ сам поменуо да је Вестонице хибрид све три популације, гдје је Костенки компонента била најдоминатнија. Међутим, те популације које су се мијешале са Костенки, једноставно нису преживјеле LGM.

[drajver]

Додао бих још и да ми је интересантна блискост Сиделкино (EHG) и Вилабруна (WHG) популација. Можда постоји и нека дубља веза, осим доказаног ширења WHG на исток већ у раном Холоцену. Занимљиво је и да је J1 једна од хаплогрупа које су пронађене у Сиделкино кластеру.

Већ у Сиделкино узорку имамо присуство CHG генетике, не превише (до 10%) али довољно да неке Y-DNA линије продру у популацију. Може се само поставити питање, када је на истоку Европе CHG ушао у ову суштински ANE популацију ? Свакако још током мезолита. При чему су удјели CHG регионално могли варирати (од нижих процената на сјеверозападу до виших јужније ближе Кавказа). Присуство хаплогрупа, попут Ј у Карелији, не мора стриктно кореспондирати са аутосомалним присуством ове CHG компоненте.

При чему бих рекао да ми се чини да је прво дошло до мијешања Вилабруне и ANE популације, а да је тек накнадно у тако мијешану популацију продрло и нешто CHG. Код наших ђердапских мезолитских узорака не видим да има ове CHG компоненте, али има ANE.

[Кековац]

Они су свакако посебна популација, оно што добијам када убацим све претходне кластере и Вилабруну, јесте тај неки мали дио од 10% Goyet-Q116 наслеђа. Примјетићеш и на графику горе постављеном из рада да и они такође наводе да се Вилабруна мијешала са Fornuol-ом, али од Kostenki-Vestonice није наслиједила ништа. То не значи да прије LGM негдје на границама  pre-Villabruna кластера и Костенки-Вестонице кластера није долазило до мијешања те двије популације, већ сам поменуо да је Вестонице хибрид све три популације, гдје је Костенки компонента била најдоминатнија. Међутим, те популације које су се мијешале са Костенки, једноставно нису преживјеле LGM.

На графику горе се види мешање Вилабруна популације и Фурнол популације, која је наследник Goyet-Q116, али је то представљено у жељи да се илуструје генеза GoyetQ-2 кластера који се ширио из југозападне Европе на север и североисток. Овај кластер се повезује са магдаленском културом. Ако се Goyet-Q116 добија као компонента за Вилабруна онда је то неки сигнал временски прилично далеког мешања, пошто је овај кластер прилично стар - 35 ka, Aurignacian-associated from Belgium, па може указивати на даље порекло пре-Вилабруна популације, пре леденог доба.

[Кековац]

Видех сад да на графику горе постоји и ова популација скроз лево, која такође представља микс Вилабруна и Фурнила. Мислим да она представља Иберијско ловце-сакупљаче. Међутим, за ловце-сакупљаче из Италије не видим да постоји доказ о мешању са Фурнол популацијом.

[Кековац]

Изгледа да веза Вилабруна и Goyet-Q116 потиче од Bacho Kiro 1653. Ево пар интересантних цитата из допунског материјала уз овај рад:

Interestingly, we also detect minor Near Eastern affinities in pre-LGM populations associated with the Věstonice cluster, like the Věstonice group and Paglicci 12. This could be explained by a portion of shared genetic ancestry between the Villabruna and Věstonice ancestries as described in Fu et al., 2016. Moreover, considering that both Gravettian and Epigravettian cultures were also found in the Balkans, and that the 35k-year-old Bacho Kiro 1653 individual from Bulgaria has been proposed to contribute genetically to the Věstonice population, we speculate that this signal is most likely related to a deep genetic link between the Near East and the Balkans. We specifically test this hypothesis using qpGraph modelling as described in Supplementary section 10. Notably, this link has also been suggested in previous studies, based on the Near Eastern affinity found in Mesolithic hunter-gatherers from the Iron Gates in the Balkans.

We then fit Villabruna on this graph. Interestingly, we find that the best fitted model suggests
Villabruna to result from the admixture between a Věstonice-related lineage and a branch that is basal to the split between Kostenki 14 and Goyet Q116-1 genomes. The shared part of ancestry
between Věstonice and Villabruna is related to BK-1653 and could potentially explain the affinity
between these two ancestries observed in Fu et al., 2016 with qpGraph modelling. This suggests that the previously identified shared genetic ancestry in the Věstonice and Villabruna clusters might trace back to pre-30k populations from the Balkans.

Финални граф се налази на страни 99.

[drajver]

Рекао бих да су неки трагови (али баш трагови) Goyet-Q116 генетичког наслеђа остали присутни код двије најархаичније европске популације: Сардинаца и Баска. Постоји једна компонента у њиховој генетици из WHG палете која управо на ова два подручја достиже своје максимуме, уз нешто ниже проценте код околних популација Шпанаца и Јужних Француза, а која је практично одсутна код других европских народа.

Није чудно што су те двије популације најдуже од свих успјеле одржати своје старе, неиндoевропске језике: баскијски (до данас) и палео-сардински (до античког периода).

Сардинци су свакако генетички архаичнији од Баска, јер су једина популацијa у Европи која уопште не посједује ANE генетичко наслеђе.

[drajver]

И постоји још једна ствар коју сам примјетио, прегледајући аутосомалне компоненте савремених популација, а то је да код Грка, па и и у јужној Италији гдје је Грка некад било, постоји неки ANE уплив који уопште не садржи EHG компоненту и који прилично извјесно није дошао преко Балкана. Такође није то ни индо-иранска источна варијанта ANE наслеђа, које ту и тамо има по Блиском истоку, па се нађе и код Грка. Ова трећа компонента ANE уплива, чини ми се да је могла доћи само са подручја Кавказа. Прегледао сам нешто и старијих и савремених узорака. И рекао бих да тај неевропски и нејужноазијски ANE достиже највише проценте на подручју источнокавкаских језика,а у прошлости се чини да је био присутан и у културама Kura-Araxes i Maykop. Да ли је грчка варијанта овог посебног ANE наслеђа повезана са кавкаском, не бих знао рећи.

У вези са овим, пали су ми на памет изумрли индоевропски анадолски језици. Ако је ова компонента повезана са њима, онда говорници тих језика у Анадолију нису могли доћи преко Балкана, већ преко Кавказа.

[Кековац]

И постоји још једна ствар коју сам примјетио, прегледајући аутосомалне компоненте савремених популација, а то је да код Грка, па и и у јужној Италији гдје је Грка некад било, постоји неки ANE уплив који уопште не садржи EHG компоненту и који прилично извјесно није дошао преко Балкана. Такође није то ни индо-иранска источна варијанта ANE наслеђа, које ту и тамо има по Блиском истоку, па се нађе и код Грка. Ова трећа компонента ANE уплива, чини ми се да је могла доћи само са подручја Кавказа. Прегледао сам нешто и старијих и савремених узорака. И рекао бих да тај неевропски и нејужноазијски ANE достиже највише проценте на подручју источнокавкаских језика,а у прошлости се чини да је био присутан и у културама Kura-Araxes i Maykop. Да ли је грчка варијанта овог посебног ANE наслеђа повезана са кавкаском, не бих знао рећи.

У вези са овим, пали су ми на памет изумрли индоевропски анадолски језици. Ако је ова компонента повезана са њима, онда говорници тих језика у Анадолију нису могли доћи преко Балкана, већ преко Кавказа.

Мислим да би хаплогрупа J-Z7671 могла бити маркер такве једне сеобе из Анадолије.

https://discover.familytreedna.com/y-dna/J-Z7671/tree
https://www.yfull.com/tree/J-Z7671/

[Кековац]

Нови археогенетски рад баца светло на генезу Граветијанаца који изгледа потичу од популације која је из правца Украјине колонизовала Европу пре скоро 40.000 година https://www.nature.com/articles/s41559-023-02211-9?utm_medium=affiliate&utm_source=commission_junction&utm_campaign=CONR_PF018_ECOM_GL_PHSS_ALWYS_DEEPLINK&utm_content=textlink&utm_term=PID100052172&CJEVENT=23a57ec678d011ee828e010b0a18ba73.

[drajver]

Нови археогенетски рад баца светло на генезу Граветијанаца који изгледа потичу од популације која је из правца Украјине колонизовала Европу пре скоро 40.000 година https://www.nature.com/articles/s41559-023-02211-9?utm_medium=affiliate&utm_source=commission_junction&utm_campaign=CONR_PF018_ECOM_GL_PHSS_ALWYS_DEEPLINK&utm_content=textlink&utm_term=PID100052172&CJEVENT=23a57ec678d011ee828e010b0a18ba73.

Рекао бих по овим шемама и уводнику да се уклапају у постојеће профиле pre-LGM европског становништва.

[drajver]

Неки од скоријих радова регистрованих на ENA

2023-10-27 PRJEB66365 Genome-wide data from individual from Borsuka Cave
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB66365

2023-10-31 PRJEB63275 The peopling of early Kyiv - beyond Vikings and the Mongolian invasion
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB63275

[Никац]

Кластер Вестонице би се могао добро измоделовати не само као мјешавина Goyet-Q116 и Kostenki како је у раду приказано, већ као тројна мјешавина Goyet-Q116, Kostenki и pre-Villаbruna кластер. То би објаснило и рано присуство хаплогрупе I у кластеру Вестонице.

У том случају би на подручју граветијанске pre-LGM Европе имали три популације: Goyet-Q116 у западној Европи, Kostenki у источној Европи и pre-Villаbruna на Балкану. До данас је успјело да опстане само Villаbruna генетичко наслеђе, али и оно у прилично симболичним омјерима. Код савремених Срба не прелази 10%.

Ово је суштина. Чини се да је настанак ове три популације отрпилике истовремен и да потичу од заједничке предачке West Eurasian популације. Костенки учествује у генези ANE-a па њихово наслијеђе и данас постоји, док Goyet-Q116 касније постаје El-Miron кластер, којег до мезолитика постепено потпуно замјењује Villabruna, па се ова популација чини као слијепо цријево, барем што се тиче аутосомалне генетике.

[Никац]

И постоји још једна ствар коју сам примјетио, прегледајући аутосомалне компоненте савремених популација, а то је да код Грка, па и и у јужној Италији гдје је Грка некад било, постоји неки ANE уплив који уопште не садржи EHG компоненту и који прилично извјесно није дошао преко Балкана. Такође није то ни индо-иранска источна варијанта ANE наслеђа, које ту и тамо има по Блиском истоку, па се нађе и код Грка. Ова трећа компонента ANE уплива, чини ми се да је могла доћи само са подручја Кавказа. Прегледао сам нешто и старијих и савремених узорака. И рекао бих да тај неевропски и нејужноазијски ANE достиже највише проценте на подручју источнокавкаских језика,а у прошлости се чини да је био присутан и у културама Kura-Araxes i Maykop. Да ли је грчка варијанта овог посебног ANE наслеђа повезана са кавкаском, не бих знао рећи.

У вези са овим, пали су ми на памет изумрли индоевропски анадолски језици. Ако је ова компонента повезана са њима, онда говорници тих језика у Анадолију нису могли доћи преко Балкана, већ преко Кавказа.

Ради се свакако о Kura-Araxes/Maykop упливу, који G25 може разликовати од АNЕ. Најстарији узорци с овом примјесом у западној Анадолији и Гркој су из 5000-4000 п.н.е. (бакарно доба), и неки од њих су идентични каснијим минојским узорцима, тако да се вјероватно ради о прецима Минојаца, не Индоевропљанима.